災害・気象情報の配信や避難所の運営など防災に特化したベンチャー企業“京都レスキューサービス（KRS）”の社長・吉原弘樹（阿部亮平）が、山間の渓流で遺体となって見つかった。事件の夜は、京都市内で集中豪雨が発生。吉原は土砂降りの中、登山客を捜索している最中に何者かに襲われたものと思われた。臨場した糸村聡（上川隆也）は、吉原の手首に笛が巻きつけられているのに気づく。それは被災時に救助を呼ぶための“レスキューホイッスル”だったが、糸村は吉原がさらに首から古いホイッスルを下げていたことを発見。吉原はなぜ２つもホイッスルを携帯していたのか、疑問を抱く。吉原が捜していた男はいまだ行方をくらましたままで、神崎莉緒（栗山千明）ら“特別捜査対策室”メンバーは彼の犯行を怪しみ、捜査を開始する…。やがて捜査線上には、KRSの副社長・星野菜美（佐津川愛美）や、避難所に居合わせた大学生・五条慶太（押田岳）も浮上する…。古びたホイッスルから糸村が導き出した、事件の思いもよらぬ真相とは…？

防災ベンチャー企業“京都レスキューサービス（KRS）”の社長・吉原弘樹（阿部亮平）が殺害された数日後――副社長・星野菜美（佐津川愛美）の父・一男（中原丈雄）が自宅で死んでいるのが見つかった。糸村聡（上川隆也）は、現場に残されていた手作りのキャラメルに興味を抱くが、甘さの中に苦味が広がる絶妙な味わいにビックリ。なんと、そのキャラメルには“ワサビ”が使われていたのだ。現場には、吉原を殺めたのは自分であり、すべては菜美を思ってのことだったと記した遺書が残されており、罪の意識に苛まれた一男が自ら毒物を飲んで命を絶ったものと思われた。しかし、糸村が見つけたある物証から、何者かが吉原殺しの罪をきせた上で自殺に見せかけて一男を殺害した可能性が浮上、特別捜査対策室のメンバーは連続殺人として改めて捜査を開始する。ところがその矢先、一男がひた隠してきた衝撃の事実が発覚！糸村はキャラメルに使われていたワサビを手がかりに、連続殺人の真相、そしてその背後に秘められていた思いもよらぬ事件の存在を突き止めていく――！

人通りの少ない路地で、若い男性の遺体が見つかった。”特別捜査対策室”のリーダー・佐倉路花（戸田恵子）は、被害者の顔を見てがく然とする。殺されていたのは、少年時代、路花が逮捕した山下駆（入江甚儀）だったのだ。窃盗の常習犯だった駆はその後、少年院に収容されたが、路花の支援もあって更生し、現在は清掃作業員として働いていた。遺留品を調べた糸村聡（上川隆也）は、駆の財布の中からキャラクターが印刷された古いカードを見つける。それはかつて子どもたちの間で大ブームを巻き起こした、チョコレート菓子のおまけだった…。まもなく、事件当日、現場近くの料亭で駆が”見合い”していたという情報が浮上する。だが、確認したところ、料亭にいたのは駆ではなく、出版社の若き副社長・井野脇透（入江甚儀・２役）だと判明する。しかし、その矢先、透と対面した糸村たちは驚愕！　なんと透は駆と瓜二つ…。実は、２人は双子の兄弟だったのだ。透によると、兄弟は幼いころ施設で暮らしていたが、透だけが出版社を経営する夫婦のもとに引き取られたという。もしや過去の確執からトラブルとなり、透が駆を殺害したのか――。糸村は遺留品のカードから、事件の奥底に潜む思いもよらぬ真実を導き出していく…。

子ども向け体操スクールに所属するインストラクター・川井公一（堀井新太）が、教室内で死んでいるのが見つかった。前夜、何者かに突き飛ばされ、鉄棒で後頭部を強打したものと思われた。臨場した糸村聡（上川隆也）は、川井の所持品の中から合格祈願の鉛筆を発見。その鉛筆には指をかける部分にえぐったような傷がついており、糸村はいったいなぜその場所に傷があるのか首をかしげる。　捜査をはじめた糸村は、川井の部屋を訪ねてきた小学２年生の少女・富池万理華（小山紗愛）と出会う。万理華は幼稚園時代に川井に体操を習っており、教室を辞めた今も彼を慕い、“交換ノート”を交わしていると話す。また、万理華は、母・琴音（前田亜季）が川井と交際していることも打ち明ける。琴音は実家の呉服店の女将として働きながら、女手ひとつで万理華を育てるシングルマザーだった。ところが、琴音に事情を聴いたところ、川井とは１カ月ほど前に別れたと告白。万理華にそのことを言い出せずにいるだけで、最近は会っていないと証言する。だがその矢先、琴音の家族の過去に川井が大きく関わっていたことが発覚！　捜査は急展開を迎えることとなり…!?

路地裏に設置された大型ゴミ箱に、男性の死体が遺棄されているのが見つかった。所持していたパスポートから、遺体の身元はシンガポールに長期滞在していた平中智樹（田中俊介）と判明。日本には1週間前、３年ぶりに帰国したようだった。糸村聡（上川隆也）はジャケットの胸ポケットから、先端に小さい穴があいた細長いプラスチック片を発見、それがいったい何なのか見当もつかず、首をかしげる。まもなく、平中は人気フリマアプリ“ヌボル”を運営するベンチャー企業の創業者であることが判明。しかし、平中は10年前、現社長・若尾峻（石黒英雄）によって会社から追い出されていたこともわかった。折しも、ヌボルは個人情報流出問題が取り沙汰されて利用者離れが加速している状況。平中は、危機に陥ったヌボルを若尾から取り返すため日本に戻ってきたのだろうか…。そんな中、糸村たちは平中が帰国した日の夜、若尾の妻・恵美香（小宮有紗）と会っていたことをつかむ。追放された創業者と、現社長の妻――いったい２人の関係とは…!?　さらに現場に残っていた繊維片から、衝撃の真実が浮かび上がるが…!?

高級有料老人ホームのスタッフ・内藤明日香（高田里穂）が、公園の階段から突き落とされて死んでいるのが見つかった。死因は脳挫傷だったが、首には索状痕も残されており、転落する直前、何者かに首を絞められたようだった。糸村聡（上川隆也）は、遺留品から使い古された軍手を見つける。左右それぞれ２枚重ねになっており、焦げた指先からは、ほのかに抹茶の香りがした。勤務先に聞いたところ、明日香の業務とは無関係と判明。彼女がこの軍手をどんな用途で使っていたのか、糸村は疑問を抱く。捜査を進めたところ、明日香はホーム入居者の磯貝早苗（藤真利子）と、実の母娘のように仲良く交流していたとわかる。早苗は事件当夜、1時間ほどホームを留守にしていたが、散歩がてら近所のコンビニエンスストアまで出かけただけだと話す。また、明日香と同じアパートの住民によると事件の夜、彼女の部屋の前で交際相手らしき男が待ちぶせしていたという不穏な情報も浮上する。その矢先、明日香の前職がパティシエであり、当時は自分の店を持つという夢に向かって邁進していたことがわかる。彼女はいったいなぜ夢をあきらめたのか!?　明日香のパティシエ時代を調べた糸村は2年前、意外な事件が起きていたことを知って…!?

アパートの一室で、住人の男性・楠見武（徳井優）が絞殺されているのが見つかった。臨場した糸村聡（上川隆也）は、楠見が手に透明の糸のようなものを握っていることに気づく。まもなく、楠見に関して驚きの事実が浮上する。なんと彼の指紋が、未解決強盗事件の容疑者のものと一致したのだ。それは7年前、ある夫婦宅に強盗が押し入った事件で、犯人は宝石類を奪って逃走したが、心臓に持病を抱えていた被害者の妻がショックで発作を起こし、命を落とすという痛ましい事態を招いていた。当時、捜査を担当していた特別捜査対策室メンバー・雨宮宏（永井大）によると、その後、盗品が売りに出されることもなければ有力な容疑者が浮かぶこともなく、事件は迷宮入りしたという。思いがけない形で捜査が進展し衝撃を受けた雨宮は、ひとりの青年を思い出す。その人物とは現在、焼き鳥店で働く宮平瞬（玉城裕規）。実は7年前の事件の際、瞬はジョギング中に悲鳴を聞いて被害者宅に助けに入り、犯人ともみあいになり負傷。そのときのケガにより彼はチャンスを失い、ボクサーとしての夢をあきらめていた。奇しくも、楠見は瞬が働く焼き鳥店の常連客だったという新事実が発覚。雨宮から楠見が強盗犯だったと聞かされた瞬は驚きの表情を浮かべるものの、とっくに事件のことなど忘れていたと吹っ切れた様子で話すが…!?

組織犯罪対策ニ課の課の刑事・氷室翔太（崎山つばさ）が刺殺されているのが見つかった。臨場した神崎莉緒（栗山千明）はがく然。氷室は莉緒がかわいがっていた後輩で、数日前に久しぶりに会って食事したばかりだったのだ。糸村聡（上川隆也）は氷室が所持していた金のチェーンが気になるが、それが何かに付属するものなのか見当もつかない状態だった…。氷室は生前、インサイダー情報を不正売買しているダークウェブサイトの組織“土竜（もぐら）”を追っていたことが判明。さらにここ数日の間に、舞妓の葉月（森日菜美）や元警察官の警備員・岩瀬隆介（津田寛治）に会いに行ったことがわかるが、事情を聴いたところ２人とも土竜などまったく知らない様子で、チェーンについては見たこともないと話す。そんな中、氷室が過去の通り魔事件の捜査資料を頻繁に閲覧していた事実が浮上。氷室の死と土竜、通り魔事件――この３つの事件には、いったいどんな接点があるのか!?　懸命な捜査を続けた糸村たち特対メンバーは、やがて意外な人物に突き当たる。それは政界にも太いパイプを持つ大病院の院長・物部泰弘（高橋英樹）だったがーー!?

組織犯罪対策二課刑事・氷室翔太（崎山つばさ）が殺害された数日後――。元警察官の岩瀬隆介（津田寛治）が何者かに襲われた。現場に駆けつけた糸村聡（上川隆也）は、岩瀬が倒れていた場所に小さな折り鶴が落ちているのを見つける…。　亡くなった氷室は生前、インサイダー情報を不正売買するダークウェブサイトの組織“土竜（もぐら）”を追っていたが、岩瀬は５年前、婚約者が被害に遭った通り魔殺人事件の犯人・沢村直哉（渋谷謙人）について調べ続けていた。沢村は通り魔事件の半年後、河原で焼死体となって発見されたのだが、岩瀬は遺体が沢村本人なのか疑念を抱いていたようだ。氷室と岩瀬が最近、連絡を取っていたこともあり、糸村たち特別捜査対策室メンバーは２人を襲った犯人が同じ人物なのではないか、そしてその人物こそ土竜なのではないかとにらむ。　そんな中、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）から衝撃の鑑定結果がもたらされる。なんと、折り鶴から思いもよらぬ人物の指紋が見つかったというのだ。いったいその指紋とは…!?　そして懸命に捜査を進めた特対メンバーは、またしても大病院の院長・物部泰弘（高橋英樹）の存在に行き当たり…!?　刑事の死に端を発した複雑にからみあう事件の謎が、ついにすべて明らかに！　糸村が折り鶴から解き明かした、悲しくも切ない真相とは…!?