文化庁美術品危機管理対策課、通称“文化財Gメン”のメンバー・長津涼子（遊井亮子）が、山中の岩場で遺体となって見つかった。彼女は1カ月前、古い仏像を、“円刻寺”の裏山にある祠の中から発見。その仏像は鑑定家の園田蓮（柄本明）により、鎌倉時代の仏師・雲尚の作として認定される。涼子は、第一発見者としてその所有権を主張し、山の持ち主である“霧島電子”社長・霧島征一（六角慎司）、祠を管理する円刻寺住職・大野泰生（平泉成）らと仏像の所有権をめぐって対立していた。涼子の死は一見、滑落事故のように思われたが、現場に駆けつけた糸村聡（上川隆也）は岩陰に残されていた“カラビナ”に目を留める。それには、涼子が使用していたほかのカラビナと違って、紋章のようなデザインが手描きで記されていたのだ。この紋章が意味するものは何なのか？その後、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の調べで、涼子が使用していたカラビナはすべて壊れるよう細工がしてあったことが発覚！滑落事故ではなく殺人事件であることが明らかになる…やはり仏像の所有権をめぐり起きた殺人なのか…!?新たに特別捜査対策室の室長代理となった佐倉路花（戸田恵子）は、今回の捜査には専門知識が必要と判断し、涼子の同僚で文化財Gメンである早水圭介（中村俊介）も特別に参加することになった。捜査を開始した糸村は、神崎莉緒（栗山千明）と共に円刻寺を訪れ、疑惑の住職・大野のことを探ることに。そこで、彼がひとり娘・ゆかり（松下由樹）と20年以上も疎遠になっている事を知る。…やがて彼女が、事件と思いも寄らぬ関わりを持っている事がわかって…!?

イベント企画会社社長・山田一郎（村田雄浩）の遺体が、事務所内で見つかった。死因は、毒物による中毒死と判明。山田は生前、“チョコレートフェスティバル”というイベントを企画しており、そのフェスティバルに参加するチョコレート専門店から集めた出店料が盗まれていた。神崎莉緒（栗山千明）らが社員の鈴木昌人（畠山U輔）、江藤日登美（菅井玲）に事情聴取する中、糸村聡（上川隆也）は、事務所の窓辺に飾られた風鈴に目を留める。その風鈴には、20年以上も前に流行った魔法使いのアニメキャラクターのカードがついていたのだ…。まもなく、犯人は毒物をチョコレートドリンクに混ぜて被害者に飲ませたことが判明。ドリンクにはワサビの成分が含まれていたこともわかり、ワサビを隠し味に使っているショコラティエール・若名友子（谷村美月）が捜査線上に浮かぶ。友子はチョコレートフェスティバルの出店者として山田に会ったことはあるが、事件当夜は山田の事務所を訪れていないと主張する。そんな中、山田が過去、多くの詐欺事件に関わっていた事実が発覚。チョコレートフェスティバルもまた、出店料をだまし取る詐欺だったのか…!?　はたして、風鈴と殺人の関連とは…!?

糸村聡（上川隆也）ら特別捜査対策室のメンバーは、氏家刑事部長（益岡徹）の指示により、1カ月前、人材派遣会社社長・桑原達也（増田修一朗）が自宅で殺害された事件の捜査に協力することになった。容疑者は桑原からパワハラを受けていた部下・野口明（黄川田将也）で、彼は事件後、行方をくらましていたが、氏家によると近々、ある病院に姿を見せる可能性が高いという。野口がかつての交際相手・小島千鶴（乙葉）との間にもうけた娘・美晴（牧芽依奈）が現在、急性白血病で入院中だったのだ。佐倉路花（戸田恵子）は入院患者を装って潜入捜査を開始、千鶴らに接近する。一方、現場を捜索した糸村は、桑原がコレクションしていたカブトムシの中に、1匹だけ赤い目をした個体が混じっているのに気づく。秘書によると、桑原はカブトムシの飼育が趣味だったが、赤い目をしたカブトムシは事件前にはいなかったという。気になった糸村は、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）にカブトムシを調べてもらうが…!?そんな中、路花は、骨髄の型が美晴と一致するか調べるため、野口が病院に現れるという情報を入手する。だが、その後、思いもよらぬ形で第二の事件が起きて…!?

糸村聡（上川隆也）と一緒に川釣りに出かけた科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）が、偶然遺体を発見！その身元は経営コンサルタント・加藤明義（松澤一之）と判明、頭部を石のようなもので殴られ殺害されていた。糸村は、遺体のジャケットから修正ペンを発見し、興味を示す。その修正ペンは、“美人すぎる歯科医”として有名な河原真里（中山忍）が院長を務める歯科医院で患者に配っていたものだった。そんな中、殺された加藤は経営難に陥った4年前、志倉寛子（舟木幸）という女性から融資を受けて会社を再建していたことがわかる。寛子とその娘・さなみ（森矢カンナ）によると、夫・啓介（有薗芳記）の死後、友人だった加藤に借金をしていたことがわかり、保険金で返済しただけだという。さらに加藤は以前、真里と交際しており、最近になって復縁を迫っていた事実も明らかになる…。警察歯科医でもある真里と以前から知り合いだった村木は、彼女が事件と無関係であることを証明するため、科捜研を飛び出して現場へ。糸村と共に、川の上流で凶器となった石を発見する。しかし、石から検出された指紋は4年前、白骨死体となって発見された志倉啓介、つまり寛子の夫のものだった…。死者による犯行とは、いったいどういうことなのか…!?　はたして加藤を殺した真犯人とは…!?

海外の映画賞にもノミネートされるなど、今をときめく衣装デザイナー・井波幸俊（斉藤陽一郎）が、自身のアトリエで死体となって見つかった。第一発見者はアシスタントの里中浩平（一條俊）で、里中によると、井波は死の直前まで映画の美術監督・山野辺達仁（小野武彦）と作品の方向性をめぐって言い争いをしていたという。臨場した糸村聡（上川隆也）はアトリエの物陰から金属製の棒状のヤスリを発見し、調べはじめる。その結果、それは山野辺が刃物店に依頼して作ってもらった特注品の爪ヤスリと判明。問い詰めたところ、山野辺はあっさり犯行を認め、全面的な自供を開始する。だが、大部屋俳優の父を持ち、幼いころから撮影所に出入りしていた佐倉路花（戸田恵子）は、旧知の間柄である山野辺の犯行を信じることができない…。そんな中、爪ヤスリから検出された成分に疑問を抱いた、糸村。いったい山野辺は、この爪ヤスリで何を磨いていたのだろうか…!?　さらに、遺体の解剖鑑定書から意外な事実が浮上して…!?　はたして1本のヤスリをもとに、糸村がたどり着いた、切なすぎる真相とは…!?

平安時代から続く名家である“鴻上家”で、亡き当主の妻・美沙子（銀粉蝶）が遺体となって見つかった。美沙子は10年前に夫を亡くして以来、広大な屋敷でひとり暮らしを送っていた。第一発見者は息子の妻・紀香（櫻井淳子）で、彼女もまた、5年前に夫を事故で亡くしていたが、現在も亡き夫との約束を守って、週に一度、姑である美沙子の様子を見に来ていたという。凶器は遺体の傍らにあった石と思われたが、その石は奇妙なことに片面だけが平らでツルツルしており、糸村聡（上川隆也）はそこに興味を抱く。事件を聞きつけた美沙子の妹・香取夏江（久世星佳）、甥・香取清（石田佳央）、義弟・鴻上利勝（モト冬樹）ら親族が押しかけてくるが、その矢先、床の間に飾ってあったはずの骨董茶碗がなくなっていることが発覚。相続権を持つ夏江と清の2人がそれぞれ金銭的に困窮していたことから、特別捜査対策室では遺産目当ての犯行と考えはじめる。ところが、調べを進めるうちに、紀香と生前の美沙子は激しくいがみ合っていた事実が浮上。遺産目当ての2人のどちらかによる犯行か、それとも被害者と感情的に対立していた紀香による殺人なのか…。佐倉路花（戸田恵子）は3人の動向を徹底的にマークするよう、特対メンバーに命じる。そんなとき、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の調べで、凶器の石が京都名産の高級品であることが判明して…!?

自転車で京都の町を走っていた糸村聡（上川隆也）は、ひょんなことから開けっ放しになっている付近の住宅に気づき、中から男性の刺殺死体を発見する…！　現場となった住宅は所有者不明の物件で、被害者は勝手に上がり込んで生活していたようだ。ところが、なんと被害者の指紋が、30年前に起きた未解決殺人事件の遺留指紋と一致したから、特対メンバーは驚愕！　“下鴨事件”とよばれるその事件は、弁護士夫妻が何者かに刺殺されたもので、当時応援として駆り出された佐倉路花（戸田恵子）によると、クローゼットに隠れていた当時5歳の息子が犯行を目撃していた上、現場のあちこちに指紋が残されていたにもかかわらず、結局犯人を特定することはできなかったという。やがて、糸村が発見した遺体の身元が、元電気工事士の久世凉一（入江崇史）と判明。調べたところ、久世は下鴨事件の翌日から姿を消していたことも発覚した。また、彼の息子・大西章（深水元基）は苦労の末に医師となり、近々難病の少年・藤崎凛久（中須翔真）を手術予定であることもわかった。そんな中、元暴力団構成員の八木正則（不破万作）が最近、久世の周囲をうろついていた事実が浮上。八木は30年前の事件の際、被疑者として捜査線上に挙がった人物だった。もしや八木は何らかの形で下鴨事件に関わっており、今になって犯人の久世ともめて殺害に至ったのか…!?　それとも、自分と母に苦労を強いた父親を恨む、息子・章の犯行なのか…!? 特対メンバーが聞き込みに追われる中、糸村は被害者が所持していた、穴の開いた古い空き缶が、どうしても気になって…!?

京都市内のホテルのVIPフロアで爆発が起き、ベンチャー企業の社長・冨樫一規（尾崎右宗）が殺害された。偶然、近くに居合わせた糸村聡（上川隆也）は、爆発音を聞いて現場に急行！　床に落ちていた、色鮮やかな小さな物体を拾う。殺された一規は、インターネットで食材流通ビジネスを展開するベンチャー企業の取締役で、農林水産大臣・冨樫由規（大和田伸也）の息子でもあった。事件当日は、現場のホテルで開催されたバイオサイエンス研究の第一人者・酒井裕子准教授（観月ありさ）の受賞パーティーに参加しており、その後、自身が年間契約しているVIPルームに戻ったところで、仕掛けられていた爆弾が爆発したようだ。裕子の研究は、遺伝子組み換えにより農作物の収穫量を倍増させる画期的なもので、なんと数千億円の価値があるという。一規は資金援助する見返りに、その技術を独占する契約を結んでいたらしい。裕子の上司である学部長・和久井昌平（小松和重）によると、一規からは度々、実用化の催促を受けていたという。それらを知った特対メンバーは、巨額利権がらみの殺人を疑う。そんな中、科捜研研究員・村木繁（甲本雅裕）の調べで、現場に落ちていた謎の遺留品が、チョウザメのウロコに油性絵の具で模様を描いたものと判明。糸村はチョウザメを展示している博物館を訪ね、飼育係の高橋尚也（三浦涼介）に話を聞くが、事件当日、彼が仕事を休んでいたことを知り…!?ところが直後、事件関係者が死を遂げる、新たな事件が発生！　またもや遺留品に興味を抱いた糸村は独自の捜査を進めるが…その矢先、絶体絶命の危機が糸村に襲いかかって――!?