47人の住民と共に小さな村に暮らす少女アイは、かつて『墓守』だった母親から『墓守』の仕事を引き継いでいた。アイは毎日毎日使うあてもない墓穴を掘り続けていたが、ある日、村に人の姿が見えなくなったことに気付く。人を探して村を歩くアイの前に、『人喰い玩具（ハンプニーハンバート）』と名乗る男性が現れる。墓守であるアイに仕事を頼みたいというハンプニーに導かれたアイは、信じられない光景を目撃するのであった。

アイとハンプニーは、スカーと名乗る墓守と会った。スカーのような者こそ墓守であって「お前は墓守ではない」とハンプニーに告げられるアイ。だがスカーからは「彼女は墓守ですよ」と言われてアイは喜ぶ。そしてスカーと別れたあと、アイは誰もいなくなった村を出て、墓守としての自分を必要とする人を探しに行こうとする。しかしハンプニーは、アイに墓守だったことを忘れろと迫り、拒否をされると銃を突きつけてくる。

どこに向かっているのかと尋ねたアイに対して、ハンプニーは「ハナを捜している」と答える。また不老不死である彼は「死ぬ方法を捜している」とも言う。そんな話をしながら吊り橋を渡っている最中、アイはハンプニーにいきなり川の中に蹴落とされてしまう。溺れそうになったアイだが、ユリーに助けられて川から引き上げられる。アイはハンプニーに憤慨するが、実は吊り橋ではあのすぐ後に何者かの襲撃があったとユリーから教えられる。

おんぼろのワゴン車を調達し、旅を続けるアイたち一行は、道中で倒れていた青い髪、黒い瞳の美少年を助ける。キリコと名乗るその少年は、強盗に襲われたが、隙をついてかろうじて逃げ出したとアイたちに話す。キリコが近くにあるオルタスという街の役所で見習いをしていると聞き、ユリーは街の近くまで送ると申し出る。なぜ街に直接送ってあげないのかと尋ねるアイに、ユリーは色々事情があると口を濁すのだった。

オルタスの街は多くの死者が暮らす街だった。生者であることを隠し、街に入り込んだアイは、オルタスでの暮らしを楽しむ。そんなアイを見たキリコは、普通の生者は死者に対してもっと嫌悪感を持つものだと疑問を口にする。するとアイは、自分が死者に育てられたことと、墓守であることをキリコに伝える。更にアイは、オルタスの街の中で、なぜキリコだけが生者なのかと尋ねる。するとキリコは、自分も死者だと答えるのだった。

オルタスの街に現れた105人の生者は、オルタスの姫、ウッラが瞳から放った光を浴び、死者となって街に受け入れられた。その光景を見たアイは、思わず叫び声をあげてしまうが、ライオンの面を被った少年に救われる。少年からウッラが死をもたらす力を持つ「コロシオハケ」だと聞かされたアイは、自分の過去の経験から、ウッラ自身は、自分が死をもたらす特別な存在だと気付いてはいないのではないかと思い当たる。

旅の途中ゴーラという村に立ち寄ったアイたち一行。しかしユリーが買い物で車を離れていた隙に、アイが誘拐されてしまう。アイはゴーラ学園という場所に監禁されてしまい、同じく監禁されている子供たちと、学園生活を送ることに。クラスメイトとも仲良くなり、初体験の学園生活を満喫するアイ。しかしある時、クラスメイトから、この学園は異能を持つ子供を外界から隔離しておくための施設だと知らされるのだった。

クラスメイトと共に、学園からの脱出計画を相談するアイ。計画自体はすでに最終段階まで来ているのだが、出ても行く場所が無い、帰ると家族が迷惑がるなどの理由で、脱出を望まないものも多かった。クラスメイトの1人、ターニャを説得しようとしたアイだったが、ターニャがその能力ゆえに村人に迫害され、両親を巻き込まないために自ら学園に来たことを知る。そんなターニャに、アイは自らの過去を語り始める。

アイは無事にゴーラ学園を脱出することができた。しかしアイが学園に捕らわれている間に、スカーがセリカを置いて姿を消してしまっていた。懸命にスカーを捜しまわるアイたちだったが、ユリーはスカーが1人で死者の気配を追う、墓守としてのあるべき姿に戻っただけではないかと言い出す。しかしそれでもスカーに会いたいとこぼすアイに、ユリーは、ゴーラでアイが監禁されている間スカーの様子がおかしかったことを話し出す。

アイたち一行は、アリスの目的地であるオスティアにやってきた。しかしオスティアの街は破壊されてゴーストタウン化しており、死者も生者も存在していなかった。戸惑うアイたちを、アリスは廃墟となった学校の荒れ果てた教室へと導く。教室には異様な黒い壁があり、この壁に隔てられた別の世界にアリスらの3年4組が閉じ込められているという。そのことを聞いたアイたちは、3年4組を開放すべく壁の中へと足を踏み入れるのだった。

ディーがアイに、ループの原因をアリスへ話したいので、アイにも同席して欲しいと言い出した。承諾したアイは、ディーが話をする場所に指定した、裏庭のバスケゴールへと向かう。そこには既にアリスも来ていたが、これはアイとアリスを3年4組から引き離す、ディーの策略だった。アイとアリスがいない3年4組の教室で、拳銃を手にしたディーは、突然生徒の1人を撃ち殺す。悲鳴をあげる生徒たちだったが…。