超高校級の幸運として私立希望ヶ峰学園への入学が決まり、意気が上がる少年・苗木誠。しかし学園に足を踏み入れた瞬間、彼は意識を失ってしまう。再び目を覚ました苗木は、学園内に監禁されていた。そして彼とともに学園に閉じ込められた15人の生徒たち…。そして今、恐怖のゲームが幕を開ける。

学園長・モノクマにより強要されたコロシアイ生活の中で動揺する生徒たち。そんなとき苗木の部屋に、中学時代の同級生でもある超高校級のアイドル・舞園さやかがやってくる。ひとりでいるのが怖いという彼女に対し、苗木は一緒に泊まるよう誘うのだが？

事件のクロ(犯人)を突き止めるために、ついに命懸けの学級裁判が始まる。疑われたのは、ほかならぬ苗木誠。そこで彼は、自分の無実を証明するよう要求される。必死の抗弁を続ける苗木を救ったのは、意外な人物だった。

最初の学級裁判を乗り越え、絆のようなものが生まれつつあった一同。しかししびれをきらしたモノクマは、彼らに対し新たな一手を繰り出す。その一手とは、24時間以内に新たな“クロ”が出なければ新しい動機をつくるというものだった。

ついに出た2人目の犠牲者。犯人として疑われたのは、連続猟奇殺人鬼として世間を騒がせるジェノサイダー翔。“超高校級の御曹司”十神白夜の推理により、その正体がついに暴き出される。だがその推理には穴があって…。

2度目の学級裁判が終わり、残された生徒たちは10人。一同の前に現れたモノクマは｢卒業生が出たら100億円プレゼントする｣と宣言する。一方、いつも元気な朝日奈葵の様子がどこかおかしい。彼女は死んだはずの不二咲千尋の幽霊を見たという。気になった一同は目撃現場に赴くのだが？

山田一二三、石丸清多夏、2人の殺害の疑いをかけられたのは、メンバーのなかで唯一、アリバイのない葉隠康比呂。だが彼は前日の夜、何者かに呼び出され、ロッカーのなかに隠されていたジャスティスロボのなかに閉じ込められていたという。果たして真犯人は誰なのか。3度目の学級裁判の幕が開く。

大神さくらが事件の黒幕と内通していた！？3度目の学級裁判が終結し、ホッとする間もなく、モノクマの口から告げられた驚くべき事実。一方、不二咲千尋のパソコンに残されていたアルターエゴ(人工知能)は、今回の事件のきっかけとなった出来事について、重要な情報を掴んだと告げる。

黒幕の内通者だった大神さくらが密室と化した娯楽室で発見された事件の捜査が始まり、直前に彼女から呼び出しを受けていた十神、腐川、葉隠の3人に容疑がかかる。そうして開かれる4度目の学級裁判。犯人は一体誰なのか？裁判が進むにつれて次々と新たな事実が発覚し、事態は混迷し始めるが…。

ついに解放された学園の最上階。そこで苗木たちが目にしたのは、人間の血と脂の匂いが充満した教室だった。ここが“人類史上最大最悪の絶望的事件”の現場なのか…。重苦しい空気が立ち込めるなか、またもや一同にモノクマから呼び出しがかかる。モノクマは大切な宝物が盗まれたと騒ぎ立てるが…。

自分たちの行動はリアリティショーとして、テレビ中継されていたという新たな事実に驚きを隠せない苗木たち。しかしそんな彼らの困惑をよそに、6回目の学級裁判の幕が開く。殺されたのは、これまでまったく顔を見せなかった16人目の同級生・戦刃むくろ。アリバイのない霧切にさっそく容疑がかかるが…。

｢コロシアイ学園生活は『真の解答編』に突入します！｣。そんなモノクマの言葉とともに、学園内のすべての部屋が解放。答えにたどり着くべく調査を進める苗木たちは、驚くべき事実に突き当たる。白骨化した学園長、身に覚えのない過去の映像、一枚の集合写真…。そして最後の学級裁判の幕が上がる。

全員の行動を監視し、学園長のモノクマを操作し、すべての状況をコントロールしていた｢黒幕｣。その正体は、あまりにも意外な人物だった。そんな｢黒幕｣が語り始める｢コロシアイ学園生活｣の目的、そしてついに明らかにされる世界の真実。驚くべき『解答』を前に、苗木が最後に下した決断とは？