Ein nuklearer Krieg hat die Menschheit auf der Erde zerstört. 97 Jahre später beschließt die Crew der „Ark“, eine Raumstation, die die rund 2.000 menschliche Überlebende beherbergt, 100 junge Straftäter wieder auf die Welt zu schicken, um herauszufinden, ob diese neu bevölkert werden kann. Doch diese sind nicht allein auf der Erde …

Nachdem sie entdeckt haben, dass Jasper noch am Leben sein könnte, machen sich Clarke, Bellamy, Octavia, Finn und Monty auf den Weg, um ihren Freund zu suchen. Auf sie wartet ein Schock.

Clarke, Finn und Wells machen sich auf die Suche nach einem Antibiotikum für Jaspers Wunden, als ein Säurenebel sie zwingt, nach Schutz ... und nach Vergebung für alte Vergehen zu suchen.

Nach dem schockierenden Tod eines der ihren kommen Clarke und Finn sich näher, während sie versuchen, mit der Arche zu kommunizieren. Bellamy muss verhindern, dass die Gruppe beginnt, sich untereinander zu bekämpfen, als das Leben auf der Erde verzweifelt zu werden droht. Abby riskiert, ausgesetzt zu werden, um Raven die Chance zu geben, sich in der Rettungskapsel zur Erde zu verstecken.

Clarkes neue Romanze mit Finn wird bedroht. Nach einem Schlag auf den Kopf wacht Octavia auf und sieht, dass ein Grounder sie beobachtet. Auf der Arche stellt Abby Kanes Plan bloß, die Bevölkerung der Arche zu verringern. Dann bemerken Abby und Kanzler Jaha ein Signal und erkennen, dass mindestens einige der 100 auf der Erde noch am Leben sein müssen.

Auf der Suche nach Olivia führt Bellamy sein Team in das Gebiet der Grounder, und Raven kann nicht umhin, die enge Verbindung zwischen Finn und Clarke zu bemerken.

Clarke und Raven nehmen Kontakt mit der Arche auf. Abby wird aus dem Rat verstoßen und Jaha enthüllt, dass die Arche nicht genügend Rettungsschiffe für alle für die Reise zur Erde hat.

Einige der 100 verzehren versehentlich halluzinogene Nüsse. Clarke und Bellamy gehen auf die Suche nach Vorräten für den Winter. Ein erschreckendes Erlebnis bringt sie einander näher.

Clarke und Finn versuchen, einen Frieden mit den Grounders auszuhandeln, aber die Hölle bricht los, als Bellamy, Jasper und Raven bewaffnet und kampfbereit antreten. Octavia und Lincoln (Ricky Whittle) kommen sich näher. Eine Tragödie befällt die Feierlichkeiten zum Unity Tag auf der Arche.

Murphy kommt ins Lager zurück und behauptet, von den Grounders gefangen und gefoltert worden zu sein. Clarke und Bellamy betrachten seine Rückkehr sehr unterschiedlich.

Die Lebensmittel im Camp werden knapp und Clarke und Finn führen eine Gruppe auf die Jagd, aber Finns Leben gerät in Gefahr. Raven macht Bellamy ein Angebot, das er nicht ausschlagen kann.

Sollen sie gehen oder bleiben? Die auf der Arche Verbleibenden müssen sich mit dem Unausweichlichen abfinden. Clarke und Finn sehen sich einem neuen Feind gegenübergestellt.

Clarke fleht Bellamy an eine moralische Entscheidung zu treffen, als sich der Konflikt auf der Erde zuspitzt. Bellamy zwingt Octavia zu einer schwierigen Entscheidung. Raven und Jasper arbeiten gegen die Zeit und Finn wagt einen mutigen Schritt. Die Situation auf der Arche kommt zu einem verblüffenden Abschluss.