Poté co skupina zjistí, že Jasper by mohl být pořád naživu, se rozhodnou ho vydat hledat. Na cestu se vydají Clarke, Bellamy, Octavia, Finn a Monty. Jenže to co najdou jimi skutečně otřese. Na tohle rozhodně nebyli připravení. Mezitím se na vesmírné stanici Abigail rozhodne, že se za každou cenu musí dostat na Zemi, a v tom jí má pomoct Raven.

Po smrti jedno z nich, se Clark a Finn sbližují a snaží se přijít na způsob, jak komunikovat s Archou. Myslí si totiž, že je to jejich jediná šance, jak přežít. Jenže s tím z pochopitelných důvodů nesouhlasí Bellamy. Mezitím Abigail riskuje všechno, aby pomohla Raven dostat se na Zemi.

Skupina musí ne Zemi řešit různé bezpečností problémy. Jak neznámé útočníky, tak nepřátelské prostředí změněné planety. Mezitím se ocitá v ohrožení románek mezi Clark a Finnem. Ale ani na Arše nezahálejí. Abigail zjistí, že Kane plánuje redukovat populaci, aby lidstvo a on sám přežil. S tím samozřejmě nesouhlasí, a tak se za každou cenu snaží zjistit, jestli se dá na povrchu žít. Její naděje jsou vyslyšeny, když ze Země zachytí signál. Tím se potvrzuje, že někdo ze stovky musel přežít.

Clarke a Raven se konečně podaří navázat kontakt s Archou. Je to životně důležité, protože Clarke potřebuje pomoc svojí matky, aby zachránila jednoho ze svých přátel. Mezitím se na Arše začínají věci vyhrocovat. Abby je odvolána z úřadu a její místo zaujme Diana Sydney, která v minulosti už tuto funkci vykonávala. A aby toho nebylo málo, tak se od Jahy dozví, že na výsadkových lodí není dost místa pro všechny.

Clarke a Finnovi se podaří uniknout z jednoho nebezpečí, aby se záhy ocitli ještě v nebezpečnější situaci. V táboře se situace také začíná vyhrocovat. Bellamy se rozhodne pro nesobecký, hrdinský čin, jen aby se pokusil zachránit Jaspera. Raven se také ocitá v nebezpečí a Murphy konečně dosáhne svojí pomsty. Mezitím ti kteří přežili na Arše čelí jejich nevyhnutelnému o­sudu.

Clarke ze všech sil prosí Bellamyho o to, aby udělal správnou věc, než jim konflikt na Zemi přeroste přes hlavu. Jasper a Raven pracují proti času a Finn tak musí udělat odvážný krok. Mezitím se situace na Arše stupňuje k překvapivému závěru.

2. série začíná v novém, nebezpečném světě – Začínáme tam, kde finále 1. Série skončilo, Clarke je stále sama v bílé místnosti, snažící se zoufale najít smysl toho bizardního okolí, zatímco osud Bellamyho, Finna a Raven je stále neznámý. Lincolnův a Octaviin odvážný plán je zmařen a nepřítel se vrací. Mezitím Abby, Kane a přeživší z Archy musí čelit fyzickým a morálním dilematům v jejich nádherném, ale nebezpečném novém světě. Nakonec Jaha učiní hrdinské rozhodnutí. Devon Bostick (Jasper) a Christopher Larkin (Monty) také účinkují.

Clarke odhaluje děsivou pravdu – postaví se prezidentovi Dantemu Wallacovi a žádá odpovědi. Kane vyslýchá jednoho ze „Stovky“ a Abby provádí rychlou, záchrannou operaci. Mezitím se Octavia uchýlí k násilí, aby našla Lincolna. Finn, Bellamy, Jasper, Monty, Raven a Jaha také účinkují.

Nic není tak, jak to vypadá – Když Clarke zjistí děsivou pravdu o projektu prováděném na lékařském oddělení Mount Weather, spojí své síly s nečekaným spojencem. Potom, co se Abby přizná ke spáchání trestného činu, Kane žádá, aby byla surově potrestána. Mezitím Monty varuje nepozorného Jaspera, že Clarke je v potížích a Octavia pokračuje v boji za Lincolna. 

Finn se dostane k bodu zlomu – Kane vede misi k usmírení s Grounders. Mezitím Jasper souhlasí s tím, že se zúcastní riskantního experimentu, Lincoln pozná svet bolesti, Prezident Dante Wallace (Raymond Barry) vydá varování a Finnovo hledání Clarke nabírá necekane násilný obrat.

Pokus Bellamyho a Lincolna vloupat se do Mount Weather má brutální následky. Abby bojuje, aby měla vše pod kontrolou, když jí Clarke ustoupila, aby mohla být ve vedení. Mezitím se Monty a Harper (hostující hvězda Chelsey Reist) stále pohřešují. Zoufalý Jasper se postaví prezidentu Wallacovi (hostující hvězda Raymond Barry) a žádá odpovědi.

Clarke začne pochybovat o Lexině (hostující hvězda Alycia Debnam Carey) rozhodnutí velit. Abby se snaží pomoci zraněnému Kanovi. Indra nadále tlačí na Octavii a na Mount Weather mezitím Jasper vstupuje do role vůdce. Cage (hostující hvězda Johnny Whitworth) dostává Mayu (hostující hvězda Eve Harlow) do života ohrožující situace.

Clarke a Lexa se připravují na bitvu, zatímco Raven a Wick zažijí velkou porážku. Mezitím Octavia a Lincoln jsou nuceni učinit těžké rozhodnutí. Jasper a Maya jsou na Mount Weather svědky hrozného činu. Bellamy dodrží slib a Cage podá veřejnosti mocné informace.

Cesta do města světel pokračuje a Jaha učiní krok, který Murphyho šokuje. Clarke se dostane pomoci od nečekaného zdroje. Octavii překvapí návštěvník a Lincolnovi se dostane pomsty. Mezitím na Mount Weather Cage vede kupředu svou misi a Bellamy společně se skupinou bojují, aby se osvobodili.