베를린에서 출발한 여객기 한 대가 뉴욕의 JFK 공항에 착륙한 직후 통신이 두절되고, 탑승객 전원이 사망한 채로 발견된다.

이 전대미문의 사건을 조사하기 위해 에프 굿웨더 박사가 이끄는 질병관리센터의 프로젝트 팀이 파견되고, 뒤늦게 생존자 네 사람이 발견된다.

그리고 화물칸에서는 썩은 흙으로 채워진, 관으로 추정되는 검은 나무상자가 발견된다.

실마리를 찾을 수 없어 당황하는 그들 앞에 전에도 이 사건을 본 적이 있고, 이유를 불문하고 시신을 모두 살처분해야 한다고 주장하는 노인이 나타나는데...

불시착한 비행기에서 사망한 승객들의 사망원인을 밝혀내기 위해 고군분투하던 에프와 노라는 두개골이 처참하게 깨어져 사망한 탑장 비숍의 시신을 발견한다.

엎친 데 덮친 격으로 의료적 격리가 불러올 경제적인 타격을 최소화하기 위해 정부는 진실을 은폐하고, 항공기의 시스템 결함이 사고의 원인이라며 공식적인 발표를 서두른다.

주변의 방해에도, 사라진 대형 캐비닛의 행방과 생존자들의 심상치 않은 증상을 몰래 조사하던 에프는 일 때문에 멀어져만 가는 가족에 대한 그리움과 아픔을 숨기지 못하는데...

206구의 시신과 법의관사무소 직원들이 사라져버린 상황에서, 에프와 노라는 불가해한 사건의 답을 찾고자 고군분투한다.

노라는 공항에서 체포되었던 노인 세트라키안이 무엇인가를 알고 있다고 직감하고 그를 찾아가지만, 돌아오는 것은 해야 할 일을 할 준비가 되면 찾아오라는 냉담한 반응뿐이다.

시간이 흐르면서 레드펀 기장의 병세는 점차 악화되고 다른 3명의 생존자의 몸에도 끔찍한 변화가 나타나기 시작하는데…