Un nuevo profesor de matemáticas ha llegado a la Laguna Negra. Se trata de Mateo, que no ha empezado con demasiado uen pie en el internado. Mientras trataba de averiguar el camino hacia el colegio, Mateo choca contra Amelia y la profesora decide vengarse a su manera por el incidente.

Uno de los alumnos se ha ido para siempre pero, minutos antes de su muerte, quiso dejar una pista para que sus compañeros siguieran la búsqueda. En su teléfono móvil grabó la clave para comprenderlo todo. Es un nombre: Irene. Pero Iván no quiere seguir con la investigación, está convencido de que si no hubiesen metido las narices donde nadie les llamaba el alumno seguiría con vida. No puede confiar en nadie, ni sus amigos, ni en Carol y mucho menos en su padre.

Héctor cree que con su dimisión ha evitado la expulsión de los chicos y, por eso, le parece bien que Elsa sea su sustituta y ocupe su puesto. Lo que no sabe el ya ex-director es que los padres han puesto a Elsa una condición para aceptar el cargo y es, precisamente, que expulse a los chicos. Mientras Héctor trata de solucionar este asunto, Fermín tiene una preocupación más inmediata: deshacerse del cadáver de su contacto, que ha aparecido muerto de un disparo en su propio coche.

A Jacinta le han dado el alta y puede volver por fin al que considera su hogar. Sin embargo, le esperan muchas sorpresas en su vuelta al internado y no todas serán de su agrado. Héctor ha dimitido y Elsa, como nueva directora, ha decidido introducir algunos cambios, entrometiéndose en las que siempre habían sido las gestiones de la gobernanta.

Julia, una nueva alumna, acaba de llegar a La Laguna Negra, pero no tiene la intención de quedarse encerrada ni un minuto más entre esas cuatro paredes. Los chicos del internado, por el contrario, están encantados con la nueva, que al menos les distrae de su castigo: limpiar todo lo que mancharon sus compañeros en su sentada de protesta. Mientras descubren que Cayetano les ha dejado una pista antes de morir.

Las relaciones amorosas en el internado no pasan por su mejor momento. Héctor empieza a estar ilusionado con el embarazo de Elsa pero ésta le reprocha que su corazón esté tan lejos de ella. Carol, por su parte, ha vuelto con Iván porque cree que debe apoyarle en el mal momento que está pasando, pero no puede disimular que sigue sintiendo algo por Marcos.

La hija de Jacinta ha fallecido en un accidente de tráfico pero no todos los ocupantes del coche murieron en ese trágico impacto. Miguel, su nieto, ha sobrevivido y la gobernanta es ahora su familiar más cercano. El pequeño tendrá que irse a La Laguna Negra, para vivir con una abuela a la que ni siquiera conoce. Mientras tanto, Elsa sigue investigando su pasado. Cree que Jacinta puede tener las respuestas a muchas de sus preguntas pero comprende que, con todo lo que ha sucedido, éste no es el momento de interrogar a la gobernanta.

Julia descubre que fue Victoria la que robó el examen y la foto del cuarto de Mateo y no Iván, como todos creen. A Vicky no le queda más remedio que contarle a la nueva sus motivos y juntas investigan si son ciertas sus oscuras sospechas acerca del profesor. En cualquier caso, será el último robo en el cuarto de Mateo, que ha cambiado la cerradura cortando así el acceso de los chicos al desván y a la caja fuerte.

Por fin ha llegado el nuevo contacto de Fermín, pero después de lo ocurrido el cocinero ya no se fía de nadie. No piensa volver a poner su vida en peligro confiando en alguien que no conoce. Realiza todas las pruebas necesarias para asegurarse de que el recién llegado es quién dice ser. No es el único que desconfía de todo y de todos. Con todo lo que está pasando, Marcos cada vez está más preocupado por la seguridad de Paula. Por eso, ha decidido marcharse con su hermana a vivir a otro colegio.

Iván averigua, a través de una carta de su prima, toda la verdad sobre su pasado, todo lo que sus padres quisieron siempre ocultarle. También Carol ha recibido malas noticias, su madre ha sido ingresada de urgencia en el hospital. Además, se ha enterado de la peor forma: de boca de los periodistas del corazón. Dos crisis familiares que se suman a la situación de Jacinta y Miguel. Ella, tratando de adaptarse a su nuevo papel de abuela y él intentando superar la muerte de sus padres. Miguel está resentido por lo que acaba de vivir.

Las investigaciones de los chicos empiezan a dar sus frutos. Publicaron un anuncio para seguir la pista de las niñas desaparecidas y ahora, por fin, alguien ha respondido a su llamada. También Vicky y Julia parecen haber dado en el clavo con Mateo. El joven profesor llegó a La Laguna Negra huyendo de su pasado, pero las chicas no van a permitir que olvide tan fácilmente lo que hizo. A Fermín, sin embargo, no le va demasiado bien con sus pesquisas. Justo cuando había averiguado cómo abrir la caja fuerte de Alfonso, le han comunicado que su misión en La Laguna Negra ha terminado.

Elsa quiere dar una rueda de prensa para aclarar el incidente con la madre de Carol pero, una vez más, Héctor no está de acuerdo con su decisión. La directora no soporta más la actitud de Héctor, siempre en desacuerdo con ella tanto en lo profesional como en lo personal. Pero Pedro también está harto del comportamiento de Elsa, que siempre ha jugado con él y es la culpable de su ruptura con Amelia. El profesor de deportes ya no aguanta más, está decidido a decirle a Héctor, su amigo de siempre, toda la verdad.

Evelyn está enfadada con Paula. Su amiga se ha empeñado en decir que el gnomo es bueno pero ella cuando le ha visto se ha asustado mucho. Elsa escucha como las pequeñas discuten sobre el encuentro y comprende, por fin, que no es una invención de Paula.

Los chicos ven en el periódico que la jueza Saavedra no se ha presentado a un juicio muy importante que tenía que oficiar. Ha desaparecido para siempre, como las pruebas que guardaban en el desván. Sin embargo, Vicky acaba de recordar que hizo una copia del vídeo de Cayetano en su portátil. Es un respiro para todos los chicos excepto para Carolina, que últimamente es comporta de una manera muy extraña.

Los chicos descubren que el lienzo que encontraron en los pasadizos, dentro de la mochila, es el Tríptico de la Epifanía del Bosco, una obra de enorme valor tanto histórico como económico. Además, vuelven a bajar a los pasadizos a intentar averiguar cómo llegó allí esa pieza de tanto valor.

También están seguros que el símbolo que Paula vio allí abajo, en una de las puertas oxidadas de los pasillos, es una de las claves para resolver el misterio del colegio.

Mientras, los padres de Evelyn han decidido separarse y la pequeña tendrá que asumir que su papá va a rehacer su vida con otra persona y lejos de ella, en otro país. Paula y Evelyn deciden buscar un papá legal para Evelyn, igual que el que tiene Paula. La situación entre Elsa y Héctor es insostenible y se ha convertido en un constante cruce de reproches.

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Los chicos encuentran en el bosque unos viejos columpios de la época del orfanato. Entre los hierros oxidados descubrirán algo escondido, lo que parece ser el último legado de Samuel Espí. Gracias a este nuevo hallazgo podrán saber que, aunque fueron cinco los huérfanos desaparecidos hace años, en realidad eran seis chicos. Uno de ellos, sobrevivió.

Nora ha conseguido encontrar la entrada al desván que hay en el tejado. Allí hay, a sus ojos, un sinfín de tesoros, de pistas para su investigación: allí está la película de super-8, la lista con los nombres de los huérfanos desaparecidos y, sobretodo, la llave en forma de zeta.

También Héctor acaba de hacer un enorme descubrimiento: gracias a Paula ha podido descifrar las claves encriptadas que Irene Espí escribió en el Príncipito, su libro preferido. Las adivinanzas que la pequeña practicaba siempre con su mamá, se han convertido ahora en el código necesario para descifrar los mensajes encriptados.

Por otra parte, Javier Holgado sigue haciendo de las suyas a Paula y Evelyn aunque, esta vez, las pequeñas van a contar con la ayuda de un inesperado aliado, Miguel, que ha amenazado a Javier con tomar cartas en el asunto si no las deja en paz. Paula está encantada con su nuevo defensor, al que empezará a ver con otros ojos.

Héctor ha pasado la noche en vela junto a Marcos, que se recupera de su intento de suicidio en la habitación de un hospital. En realidad, Marcos nunca pretendió suicidarse y todo forma parte de un plan para salir del internado sin levantar sospechas y encontrarse en el hospital con alguien que promete darle información sobre su madre. Pero Marcos no sabe con quién tiene que hablar, ni tampoco sabe que, en su ausencia, Amelia ha vuelto al internado.

Bordado en uno de sus viejos pantalones, Lucas encuentra el número de teléfono de su madre, que se lo cosía en la ropa por si se perdía. El niño se muere de ganas por llamar a su madre pero no lo hace, pues su padre se lo tiene prohibido. Paula y Evelyn, que ven sufrir a su amigo, encuentran la manera de llamar sin que su padre se enfade. Mientras, la Guardia Civil llega al colegio preguntando por un coche abandonado, el coche en el que llegaron Martín y Lucas, a los que la policía busca desde hace tiempo.

Mientras tanto, Noiret activa sin querer una peligrosa cuenta atrás al entrar en el ordenador de Mateo: si no mete en el ordenador la clave necesaria antes de 24 horas, todo su contenido se reenviará automáticamente a la policía.