Red informe l'équipe que "l'Alchimiste" (un homme qui manipule la science pour transformer l'ADN d'une personne) a été engagé pour protéger un indicateur bien connu de la mafia et sa femme. Comme l'équipe agira sous couverture pour l'attraper, Liz se retrouve dans la poursuite pour un couple improbable. Au même moment, Liz et Tom se retrouvent à nouveau en conflit et Ressler se demande s'il doit oui ou non donner sa bénédiction à son ex-petite-amie...

Après une récente recrudescence des enlèvements de bébés et de leur mère, Red informe Liz que "l'Agence Cyprus" est l'organisation responsable, enlevant les enfants pour alimenter un réseau d'adoption illégal. Pure coïncidence, Liz et Tom envisagent l'adoption ce qui encourage Liz à retrouver le PDG des organisations, Owen Mallory...

Liz aide Tom à aller aux termes de leur tentative d'adoption pendant que Red révèle qu'une femme de son passé, Madeline Pratt, est la nouvelle cible sur la Blacklist. Pendant ce temps, lors d'une fête organisée à l'Ambassade syrienne, Red convainc Liz d'arrêter un hold-up secret...

Lorsqu'un célèbre procureur est retrouvé après 12 ans de disparition, Red croit que cela est l'oeuvre de Ruth Kipling aussi connue sous le pseudonyme "Le Juge". Considérée comme un mythe, le Juge dirige une procédure d'appel clandestine dans laquelle les juges qui ont emprisonné et puni à tort des innocents, sont jugés et punis à leur tour. Pendant ce temps, Red enquête sur la femme qui s'est rapprochée de Tom durant la conférence des professeurs à Orlando...

La prochaine cible sur la Blacklist est un des anciens associés de Red, le seigneur du crime Mako Tanida. Après que Tanida se soit échappé de prison, il cherche à se venger. Par ailleurs, Tom affronte Jolene après qu'elle ait interférée avec sa mission...

Lorsqu'un nouvel atout de cyber-défense est volé, tous les indices mènent à un cyber-terroriste russe se faisant appeler "Ivan". Avec l'assistance de Red, Liz découvre une tentative d'étouffer l'affaire. Pendant ce temps, une nouvelle preuve qui entoure la disparition de Jolene aide à dénouer une partie du mystère caché derrière Tom...