Les élèves de la Royal Academy doivent réalisé un projet par équipe de deux. Sofia ne connait pas encore sa partenaire, la princesse Viviane, et Ambre et ses amies lui des rumeurs lugubres à son sujet. Quand Sofia se rend chez Viviane pour travailler sur leur projet, elle se rend compte qu'elle juste d'une timidité maladive et va tout faire pour l'aider à sortir de sa coquille.

Un concours du meilleur animal domestique se prépare et Sofia rêve de montrer sur le char de parade du gagnant. Elle propose à Clovis de participer avec elle, ce qu'il accepte avec enthousiasme. Mais plus le concours approche, plus Sofia a l'impression que pour gagner, elle a besoin d'un animal qui aurait quelque chose de spécial, comme Jeannette la lapine qui siffle.

C'est le moment pour la classe de Sofia de participer à l'Exposition Scientifique Enchantée durant laquelle des projets scientifiques sont réalisés et présentés par groupes de deux. Ambre fait équipe avec le Prince Desmond et James est mis avec Sofia. Quand le roi Roland II leur dit qu'il a toujours rêvé de remporter le trophée du meilleur projet scientifique, les jumeaux deviennent rivaux en promettant que sa propre équipe gagnera la coupe. Les choses se corsent quand les trois équipes travaillant à la bibliothèque du château ont besoin d'un même ingrédient rare et difficile à trouver.

James trouve que la pelouse sur laquelle joue les animaux domestiques, Clovis, Cracky, Fredo et Praline, est trop étroite pour eux. Ambre propose alors de les amener à l'école bien que le règlement l'interdise. Les animaux doivent rester cachés sous les pupitres durant les deux premières heures de cours. Mais lorsque le Professeur Popov s'absente, les animaux sortent de leur cachette dans un grand chambardement et renverse une potion de mixité. Résultats, Clovis et Cracky se retrouvent dans la peau l'un de l'autre, ainsi que Fredo et Praline.

Les bonnes fées doivent s'absenter et Sofia suggère Cédric comme professeur remplaçant. Malheureusement, c'est le jour des farces à l'école de sorciers Hexley Hall et les trois jeunes sorciers qui viennent mettre l'académie sens dessus-dessous sont doués. Cédric se retrouve coller sur une chaise et doit apprendre à ses élèves les formules magiques qui contreront les farces sans pouvoir bouger.

Le tournoi de Dazelball se prépare, Sofia doit décider de l'équipe dans laquelle elle jouera, soit celle du village, soit celle du château...

Zoé vient de rejoindre l'Académie Royale et rêve de se faire des amis. Sur les conseils de Sofia, elle crée un club d'aventures. Mais Ambre se voit refuser le droit d'y adhérer...

Sofia et Ambre invitent la Princesse Kari à participer à un ballet à la nuit des arts de l'Académie royale. Mais la Princesse Kari, qui est en général très douée pour tout, a des difficultés à apprendre les pas...

La princesse Viviane est dans tous ses états et doit déménager. Elle engage alors les amis farfadets de Sofia pour faire croire que le nouveau château est hanté...

Sofia et Vivian trouvent un adorable bébé dragon dans les bois, elles en prennent soin au point de rendre Cracky très jalouse. Mais elles découvrent très vite que ce bébé n'est pas aussi innocent qu'il en a l'air...

Lorsque l'idole de la Princesse Viviane, le célèbre virtuose Baron Von Rocha, repère son talent et décide de lui enseigner l'art de la musique magique, cette dernière commence à tourner le dos à ses amis et à négliger ses responsabilités...

Une nouvelle année scolaire commence. Sofia aide son camarade Desmond à s'épanouir dans sa nouvelle classe...

Sofia se rend au salon des études royales pour choisir l'école dans laquelle elle poursuivra ses études. Mais elle a beaucoup de mal à se décider...

Tizzy accorde un vœu à Sofia et la condamne à revivre indéfiniment un anniversaire désastreux...

Alors qu'elle se prépare à recevoir son diplôme de fin d'études à l'Académie Royale, Sofia est appelée par les protecteurs pour capturer Prisma.