Amano Yukiteru (Primero) es un chico solitario que pasa su tiempo escribiendo en su diario, jugando a los dardos y hablando con un amigo imaginario, Deus Ex Machina. Una mañana se da cuenta que las entradas para todo el día ya estaban escritas en el diario. Más extraño aún, los acontecimientos descritos en el diario empiezan a hacerse realidad. Deus, quien revela que él es Dios, advierte que si pierde o rompe su diario, va a morir. Como comienza a utilizar el diario para su beneficio, es abordado por una acosadora llamada Yuno Gasai (Segunda), otra portadora de un diario del futuro que predice la muerte de Yukiteru a manos de un asesino en serie, quien es a su vez, otro propietario de un diario del futuro (Tercero). Yuno elabora un plan para eliminar a Tercero el cual es exitoso y termina con que Yuki lanza un dardo y destruye el diario de Tercero, causando su muerte. Posteriormente, Deus revela a Yukiteru que ha creado un juego de supervivencia, en el cual ha dado diarios del futuro a doce personas (cada una llamada por un número ordinal). Las reglas del juego son simples, el último que sobreviva será el sucesor de Deus, el nuevo Dios del tiempo y el espacio.

Uryū Minene (Novena), una terrorista y propietaria de un diario del futuro, mantiene como rehenes a todos los alumnos de la escuela de Yuki, incluyéndolo, después de haber minado todo el establecimiento. Mediante la combinación del diario de Yuki para saber todo lo que sucederá alrededor de él, y el diario de Yuno para saber todo lo que le ocurrirá a Yuki, logran evadir el peligro hasta que Uryū amenaza con detonar todas las bombas a menos que Yuki se entregue. Yuki es capturado por sus compañeros de clase, lo cual enfurece a Yuno, haciéndola correr por toda la escuela detonando minas a propósito. Yuki y Uryū son confrontados por Keigo Kurusu (Cuarto), un oficial de policía con un diario del futuro capaz de predecir crímenes. Keigo, el verdadero objetivo de Uryū, revela que no está interesado en el juego y sólo quiere detener a los criminales. Trabajando juntos, Yuno, Keigo y los compañeros de clase de Yuki distraen a Uryū para permitir que Yuki lance un dardo al diario del futuro de Uryū, pero ella lo esquiva, hiriendo a su ojo izquierdo. Uryū escapa usando la habilidad de su diario, mientras que Keigo hace una alianza con Yuki y Yuno para detener al resto de los portadores de diarios.

Keigo envía a Yuki y a Yuno a un parque de diversiones para actuar como cebo para Uryū. Cuando Yuki le pregunta a Yuno por qué ella le sigue a todas partes, ella le recuerda el día en que se conocieron, hace un año. Yuki estaba deprimido por el divorcio de sus padres y, para animarlo, Yuno se ofreció a casarse con él en el futuro. Yuki acepta, pensando que era una broma. Aunque Yuki se da cuenta de que Yuno aún le oculta un secreto, ella se niega a hablar sobre el tema. Esa noche, Yuno invita a Yuki a pasar por su casa. Mientras Yuki buscaba el baño, entra a una habitación en la que encuentra tres cadáveres en descomposición, hecho que cambia drásticamente el futuro de todos los poseedores de diarios. Aterrorizado, Yuki se va corriendo a su casa perseguido por Yuno. Mientras tanto, Uryū tiene problemas para escapar de la policía a pesar de la habilidad de su diario para asegurar rutas de escape. Agotada y acorralada, se le acerca un hombre misterioso que se ofrece a ayudarla; éste la lleva a una cabaña en el bosque. Allí se revela como un propietario de un diario del futuro, drogándola para obtener información sobre los otros poseedores de diarios.

Yuki es incapaz de contarle a alguien sobre los cadáveres que vio en la casa de Yuno, temiendo que ésta se dé cuenta con la habilidad de su diario para saber todo lo que le pasa. Al día siguiente, Keigo, Yuki y Yuno visitan la secta del Ojo Sagrado, lugar donde se encuentra secuestrada Uryū. La líder del culto, Tsubaki Kasugano (Sexta), es la titular del diario de clarividencia, un pergamino que predice el futuro de sus seguidores; éste ha predicho la muerte de Tsubaki para el final del día. Debido a que Yuki ya ha evitado la muerte en dos ocasiones, Tsubaki pide que se quede con ella por la noche a cambio de liberar a Uryū. Yuki acepta, a pesar del resentimiento de Yuno. Por la noche, los seguidores de Tsubaki caen bajo el control mental de Yomotsu Hirasaka (Duodécimo), quien había capturado la noche anterior a Uryū. Los seguidores hipnotizados comienzan a perseguir a Yuki y Yuno. Yuno toma un hacha y asesina a varios seguidores, además de ponerle un ultimátum a Yuki: unírsele y alejarse de Tsubaki o morir.

Yuki toma a Tsubaki y escapa junto a Yuno, sin embargo, Duodécimo aparece junto a cuatro personas más hipnotizadas y vestidas como él. Yomotsu explica que su diario lo llevó a infiltrarse en la secta y que su intención es matar a Sexta con una bomba de Uryū. Keigo informa a Yuki que Duodécimo es ciego, por lo que Yuno se las arregla para tenderle una trampa y matarlo. Luego, Tsubaki captura a Yuki y Yuno, revelando que su plan era matarlos junto a Keigo y a Duodécimo. Debido a su pasado, víctima de violaciones sexuales como ritual de la secta, Tsubaki quiere convertirse en la sucesora de Deus para cambiar el mundo. Yuno se las arregla para matar a sus captores, cortando la mano derecha de Tsubaki. Yuno entrega su diario a Yuki antes de ser atrapada otra vez. Usando la combinación de ambos diarios, Yuki puede sobrevivir hasta que Tsubaki informa a través de los altavoces que sus seguidores violarán a Yuno si él no sale de su escondite. Yuki reúne valor y sale al encuentro de Tsubaki y sus seguidores (Yuki llega justo a tiempo para salvar a Yuno). Como el diario de la Sexta sólo puede predecir el futuro mediante sus seguidores, Yuki lanza al aire una pelota que había encontrado hace un rato, haciendo que todos ellos fijen la vista en un mismo punto, lo que hace que el diario de Tsubaki resulte inútil. Yuki lanza un dardo hacia el diario de la Sexta, y éste, al desvanecerse, lleva a Tsubaki a la muerte. Yuki y Yuno escapan; mientras Uryū es capturada por Keigo, quien la deja libre a cambio de su e-mail.

Sabiendo mediante su diario que la mamá de Yuki irá a casa, Yuno entra a la casa de Yuki para limpiarla y preparar todo para su llegada. A pesar de los esfuerzos de Yuki para evitar el encuentro, su madre y Yuno se conocen y pasan un buen rato juntas. Esa noche, Yuno revela a Yuki que su diario predice que ellos "estarán juntos" (se acostarán juntos) el 28 de julio, por lo cual ella hará todo lo posible porque eso se cumpla. Al día siguiente, la madre de Yuki trae a casa a Reisuke Houjou, un chico cuyos padres fueron asesinados el día del incidente en la secta del Ojo Sagrado. A pesar de su corta edad y su conducta precoz, Reisuke es dueño de un diario de futuro (Quinto), y planea asesinar Yuno.

Reisuke trata varias veces de matar a Yuki y Yuno, pero ambos se dan cuenta rápidamente de sus intenciones, descubriendo que es un portador de diario. Yuki comienza a buscar el diario de Reisuke para romperlo, mientras que Yuno insiste en que matarlo directamente sería más rápido. Mientras Yuno persigue a Reisuke con un martillo, golpea en la cabeza a la madre de Yuki. Yuno se percata que Reisuke se ha enviado su diario a sí mismo por correo para evitar su hallazgo y Yuki intenta quitarle el diario a Reisuke cuando éste lo recibe, pero cae en una trampa de gas venenoso que estaba escondido en el sobre. Reisuke decide iniciar un juego del escondite, en el cual promete entregar a Yuno el antídoto del veneno si ella puede encontrarle dentro de la casa. Yuno evade las perspicaces trampas ideadas por Reisuke, sin embargo, al final cae en una de ellas y es electrocutada. Yuki, hasta ahora encerrado en una habitación alejada del gas, sale de su escondite e interviene, hiriendo a Reisuke con un dardo. Yuno, con muy pocas energías restantes, logra clavar un cuchillo en el cuerpo de Reisuke, asesinándolo. Éste le entrega el antídoto, pero debido a su estado no puede llegar hasta Yuki. Más tarde, Uryū llega a la casa advertida por Keigo y encuentra a ambos cuerpos inconscientes en el piso. Ésta le inyecta el antídoto a Yuki, diciéndole antes de irse que no confíe en Yuno.

Deus convoca a una reunión a los ocho titulares de diario supervivientes, uno de los cuales solicita la transferencia de propiedad de su diario. Dos semanas después de la desaparición de Reisuke, Yuki y Yuno son trasladados a una nueva escuela, mientras que una serie de asesinatos brutales han estado aterrorizando a los habitantes de la zona. Después de la escuela, Yuki y Yuno se cuelan en una de las escenas del crimen con los compañeros de clase de Yuki: Hinata, Mao y Kousaka. Cuando Hinata se aleja, el diario de Yuki predice que ella va a ser atacada. Yuki y los demás se apresuran para llegar a la escena, donde encuentran el cuerpo de Hinata ante un grupo de perros rabiosos. Un extraño muchacho llamado Akise Aru aparece y los conduce a todos a un edificio cercano. Aru explica que él es uno de los compañeros de Yuki y que ha estado investigando los extraños sucesos en los que Yuki sigue viéndose involucrado. A pesar de que Yuno desconfía de todo el mundo, Yuki decide revelar la existencia de su diario con el fin de defender al grupo de los ataques de la manada de perros. Después de que los perros se retiran de repente, Mao toma el diario de Yuki a punta de cuchillo y se lo da a Hinata, que resulta estar viva y bien. Hinata revela que ella es la portadora del Diario del Criador, y que su verdadero objetivo es Aru, a quien ella revela asimismo como un portador de diario.

En un flashback, Hinata recibe el Diario del Criador de su padre, un criador de perros, que desea que ella elimine a Aru. Cuando Hinata reclama el diario de Aru, este la reta a adivinar en qué mano está escondiendo una moneda, poniendo su diario como premio. A pesar de utilizar el diario de Yuki, Hinata pierde y se ve forzada a liberar Yuki. Yuno, sin embargo, se da cuenta de que Aru no es dueño de un diario del futuro, sino que cuenta con un farol y la observación en su lugar. Sin inmutarse, Aru propone una ronda más de su juego, basándose en el diario de Yuki. Con su intención de decirle a Yuki que perdió, no importa cuál sea el resultado, Aru logra neutralizar diario de Yuki, ya que sus predicciones se basan en la percepción de Yuki. Con el juego reducido así a una apuesta 50/50, Aru logra adivinar correctamente. Mao intenta destruir el diario de Yuki, pero Yuno la hiere. Yuki, Yuno, Aru y Kousaka salen del parque, mientras que Hinata usa su diario para enviar a la manada de perros tras ellos. Yuki decide regresar junto a Hinata y tratar de razonar con ella y salvar la vida de Mao, pero Yuno llega primero y amenaza con matarla, así como a cualquiera que intente interponerse entre ella y Yuki. Para tranquilizar a Yuno, Yuki se ve forzado a proclamarla como su novia. El padre de Hinata se comunica con todos ellos a través de radio, explicando que él confundió con Aru con un portador de diario y advirtiendo a Yuki sobre Keigo antes de ser asesinado por este.

Mientras fabrica bombas para Keigo, Uryū recuerda el momento en que fue capturada por un detective llamado Nishijima cuando se enfrentaba al Tercero. A pesar de entenderse bien mientras evaden y derrotan al asesino, Uryū termina golpeando al detective para escapar. Aru arregla una cita para que Yuki y Yuno vayan a una feria nupcial, donde se encuentran a la esposa de Keigo. Mientras tanto, Aru investiga la casa de Yuno. Cuando Yuki y Yuno vuelven, se encuentran a Aru en la puerta de la habitación de los cadáveres. Sin embargo, el muro ha sido derribado y los cadáveres enterrados en un profundo hoyo en el jardín de Yuno. Aunque todo fue obra de Yuno, ella no recuerda nada sobre ese suceso, ni sobre otra vez que Yuki visitó su casa. Aru teoriza que el equilibrio mental Yuno es tan frágil que modificó sus propios recuerdos como mecanismo de defensa. Mientras tanto, Keigo incrimina injustamente a Yuki y Yuno como sospechosos del asesinato del padre de Hinata.

En un flashback, Keigo forma una alianza con Uryū, comprometiéndose a dejar de perseguirla y pedirle que cuidara de su hijo enfermo terminal si es eliminado del juego de supervivencia. Yuki y Yuno son arrestados y llevados junto a Keigo. En la sala de interrogatorios, Keigo fuerza a Yuki a jugar a la ruleta rusa con su revólver. Alertada de la traición Keigo por su diario, Yuno golpea a los detectives que la custodian y roba sus armas. Justo antes de que Yuki reciba un disparo, Yuno irrumpe en la sala, hiere a Keigo y se va con Yuki. Presa del pánico, Yuki dispara a uno de los policías los perseguían. Yuki y Yuno han cometido un delito, que puede ser detectado por el diario de la investigación de Keigo, lo que era su plan desde el principio. Atrapados en el techo de la estación de policía, Yuki y Yuno saltan, pero la lona de un camión amortigua su caída. Al día siguiente, Yuki y Yuno se esconden de la policía cuando se dan cuenta de la esposa de Keigo visita a un hospital. Cuando la siguen, caen en una emboscada tendida por Uryū, que hace explotar parte del piso de arriba. Después de que Yuki cause un accidente, Uryū se alía con Yuki a fin de que Yuno tire de ellos y les salve, lo que hace que Keigo se ponga furioso. Con su muerte anunciada en los tres diarios, Uryū lleva a Yuki y Yuno a la sala donde están el hijo de Keigo y su esposa.

Mientras la policía rodea el hospital, Uryū toma a la esposa y el hijo de Keigo como rehenes y trata de negociar con él. Sin embargo, Keigo está convencido de la única manera de salvar a su familia es ganar el juego de supervivencia y se niega a negociar. Yuki es capturado por la policía, pero cuando Keigo se apodera de él, Yuno aparece sosteniendo una granada (que previamente Uryū había entregado a Yuki y que se encontraba en el suelo tras el forcejeo). A pesar de que Keigo deja ir a Yuki después de realizar un acuerdo con Yuno, ella decide detonar la granada siguiendo el razonamiento de que preferiría morir para sacar del medio a Keigo antes de que le pasase algo a Yuki. La granada resulta ser una granada de luz, que aturde a todo el mundo. Mientras tanto, Uryū trata de escapar del hospital y es entonces cuando se topa con Nishijima. Ella le cuenta el trato que hizo con Keigo y cómo afecta a Yuki y Yuno, y ambos regresan al interior del hospital. Yuki recupera la consciencia y trata de disparar a Keigo, pero éste usa Yuno como un escudo. A pesar de que su diario predice que va a matar a Yuno si dispara, Yuki se niega a renunciar, proclamando su amor por ella. El futuro cambia de alguna manera y Yuki dispara un tiro limpio a Keigo. Uryū llega con Nishijima, quien pone a Keigo bajo arresto por el trato que había realizado con Uryū en el que prometía darle información confidencial de la policía. Puesto que ya no es un detective, su diario de investigación deja de predecir el futuro. Después de enterarse de que su familia ha sido rescatada, Keigo le pide Uryū que cuide de su hijo, pide disculpas a Yuki y rompe su propio diario, lo que supone su eliminación. Yuki y Yuno están libres de sospecha gracias a los archivos que Keigo dejó atrás, mientras que Uryū se escapa una vez más. Unos días más tarde, Akise Aru envía a Yuki un mensaje de texto advirtiéndole sobre Yuno, pero ella lo intercepta y lo elimina, alegando ante Yuki que sólo era "SPAM".

Cuando Deus da cuenta de que su asistente, Muru Muru, ha manipulado los acontecimientos para acelerar la eliminación de Keigo, ella dice que quiere que el juego termine antes de que él tenga que "retirarse" y lo reta a una apuesta para adivinar el ganador del juego de supervivencia; Muru Muru apuesta por Yuno y Deus, por Yuki. Yuki y Yuno van de viaje para ver las estrellas, pero Yuno altera su destino en el camino. Preocupado por la seguridad de Yuki, Akise contacta con Nishijima y se las arreglan para limitar la búsqueda de Yuki y Yuno a un lugar de vacaciones actualmente en decadencia, con abundantes hoteles vacíos. Después, a petición de Nishijima y Akise, Hinata, Mao y Kousaka se incorporan a la búsqueda. Cuando se separan para buscar en los hoteles abandonados, Akise y Kousaka tienen que hacer frente a varias trampas establecidas por Yuno, mientras que Hinata es engañado por un mensaje de texto enviado por Yuno desde el teléfono de Yuki. Cuando los otros tratar de encontrar Hinata, Yuno les encierra en una habitación que comienza a llenarse de gas. Al final del episodio, se muestra a Yuki encadenado a una silla y a Yuno sentada enfrente entre dos cráneos.

Akise habla con Yuno a través del sistema de vigilancia, revelando que se desenterraron tres cadáveres en su jardín, a dos de los cuales se les había quitado el cráneo recientemente. Cuando Akise amenaza con dar esta información a la policía si no los libera, Yuno altera su memoria de nuevo a causa del estrés, provocando que no los reconozca y se niegue a negociar. Cuando Kousaka usa su teléfono móvil para publicar su testamento en su blog, éste se convierte en un diario del futuro por obra de la poseedora de diario Octava, quien lo llama un "aprendiz". Siguiendo el consejo de Akise, Kousaka hace lo que su diario predice, escapando así por el conducto de ventilación y llegando al puesto de control, donde se encuentra con una Yuno amnésica, un catatónico Yuki y a Hinata atada en el suelo. Su aparición provoca que Yuki comience a recuperarse, recordando cómo había sido secuestrado por Yuno con el fin de mantenerlo a salvo hasta el 28 de julio. Yuno coloca la llave de las cadenas de Yuki en el suelo y lanza a Kousaka la llave del panel de control, lo que le permite liberar a Akise y Mao. Yuno se aprovecha de la distracción de Kousaka y le dispara con una ballesta de dardos en la pierna. Sin embargo, Yuki, ayudado por Hinata, consigue coger la llave del suelo y liberarse, desatando luego a Hinata y ayudando a Kousaka. Yuki deja a Yuno, y se marcha con Hinata, Kousaka, Akise y Mao; en ese momento su diario predice la inminente llegada de los tres nuevos titulares de diario, todos aprendices de la Octava.

Akise deduce que el diario de la Octava es un servidor de hosting y que envía las predicciones de los blogs de sus aprendices. Cuando el diario de Yuki predice un ataque de tres aprendices, Akise le traslada a la mansión de Kousaka. Su plan es atraer a los aprendices para, a continuación, desactivar la torre telefónica, cortando así su conexión con el servidor de la Octava. Sin embargo, una vez que comienza el ataque, Yuno aparece y corta la electricidad que permitía acceder a la torre por control remoto, con la intención de defender a Yuki por sí misma. Akise y Kousaka se van aprisa para desactivar la torre manualmente, mientras que Yuki mantiene a Yuno atada de manos para que no pueda cometer imprudencias. Dos de los aprendices de la Octava, Marco Ikusaba y Mikami Ai, hieren a Hinata y Mao y logran acorralar a Yuki y Yuno justo en el momento en el que Akise desactiva la torre. Sin embargo, Marco y Ai revelan que son también portadores y dueños de dos diarios del futuro, los Diarios Intercambiables de los Enamorados, que han quedado intactos. Sin ninguna otra opción, Yuki suelta a Yuno, que intimida a la pareja hasta que se retiran. Cuando el tercer aprendiz prende en llamas la mansión, Marco y Ai contraatacan después de haber sacado del lugar a Hinata y Mao para salvarlas. La capacidad de sus diarios para predecir las acciones el uno del otro abruma a Yuno, resultando heridos ella y Yuki. Después de eso, Ai y Marco se llevan los diarios de Yuki y Yuno. Mientras Yuki y los demás se encuentran recuperándose en el hospital, aparece la Novena, Uryū.

Akise deduce que si Marco y Ai no han destruido los diarios de Yuki y Yuno es porque quieren sacar provecho de la información que proporcionan. Con el fin de confundirlos, Uryū aporta información falsa a Yuki. El padre de Yuki lo visita en el hospital, y ambos comienzan una especie de competición arbitrada por Uryū. Pero cuando Yuki acaba la última prueba y, mientras está descansando, su padre busca en la habitación el teléfono de Yuki. Yuno escucha a escondidas que él ha prometido destruir el teléfono de Yuki a cambio de la cancelación de la deuda sustancial que tiene y se da cuenta que el padre de Yuki está siendo utilizado por la poseedora del diario Undécima. Marco, que se ha enterado de todo mediante el diario de Yuki, considera al padre de Yuki como un vínculo útil para Uryū y la Undécima y llama a Yuno, exigiendo que lleven al padre de Yuki a una torre comercial abandonada. Una vez que llegan, Marco golpea al padre de Yuki y deja los teléfonos de Yuki y Yuno sobre una mesa. Yuki trata inútilmente de pelear con Marco para recuperarlos y, mientras, el padre de Yuki se acerca a la mesa y rompe el teléfono de Yuki. Sin embargo, nada sucede. Yuno, quien se dio cuenta de que los teléfonos eran falsos, ataca a Ai y recupera con éxito los diarios, escondidos en el ramo de flores que Ai portaba. En ese momento, el aprendiz amigo de Marco y Ai pone en marcha los explosivos. El piso de debajo de Yuki se derrumba por lo que Yuki se va a caer y su padre y Yuno van a agarrarlo. Mientras tanto, Nishijima ha descubierto la identidad de la Octava, una cuidadora de niños llamada Ueshita Kamado, y se va a registrar su casa.

En un flashback, Marco y Ai son niños abandonados que se encuentran en la torre comercial, crecen en orfanatos y finalmente se enamoran. Yuki decide tomar la mano de Yuno, mientras que Marco y Ai corren junto con el padre de Yuki hacia el techo de la torre que está a punto de desmoronarse, con la intención de saltar usando un paracaídas. Yuno les alcanza y una vez más, trata de luchar sola contra ellos, mientras que Yuki se esconde y trata de ayudarla con las predicciones de su diario. Yuno pierde y le arrebatan su teléfono, pero resulta ser un señuelo para Marco y Ai, distrayéndolos con predicciones falsas. Como resultado, Yuno se las arregla para herir críticamente Ai. El padre de Yuki coge uno de los dos paracaídas y escapa de la torre, pero se encuentra con la madre de Yuki, que ha sido informado de la situación por Nishijima. Cuando ella lo amenaza con entregarle, él la apuñala. Yuki, Yuno y Ai, ya moribunda, se encuentran atrapados en los escombros, pero Marco intenta liberar a Ai a pesar de haber sido mortalmente herido. Con la ayuda de Yuki y Yuno, quitan los escombros y Marco y Ai mueren juntos al derrumbarse la torre. Yuki y Yuno escapan usando el segundo paracaídas y, al llegar a tierra firme, descubren que la madre de Yuki ha muerto. Mientras tanto, Nishijima ha sido incapaz de encontrar el servidor de Diario de Kamado.

En un flashback, se revela que Yuno asesinó a sus padres, que solían castigarla con dureza por no cumplir con sus altos estándares de exigencia. Después de enamorarse de Yuki, ésa se convirtió en su única razón para vivir. Yuki pide a Deus que traiga a su madre de vuelta a la vida, pero él le dice que está débil y sus poderes han desaparecido. Por otra parte, a menos que su sucesor se determine en breve, toda la existencia se derrumbará. Cuando el padre de Yuki vuelve a casa, Yuki, que sabe que mató a su madre por medio de su diario, exige que se entregue. Sin embargo, su padre le dice que no tiene pruebas que lo demuestren. Al día siguiente, Yuki va tras su padre, esperando lograr la evidencia que necesitaba. Sin embargo, resulta que el padre de Yuki quería visitar el lugar donde su familia iba a ir a mirar las estrellas antes que la policía le arrestase. Yuki se reconcilia con su padre, y entonces son emboscados por agentes de Undécimo que asesinan al padre de Yuki. Enfurecido, Yuki se defiende y se las arregla, con la ayuda de Yuno (que aparece de pronto), para matar a los atacantes. Después, Yuki declara que está decidido a ganar el juego de supervivencia con el fin de alcanzar el poder para resucitar a sus padres. Cuando le dice a Yuno que eso significa que tiene que matarla, ella calmadamente le responde que está dispuesta a morir por él en cualquier momento.

El alcalde de la ciudad, John Balks, está en una junta con algunos senadores donde finge para que den la orden para cerrar el orfanato de Kamado. El entonces atiende a la junta de Deus, donde Yuki y Yuno dedujeron su verdadera identidad, exponiéndolo como el undécimo dueño de diario. Uryū pasa esta noticia a Nishijima, quien revela que ha sido asignado como el guardaespaldas de Balks y que descubrió que Yuno era adoptada. Yuno menciona que Balks quiere tomar el diario del servidor de Kamado, así que Yuno y Yuki forman una alianza con Kamado. Yuki, Yuno, Kamado y sus aprendices de diario emboscan el coche de Balks sobre un condado mientras viajaba, pero Balks rompe las conexiones al servidor de Kamado. Yuki y Yuno, quienes anticiparon esto, traicionan a Kamado y sacrifican a sus indefensos aprendices. Kamado escapa en el coche de Balks, mientras Yuki Y Yuno los persiguen. Cuando Yuki y Yuno acorralan a Balks y a Kamado, Uryū aparece con Aru. Aru revela que pudo recuperar el cordón umbilical de Yuno del orfanato y que es igual al ADN del tercer cadáver, significando que la verdadera Gasai Yuno está muerta y la Yuno que Yuki conoce actualmente es una impostora.

A pesar de la revelación de Aru, Yuki declara que confía en Yuno. Balks conecta el servidor de Kamado a HOLON III, una supercomputadora con la cual convertirá a todos los usuarios de la ciudad en aprendices de diario. Uryū trata de atacar a Balks, pero su diario le voltear los papeles. Nishijima, quien ha caído enamorado de Uryū, va hacia ella para ayudarla a destruir la supercomputadora. Sin embargo, esto solo apaga una parte de la misma, y Balks planea ponerla en movimiento. Aru envió a Hinata, Mao y a Kousaka para ayudar a Uryū y a Nishijima a destruir las partes restantes de HOLON III, Uryū descifra que el diario de Balks puede leer las predicciones de todos los otros diarios del futuro. Deus le revela a Uryū que Balks lo ayudó a diseñar los diarios de futuro, deseando conceder el divino poder a la raza humana. Uryū, Nishijima, Hinata, Mao Y Kousaka atormentan el lugar donde esta HOLON III, sobre escribiendo las predicciones de sus diarios para confundir a Balks. En respuesta, Balks usa el diario que hizo para su secretario y dirige la captura de Hinata , Mao y Kousaka. Mientras tanto Uryū y Nishijima tratan de escapar pero varios policías los atrapan en las escaleras y les disparan pero Nishijima protege a Uryū muriendo en el acto, cuando estaban por dispararle a Uryū, Yuki aparece y la salva diciendo que la uso como cebo para llegar a Balks.

Yuki y Yuno causando estragos entre los escombros, demandan que Balks libere a sus amigos y se suicide. Balks se encierra en la bóveda del banco los padres de Yuno, que solo puede ser abierta por el, por los padres de Yuno y la verdadera Yuno. Uryū, se da cuenta que Yuki no podrá eliminar el solo a Balks, y comienza a cazarlo, cuando lo encuentra le dice como ella perdió a sus padres en el medio este cuando era niña y creció bajo la constante amenaza de morir. Al mismo tiempo, Yuno libera a los amigos de Yuki y después se dirige a matar a Kamado pero Aru la detiene. En un tenso enfrentamiento entre Uryū y Yuki, cuando esta por dispararle a Yuki se ve a sí misma cuando era una niña indefensa, después Yuki aprovecha y le dispara. Al no poder abrir la puerta Yuki comienza a desesperarse pero en ese momento aparece Uryū diciendo que ella destruirá la puerta con una bomba que está conectada al pulso de su corazón, una vez dentro de la bóveda destruye su diario y la bomba explota pero la puerta no recibió ningún daño. Cuando Yuno llega le dice a Yuki que vaya a destruir el ordenador HOLON III, de alguna manera Yuno se dirige a la puerta y logra abrirla matando a Balks. Unos pocos días después, unos vórtices oscuros comenzaron a aparecer en la ciudad. En el reino de Deus, Muru Muru entra en pánico al ver que el fin del mundo comenzó antes de lo esperado, cuando Kamado aparece con Aru, quien le pregunta a Deus si realmente es posible para su sucesor poder regresar el mundo como era antes.

Sorprendido por la respuesta de Deus, Aru intenta decírselo a Yuki, pero Deus lo detiene. Deus revela que Aru es una entidad creada por él para observar y grabar información sobre el juego de supervivencia y comienza a desintégralo, prometiendo que lo dejara si puede probar si ha hecho cualquier cosa fuera de su voluntad. Aru tiene éxito cuando revela que Kamado convirtió su diario en un diario de aprendiz, deseando cambiar el futuro y salvar a Yuki. Mientras Yuki y Yuno se aproximaban al departamento de Aru para matar a Kamado, ellos son detenidos por Aru. Yuno comienza a pelear con Aru, mientras Yuki persigue a Kamado y a sus amigos. Cuando el corre tras Hinata, ella le dice a Yuki que Aru ha aprendido mucho de Deus: incluso con el poder divino concedido al ganador del juego de supervivencia no podría traer de vuelta las almas de los que han muerto. Mientras tanto, Yuno quien ha sido acorralada por Aru, se apuñala y llama a Yuki, engañándolo diciéndole que todos lo están engañando. Yuki mata a Hinata, Mao y a Kousaka, creyendo que puede traerlos de vuelta a la vida después. Aru alcanza a Yuki y le avisa que Yuno planea matarlo. Yuno se para frente a Yuki y Aru cuando Aru toma a Yuki y lo besa. Aru toma un tubo y comienza a pelar con Yuno. Aunque Aru rompe el diario de Yuno, ella no se desvanece; Yuno saco un segundo celular de su bolsa, aclamando que el primero era falso, y corta la garganta de Aru. Después encuentra a Kamado y la mata. Aru agonizando sabe que el diario que el destruyó era real, de repente tiene una epifanía sobre Yuno. Como no puede hablar ya que su garganta fue cortada Aru escribió un mensaje en su teléfono y se lo muestra a Yuki ("Yuno ya fue Dios una vez."), permitiendo a Yuno terminar con él, y al mismo tiempo Deus colapsó.

Después de la muerte de Akise, Muru Muru guarda un cristal para mantener con vida a Deus hasta el 28 de julio. Mientras, Yuki y Yuno van a vivir a la casa de ella para esperar el fin del mundo. Al pasar los días, Yuki se decide a demostrarle a Yuno que la ama y un día antes del fin del mundo ambos tienen relaciones sexuales, adelantando así los sucesos que acontecerían al día siguiente. Cuando estaban en la cama, Yuki le pregunta a Yuno por qué le mintió respecto al poder de revivir a las personas que han muerto una vez que fuera Dios, a lo que Yuno responde que no quería verlo triste después de todo lo que había pasado. Una vez aclaradas sus dudas, Yuki se pregunta en voz alta la razón del mensaje que Akise le mostró antes de morir, el cual decía que Yuno ya se había convertido en dios una vez. Al escuchar esto, Yuno saca un hacha y trata de matar a Yuki, diciendo que por lo menos quería pasar un día feliz con él. Yuki sale corriendo del cuarto y va hacia la habitación en la que estaban los cadáveres de los padres de Yuno, con el fin de salir al jardín. Cuando logra salir, Muru Muru aparece y lo empuja dentro del agujero. Mostrándole una visión del pasado, Muru Muru le explica a Yuki que él y Yuno habían sido los últimos supervivientes del juego desarrollado en el primer mundo y que trataron de cometer doble suicidio drogándose al no poder matarse el uno al otro. Sin embargo, Yuno no se muere con las drogas y reclama su lugar como Dios con el fin de poder revivir a Yuki. Cuando se da cuenta que no puede traer de vuelta el alma de Yuki, hace una petición y regresa en el tiempo para poder estar con él. Una vez que Yuno regresa al pasado, mata a su otro yo de ese momento, lo que explica por qué el esqueleto que estaba junto al de los padres de Yuno era la propia Yuno (tal y como había averiguado Akise). Finalmente, después de ver las visiones del pasado, Yuki sale del agujero junto con Muru Muru y se dispone a enfrentar a Yuno.

Yuno pensó al final decirle adiós a Yuki, para buscar al de ese tercer mundo y permanecer con él. La ambulancia que pidió Yuki llegó a la casa de Yuno, junto con su padre, el cual es apuñalado por Yuno momentos después de haber llegado. Minene abandona a Yuki a la a Yuno del tercer mundo. Yuki se da cuenta de que Yuno lo persigue con ayuda de su diario Yukiteru. Yuno finalmente aparece en la escuela tratando de matar a Yuki con ayuda de Murumuru. En las afueras, se encuentra Minene hablando con Keigo avisándole sobre la enfermedad del corazón de su hijo. Un DEAD END aparece para Yuki en su teléfono, avisando que será apuñalado por Yuno. Yuki va tras el diario de Yuno para que esta no pueda cambiar el futuro de nuevo, y ella al darse cuenta de que va por él, le lanza un cuchillo, su predicción de muerte avisaba que moriría por uno, pero este falla. Mientras tanto, Minene y Murumuru luchan en el aire. Al ocurrir explosiones en la escuela, todos los dueños de diarios, aun vivos, se dan cuenta de estas, al igual que el resto de la ciudad. Yuno ha lanzado una esfera hacia Yuki, pero en vez de acabar con su vida, lo encierra en una realidad en la que Yuno no existe, donde Yuki no puede decir su nombre y donde él tiene todo lo que el quería. Cuando Yuno cierra la esfera finalmente, aparece Minene arrastrando a Murumuru del pelo. Yuno finalmente libera a Murumuru de los sellos que le dio Deus Ex Machina, que le impedían usar sus poderes completa y libremente, volviendo a la lucha con Minene. Minene pierde la lucha, y uno de sus brazos. Al final se aprecia a la Yuno del tercer mundo en medio de un salón semidestruido.

Yuki aún está atrapado en el mundo que Yuno creó para que él pudiera vivir feliz. Y al haber retirado todo obstáculo se propone a matar a su yo del tercer mundo, para así comenzar de nuevo el juego de Deus al lado del Yuki de ese mismo mundo, en esos momentos Keigo Kurusu hace su aparición para saber a que se debía tanto alboroto en la escuela de la ciudad Sakurami, éste se encuentra con Yuno discutiendo con su otro yo, Yuno finalmente decide terminar con la vida de su doble pero su intento se ve frustrado al aparecer el padre de Yuno del tercer mundo, quien la protege de ser apuñalada; Keigo al ver esto le dispara a la Segunda, pero Muru Muru del segundo mundo logra liberarse del sello de su yo del primer mundo, protegiendo así a la Segunda de morir. Paralelamente Yuki del segundo mundo sigue luchando por recordar su pasado, más específicamente, el nombre de la chica de su supuesto sueño. La conmoción creada por la batalla de la Novena y Muru Muru del primer mundo; así como las acciones del Primero, provocan que el futuro de los demás usuarios del diario se distorsione, creando así una paradoja irreparable a tal grado que el juego de supervivencia no se lleve a cabo en este mundo. Finalmente Yuki logra recordar el nombre de la chica (Yuno) rompiendo así la ilusión en la que estaba inmerso, tras esto, él aparece justo donde Yuno y mantienen una última conversación, en donde Yuki desea que Yuno se convierta en Dios; pero está, se rehúsa a asesinarlo y toma la decisión de suicidarse, haciendo a Primero el ganador del juego de supervivencia. Al final del episodio se observa el epílogo de los usuarios y demás personajes del tercer mundo, teniendo en su mayoría, la vida que siempre quisieron: "HAPPY END" incluidos Yuno y Yukki. Sin embargo el Yuki del segundo mundo, ya convertido en Dios, pierde el interés sobre todas las cosas tras la muerte de Yuno del segundo mundo, a tal grado de dejar que su mundo sea destruido y quedarse mirando su diario durante diez mil años, aun con las esperanzas de poder ver a Yuno nuevamente, y es entonces cuando su diario aleatorio predice que está aparecerá para visitarlo. Al final del episodio, en la parte donde se anunciaba el título del siguiente episodio, aparece un cartel que dice "Next Project" (Siguiente Proyecto).