Yukiteru Amano ist nun im zweiten Jahr der Highschool. Sein Problem: Es fällt ihm schwer, Freunde zu finden. Geplagt von der Einsamkeit, schreibt er seine Erlebnisse in sein „Handy-Tagebuch“. Sein einziger Freund ist ein imaginäres Wesen namens Deus Ex Machina, das ihm eines Tages erzählt, dass er der Herrscher von Raum und Zeit ist. Deus X Machina modifiziert Yukiterus Handy so, dass es nun Ereignisse anzeigt, die in der Zukunft stattfinden werden. Als Gegenleistung muss er an einem „Spiel“ um Leben und Tod teilnehmen, dessen Gewinner der neue Nachfolger von Deus X Machina sein wird.