L'unité Cyclops de Zeon est envoyée en Arctique pour empêcher le lancement vers l'Espace d'un prototype de Mobile Suit Fédéral.

Alfred Izuhara, un enfant de la colonie Libot de Side-6 rencontre Bernard Wiseman, pilote de Zeon membre de l'équipe Cyclopes qui s'est crashé sur la colonie suite à une défense de la Fédération.

Avec l'aide d'Alfred, l'équipe Cyclopes parvient à faire acheminer en contrebande les pièces d'un prototype de MS de Zeon, le Kämpfer.

L'équipe Cyclope attaque la base Fédérale implantée sur Libot pour tenter de détruire le RX-78NT-1 Gundam Alex, construit secrètement sur place.

Suite à l'échec de l'assaut de l'équipe Cyclope et la mort de quasi tous les membres à part Bernard, ce dernier est informé de son commandement que Zeon va lancer un assaut nucléaire contre la colonie si le Gundam n'est pas détruit.

Dans une ultime tentative de détruire le Gundam, Bernard et Alfred mettent en oeuvre un plan tout en réparant le Zaku pour tenter d'éviter le pire pour la colonie.