霊峰富士の裾野に広がる武應学園塾にやってきた柳生宗朗は、徳川と反目する真田幸村、後藤又兵衛と出会う。だが二人を捕えるため徳川生徒会の風紀委員長、服部半蔵が乗り込んできて、追い詰められてしまうことに…。

空から舞い降りた少女“柳生十兵衛”は襲いくる服部半蔵を一蹴するが、その場に倒れてしまう。トドメをさそうとする半蔵を生徒会副会長、徳川千が静止する。だが目覚めた十兵衛は、先ほどとは別人のようだった…。

体の一部に剣姫（マスターサムライ）の証拠である“しるし”を持っていた十兵衛。だが覚えているのは自身の名前と宗朗が“お兄ちゃん”であるということだけ。宗朗達は十兵衛が何者であるのか、計りかねていた…。

“十兵衛は宗朗とキスを交わすことで剣姫になる”驚きの事実が判明すると、千姫は宗朗に無闇にキスしないようにと厳命を下す。だが、幸村は剣姫を生む力を封印するのは間違いと異を唱え、宗朗にキスを迫るのだった…。

突如、道場を襲う轟音。巨大なハンマーが門を破壊する。そこには“愛”の文字が入ったハンマーを携えた幸村の幼なじみ、直江兼続がいた。横柄な態度の幸村に襲いかかる兼続だが、剣姫となった幸村には歯が立たず…。

神隠しの首謀者が、生徒会長の徳川慶彦ではないかと疑う宗朗と千姫。その真偽を確かめるべく、徳川家の別荘に向かう二人。皆を巻き込まないよう秘密裏に旅立とうとするが、あっさりと見つかり結局、皆で行くことに…。

別荘から戻った宗朗たち一行。道場の犬小屋には兼続がおり、犬小屋を拠点とし宗朗の動向を監視すると宣言。兼続をなんとなく受け入れる宗朗たちだが、持ち帰った徳川家のデータのなかに不審な音声データを発見する…。

徳川慶彦の思惑、謎の敵の襲来、柳生道場の危機に対応するため、幸村と千姫は、半蔵と又兵衛に宗朗とキスしてマスターサムライになる契りをかわせと命ずる。しかし乙女心がそうさせるのか、キスには踏み切れず…。

慶彦に捕らわれてしまった宗朗、十兵衛、千姫。幸村たちに、慶彦の進める“イザナミ計画”、そして幸村たちの処刑命令について語るダルタニアン。これを聞いた幸村は自らの身よりも宗朗の身を案ずるのであった…。

かねてより進めていたマスターサムライを人工的に作る計画“イザナミ計画”が成功した慶彦は、宗朗たちを排除しようとする。宗朗を守るため慶彦の前に立ちはだかる十兵衛。そしてダルタニアンもまた同じく剣をとる…。

真の将として覚醒した宗朗は、改めて十兵衛たちと契りを結ぼうとしていたが、十兵衛は真の将との契りによって“自分”という人格は消え、マスターサムライの“柳生十兵衛”の人格だけが残ることに気が付いていた…。