就读东京武侦高中的远山金次，某天在骑脚踏车上学的途中遇到自走式无人炮台的袭击。并通过人工语音得知自己骑的脚踏车只要放慢速度就会引起安装在脚踏车上的炸弹爆炸。金次陷入了空前的危机，但此时突然从天空降下一名神秘美少女亚莉亚，拯救金次脱离危险....

　　亚莉亚要求金次当她的伙伴，但由于金次原本就打算离开武侦，因此加以拒绝。没想到亚莉亚完全不听金次说的话，还说自己要赖在金次的房间不走直到他答应为止。金次搞不懂为什么亚莉亚会如此想跟自己搭档，感到非常困惑。

　　金次答应只跟亚莉亚搭档一次，并久违地出席了强袭科的课程。此时发生一起载有武侦高中学生的巴士，被“武侦杀手”暗中安装炸弹的事件。对“武侦杀手”怀有强烈敌意的亚莉亚，为了救出那些学生而与金次一起出动。

　　金次在街上碰巧遇到亚莉亚，接著又跟着亚莉亚来到拘留所的会客室。被羁押在这里的竟然是，因冤罪而被求刑 864 年的亚莉亚的母亲。亚莉亚想透过缉捕“武侦杀手”，借此换取母亲的减刑。

　　金次与亚莉亚在被劫持的飞机中与“武侦杀手”交战，但由于亚莉亚受伤昏迷只好暂时撤退。虽然亚莉亚靠复活剂恢复意识，但因副作用而持续陷入兴奋状态。金次为了设法让亚莉亚冷静下来，最后亲吻了她。

　　金次与亚莉亚吵架后，独自扛起护卫白雪的任务。白雪因为受到老家的严格管教，被禁止离开学校到外面，但金次为了让白雪能偶尔转换心情而邀请她去参加烟火大会。两人在享受烟火的乐趣后，隔天金次的手机却收到白雪传来简讯向他道别。

　　金次、亚莉亚、白雪三人中了杜兰朵的陷阱，在武侦高中地底的弹药库被各自孤立。虽然后来三人又设法会合在一起，但却遭到假扮成白雪的杜兰朵突袭，抓走了亚莉亚。当金次被逼到走投无路时，真正的白雪在此时出现并用自己的超能力挑战杜兰朵。

　　原本消失不见一阵子的理子，再度回到武侦高中。理子因为被伊素成员“无限之罪弗拉德”夺走了很重要的东西，希望金次与亚莉亚能够协助她。金次为了得到失踪哥哥的消息，亚莉亚则是为了替母亲洗刷冤屈，最后两人决定帮助理子。

　　金次、被理子叫到第七保健室，并在途中的音乐室凑巧遇到贞德。贞德说她进行司法交易，条件是要转学到武侦高中就读。另外，理子也说出她与弗拉德的恩怨。金次与贞德分手后来到第七保健室，但因为听到有女同学进来的声音而临时躲进置物柜……

　　帮弗拉德管理宅邸的人竟然是小夜鸣。金次与亚莉亚进行一番调查后，发现理子母亲留给她的遗物“十字架”被放在地下金库。由于小夜鸣总是待在地下室，让他们无法入侵，于是理子想出派金次或亚莉亚其中一人把小夜鸣引开，趁机夺回十字架的作战。

　　金次与亚莉亚前往救助被弗拉德抓走的理子，但却因为弗拉德拥有惊人的恢复力而陷入苦战。不只如此，弗拉德的咆哮竟然还能解除金次的爆发模式。当他们陷入绝望的危机时，金次决定做个赌注并与亚莉亚、理子展开反击。