東京武偵高に通う遠山キンジは、登校中、自動銃座とスピーカーを備えた無人電動二輪車に襲われる。自転車に爆弾が仕掛けられていると人工音声が流れ、絶体絶命のキンジだが、そこにアリアが空から降ってくる。

アリアは「自分のパートナーになれ」と迫るが、キンジはそれを断る。しかしアリアは承諾するまでキンジの部屋に居座るとまで言い出す。アリアがどうしてそこまで自分と組みたがるのかがわからず、キンジは戸惑う。

アリアと一回だけ一緒に組む約束をしたキンジ。そんな折、武偵高の生徒を乗せたバスが、「武偵殺し」にジャックされる事件が発生。「武偵殺し」に強い敵意を抱くアリアは、キンジと共に生徒たちを救おうと動き出す。

街でたまたまアリアと会ったキンジは、彼女について留置場の面会室へ。そこには、冤罪により864年もの懲役を求刑されているアリアの母がいた。アリアは「武偵殺し」を逮捕して、母の減刑を勝ち取ろうとしていた。

ジャックされたロンドン行きの飛行機内で「武偵殺し」と戦うキンジとアリアだが、アリアが気を失い一時撤退することに。副作用で興奮状態からなかなか覚めないアリアを落ち着かせようと、キンジは彼女の唇を奪う。

アリアと喧嘩したキンジは1人で白雪の護衛をすることに。外出を禁じられている白雪に羽根を伸ばしてもらおうとキンジは花火大会に誘うが、その翌日、携帯になぜか白雪からの「さようなら」というメールが届く。

キンジ、アリア、白雪の3人は、デュランダルの罠にはまり武偵高地下の弾薬庫で分断されてしまう。どうにか合流できたと思いきや、白雪に化けていたデュランダルに不意打ちされ、アリアが捕らえられてしまう。

姿をくらましていた理子が、武偵高に帰ってきた。理子はイ・ウーのメンバー「無限罪のブラド」から大事なものを取り返すのに協力してほしいとキンジとアリアに訴える。2人はそれぞれの思惑で理子に協力することになる。

理子に第7保健室へ呼び出されたキンジは、通りかかった音楽室でジャンヌと出会う。ジャンヌは司法取引で東京武偵高に留学生として通うことになったと言い、さらに理子とブラドの因縁を語る。

ブラドの屋敷は小夜鳴が管理していた。キンジとアリアは理子の母の形見のロザリオが地下金庫にあることを突き止めるが、地下に小夜鳴がいて侵入できそうにないために小夜鳴を誘い出し、その隙に奪い取る作戦を立てる。

ブラドに捕まった理子を助けに入るキンジとアリアだが、驚異的な回復力を誇るブラドに苦戦。キンジのヒステリアモードも解除され絶望的な状況に陥るが、キンジはある可能性に賭け、アリア、理子とともに反撃に出る。