紀元前の中国・秦。下僕出身の身ながら“天下の大将軍”を目指す信は、武功を重ね、千人の部下を抱える“千人将”となっていた。自らが率いる“飛信隊”の軍師として河了貂を迎え、戦いに明け暮れていた信。そんな中、独自に各地の様子を探っていた秦国の将軍・騰と再会した飛信隊は、彼らから、趙国を中心に、各国に不穏な動きがあると聞く。それは秦国に未曽有の危機をもたらす大きな“嵐”の前触れであった。

列強六国から成る“合従軍”が秦国への侵攻を開始。危機的状況打開のため、軍総司令・昌平君は、東の斉国と交渉し、合従軍からの離反を促そうと考える。一方いまだ状況を把握しきれないまま、“雷原”で侵攻中の魏軍に追いついた飛信隊。そこで目にしたのは、魏軍総大将・呉鳳明自ら指揮を執る大軍を相手に、少ない兵数で善戦を繰り広げる秦軍の姿。それは、かつて信がその指揮下で戦ったこともある大将軍・麃公の軍だった。

軍総司令・昌平君に召集され、秦国の名だたる将軍が一堂に会した。そうそうたる面々を前に昌平君は、国家存亡の危機を救う僅かな望みをかけた作戦を発表する。それは、全軍で国門“函谷関”にて敵を迎え撃つこと。この作戦を受け、秦国を挙げた大軍勢と函谷関へと集結。その中には信の“飛信隊”、信と同世代の将、王賁率いる“玉鳳隊”、蒙恬率いる“楽華隊”もいた。秦国の命運を握る戦いの幕がついに切って落とされた！

開戦の号令で始まった函谷関攻防戦。麃公将軍の下に配属された飛信隊は、隊長・信に率いられ、将軍直属の“麃公兵”と対する趙軍を次々と撃破してゆく。ところが勢いに乗っていたはずの麃公軍の動きが突然止まる。実は麃公軍は、趙軍総大将・李牧が全幅の信頼を寄せる副将・慶舎が張り巡らした罠にいつの間にか絡めとられていたのだ。一転、追い詰められる立場となった秦軍だが、この窮地を救う者が現れる。

魏軍総大将・呉鳳明が造った新型の井闌車によって危機に陥った函谷関。だが望楼に立つ将軍・桓騎は不敵に笑いそれを見据える。一方、楚軍１５万を相手にする蒙武と騰の連合軍では、血気盛んな蒙武が静かに戦況を見守っていた。父・蒙武からこの戦いの目的を聞いていた蒙恬は、父の意図を汲んで自身の楽華隊を率いて激闘を繰り広げる。しかし、その行く手には楚軍千人将・項翼、弓の名手・白麗が立ち塞がる。

それぞれの隊を率いて秦軍・蒙恬と王賁、楚軍・項翼と白麗が相まみえた。若き将たちが戦場にて熱い火花を散らす！一方、秦軍の元王騎軍軍長・録嗚未は、楚国第一軍を率いる将軍・臨武君と戦っていたが、自らの武力に絶対の自信を持ち、数々の修羅場を潜り抜けてきた臨武君を相手に苦戦を強いられる。そこに大将軍・王騎に認められ、その死後、軍を引き継いだ副官・騰が現れる。騰と臨武君――　互いの誇りをかけた戦いが始まる！

恐るべき執念で命尽きるまで戦う兵たちを振り切り、ついに信が趙軍の将・万極のもとへとたどり着いた。あまたの“怨念”を背負うまがまがしい姿を見た信は、万極がかつて“長平”の地で、秦六将の白起が行った大虐殺の生き残りだと知る。凄まじい憎しみから秦国の民を無差別に殺してきた万極に激しい怒りとともに同情の思いも抱く信。その脳裏に戦乱の世を終わらせるための“答え”を持つ者と、いま自身がなすべきことがよぎる。

多大な犠牲を出しつつ早くも合従軍から二人の将軍を討ち取った秦軍。だが合従軍にはまだ多くの将がいる。楚軍はここで第二軍を率いる将軍・媧燐に第二軍とあわせ第一軍の指揮を任せる。自身の第二軍は動かさず第一軍にのみ戦いを強いる媧燐。さらに本陣に「全軍大いなる凡戦を連ねて十日後に函谷関を落とすべし」と進言。その意味に気づいた天才軍師・李牧の反応は？さらに静かに機をうかがっていた韓軍総大将・成恢も動き始める。

一進一退の攻防を続けていた戦も十五日目、いよいよ双方全軍を挙げての戦いが始まった。力を温存していた秦軍主力の蒙武軍も進軍を開始。大将軍・蒙武の檄によって敵陣へと突撃した兵たちの激闘が続くも、なぜか味方の後続が来る気配がなく困惑が広がってゆく。だがここでついに蒙武が、今までの自らの戦い方を覆す戦法に打って出る！　そして合従軍本陣に謎の進言をした楚軍第二将・媧燐は、次の作戦への準備を着々と整えていた。

媧燐の奇策により混乱に陥る秦軍。録嗚未、干央が奮闘し何とか危機を脱するも、媧燐の本当の狙いは別にあり再び秦軍は窮地に立たされる。この状況に将軍・騰は急遽左右の軍の指揮官の入れ替えを決断。新たな指揮官として蒙恬と王賁を抜擢する。一方函谷関では、魏軍総大将・呉鳳明が持ち込んだ新兵器が国門を守る将たちを驚愕させ、先日の韓軍の攻撃で大打撃を受けた将軍・張唐率いる軍には、さらなる難局が迫る！

魏軍を翻弄する策を放ち、僅かな兵を率いて函谷関の外へ降り立った桓騎と張唐。魏軍になりすました両隊は入り乱れる大軍勢の中、総大将・成恢がいる韓軍本陣を目指す。あまりに大胆な奇策に、“将軍・桓騎”の才を垣間見る張唐。みずからも己の誇りをかけ、毒に冒された身をおし敵陣の中を進んで行く。一方、猛攻を受け続ける函谷関の上では、張唐から全体の指揮を託された将軍・蒙驁が、その覚悟に答えるため奮起する。

各戦場で秦軍の激闘が続く中、函谷関防衛の要となる山岳地帯では、将軍・王翦の軍と燕軍総大将・オルド率いる軍の戦いが続いていた。多くの山岳族を抱え山間部での戦いを得意とするオルド軍に苦戦を強いられた王翦は、思いもよらぬ行動に出る。一方、楚将・媧燐の策で窮地に陥った騰軍は、将軍・騰が自ら隊を率いて出撃するも、急遽五千の兵を与えられた楚軍千人将・項翼の執拗な攻撃に、身動きが取れなくなり…！？

函谷関攻防戦で重要な意味を持つ、秦の将軍・蒙武と楚軍総大将・汗明の一騎打ちが始まった。これまで積み上げてきた戦歴と大将軍としての“格”ではるかに上回る汗明を相手に、互角の戦いを見せる蒙武。壮絶な大将同士の戦いを、秦、楚両軍の兵らが固唾をのんで見守る中、楚将・媧燐が人知れず不穏な動きを見せる。別の戦場で媧燐の動きに気づいた蒙武の息子・蒙恬は、胸騒ぎを覚え、乱戦の中、馬を駆って父のもとへひた走る！

双方“決戦”の日と推察していた函谷関攻防戦十五日目。秦軍は、蒙武の活躍により戦況を盛り返した。魏軍と韓軍に内側まで攻め込まれ、苦境に立たされていた函谷関の守備軍もこの勢いに乗り、兵たちの奮闘で敵を押し戻し始めていた。だが、突如この流れを覆す事態が国門を襲う！開戦後まもなく楚将・媧燐が合従軍本陣に伝えた言葉の意味とは？　再び窮地に立たされた秦軍は、函谷関を守り抜くことができるのか！？

蒙武軍に続き、王翦軍の活躍により、戦局が秦軍有利へと大きく傾いた。これにより秦国は国家存亡の危機を脱したかと思われた。だが将軍・麃公はこれを「物足りない」と感じ、信もまた同じ思いを抱いていた。その頃、さらなる守りを固めるための軍議を行う王都“咸陽”に奇妙な報告が届く。それはやがて国全体を震撼させる火急の事態となり…！？秦国を滅ぼそうとする新たな一手が、王都・咸陽に迫る！！

飛信隊を引き連れ、王都の危機を救うためいち早く動いた大将軍・麃公は、仕掛けられた戦術を打ち破り、“大炎”李牧の元にたどり着いた。だが李牧の代わりに立ちはだかったのは、かつて馬陽の地で“秦国六大将軍”王騎を討った“趙三大天”龐煖であった。自らを「武神」と名乗り、禍々しい気を放つ龐煖を前に不敵に笑う麃公。大将軍同士の一騎打ちが始まろうとしていた…！！

李牧軍が王都・咸陽へと迫り、恐怖のどん底に落とされた秦国。その進軍の速さと勢いは天才軍師の昌平君の想像を上回り、秦は函谷関の兵を呼び戻せず、打つ手がない。この機に不穏な動きを見せる相国・呂不韋。咸陽では民の暴動も起きている。そんな中、秦王・嬴政は国を救うため動き始めた。一方、麃公の命を受け咸陽へ向かう信たちは、敵の追撃に身も心も疲弊する中、王都手前の城“蕞”へとたどり着いた。

秦国最大の危機に、王都から兵を率い秦国最後の砦・蕞に現れた秦王・嬴政。ボロボロの状態でたどり着いた信は、思いがけない再会に安堵する。嬴政は全ての民を集め、自らの決意を語り始める。それは大王自身も剣を取り、民たちと共に敵の進軍を食い止めるというもの。始めは戸惑い恐怖していた民だが、嬴政の力強い言葉と覚悟に心を動かされ奮い立つ！こうして迫り来る李牧軍との決死の攻防戦が始まろうとしていた。

李牧軍が包囲する中、軍総司令・昌平君の命を受けた介億が援軍を従え到着。秦軍も防衛線の役者がそろった。ついに戦いへと突入する蕞。信率いる飛信隊は不慣れながらも奮闘を見せる民兵とともに獅子奮迅の戦いをする。その様子を李牧の側近で趙軍の若き三千人将・傅抵が興味深げに見つめていた。その頃、秦軍三千人将・壁を将とする東壁は、風上で優位に立つ敵軍の猛攻に苦戦していたが、ここには軍師・河了貂の秘策が…！？

飛信隊が守る南壁を、李牧の二人の側近・カイネと傅抵の隊が襲撃。傅抵と一騎打ちになる信だが、相手の素早い動きに翻弄され思うように戦えない。そのとき、信の脳裏に、かつて副長・羌瘣から投げかけられた言葉がよみがえる。一方、戦慣れしていない民兵たちの弱点を突くべく揺さぶりをかける李牧は、想像以上に激しい抵抗を続ける蕞に不審を抱く。唯一彼らを奮い立たすことができる人物に思い当たるも確かな情報はなく…！？

秦王・嬴政が蕞にいるという事実が趙軍に露見し、李牧は嬴政を捕えるべく全軍で総攻撃を開始。蕞は正念場に立たされることとなった。奮闘を続けてきた民兵たちが連日の戦いで次々に力尽き苦境に陥る中、戦場に響く嬴政の檄や信ら各城壁の将たちの奮闘で何とか闘志を繋ぎとめる。だが、地力で勝る敵の攻勢にとうとう蕞の士気は限界に。もはや“奇跡”にしか活路を見出せぬほど追い詰められた秦軍。勝機はあるのか！？

李牧軍の猛攻により陥落したかと思われた蕞。そこに姿を見せたのは、“山界の死王”　楊端和率いる“山の民”。一気に戦場になだれ込んだ彼らは、女王・楊端和と秦王・嬴政の結んだ同盟に従い、圧倒的武力で李牧軍を撃破してゆく。予想だにしなかった事態に敗色濃厚の李牧軍だが、そのとき、趙三大天である武神・龐煖が現れる。凄まじい気迫に誰もが圧倒される中、信は因縁の相手・龐煖を倒すべく立ち向かう！

満身創痍の状態で、龐煖との一騎打ちに挑む信。一方、龐煖は、どんなに打ちのめしても決して折れない信の強さに戸惑いと苛立ちを隠せずにいた。激闘の中、何度も打ち込んできた信の一刀が、ついに龐煖の身体を捉える！王騎を、そして麃公を打ち破った宿敵・龐煖を相手に、信はその仇を討つことができるのか…！？秦国存亡を賭けた中華を揺るがす大決戦、その結末を左右する世紀の一戦の行方とは…！？

秦国が、国の命運を握る戦いに全軍を挙げて挑んでいた頃、飛信隊副長・羌瘣は、“姉”と慕った羌象の仇討ちのため隊を離れ、趙国にいた。かつて伝説の暗殺集団“蚩尤”の里から逃げ出し、今は里の外で協力者として働く羌明から、羌象の仇・幽連の居所を聞く羌瘣。幽連が潜む“老山”の山中へと足を踏み入れた羌瘣だが、卑劣な手段を使うこともいとわない現・蚩尤の幽連に苦戦を強いられ…！？

現・蚩尤の幽連と誰よりも蚩尤としての才能があると言われた羌瘣。最強の蚩尤同士の戦いは熾烈を極める。その身に“神”をおとして戦うと言われる蚩尤が使う“巫舞”を極めるため、現世へのしがらみや想いを全て断ち切った幽連の圧倒的な強さに追い詰められる羌瘣。だが、抗う力もないまま失いかけた意識の中で、羌瘣は、一筋の“光”を見る。その“光”に“巫舞の秘密”を垣間見た羌瘣は…！？