姬宫千歌音非常受学校里的人欢迎，她是来栖川姬子的好朋友。有一天，千歌音邀请姬子参加只有两个人的生日派对。准备参加千歌音生日宴会的姬子去拿回精心挑选的礼物时，遇到了危险。一架巨大的机器人突然出现破坏了姬子的宿舍……

在突然发生的战斗中受到伤害的姬子，从昏迷中醒过来后发现自己的胸口有太阳形状的印记，她开始感到不安……大神相马的哥哥告诉千歌音和姬子，终结要灭世的凶恶敌人“大蛇”是她们身为巫女的宿命。这时候，大蛇的使者——第三元首Girochi登场了，并且对姬子和千歌音进行威胁。

住在千歌音家的姬子，千歌音对着她有无法言说的情愫。大神相马邀请姬子跟他去约会，千歌音表现得似乎不会有什么难过一样帮助姬子和相马在一起。穿着巫女正装的姬子和千歌音举行祭祀，但不知什么原因，让剑神天之丛云复活的祭祀失败了。千歌音为了保护姬子，受到了攻击。为了让姬子不再受到伤害，千歌音只能停止祭祀活动……

为了在大蛇袭击的时候能够让人们及时避难，姬子和千歌音举行仪式时张开了结界。归去之时，大神相马在姬宫宅前等待姬子，又邀请姬子跟他去约会。千歌音打消了姬子的疑惑，温柔鼓励姬子去和相马约会，并且为她选择了一件洋服。姬子跟相马在游乐场愉快地度过了一天时光。黄昏的时候，姬子和相马站在展望台上，相马送给姬子迟来的生日礼物，这时候，敌人出现了……

在人和神之化身融合的控制空间中，相马面前出现了名为翼的男人操作的机器人，并且二尊巨神机器人开始了激烈的战斗。被那个冲击所吓到的姬子跑回去，而千歌音看到姬子受伤害的情形，也注意到姬子头发上相马送的那个发夹。在战斗中眼前的敌人使相马想起了他是谁……

突然出现的奇怪教会袭击了千歌音，并且诱惑她。这就是大蛇的使者——第二元首Miyako的能力。她释放了隐藏在千歌音心底的隐秘感情……另一方，姬子和相马也受到了大蛇三巨神的袭击。

因为东京的祖父出了事情，姬宫家的侍女乙羽告别了千歌音，动身前往东京。感觉千歌音与平时不一样的姬子，叫上相马陪她去商场为千歌音买礼物。看见太阳和月亮首饰的姬子，让老板刻上了自己和千歌音的名字。这之后，姬子兴奋地跑回姬宫宅，看见了千歌音……可千歌音对她…… 感到强烈的邪念的相马跑到姬宫宅，却看见了……

度过那场恶梦般的夜晚，幸运逃过一劫的大神相马从哥哥口中得知天丛云复活仪式为何会失败，以及自己背上迷之鳞片——身体遭侵蚀的真正原因。对于姬宫千歌音的重大改变，来栖川姬子一直无法接受，苦思无果的她来到学校寻找姬宫千歌音的踪迹，却在玫瑰园前遭到其他同学欺负……

为了再见千歌音一面，姬子决定独自进行天丛云的复活仪式。即使受到强烈冲击与疼痛的袭击，姬子还是咬牙忍受，终于成功地完成仪式。而大神相马也将自己的决心告诉来栖川姬子，并希望能驾驶天丛云。当天晚上，回到家的姬子突然听见大厅传来一阵优美的钢琴旋律……

天空升起黑色月亮，最终决战的时刻终于来临。大神相马与来栖川姬子虽然驾驶剑神天丛云抵抗大蛇，但大蛇的力量实在过于强大。经过一场激烈战斗后，来栖川姬子独自来到姬宫千歌音面前，没想到那里居然是她们两人的宿命之地“月之神社”。两名巫女，姬宫千歌音与来栖川姬子的宴会在此展开。

一切都将在此结束，姬宫千歌音告诉来栖川姬子所有的真相，神代的战斗、前世的因缘，以及日月巫女过去所做出的残酷仪式。最后，姬宫千歌音终于向来栖川姬子表白“我一直都很喜欢你…从很久以前”。在逐渐崩塌的世界，来栖川姬子也开始对姬宫千歌音说出真心话，说出她内心的“真正想法”。