姬宮千歌音非常受學校裏的人歡迎，她是來棲川姬子的好朋友。有一天，千歌音邀請姬子參加只有兩個人的生日派對。準備參加千歌音生日宴會的姬子去拿回精心挑選的禮物時，遇到了危險。一架巨大的機器人突然出現破壞了姬子的宿舍……

在突然發生的戰鬥中受到傷害的姬子，從昏迷中醒過來後發現自己的胸口有太陽形狀的印記，她開始感到不安……大神相馬的哥哥告訴千歌音和姬子，終結要滅世的兇惡敵人“大蛇”是她們身為巫女的宿命。這時候，大蛇的使者——第三元首Girochi登場了，並且對姬子和千歌音進行威脅。

為了在大蛇襲擊的時候能夠讓人們及時避難，姬子和千歌音舉行儀式時張開了結界。歸去之時，大神相馬在姬宮宅前等待姬子，又邀請姬子跟他去約會。千歌音打消了姬子的疑惑，温柔鼓勵姬子去和相馬約會，並且為她選擇了一件洋服。姬子跟相馬在遊樂場愉快地度過了一天時光。黃昏的時候，姬子和相馬站在展望台上，相馬送給姬子遲來的生日禮物，這時候，敵人出現了……

在人和神之化身融合的控制空間中，相馬面前出現了名為翼的男人操作的機器人，並且二尊巨神機器人開始了激烈的戰鬥。被那個衝擊所嚇到的姬子跑回去，而千歌音看到姬子受傷害的情形，也注意到姬子頭髮上相馬送的那個髮夾。在戰鬥中眼前的敵人使相馬想起了他是誰……

千歌音深情回想第一次跟姬子見面的情景。姬子為相馬做了便當，卻不敢在眾多女孩子中交給他。這時候，千歌音來了，幫助姬子和相馬見面。但千歌音自己的心情卻又怎樣呢？千歌音內心的獨白慢慢呈現……

突然出現的奇怪教會襲擊了千歌音，並且誘惑她。這就是大蛇的使者——第二元首Miyako的能力。她釋放了隱藏在千歌音心底的隱秘感情……另一方，姬子和相馬也受到了大蛇三巨神的襲擊。

因為東京的祖父出了事情，姬宮家的侍女乙羽告別了千歌音，動身前往東京。感覺千歌音與平時不一樣的姬子，叫上相馬陪她去商場為千歌音買禮物。看見太陽和月亮首飾的姬子，讓老闆刻上了自己和千歌音的名字。這之後，姬子興奮地跑回姬宮宅，看見了千歌音……可千歌音對她…… 感到強烈的邪念的相馬跑到姬宮宅，卻看見了……

度過那場惡夢般的夜晚，幸運逃過一劫的大神相馬從哥哥口中得知天叢雲復活儀式為何會失敗，以及自己背上迷之鱗片——身體遭侵蝕的真正原因。對於姬宮千歌音的重大改變，來棲川姬子一直無法接受，苦思無果的她來到學校尋找姬宮千歌音的蹤跡，卻在玫瑰園前遭到其他同學欺負……

為了再見千歌音一面，姬子決定獨自進行天叢雲的復活儀式。即使受到強烈衝擊與疼痛的襲擊，姬子還是咬牙忍受，終於成功地完成儀式。而大神相馬也將自己的決心告訴來棲川姬子，並希望能駕駛天叢雲。當天晚上，回到家的姬子突然聽見大廳傳來一陣優美的鋼琴旋律……

天空升起黑色月亮，最終決戰的時刻終於來臨。大神相馬與來棲川姬子雖然駕駛劍神天叢雲抵抗大蛇，但大蛇的力量實在過於強大。經過一場激烈戰鬥後，來棲川姬子獨自來到姬宮千歌音面前，沒想到那裏居然是她們兩人的宿命之地“月之神社”。兩名巫女，姬宮千歌音與來棲川姬子的宴會在此展開。

一切都將在此結束，姬宮千歌音告訴來棲川姬子所有的真相，神代的戰鬥、前世的因緣，以及日月巫女過去所做出的殘酷儀式。最後，姬宮千歌音終於向來棲川姬子表白“我一直都很喜歡你…從很久以前”。在逐漸崩塌的世界，來棲川姬子也開始對姬宮千歌音説出真心話，説出她內心的“真正想法”。