退職願を残して島を離れた五島健助（吉岡秀隆）は、以前勤務していた大学病院からの手術の執刀依頼に応えるべく東京へと向かう。

そして、胃がんを発症しているかつての担当患者の困難な手術に挑む。

その手術で、健助の後輩である三上新一（山崎樹範）が助手を務めることになった。患者の手術前の細胞診の結果をわざと誤って健助に伝える三上。手術開始後に発覚したその事態にも、健助は気を取り直し冷静に対処し、見事成功に導いた。

手術後、先端医療からはずれたあなたがまさかこれほどのオペを・・・、と語りかける三上に対し、大学病院で働くことはすばらしいことだが、“そうでない場所”でも、医師として学ぶことは沢山ある、と健助は話す。

その後、北海道の離島の診療所に赴任した三上だったが、なかなか島に溶け込むことができずにいた。

そんなある夜・・・。

五島健助（吉岡秀隆）の後輩、三上（山崎樹範）はコトーの言葉により自分もへき地医療に携わるべく北海道の離島へと赴任した。

町外れにある古い診療所で、看護師の北見康代（キムラ緑子）の助けを借りつつ医療に取り組む三上。しかし、島民たちの命を一人で預かることへの重圧もあり、なかなか島に溶け込むことが出来ずに苦しんでいた。志木那島に着任当時の健助は一体どうだったのだろうか？と思いをはせる三上。

その頃、健助は志木那島で日々の診察に追われていた。そんなある日、健助に三上からの手紙が届いた。大学病院ではない場所でも、医師として学ぶことはたくさんある、という健助の言葉の意味が知りたくてたった一人で島に赴任してきたことを告げ、自分の現在の苦しい現状と、志木那島への着任当時の健助の気持ちを尋ねる三上。

そんな三上に対して健助は・・・。

志木那島にコトーがやって来て１年が経った。彩佳、和田と共にやっている診療所も順調、彩佳の両親、正一と昌代は重雄も巻き込み、コトーと彩佳の結婚を考え始めたりもしている。そんな中、島に新任の教師・小沢が赴任。剛洋は小沢の一人娘・ひなに一目ぼれしてしまう。そんな中、島は豊漁祭の日を迎え、診療所は多くの急患を抱えることに。やっとのことですべての診療を終え家に帰った彩佳は、母・昌代が倒れているのを見つける。