12歳のゴンは父と同じハンターになるため、育ての親であるミトさんとのある約束を果たし、ハンター試験の旅へと出た。試験会場へと向かう船で、ゴンは同じハンター志願者のレオリオとクラピカに出会う。彼らはお互いを良く思わず、いざこざが始まってしまい・・・。

試験会場のある街に着いたゴン、レオリオ、クラピカの3人は、船長のアドバイス通り、試験会場への近道を目指す。途中にあるスラム街に入ったところに、3人を老婆たちが待ち構えていた。老婆は3人へ、答えられなければ試験に即失格のクイズを出す。

キリコに連れられて、ついに試験会場の中に入った3人。会場にはすでに多数の受験生たちがひしめいていた。試験のベテランだと語るトンパ、不気味な雰囲気をだすヒソカ、おしゃべりな忍者のハンゾー、そしてスケボーを手にした少年キルア。いよいよ1次試験が始まる。

1次試験は、2次試験会場まで試験官サトツについて行くこと。ゴールの見えない単調なコースに数名の脱落者が出始めていた。クラピカと共に走るレオリオにも余裕がなくなっていたが、ハンターへの執念からなんとかついていく。80キロ地点をこえたところで目の前には階段、さらにはサトツのペースも上がり・・・。

長い地下トンネルを抜けた受験者に待ち受けたのは、霧の濃い湿原地帯だった。見晴らしが良くないことで、様々なモンスターに襲われる受験者たち。ゴンとキルアは前の方へと走っていたが、後ろを走るレオリオとクラピカの目の前では、ヒソカが受験者たちに囲まれていた。

ヒソカとの対峙の後、ゴンたちは2次試験会場に無事たどり着くことができた。2次試験を担当する試験官はメンチとブハラ。彼女たちが出す課題は、料理をつくることだった。美食ハンターのメンチを満足させる料理を作るため奮闘する受験生たち。はたして、メンチを満足させる料理は出てくるのか・・・。

2次試験を無事に終えたゴンたちは3次試験会場へ向かうため飛行船に乗っていた。飛行船の中を探検していたゴンとキルア。二人は探検中にでくわしたネテロとゲーム対決をすることになった。しかも、ネテロが持っている球を奪うという単純なゲームなのに、勝てばハンターの資格をもらえるという。

飛行船がついた先は3次試験会場トリックタワーの屋上、制限時間72時間以内に地上に生きてたどりつけば合格。なんとかタワー内に入ることができたゴン、キルア、クラピカ、レオリオ。しかし、それ以上は5人のメンバーが揃わないと前へ進めないようになっていた。あと1人は誰が来るのか・・・。

４試合中3勝しなければならないゴンたち。2試合目はローソクの火が先に消えると負けの勝負にゴンが挑んだ。しかし、ゴンのローソクには仕掛けがされていた―。続くクラピカは連続殺人犯のマジタニとデスマッチをすることに。勝負を受け入れたクラピカだが、マジタニの背に幻影旅団の証であるクモの刺青を発見し・・・。

ゴンとクラピカが勝利し、２勝１敗になったかと思われたが、マジタニは気絶しているだけでクラピカの勝負は決着がついていないと敵に主張される。とどめを刺さないクラピカに対して焦りから苛立ちを募らせるレオリオ。5人の間に不穏な空気が流れ始め、時間ばかりが過ぎていく・・・。

レオリオが制限時間をチップに行っている賭け勝負。気付けばレオリオの残りチップは10時間になっていた。窮地に立たされたレオリオが選んだ賭け勝負はジャンケン。自信満々のレオリオだったが、まんまと相手の心理作戦に負けてしまう。2勝2敗、後がない状況で勝負の行方はキルアに託された。

50時間の待機時間を5人はそれぞれに過ごしていた。やっと再スタートを切り幾度と無く多数決で難関を切り抜け残り1時間のときに２つの扉の前にたどり着く。一つは5人で行けるが長く困難な道。もう一つは3人しか行けないが短く簡単な道。再び多数決で行く道決めなくてはならない5人が進んだ道とは・・・。

育ての親のミトは、危険なハンター試験を受けに行ったゴンを心配していた。そんなミトに、気が合う受験者との出会いや彼らと難関を突破しているゴンからの手紙が届いた。

第4次試験会場のゼビル島へ向かう受験者たち。そこで行われるのはくじで引いたナンバーの受験生が持っているプレートをとれば3点、自分のプレートが3点、その他のプレートが1点で1週間で6点持っていれば合格の試験が実施される。ゴンが引いたターゲットとは・・・。

ゴンはターゲットであるヒソカを好血蝶を頼りに探し出し、なんとか得意の釣竿でプレートを奪えないかとタイミングを待っていた。一方、レオリオはトンパに騙されて、自分のプレートを奪われてしまうが、クラピカの助けにより取り戻す。お互いがターゲット同士でないとわかったクラピカとレオリオは同盟を結ぶ。

ヒソカに狙われたクラピカとレオリオだったが、交渉により戦うことは回避できた。しかし、殺気がおさまらないヒソカは次なるターゲットを探す。ヒソカがターゲットを襲う瞬間を狙ってゴンは釣竿でヒソカのプレートを奪うことに成功した。しかし、逃げようとした瞬間、他の受験者に襲われプレートを奪われてしまい・・・。

キルアはあとをつけてくるイモリに勝負をしかけ、難なくかたをつけていた。一方ゴンは、レオリオとクラピカの元へ合流。レオリオのターゲット、ポンズのプレートを奪うために作戦を練ることに。3人はポンズを追って怪しい洞窟へたどり着く。単身乗り込んでいったレオリオだったが―。

洞窟の中で毒蛇に囲まれ八方塞のゴンたち。毒蛇の罠をしかけた張本人であるバーボンは既に死んでしまい、解除の仕方もわからない。そんな中、毒蛇にかまれたレオリオの容態は悪化していく―。なんとか、脱出に成功したゴンは無事に試験を突破。次なる試験の前に最終試験受験者はネテロと面接をすることに・・・。

ついに最終試験へと進んだゴンたち。最終試験は勝ったものから抜けていくトーナメント戦だった！相手を殺したら即失格のルールのもと、行われた第一試合はゴン対ハンゾー。ハンゾーに手も足も出ないゴンだが全く降参しようとしない。ついに痺れを切らしたハンゾーは腕を折ると脅したが―。

ハンゾーとの闘いにより腕を折られたゴンは、病室で目覚めたときにサトツからハンター試験の合格を言い渡される。落第者がキルアだと聞かされたゴン。信じられないゴンは、サトツから兄であるイルミと対決したときのキルアの様子を聞き―。

キルアに人殺しを無理矢理させていたのなら許さない――。イルミに対し怒りをぶつけるゴンは、キルアを連れ戻しにククルーマウンテンに行くことを決意する。旅立つゴンたちを見送りながら、サトツは「まだハンター試験は終わっていない」と呟く・・・。

パドキア共和国に到着し、キルアがいるククルーマウンテンへ観光バスで向かうゴン、レオリオ、クラピカ。しかし、城壁のような正門に阻まれてしまう。脇にある守衛の門から入ろうとしても、番犬に食い殺されるという。なんとしてもキルアに会いたいゴンたちは守衛にキルアの友達だと名乗り、取り次いでもらうよう頼み込むが―。

キルアに会うために「試しの門」から中へ入ることを選んだゴンたち。門を開けるため、使用人の部屋で身体を鍛えることとなる。一方そのころ、キルアはゴンたちが自分に会いに来ていることを知る。特訓の成果を発揮し、門を開け中に入ったゴン、レオリオ、クラピカだったが、執事見習いカナリアに行く手を阻まれ―。

キルアを想うカナリアの手助けで、屋敷へ近づけたゴンたち。しかし、キキョウから独房にいるため、キルアには会えないと言い渡される。そのころキルアはシルバに呼ばれ、「友達に会いたいか？」ときかれる。正直に会いたいと告げたキルアは、ゴンたちのもとへ行くことをゆるされ・・・。

カナリアに案内されて、執事室へたどり着いたゴンたち。そこで出会った執事のゴトーから、キルアの友達としてふさわしいかを判断するコインゲームをもちかけられる。ゲームを切り抜けて、無事にキルアとの再会を果たしたゴンは次なる目標にむけて進み始める…。

くじら島にすむミトさんにゴンから手紙が届き・・・。

上階へ行くほど強い人と戦える天空闘技場で修行と小遣い稼ぎを始めることにしたゴンとキルア。1階から一気に50階への入場が許された二人は同年代の少年、ズシに出会う。ズシと対戦したキルアは隙も多いズシが使おうとした不思議な技がイルミと向き合ったときに似ていることを感じ・・・。

ズシの師匠であるウイングから『燃』と呼ばれる存在を知らされるゴンとキルア。しかしキルアはウイングが語った説明に疑問を感じる。その奥に隠された秘密を掴めないまま、試合を繰り返す二人はついに200階クラスに辿り着くが・・・。

200階で待ち構えていたヒソカの『念』の壁を突破するため、ゴンとキルアは無理やりにでも念能力を発動させてくれるようウイングに頼む。選手受付のタイムリミットが迫る中、『念』の基本的な要素「四大行」の一つである『纏』の修行が始まる。

天空闘技場200階クラスでの初戦で、念能力者・ギドと戦うことになったゴン。『纏』を使用して戦うゴンだが、『念』を込めた独楽を自在に操るギドの前に防戦一方となる。「どうすればもっと戦っていられる！？」追い詰められたゴンが取った行動とは・・・。

ゴンが重傷を負ってから1ヵ月後、天空闘技場でヒソカとカストロの試合が行なわれようとしていた。カストロは、過去にヒソカからダウンを奪ったことがあり、今回の試合でも「勝算がないなら戦わない」と自信を見せる。ヒソカもまた不敵な笑みを湛えたまま試合へ臨む。

自分の分身を作り出す念能力で試合を有利に進め、ヒソカの腕を奪うことに成功したカストロ。しかしヒソカは両腕を失ったにも関わらず、余裕の表情を見せる。苛立つカストロにヒソカの反撃が始まる・・・・。

2ヶ月ぶりに念の修行を再開したゴンとキルア。そんな二人の前にギド、サダソ、リールベルトが現れ「自分たちと闘え」と告げる。三人の企みを知るゴンたちは申し出を拒否するが、サダソの態度からキルアはある疑念を抱く。

ギド、リールベルトとの試合を迎えたゴン。ズシを利用されたことへの怒りを内に秘めて試合に挑む。ギドの放つ技を全て受けきるなど終始、圧倒する戦いぶりをみせるゴン。その様子を見つめるヒソカは怪しい笑みを浮かべていた。

念能力の集大成である『発』の習得に向け、更なる修行に励んでいたゴンとキルア。そして、ゴンはハンター試験で受けた借りを返すため、ヒソカに挑む決意をする。「ヒソカの顔面に一発ぶち込んで、プレートを突き返す！！」遂にゴンとヒソカの戦いが幕を開ける・・・。

ヒソカに一撃を加えたゴンは、ハンター試験でヒソカに渡されたプレートをたたき返す。そんなゴンの成長にゾクゾクがとまらないヒソカは自身の念能力を使ってさらなる攻撃にでる。言い知れぬ恐怖を覚えるゴンは、捨て身の特攻をかける！果たして勝負の結末は―。

念能力を身につけ、晴れて本当のハンターになったゴンは、キルアを連れてくじら島へ帰ってきた。そこで、ミトからある箱を渡される。それはジンが「ゴンがハンターになったときに渡すように」と託したものだった。しかし、箱はどれだけ力を入れても開かない・・・。

ジンが残した箱を開けたゴンは中に入っていたカセットテープを聴くことに。そこに残されたジンの声。しかし、テープを止めると中身は上書きされて消されてしまった！ジンを探す手がかりは箱に残っている指輪とゲームのロムカードだけになり・・・。

幻影旅団・・・。それはクラピカにとって憎悪の対象。5年前のあの日、親類、友人、そして『緋の目』・・・旅団は全てを奪っていった。奪われた同胞の『目』を取り返し、旅団を地獄へと叩き落す。クラピカの戦いの幕が上がる・・・！！！

人体収集家の館を訪れていたクラピカたち5人は、武装した謎の集団に襲われる。襲撃者を撃退しつつ、冷静に周囲の状況を探るクラピカの目は、不審な行動を取る一人の人物を捉えていた・・・。一方、ゴンたちもジンが残したゲーム『グリードアイランド』の手がかりを求め、ヨークシンシティへ向かっていた。

世界最大のオークションが開催される巨大都市・ヨークシンシティ。幻影旅団・団長のクロロの招集を受けて、旅団メンバー全員がこの都市へ集結する。クロロから告げられる今回の目的とは？オークションを目前に控え、殺戮の盗賊集団が動き出す！！

ついにオークション初日を迎える。『グリードアイランド』落札のための軍資金集めに奔走するゴン、キルア、レオリオ。オークション会場の監視任務にあたるクラピカ。そしてオークション会場へ忍び寄る幻影旅団(クモ)。今、それぞれの運命がヨークシンシティで交差する！！

幻影旅団が、マフィアの取り仕切る地下競売場を襲撃する。競売場は完全に制圧され、競売品はおろか、参加者までもが消えてしまう。マフィアは襲撃者に懸賞金を懸け、追跡を開始。警備についていたクラピカも襲撃者の捕獲へ向かう。そして、クラピカと幻影旅団の運命の出会いは目前に迫っていた・・・。

マフィアの切り札である陰獣が、ウボォーギン達の殲滅に乗り出した。しかしウボォーギンはひとりで陰獣を次々に倒していく。その戦闘の中、ウボォーギンの背中にクモの刺青が！遂に見つけた幻影旅団メンバーにクラピカは戦闘に向かおうと決意する・・・。

ついに幻影旅団メンバーのひとり、ウボォーギンを捕らえたクラピカ。拘束されているにも関わらず横柄な態度のウボォーギンにクラピカの憎悪は膨らんでいく。そこにヒソカから一通のメールがクラピカに届き・・・。

仲間の助けで逃げ出したウボォーギン。しかし、プライドを傷つけられた怒りからクラピカを倒すため居場所を探し始めた。居場所が幻影旅団にばれていることを掴んだクラピカは、ボスを安全なところに避難させたのち、自分は幻影旅団をひとり待ち受けることに・・・。

同胞のクルタ族を壊滅させた幻影旅団のひとり、ウボォーギンと対面したクラピカ。クルタ族のことを何一つ記憶にないというウボォーギンの態度にクラピカの怒りはどんどん増していく。そして、いよいよクラピカとウボォーギンの一騎打ちが幕を開けた・・・。

G.I.獲得にむけて、資金集めに奔走しているゴン、キルア、レオリオ。そんな時、骨董市で値打ちのある品を見極める方法を見つけたゴン。値打ち品を安く買って高く買ってもらうことを思いつくが、見つける品すべてに同じ名前の先客が・・・。

旅団にかかった懸賞金で資金を一気に集めようとしているゴンたち。そんなときウボォーギンが帰ってこないことを不審に思い、「鎖野郎」を探しにマチとノブナガが人混みに姿をあらわした。旅団の情報を聞きつけ、気付かれないように尾行していたゴンとキルアだったが・・・。

幻影旅団に捕まったゴンとキルア。旅団が探す「鎖野郎」について尋問されるが、鎖野郎がクラピカだと知らない二人は知らないと答え、解放してもらえるかに見えた。しかし、ノブナガが二人を気に入り旅団への入団を団長にすすめるために二人を拘束。出口のふさがれた部屋から逃げることはできるのか！？

クラピカは旅団抹殺のためにマフィアによって結成された殺し屋チームに召集された。一方、クラピカがいなくなったノストラードの護衛団はネオンのお守りの真っ最中。しかし少し目を離した隙にネオンはオークション参加のため逃げ出してしまう。ネオンに接触したのはなんと、旅団の団長クロロだった・・・。

仲間の敵討ちのために、オークション会場のあるビルに乗り込んできた幻影旅団。十老頭が召集した殺し屋たちも、団長クロロに次々と倒されていく。会場内が騒然とする中、伝説の暗殺一家・ゾルディック家のゼノとシルバが旅団抹殺へ行動を開始する。

幻影旅団のリーダーが死んだ・・・。突如として舞い込んだ情報に驚愕するクラピカ。どうしても信じられず、自らの目で確かめようと現場へと向かう・・・。一方、予定通りにオークションが開催された会場には、死んだはずの団員たちの姿が！？

久しぶりに揃ったゴン、キルア、クラピカ、レオリオの4人。これまでの経緯と、自身の念能力の特殊性について語るクラピカ。それをきいたキルアは、旅団の生き残りに記憶を読む女がいることを思い出し、クラピカに危険が迫ることを恐れる。一方、クロロはネオンから盗んだ能力で団員たちの未来を占っていた―。

クロロの占いによって、団員から裏切りの疑いを掛けられるヒソカ。クロロと闘いたいが故に、占いの改竄という危険な賭けに出たヒソカの思惑にクロロは・・・？また、旅団が生きていることを知ったクラピカはゴンたちと協力し、パクノダを捕らえるための作戦を実行に移す。

クロロはネオンの素性から鎖野郎・クラピカの居場所を見つけ出そうとしていた。一方、幻影旅団のアジトを見張っていたキルアは、センリツと合流し、旅団がクラピカのホテルに向かっていることに気づく。ついにクラピカを追う旅団と旅団を追うクラピカたちの運命の糸が交わろうとしていた・・・・。

ついにウボォーギンを倒したのがクラピカだと幻影旅団にばれた。旅団に捕まったゴンとキルアがクラピカの仲間とわかるのも時間の問題か？！クロロはゴンらを連れて、ホテルのロビーでパクノダらと落ち合う。そこに突然の停電。暗闇に乗じて逃走を図るゴンとキルア。しかし気づくとクロロの姿が消えていて・・・。

クロロを捕まえたクラピカ。クラピカはゴンとキルアの解放を条件にパクノダに取引を持ちかける。旅団の団長を目の前に終始動揺が隠せないクラピカ。クラピカのとった報復とは・・・。ついに旅団との戦いに幕がひかれようとしていた。