ハンター協会の最高幹部集団“十二支ん”が集結した。その中にはゴンの父親・ジンの姿もあった。彼らはネテロが言い残した次期会長の選出について議論をするが、副会長パリストンのせいで議会は紛糾する。この議会、果たして決着はつくのだろうか…

ネテロ会長の後継者を決める第13代会長総選挙の投票が遂に開始された。ハンター協会本部ビルには投票にきたハンター協会会員達の長蛇の列が出来ていた。その選挙のルールは、協会員661名全員が候補者かつ投票者であり、95％以上の投票率を確保しないと再選挙になるというもの。選挙は混迷を極め、1回目の選挙は不成立、そして2回目も条件不成立により再選挙が決定。2度の選挙にわたり圧倒的得票数を獲得しているのは副会長パリストンであり次期会長の可能性が濃厚だが、十二支んのメンバー達はこのまま彼に次期会長を任せるのが不満であった。その頃キルアはゾルディック家の屋敷に向かい、ゴンを救うべく、父・シルバの前にいた。果たしてキルアの父との交渉は、そして総選挙の結果はいかに…

キルアがきょうだいのアルカと再会を果たしていた頃、兄・イルミはヒソカの協力を得るべく、ゾルディック家の秘密・アルカの能力について語っていた。それはゾルディック家を滅ぼすほどの脅威の能力であり、アルカの『おねだり』を３つ叶えると『お願い』を叶えてくれるが、それは等価交換を要する恐ろしい能力であった。先の闘いで誓約と制約にて一時的に強力な念を使用し大きな代償を負ったゴンを治すためキルアはアルカに『お願い』をする事を決意していた。果たしてその代償は…

ハンター協会本部ビル。ネテロ会長の跡を継ぐ、会長選抜の4回目の総選挙が執り行われた。結果はパリストン1位、チードル2位、そしてレオリオが3位。だが、またも条件不達成のために再選挙が決定、上位16名による第5回選挙となったがパリストンはいつもの余裕の微笑みを見せている。一方、ハイウェイを走る車に乗るキルアは選挙結果を中継で見、レオリオの順位に驚くが、その時突如、執事・ゴトーの携帯がなる。電話の主はキルアの兄・イルミであった。

キルアを援護するゴトーたちの前に立ちはだかったのは、イルミに協力しアルカの抹殺を図るヒソカ。アルカを抱きかかえ森の中を走り抜け、次の町・パラスタに向かうキルアの背後には、迫り来るひとつの影…追って来たのは執事のツボネであった。キルアのスピードに巻かれたツボネは携帯を取り出し、同じく孫で執事のアマネに先回りするように伝える。果たしてキルア達は無事にゴンの所までたどり着けるのだろうか…

第5回13代ハンター協会会長総選挙は、上位8名による再選挙という結果になり、引き続き選挙戦が行われる。一方キルアを追うヒソカは、「清凛隊」と呼ばれる組織が針人間捕獲のために送り込んだハンターたちを次々抹殺し、キルアの乗る飛行船の着陸地点の記されていた地図を手にしていた。またイルミも追っ手から地図を入手しキルアを追い、同じくその飛行船を執事のツボネとアマネも追っていた。

総選挙は引き続き行われ第7回13代ハンター協会会長総選挙の結果、上位8名から更に絞り込まれ上位4名での再選挙が決まった。「決まらない事が決まった」と意味深な事を言い不機嫌な顔をして本部ビル廊下を歩くジンに、どうしたらパリストンに勝てるのか、その方法をチードルは問う。ジンの答えは「アイツは勝とうと思っていない　負けようとも思っていない　だから強いんだ」その答えが意味するものとは…

会長総選挙は回を重ね、8回目に突入していた。ビーンズによって即時開票され、大モニターに映し出された結果に会場がざわつく。会場がざわついたその結果は、1位レオリオ、2位パリストン。しかし、レオリオの得票数が50％を超えず、上位2名の最終決戦投票となる。一方、ゴン専用の病院では、キルアの膝を枕に寝ていたアルカが目を覚ました。アルカに---否、ナニカに対しキルアはついに禁断の「おねがい」をする。

会長総選挙が行われているハンター協会本部ビルの会場は、ゴンの復活に歓喜する仲間達とそれを祝うハンターたちにより、拍手につつまれた。そしてゴンは、初めて父・ジンの姿を目の当たりにする。ミトの家に飾られた写真のジン、サトツが、レイザーが、カイトが語ったジン。そのジンが今、目の前でゆっくり振り返り、ゴンに向かって片手をあげ目礼をした。ゴンは駆け寄り、ジンに話かける。その言葉とは…。

キメラアントのコアラは赤毛の少女にこれまで自分が犯してきた罪を告白する。コアラの懺悔が終わると、少女が静かに語り始めた。一方、ゴンは死んだと思っていたカイトが生きていると知り、カイトに会いに向かっていた。カイトに会ってゴンが言いたかったこととは、、、。

ゴンは世界一高い木を登る。その頂上にはずっと探していた父・ジンが待っていた。ゴンはジンに今までの旅を話したかった。ジンを探すため故郷・くじら島を旅立ったこと。過酷なハンター試験を突破し、プロのハンターになったこと。旅の中でたくさんのかけがえのない仲間を得たこと。ゴンとジンのはじめての親子の時間が待っていた。