ゴンとキルアの師匠を買ってでたビスケ。最初に二人に与えた試練は、賞金首ハンター、ビノールトを2週間で倒すことだった！相手はダメージを受けているとはいえ、自身も賞金首がかかっているほどの凄腕。二人はどうするのか！？

ビスケの指導のもと、着実に念能力を向上していくゴンとキルア。最初は捕まえられなかったモンスターたちも捕まえられるように！二人が修行に明け暮れるころ、手を組んでゲームクリアを目指していた者たちの前にボマーが現れていた・・・。

ビスケからジャンケンの話を聞いたゴンは、ジャンケンになぞらえて強化系、放出系、具現化系の必殺技を習得するために修行を続けていた。一方、キルアはハンター試験を受けるために一度ゲームを離れ、現実世界に戻った。そんなとき、ゴンとビスケはボマーの実態について知る・・・。

２度目のハンター試験を難なくクリアしてハンターになったキルアがゲームに戻ってきた。ゴン、キルア、ビスケの３人が再び集まり、本格的にゲーム攻略を目指すことに！順調にカードを集めていく３人。一方、クリアを目前にしたプレイヤーたちが攻略へ向けて策をめぐらしていた。

ツェズゲラ組を騙してついに96種の指定ポケットカードを手に入れたゲンスルー組。ゲンスルーをクリアさせないために、共同戦線をはることを持ちかけられたゴンとキルア。早速、ゲンスルーが持っていないカード・一坪の海岸線を独占すべくソウフラビへ向かった！

一坪の海岸線を入手する条件は街にいる15人の海賊を追い出すこと。早速、ボスであるレイザーと接触を試みたゴンたちだったが、相手の強さに圧倒される。再び対決を挑むため、より強い仲間を求めて、「クロロ」を名乗る人物と接触することに・・・。

ヒソカとゴレイヌと一緒にレイザーに再チャレンジすることにしたゴンたちは、残りの仲間にツェズゲラ組を引き込むことに。事前に対策をとっていた種目を次々に勝利していくも、最後に待ち受けていたのはレイザーとのドッジボール対決だった！

レイザーの投げたボールを受けきれず、外野に出ることになったゴン。バックを宣言し内野に戻るも、ヒソカも負傷し劣勢の戦いに思われた。しかし、ゴンはレイザーを負かす秘策を思いつく。それはキルアと協力しあう作戦で・・・。

本気を出したレイザーのボールを受け止めるためゴン、キルアそしてヒソカ。3人で真っ向から立ち向かう。そして遂に受け止めきったボールに全力の念を込めて渾身の一発をレイザーに向けて繰り出すゴン。いよいよドッチボール対決の決着がつく！

ゲームクリアするにはゲンスルーとの直接対決は避けられない。ツェズゲラの提案で3週間ゲンスルーの気を引く間、ゴンたちは特訓をすることに。そしてゲンスルー足止めのために一旦ゲーム外に出たツェズゲラだったが、バッテラから予期せぬことを告げられる・・・。

ゲームに戻ってこないツェズゲラたち。ゲンスルーの矛先はついにゴンたちに向かってきた！ゴンはゲンスルーと、キルアはサブと、ビスケはバラと一対一で戦うことに。ビスケの真の姿とは！？キルアの作戦はうまくいくのか？そして、ゴンはゲンスルーに勝てるのか・・・。

ゲンスルーは圧倒的な力の差を見せつける。しかし一歩も引かず立ち向かうゴンに遂に本気を出しリトルフラワーでの攻撃を開始。ボロボロに傷つくゴン。ゴンに勝機はあるのか？そして、キルアたちとした特訓の成果とは・・・。

遂にゲンスルーを倒し、指定ポケットを99枚集めたゴンたち。最後のイベントであるプレイヤー全員でのクイズ大会に参加することに。見事優勝したゴンは、「支配者からの招待」をゲット！！招待された城で、出会った人は…？

ゲームから持ち帰ったカードを使って、ジンと思われる「ニッグ」の元へ向かったゴンとキルア。しかし、そこにいたのはジンではない別の男。しかもついた途端、男に突き飛ばされ、怒鳴られるゴンたち。しかしゴンはこの怒られる感じに覚えがあり・・・。

ゴンとキルアは、カイトたちが行っているキメラアントの生物調査に参加することに。キメラアントは食べた生き物の特徴を引き継いだ子孫を残す危険な生き物。カイトの不安が高まる中、キメラアントはついに人間を捕食し始めようとしていた。

カイトはキメラアントの腕が発見された場所とそのときの海流情報から、腕の持ち主の居場所をつきとめた。そこは一切の機械文明を遮断した国で、情報が出てこない閉鎖的な場所だった。一方その頃、キメラアントたちはさらに進化をとげようとしていた。

厳重な入国審査をパスし、キメラアントがいると思われるNGLに入国したゴンたち。しかし既に10組のハンターがNGLに訪れているという。そのころ、名前を得て、個性を持ったキメラアントはそれぞれの意思で人間を襲い始めていた。

ポックルとポンズはキメラアントの排除をハンター協会に伝えようとポンズの蜂に手紙を託す。一方、キメラアントはＮＧＬの裏組織として麻薬や銃の密輸をしていた支配者ジャイロを襲撃し、武器を手に入れていた・・・。事態が悪化していく中、ポンズの手紙はゴンたちの手元に届けられた。

ゴン、キルア、カイトは襲撃された跡のある村を見つける。そこでゴンたちは初めてキメラアントと遭遇する。スピードも力もあるキメラアントに動揺するゴンとキルア。しかし、カイトからは倒せないようなら帰れと言われてしまい・・・。

好戦的な蟻がＮＧＬの裏組織にいた悪人を捕食したことで、更に凶悪さを増したキメラアント。非道な行動に目を背けるゴンを、カイトは一喝する。そして先へ進むために、決死のバトルが始まる！一方、遂に念能力を身につけたキメラアントが誕生しようとしていた・・・。

キメラアント討伐にハンター協会も動き始めた。その頃、ゴンたちは“レアモノ”を食べたいキメラアントたちに狙われていた。兵隊長クラスの蟻とタイマンをはることになった3人は次々に敵を倒していく。実戦を重ね強さを増していくゴンとキルアを前に、カイトは正体のわからない嫌な予感がしていた・・・。

レアモノを狙うハギャは、ゴン、キルア、カイトを襲撃するため部隊を差し向ける。森の木々に囲まれ思うように戦えないゴンたちに、キメラアントが次々に襲いかかる。一方、その頃女王の城ではついに女王直属の護衛団のひとりが生まれようとしていた・・・。

カイト・ゴン・キルアは、前方を行くハギャ達の念を捉えて追い、キメラアントの巣である女王の城に向かって森の中を進んでいた。しかし、城を目前にしたその時、３人の目前に女王直属の護衛団・ピトーが現れる。圧倒的なスピードで追い詰められたカイト。そしてゴンたちがとった行動とは・・・。

割符を奪うための特訓に入ったゴンとキルア。特訓が終わり、疲れきったゴンたちにビスケはこれからナックルと決闘しにいくと言い出す。勝つ自信も持てないままナックルのところへ行くゴンたち。いかつい容姿のナックルに圧倒されるゴンたちは勝つことができるのか。

ナックルとの戦いで疲れ果てたゴンとキルアを襲おうとしていた２人目の刺客、シュート。しかし彼は襲いもせずに冷や汗をかき震えていた。基礎能力向上修行の進捗に不安を抱くパームに、必ず勝つと誓いをたてるゴン。その頃、女王の居城では胎児の王はさらに大きく成長をつづけ、その血管は不気味に脈打っていた…

ついにゴンとナックルは本気で対峙する。しかしナックルはゴンの必殺技・ジャジャン拳に弱点があると指摘した。弱点を狙うようにナックルの攻撃が繰り出される。反撃の余地もないゴン・・・。真っ向から手に念を集めてジャジャン拳の体勢をとるが。

ゴンとキルアは、いよいよナックル、シュートとの決戦に臨んでいた。 キルアはシュートと、そしてゴンはナックルと向かい合う。俊敏なナックルをオーラで感じとる事に成功したと思ったその時、ゴンの左腕の陰からポットクリンが現れた！一方キルアは、シュートの攻撃に戸惑い焦り、苦戦していた。

女王の居城では、ついにその時を迎え、王が誕生した。「これが……王……!!」その禍々しいオーラは従うキメラアントたちでさえも凍りつくものだった。ピトー、プフ、ユピーの護衛団三人は床に片膝を突き恭しく迎えるが、同時にそれはかつての主・女王を必要なきものと見限ったのであった。

白旗を掲げ降伏を申し出たコルトの願いは、瀕死の女王を助けて欲しいというものだった。それを聞き入れたモラウは、すぐキメラアントの研究チームを女王の居城に派遣する。そして城の奥でナックル、シュートは異様な光景を目にする・・・。

王が動き出した。独裁国家である東ゴルドー共和国に侵入した王は念能力者のオーラを食する事によって、力を増幅させた。瞬く間に東ゴルドー共和国の宮殿を占領した王・メルエム。一方、ナックルとシュートに敗れたゴンとキルアはパームの待つ宿に帰ってくる。パームをNGLに連れて行く約束を守れなかったゴンとキルアにパームは怒りを露にする…。

ゴンがパームとデートをする中、背後を尾けていたキルアは森の中でラモットと遭遇する。念能力が使えないゴンに戦闘をさせるわけにはいかない。キルアは一人でラモットと戦う決心をする。しかし、幼い頃から勝てない戦いはするなと教育をされてきたキルアに兄・イルミの声が頭の中から離れない。

ヂートゥと対戦するナックルとモラウ。キメラアントと人間との身体能力の差は歴然。余裕をかますヂートゥの攻撃のスピードに翻弄されているかに見えた。だが、ナックルとモラウには勝算がある。「知恵と経験かね」とナックルがニタリと笑いつぶやくと、モラウの口から吐かれた白い煙に二人と一匹が包まれる…。

流星街。幻影旅団の故郷。そこにカルト、フェイタン、シャルナーク、フィンクス、シズク、ボノレノフの旅団員たちがいた。キメラアントが流星街にも侵入した情報を聞きつけての帰郷。街で彼らは異形の遺体を目にする。それは流星街のゴミの山の中にそびえ立つ巣を作り、君臨するザザンの仕業だった・・・。

幻影旅団の故郷・流星街に巣を築き上げたキメラアント、ザザン。幻影旅団のメンバーはザザンを倒すべく巣の中へ・・・。四方バラバラに分かれて行動を始める旅団。するとそれぞれの前にザザンの部下たちが立ちはだかる。旅団同士も完全に知らない旅団メンバーそれぞれの能力が明らかになっていく中、旅団はキメラアントを殲滅する事が出来るのか。

ゴンとキルアは“選別”という名の下に行われようとしている“虐殺”を阻止すべく、東ゴルドー共和国へ侵入する。とある村にたどり着き、辺りの様子を伺うも、そこに人の気配はない。しかし、床や壁には僅かに残った血痕があった。血痕をたどり家の外に出ると、野犬に掘り返された遺体があった。「国民大会の真の目的はこれだ。」キルアがそうつぶやく。キルアが気づいた真の目的とは・・・。

“選別”を阻止する為、キルアと別行動を取る事にしたゴンの前に新たなキメラアントが登場する。フクロウ男とコウモリ女。共に闇を狩り場とする夜のハンターだ。コウモリの大きな羽音に相反してフクロウの静かな羽音の攻撃にゴンは翻弄される。ゴンの超人的な対応能力によって、空振りする攻撃も精度を上げていく。このままでは埒が明かないとゴンは念を高め、「最初はグー！」と身構える。だが…。

ヂートゥを待ち伏せしていたナックルとシュート。ヂートゥが接近してきたかと思ったら、直前で進む方向を変更して二人の前から消え去ってしまった。「何故、待ち伏せがバレた！？…まさか！」ハッとした二人は何者かの存在に気がつく…。一方、キルアとゴンもまた尾行されている気配を感じていた。そしてついにゴンの前に尾行していたキメラアントが姿を現す・・・。

ゴンと別行動をしていたキルアに襲いかかる刺客がいた。タコ型のキメラアント・イカルゴである。イカルゴの能力は人間を宿主とし、足を変形させて作るエアガンからノミの弾丸を打つ事であるが、宿主を見つける前にキルアに捕獲されてしまう。仲間の能力を教えればイカルゴの命は保障すると交渉を持ちかけるキルアに対して、イカルゴは「仲間は売れない」とキルアの掴んでいた自らの銃口を折り、湖に身を投げる…。

仲間を裏切り、敵であったはずのキルアを救出したイカルゴ。その頃、ゴンもメレオロンというキメラアントと心を通じ合わせようとしていた。メレオロンは自らの能力をゴンに説明した。念能力者にとって自らの能力を明かすことは、リスクを負う事。それを承知でゴンと信頼を深めたかった。メレオロンの目的はキメラアントの王であるメルエムを倒す事だった…

選別までの間、王は暇を持て余していた。将棋、囲碁の名人を呼びつけては次々に勝利をしていく王・メルエム。戦闘能力だけではなく、知能においても人間以上の潜在能力を持つ絶対的存在。次に王が呼んだのは東ゴルドー共和国の国技でもある「軍儀」と呼ばれる盤上競技の世界王者・盲目の少女コムギ。杖をつきながら王の前に座った彼女は、対局が始まると目を見開き、盤を見つめた…。

ハンター・ノヴは、宮殿に向かって突き進んでいた。キメラアントのレオルとフラッタはノヴの能力を見定めようと監視しながら追跡するがノブの姿を見失ってしまう。また、ヂートゥの念能力に阻まれていたモラウがいよいよ反撃に出ようとしていた。キメラアントとハンターの攻防が続く中、宮殿では長時間にわたって「軍儀」を対戦する王とコムギがいた。一定のリズムをくずさないコムギに苦戦を強いられる王。しかし、徐々に王も要領を得て来た頃、コムギの手が止まる…。

つかみ所のない軍儀世界王者コムギという少女の出会いによって、王は苛立っていた。しかし、一方では其れを楽しんでいる。対局が再開し、王はコムギに賭けを提案する。コムギが勝てばコムギの望むものを。コムギが負ければ王はコムギの左腕を差し出すように要求をした。欲望と恐怖を与えて動揺を誘う王に対して、コムギはいつも対局の際に賭けているものではどうかと提案する。コムギがいつも賭けているもの。それは「命」だった…

王とコムギの対局が続く一方、ノヴは宮殿への侵入に成功した。他のハンターの侵入経路を確保する為の四次元マンションの入口の設置のためである。キメラアントの兵隊に見つかりながらも、極度の緊張状態の中、入口を作りながら徐々に玉座に近づいていく。中央の階段に迫り、二階にも四次元マンションの入口を作りたいと考えていたノヴ。しかし、中央階段まで来たノヴは階上からの不気味なオーラに身動きが取れなくなってしまう。

ライオン型のキメラアントのレオルに追われていたモラウは地下の教会で一騎打ちをする。レオルは念能力を発動し、巨大な高波とサーフボードを繰り出した。大きな波がモラウを襲う。レオルの乗ったボードがモラウに迫る。ボードで横一文字に切られ、傷口から血が吹き出る。「どーだ！オレ様のボードの切れ味は！？」レオルがモラウを挑発するとモラウの表情が変わる。「オメーの能力じゃねえだろ。そいつはオレのダチの能力だ。」怒りの表情でモラウの逆襲が始まる。

選別の開始まであと三日。新たな仲間を得たゴン達が突入作戦への準備を進めている中、軍儀を続けている王メルエルとコムギ。宮殿内では傷の治療を終えた王が軍儀を打ち続けていた。コムギは既に疲労困憊であった。王の側近シャウアプフは疲れきったコムギを見て、コムギの敗北も時間がかからないだろうと読んでいた。しかし、そんなコムギの表情を見た王は休憩を提案する。先の休憩の後は一切休まないという王自身の言葉を撤回したのだ。コムギと言う少女との出会いが少しずつ王を変化させていった。

選別開始まで残り一日。ゴン、キルア、イカルゴの三名が今夜行われる作戦の確認をしている。ありとあらゆるパターンをシュミレーションする必要がある。一方ペイジン市内では、突如けたたましいサイレンの音が響き渡る。「これより宮殿への移動を開始する。」というアナウンスが流れる。いよいよ選別開始の準備がなされようとしていた。少なくともかかっている５００万人の命。ハンターチームの討伐軍は王を…キメラアントを倒す事が出来るのか…。

宮殿の前で行進をする大群衆。選別が始まろうとしていた。一方宮殿内では、オオカミ型のキメラアント・ウェルフィンが何者かが宮殿に侵入していたことに気づいた。またビゼフ長官もパームが姿を消したことに気づき、宮殿内を探していた。ウェルフィンは鋭い嗅覚で侵入者の追跡を試みる。その中、ゴンたちもいよいよ行動を開始しようとしていた。

「突入一分前」。四次元マンションの内部で集結するゴン、キルア、ナックル、シュート、メレオロンの面々。モラウが激を入れる。「いくぞお前ら…」その二分前…東ゴルドー共和国のはるか上空から二つの光が落下していた。その存在に誰よりも早く気づいたのはネフェルピトーだった。「何かが来る…」その数秒後に予感が確信に変わる。「敵！」上空の雲間から巨大な龍が舞い降りてきた。いよいよヒト対キメラアントの決戦が始まる。

突然のゼノとネテロの攻撃により混乱する宮殿内。ゴン、キルア、シュートは王のいる部屋の下の階段で、王の元への侵入を阻止するユピーと遭遇する。そして、王の安否が気になるピトーとプフは早急に王の元へ向かった。王の元にたどりついたピトーが見た光景に、ピトーは目から涙を流す。王の身に一体何が・・・。

宮殿に突入したゴン達は異形と化したユピーの一撃により分断された。モラウの念の煙に包まれるユピー。煙によってユピーをかく乱し、モラウはシュートとナックルにすべてを託し、王の元を目指して進んでいった。一方、ゴンとキルアもそれぞれ単独で行動を開始した。

シャウアプフはモラウ。モントゥトゥユピーはシュートとナックル。それぞれがそれぞれの場所で戦闘を開始していた。そして、王もネテロ、ゼノと対峙。ゼノは巨大な龍のオーラを練りだす。王に向けて放たれたゼノの念オーラ「ドラゴンヘッド」。王はゼノのドラゴンヘッドに背を向けたまま避けようともしない。果たして王の真意とは…。いよいよ王とネテロの死闘が始まろうとしていた。

宮殿の地下でイカルゴはパームを救出するべく、独り奮闘していた。その一方で、ナックルはメレオロンのパーフェクトプランによって完全に消していた姿をユピーの前に表し、ユピーと全面対決にでた。メレオロンもほかの仲間を助けるために行動にでる。そのころ、頭のきれるウェルフィンはイカルゴの扮するフラッタに疑問を抱き、またかすかに臭うメレオロンの匂いにも気づき、追跡を開始していた。

「中の事はお前等で判断せい。」意味深にゼノがキルアとゴンに言った言葉の意味が明らかになる。カイトのカタキであるネフェルピトーのいる塔の奥へと進んだゴンとキルア。すると、ピトーの能力「ドクターブライス」が発動していた。ドクターブライスの触手が伸びる先は床に横たわった瀕死のコムギであった。ピトーを見つけたゴンはけたたましいオーラを漂わす。そばにいたキルアはピトーとゴンの気配に違和感を感じていた。それはピトーから敵意を感じないこと。そしてピトーはゴンに懇願する…。「なんでも、なんでも言うことを聞くから！」ピトーの思いとは…。

宮殿を後にしていたゼノをヂートゥが引き止める。新しい能力を手に入れ、ゼノに対して繰り出す気でいる。「後ろに気をつけた方がいい」ゼノがヂートゥにそう言った次の瞬間、何者かがヂートゥの背後から襲いかかる。一方で、瀕死のシュートを抱え、ユピーから逃げようとするナックルだったが、親友・シュートのためにユピーに一発殴らないと気が済まないとユピーに再度対峙する決意をする。またユピーもなかなか勝敗のつかない戦いに苛立ちを隠せないでいた。そしてユピーがとった更なる攻撃が始まろうとしていた。

ユピーは、「時間です。利息がつきます。」といくら攻撃を当てても離れないナックルの能力”ポットクリン”の存在に苛立ち暴れているように見せるため偽りの気炎をあげていた。。そんな中、変装したイカルゴはパームを救出しようと王宮の中を探しまわっている。と、何かに気づくイカルゴ。壁にオーラによって光る文字が記されていた。その文字は”凝”によって読み取る事が出来る。イカルゴがその文字を読み取る。「宮殿へ…決行時まで連絡無き場合……亡き者として行動されたし…」

ユピーが討伐軍の能力に対し、畏敬の念を持って認め始めていた頃、プロヴーダの砲撃を受けて粉々にされたトラックの下に隠れているイカルゴがいた。パーム救出のため宮殿に侵入していたイカルゴはプロヴーダが乗り込んだエレベーターが上に行かないのを見ると好機と太い眉を上げた。「エレベーターを起動させるには暗証番号が必要。暗証番号を知らないものが乗り込むとドアはロックされ、催眠ガスが流れ込む。」「眠ったプロヴーダを始末する」と脳内シミュレーションを終えたイカルゴ…そして「暗証番号（コードナンバー）を入力してください」エレベーターのアナウンスが流れるが…

顔を強ばらせたナックルが立ち尽くしている。瀕死であったシュートが居なくなっていた。そんな頃、プフのサナギの前に悩み続けていたモラウが遂に行動に出ようとしていた。巨大キセルを肩に担ぎ、ネジを巻くようにググッと体を捻る…そして視線の先にあるサナギを破壊した。その中には読み通りプフはいなかった…。プフは玉座の間の外、ドーム状の屋根の上に立っていた。「くっ、くっ…」と不気味に笑い出すプフ。モラウはプフの異様な気配を感じていた。

傷ついたコムギを、自身の能力『ドクターブライス』で治療するネフェルピトー。そのそばで、じっと治療の終了を待つゴンがいる。背後でその光景を見ていたシャウアプフは、その雰囲気にただならぬものを感じていた。一方、中央塔の付近では、怒りをコントロールすることで肉体を次々に変異させたモントゥトゥユピーがいた。ユピーが念能力の使用が不可能になるまであと３分５０秒。ユピーはモラウが最後の力を振り絞って作ったナックルの化身に対して狂ったように歓喜をあげ、「オレをもっと怒らせろ！」と嬉しそうに攻撃をはなつ。戦いはついに最終局面を迎える。

決戦の地へと、ゼノの能力・ドラゴンヘッドが星の瞬く夜空を飛んでいる。龍の腕には王・メルエム、龍の胴体にはネテロ。到着した荒野でネテロと向き合う王は「なぜ戦う？」と問う。王はコムギとの出会いを通し、人間にも”生かすに足る人間”がいる事を知り、ネテロもそれに該当すると考えたのだ。矛を収めるのであれば許すとの王の提案に、聞けない相談と念をまとい構えるネテロ。遂に王と会長の闘いが始まろうとしている。

王とネテロ会長の真の闘いが始まろうとしていたその頃、ブロヴーダにとどめを刺せなかったイカルゴが宮殿地下のモニター室でコンソールに突っ伏し、涙で顔を濡らしながら悔しげに泣き続けていた。しかしイカルゴは、パームを探すという使命を思い出し、自身に気合を入れ顔を上げる。だが、その目に飛び込んできたモニター映像は、イカルゴを困惑させるものだった。閉まっているはずの防火壁が上がり、扉も開放されている…。そして突如、背後から「動くな」の声。ミサイルマンの能力を発動させ、構えるウェルフィンだった。

宮殿内の部屋で充電が完了したキルアは、目にも止まらぬ速さでゴンのもとへと走り出すが、何者かの気配を感じ立ち止まった。覚えのある気配を纏い、静まりきった廊下でキルアに歩き近づいて来たのは、無表情で長髪細身の女…パーム。しかし面影を残しながらも以前のパームではない事が明白なその姿は護衛軍に捕まったことが明らかであり、キルアの神経を激しく波立たせる。もしパームの心までも完全に変えられていたら、ゴンは壊れるかもしれないと確信したキルアは、自身が確かめるしかないと決意、パームの正面に立ちはだかる。

王の下（もと）へ急ぐシャウアプフとモントゥトゥユピー。その頃、宮殿２階の部屋では、座って待つゴンの前で、ネフェルピトーがドクターブライスでコムギの治療を続けていた。また、後方でそれを見るプフの背後には、メレオロンの制止を振り切ってプフとの直接対決に臨もうとしているナックルの姿があった。しかしプフは、ここにいるのは分身であり、本体は王の元に向かっているとナックルに告げる。プフは何故その事実を先にナックルに伝えたのか。…緊迫した心理戦が行われる。しかしそのような中でも、ゴンの視線はピトーにだけ向けられていた。 一方、兵器実験場の岩山では王・メルエムは王自身の名を知るというネテロに驚く。そしてネテロは「負けを認めさすことができれば」それを教えるというが・・

激しく強烈な連打を放ち続けるネテロの奥義”百式観音”は、その巨大な手で王を地面に叩き飛ばし、虫を殺すが如く王を叩き潰す。しかし王自身はまったくの無傷。連続する百式観音の攻撃から飛び出した王がネテロに反撃を仕掛けるが、ネテロも王の攻撃をかわすハイレベルな戦闘が続いている。王との戦いに悦びを感じるネテロ。それは王も同様だった。王は攻撃をかわし、仕掛けながらもひたすらに考え、感じていた。ネテロに対しての惜しみなき賞讃を…。

「メルエム……それがお主の名だ」。迫る王にネテロは遂に名を告げる。そして次の瞬間、白い光がすべてを飲み込んだ。胸に仕込んであったミニチュアローズと呼ばれる抜群の殺傷能力をもつ爆弾を、ネテロは自らの心臓を止めることで起動させた。全てを終わらせるためにネテロは自爆した。人と蟻はどこが違うのか。今となっては確かめようもない。兵器実験場に向かっていたプフとユピーは瞬時に事態を理解し、爆煙に向かって全速力で向かってゆく。

王・メルエムの変わり果てた姿を見たプフとユピー。この世の終わりを嘆くが如く悲しみに満ちた声がただ響き渡る。涙に顔を濡らし、絶望に苛まれる二匹。が、王はまだ死んではいなかった。プフは瞬時に王を救う方法を思いつく。「私を召し上がっていただく」。王の命を救うため自らの身を捧げるプフの表情は、絶望の涙から王をいやせる歓喜の涙に変わった。そして…

蘇った王は自らをメルエムと名乗るものの、その記憶の一部は失われていた。シャウアプフとモントゥトゥユピーを連れ、自身の記憶を取り戻すべく王は宮殿へ向かう。

プフは護衛軍として、女王の遺志を継ぐ者として、コムギに関する記憶が戻らないままの方が王のためであると考え、分身をいち早く宮殿へ差し向けコムギを消すべく宮殿を捜索する。そしてコムギを背負い宮殿の一角の壁の上の通路に立つキルアの姿を発見し…。

宮殿へと降下する王メルエム、ユピー、プフの眼下には選別で集められた数万人もの人民の列。そしてその列にまぎれているナックル、傍らのメレオロン、宮殿裏のパーム、回廊の屋根の上のイカルゴらは、王達の帰還を知り険しい顔で見上げた。一方、王の記憶を呼び起こす鍵となるであろう軍儀の盤とコマを捜索していたプフの分身は、壊れ散らばる盤とコマを発見、隠蔽を図る。その頃ゴンは、ペイジンの隠れ家の古城でカイトを治すべく、ネフェルピトーを先に立たせ広い廊下を進んでいた…。

「カイトを元に戻してよ。お願いだよ……？」ゴンはピトーに大粒の涙を流しながら訴える。ピトーの足元には動かぬカイトの姿。しかし、ピトーが自身の能力・ドクターブライスで治しているのはカイトではなく自らの腕であった。治療の終了を左手の指を１本ずつ動かし確認し、ピトーは言った。「残念だけど、君を殺さなきゃ。王の為に」。ゴンは驚いたようにピトーを見つめ、オーラを纏い「嘘つき…」とつぶやいた。室内のロウソクの火が消え、風が吹き始める…。

ゴンとピトーの戦闘が終わった。その頃、メルエムとユピー、プフは西塔の前にいた。メルエムがコムギの記憶を取り戻す事が心配で、気が気でない様子のプフ。メルエムは西塔の室内を観察し「何か足りぬ…」と焦燥を感じていた。ピトーを呼び戻すというユピーの提案にメルエムの頭が痛みだす。ピトーに何か頼んだはず。ピトーをすぐに呼び戻せ…護衛軍にメルエムが指示を出す。

コムギをメルエムが思い出すことに不安を抱くプフ。そう思いながらも彼はおびただしい数の人民達に鱗粉をまいていた。王へ自身を献上した事による明らかなパワーダウンを感じながら……。ピトーがまだ戻って来ていない事に気がつくプフ。プフはゴンとピトーの戦いの結末を知らない。一方、地下ではイカルゴとパームがトラックの荷台の中にいたブロヴーダ、ウェルフィンと行動を共にしていた。イカルゴたちはウェルフィンにコムギの存在を王に知らせる為のメッセンジャー役を頼む。ウェルフィンはその行動を懐疑的に思いながらもその役を引き受けることに…。

ミニチュアローズにより瀕死の状態に陥りながらも復活した王・メルエムだが、コムギについての記憶を失い思い出せぬ事に苛立つ一方、シャウアプフが何かを隠している事には気づいていた。王はより高い次元の能力へ昇華させた“円”を全身から放ち宮殿の隅々までを把握、そして新たにその”円”に反応したウェルフィンの目前に瞬時に降り立ち、問う。「ユピーを仕留めたのは貴様か？」王メルエムの鋭い目はウェルフィンを戦慄させる。

ウェルフィンのたった一言でメルエムはコムギの存在を思い出した。宮殿地下通路から地下の家に歩みを進めた王は、光子に変えたオーラにより、そこに隠れるパームの存在を完全に把握していた。王の口から、戦いの終結とここへ来たたった１つの驚くべき理由を聞き、パームは動揺した。しかし王が腰を落とし頭を垂れてまで頼むその重大さを、既に体の一部がキメラアントであるパームは強く理解、遂に王にコムギの場所を告げる決心をした。但し、ある１つの条件と共に…

王・メルエムの死によって人類対キメラアントの闘いは終幕を迎えた。多大な犠牲を出した人類だが、結果キメラアント軍に勝利した。ウェルフィン、ブロヴーダ、ヒナ、シドレらキメラアントは、前世の記憶が有る者、無い者、各々それぞれ別の人生を歩んでいく事になる。シドレとブロヴーダは、とある村にたどり着いた。キメラアントの２匹を見るや否や、忌避する村人たち。だが、やがてブロヴーダの言葉に耳を傾け始める。