Gon, un chico de 12 años, cumple una promesa que le hizo a Mito-san, la mujer que lo crió, con el fin de obtener el permiso para emprender un viaje para tomar el examen de Cazador y convertirse en un Cazador como lo fue su padre. Mientras navega para el lugar donde será impartido el examen, Gon conoce a Leorio y a Kurapika, quienes también están intentando convertirse en Cazadores. Pero los tres tienen un comienzo difícil...

Gon, Leorio y Kurapika han llegado al lugar donde se impartirá el examen. Siguen el consejo del capitán y se dirigen por un atajo hacia ese lugar. En el camino, pasan por un barrio donde un grupo de señoras mayores esperan por ellos. Las señoras les dicen que deben pasar una prueba que ellas les pondrán o serán descalificados del examen de Cazadores.

Los navegantes llevaron a Gon y compañía al lugar donde se impartirá el examen, donde ya han llegado muchos aspirantes. Entre ellos se encuentra el veterano Tonpa, el espeluznante Hisoka, el conversador ninja Hanzou y un niño con una patineta, Killua. Finalmente está por dar comienzo la primera fase del examen.

La primera fase del examen consiste en seguir al examinador Satotz hasta el lugar donde se celebrará la segunda fase. Un buen número de aspirantes han abandonado el examen debido a esta ardua tarea que no parece tener fin. Leorio, ya muy cansado, corre junto a Kurapika y en su conversación aprenderemos un poco más sobre los motivos para tomar el exmane de Leorio. menos

Los aspirantes final llegan al final del eterno túnel y llegan hacia unos humedales donde son atacados por diferentes monstruos que intentan engañarlos. El grupo se separa en dos, Killu y Gon al frente, y Leorio y Kurapika quedan retrasados. En ese momento ven a un grupo de aspirantes que rodea a Hisoka.

Después de un pequeño enfrentamiento con Hisoka, todos llegan a la segunda fase del examen, donde los reciben Menchi y Buhara, unos Cazadores Gourmet. Para poder pasar a la siguiente fase los aspirantes deberán preparar un plato con cerdo que sea delicioso, aunque parece que no será tan fácil...

Una vez finalizada la segunda fase del examen, los aspirantes suben a una aeronave que los transportará a la siguiente fase. Durante el viaje, Gon y Killua se encuentran con el Presidente Netero, quien les propone un pequeño juego...

La aeronave finalmente llega a su destino, la cima de una prisión llamada Trick Tower. El objetivo de los aspirantes es encontrar un camino hasta la base en menos de 72 horas. Durante ese proceso, Gon y compañía caen en una habitación secreta, y se les plantea un desafío donde deberán decidir todo por mayoría.

Durante el desafío de la votación por mayoría, los cinco miembros del grupo llegan a una habitación donde se tendrán que enfrentar a cinco prisioneros de distintas maneras. El grupo necesitará ganar 3 duelos para poder pasar, mientras que los prisioneros intentan retrasarlos para así poder disminuir sus propias condenas.

Gon y Kurapika ganan sus enfrentamientos, logrando que el grupo tenga ventaja, pero los prisioneros dicen que Majitani solo está inconsciente, así que no dan el enfrentamiento de Kurapika como cerrado. Kurapika se niega a regresar a terminar con Majitani, lo que genera la ira de Leorio.

Leorio sigue en su duelo de apuestas por tiempo con Leorute, y en una situación de desesperación decide recurrir a un duelo de piedra, papel y tijeras.

Encerrados en una habitación, el grupo pasa las 50 horas de penalización por la derrota de Leorio. Cuando por fin salen, se ven obligados a tomar una dura elección para poder pasar a la siguiente fase del examen.

Terminada la tercera fase del examen, Gon le envía una carta a su tía Mito contándole todas las aventuras que ha pasado hasta ahora en el examen.

Empieza la cuarta y penúltima fase del examen de Cazador. Los aspirantes deberán pasar una semana en la Isla Zevil, donde deben quitarles la placa de identificación a su objetivo y evitar que se las quiten a ellos.

Luego de dominar la técnica con la caña de pescar, Gon sale en busca de Hisoka. Mientra tanto, Leorio se encuentra con Tonpa, quien por lo engaña para quitarle su placa.

Derrotado y humillado por Hisoka, Gon vuelve al punto de inicio de la prueba donde se encuentra con Kurapika y Leorio. Entre los tres salen a buscar a Ponzu, el objetivo de Leorio, quien se encuentra oculto en una cueva.

Termina la cuarta fase del examen, y los aspirantes restantes vuelven a la aeronave para ir a donde se celebrará la última fase del examen. Mientras están ahí, el Presidente Netero decide entrevistarlos a todos.

Empieza la última fase del examen, donde los aspirantes deberán enfrentarse en combate hasta que uno se rinda, y en el cual solo quedará un aspirante descalificado. Gon arranca en el primer combate contra Hanzou, quien domina la pelea, aunque Gon niega rendirse.

Gon despierta junto a Satotz, quien le dice que ya ha terminado el examen de selección y que quien ha reprobado es Killua. A continuación Satotz pasa a contarle lo ocurrido a Gon.

Gon se enfada con Illumi, quien le dice que Killua ha regresado a su hogar en la montaña Kukuroo. Entonces Gon y compañía deciden ir a recuperarlo.

Finalmente Gon, Kurapika y Leorio llegan a la montaña Kukuroo, donde se encuentran frente a una enorme puerta que les impide el acceso a la residencia de los Zoldyck.

Gon, Kurapika y Leorio se ponen a entrenar para abrir La Puerta de la Prueba, hasta que finalmente lo logran. Una vez dentro del territorio de los Zoldyck se encontrarán con otro guardia que no desea dejarlos pasar.

Gon finalmente logra quebrar a Canary, quien recuerda cómo conoció a Killua. En el mismo momento en que estaban a punto de pasar, aparece la madre de Killua y su hermana menor para decirle que Killua no los puede ver. Mientras tanto, los demás miembros de la familia Zoldyck debaten qué hacer con Killua.

Gon y los demás llegan a la mansión de los mayordomos, donde el jefe de los mayordomos, Gotoh, los somete a una prueba mientras esperan a Killua.

Gon le envía una nueva carta a Mito y a su abuela, contándole sobre las fases finales del examen de Cazador y la aventura en la residencia de Killua.

Gon y Killua finalmente llegan al Coliseo del Cielo, donde el nivel de los peleadores se divide de acuerdo al número de piso. Ambos avanzan sin demasiados problemas, y en su camino conocen a un misterioso jovencio, Zushi, quien usa una técnica desconocida para ellos.

Después de su combate con Zushi, Killua se pregunta qué es lo que utilizó Zushi para resistir tanto, por lo que van a hablar con su maestro Wing para que les enseñe sobre el Nen. Mientras tanto, tanto Gon como Killua llegan al piso 200, donde los espera un viejo conocido.

Con el tiempo en su contra, Gon y Killua deben aprender a usar Nen y Ten para poder atravesar el lugar donde los espera Hisoka y así registrarse en un combate en el piso 200.

Gon sigue en su combate contra Gido, quien le saca una gran ventaja debido a su uso de Nen. Por otro lado Kurapika busca trabajo como Cazador, aunque no logra conseguirlo.

Mientras Gon se recupera de sus heridas, se lleva a cabo el combate de Hisoka contra Kastro, quien le guarda rencor por su anterior derrota.

Finaliza el combate entre Kastro y Hisoka, quien luego es visitado por uno de los miembros del Gen'ei Ryodan. Mientras tanto, Gon y Killua empiezan a entrenar su Nen.

Gon y Killua analizan el combate de Hisoka junto a Wing, quien les enseña otra aplicación del Nen, el Gyo. Después de dominarlo, Gon y Killua deciden poner fecha a sus próximos combates, aunque no lo podrán hacer libremente.

Gon y Killua se enfrentan a Gido y compañía para vengarse por lo que le hicieron a Zushi ante la atenta mirada de Hisoka.

Gon y Killua siguen entrenando para mejorar su habilidad Nen, y ambos descubrirán qué tipo de Nen tienen, el cual se divide en seis clases. Luego de eso, vendrá la esperada pelea contra Hisoka.

Gon sigue en su difícil lucha con Hisoka, quien parece dominar sin mucho problema la pelea.

Gon regresa a Isla Ballena junto a Killua. Una vez ahí, Mito le cuenta a Gon sobre su padre, el famoso Cazador, Ging.

Gon sigue escuchando la cinta que le dejó Ging, donde este reta a Gon a que lo encuentre. Para eso los chicos deciden investigar una tarjeta de memoria, que estaba dentro de las pertenencias que dejó Ging.

Kurapika logra aprender a manejar el Nen y busca un empleador que tenga influencia en la subasta de Yorknew para así poder vengar a su clan.

Kurapika y otros Cazadores que buscan trabajo son convocados por un coleccionista de trofeos humanos, y son puestos a prueba para ver su valía. Mientras tanto, Gon y Killua emprenden el viaje a Yorknew para conseguir información sobre Greed Island, el juego que puede darles alguna pista para llegar a Ging.

Todos se dirigen hacia Yorknew, donde se llevará a cabo la mayor subasta clandestina del mundo. Entre los que se dirigen ahí están los miembros del Gen'ei Ryodan, un grupo que planea hacer un golpe a la subasta.

Gon y Killua se reúnen con Leorio, y entre los tres buscan la forma de conseguir dinero para la subasta. Mientras tanto Kurapika es desplegado junto a Senritsu y ambos se cuentan sus motivos para estar en la subasta.

Comienza la subasta clandestina, y los miembros del Gen'ei Ryodan se disponen a atacarla para robar toda la mercancía.

Llegan algunos miembros de las Bestias de las Sombras a enfrentar a los miembros del Gen'ei Ryodan, quienes envían a Uvogin a la pelea, debido a su tremendo poder.

Kurapika logra atrapara Uvogin y lo trasladan a un edificio de la mafia. Por otro lado, los miembros restantes de las Bestias de las Sombras combaten con el Gen'ei Ryodan.

Luego de que sus compañeros del Ryodan lo liberaran, Uvogin sale a buscar a Kurapika para vengarse. Mientras tanto, Gon y compañía siguen buscando la mejor forma de hacer dinero.

Kurapika comienza su batalla contra el poderoso Uvogin. Durante la batalla, Kurapika muestra sus nuevos poderes Nen y veremos cómo los obtuvo.

Gon y compañía buscan información de los miembros del Gen'ei Ryodan, y para conseguir el dinero comprarla deciden utilizar Gyo para reconocer los objetos que sean hechos por personas asombrosas. Durante esto, conocen a Zepile, un tasador.

Gon y Killua consiguen información del paradero de dos miembros del Gen'ei Ryodan, y deciden perseguirlos sin que los descubran.

Gon y Killua son capturados por los miembros del Gen'ei Ryodan, quienes los interrogan para saber si conocen al bastardo de la cadena.

El jefe del Gen'ei Ryodan mueve ficha y secuestran a Neon para así poder ingresar a la sala de subastas mientras los otros miembros se acercan de a poco al lugar.

Los miembros del Ryodan crean un gran alboroto y todos los peces gordos de la mafia entran en pánico. En ese momento entran en escena dos de los miembros más importantes de la familia Zoldyck, Silva y Zeno, quienes se enfrentarán a Chrono.

El líder del Gen'ei Ryodan ha muerto, esas son las noticias que trascienden y dejan sorprendido a Kurapika, quien incrédulo, intenta ir a ver el cadáver.

Kurapika deprimido por la muerte de las arañas, se reencuentra con Gon y los demás. Mientras Gon le pedía que les enseñe a usar el Nen, Kurapika recibe un mensaje de Hisoka, quien le dice que los cadáveres eran falsos.

Hisoka miente sobre su predicción a los miembros del Ryodan, provocando que el jefe decida cambiar los planes. Mientras tanto, Gon y compañía elaboran una estrategia para capturar a Pakunoda.

Los miembros del Ryodan salen en la búsqueda del bastardo de la cadena, a su vez Kurapika va a buscarlos junto a los demás con la ayuda extra de Senritsu.

Luego de que los miembros del Ryodan secuestraran a Gon y a Killua, Kurapika traza un plan para secuestrar al líder del Ryodan y recuperar a los chicos.

Pakunoda acude al intercambio propuesto por Kurapika para así poder recuperar a su jefe, pero Kurapika le impone dos condiciones tanto a ella como a Chrollo, por lo que no le puede informar lo ocurrido a los demás miembros del Ryodan.pero no será tan fácil.

Terminado el conflicto con el Gen'ei Ryodan, Gon y Killua vuelven a su objetivo original: conseguir la pista que dejó Ging dentro de Greed Island. Para eso intentan convencer a uno de los compradores del juego a que los dejen jugar, pero no será tan fácil.

Gon y Killua entrenan durante cuatro días y finalmente van a la prueba de reclutamiento con la esperanza de que Tsezgerra los deje jugar a Greed Island. Mientras tanto, Kurapika se retira con Senritsu y Leorio se va a estudiar medicina.

Gon y Killua empiezan a andar por el juego y son atacados de repente por un jugador que le pone un hechizo a Killua y luego huye. Luego llegan a un pueblo, y para obtener información sobre ese hechizo, asisten a una reunión donde se intenta formar una alianza de jugadores para combatir a otros jugadores que asesinan gente. menos

Los miembros del Gen'ei Ryodan también entran a Greed Island y deducen que no es un mundo virtual, sino un lugar en el mundo real. Por otro lado, a Gon y Killua los empieza a seguir una niña, quien se muestra muy conocedora sobre los diferentes aspectos del Nen.