12歳のゴンは父と同じハンターになるため、育ての親であるミトさんとのある約束を果たし、ハンター試験の旅へと出た。試験会場へと向かう船で、ゴンは同じハンター志願者のレオリオとクラピカに出会う。彼らはお互いを良く思わず、いざこざが始まってしまい・・・。

試験会場のある街に着いたゴン、レオリオ、クラピカの3人は、船長のアドバイス通り、試験会場への近道を目指す。途中にあるスラム街に入ったところに、3人を老婆たちが待ち構えていた。老婆は3人へ、答えられなければ試験に即失格のクイズを出す。

キリコに連れられて、ついに試験会場の中に入った3人。会場にはすでに多数の受験生たちがひしめいていた。試験のベテランだと語るトンパ、不気味な雰囲気をだすヒソカ、おしゃべりな忍者のハンゾー、そしてスケボーを手にした少年キルア。いよいよ1次試験が始まる。

1次試験は、2次試験会場まで試験官サトツについて行くこと。ゴールの見えない単調なコースに数名の脱落者が出始めていた。クラピカと共に走るレオリオにも余裕がなくなっていたが、ハンターへの執念からなんとかついていく。80キロ地点をこえたところで目の前には階段、さらにはサトツのペースも上がり・・・。

長い地下トンネルを抜けた受験者に待ち受けたのは、霧の濃い湿原地帯だった。見晴らしが良くないことで、様々なモンスターに襲われる受験者たち。ゴンとキルアは前の方へと走っていたが、後ろを走るレオリオとクラピカの目の前では、ヒソカが受験者たちに囲まれていた。

ヒソカとの対峙の後、ゴンたちは2次試験会場に無事たどり着くことができた。2次試験を担当する試験官はメンチとブハラ。彼女たちが出す課題は、料理をつくることだった。美食ハンターのメンチを満足させる料理を作るため奮闘する受験生たち。はたして、メンチを満足させる料理は出てくるのか・・・。

2次試験を無事に終えたゴンたちは3次試験会場へ向かうため飛行船に乗っていた。飛行船の中を探検していたゴンとキルア。二人は探検中にでくわしたネテロとゲーム対決をすることになった。しかも、ネテロが持っている球を奪うという単純なゲームなのに、勝てばハンターの資格をもらえるという。

飛行船がついた先は3次試験会場トリックタワーの屋上、制限時間72時間以内に地上に生きてたどりつけば合格。なんとかタワー内に入ることができたゴン、キルア、クラピカ、レオリオ。しかし、それ以上は5人のメンバーが揃わないと前へ進めないようになっていた。あと1人は誰が来るのか・・・。

４試合中3勝しなければならないゴンたち。2試合目はローソクの火が先に消えると負けの勝負にゴンが挑んだ。しかし、ゴンのローソクには仕掛けがされていた―。続くクラピカは連続殺人犯のマジタニとデスマッチをすることに。勝負を受け入れたクラピカだが、マジタニの背に幻影旅団の証であるクモの刺青を発見し・・・。

ゴンとクラピカが勝利し、２勝１敗になったかと思われたが、マジタニは気絶しているだけでクラピカの勝負は決着がついていないと敵に主張される。とどめを刺さないクラピカに対して焦りから苛立ちを募らせるレオリオ。5人の間に不穏な空気が流れ始め、時間ばかりが過ぎていく・・・。

レオリオが制限時間をチップに行っている賭け勝負。気付けばレオリオの残りチップは10時間になっていた。窮地に立たされたレオリオが選んだ賭け勝負はジャンケン。自信満々のレオリオだったが、まんまと相手の心理作戦に負けてしまう。2勝2敗、後がない状況で勝負の行方はキルアに託された。

50時間の待機時間を5人はそれぞれに過ごしていた。やっと再スタートを切り幾度と無く多数決で難関を切り抜け残り1時間のときに２つの扉の前にたどり着く。一つは5人で行けるが長く困難な道。もう一つは3人しか行けないが短く簡単な道。再び多数決で行く道決めなくてはならない5人が進んだ道とは・・・。

育ての親のミトは、危険なハンター試験を受けに行ったゴンを心配していた。そんなミトに、気が合う受験者との出会いや彼らと難関を突破しているゴンからの手紙が届いた。

第4次試験会場のゼビル島へ向かう受験者たち。そこで行われるのはくじで引いたナンバーの受験生が持っているプレートをとれば3点、自分のプレートが3点、その他のプレートが1点で1週間で6点持っていれば合格の試験が実施される。ゴンが引いたターゲットとは・・・。

ゴンはターゲットであるヒソカを好血蝶を頼りに探し出し、なんとか得意の釣竿でプレートを奪えないかとタイミングを待っていた。一方、レオリオはトンパに騙されて、自分のプレートを奪われてしまうが、クラピカの助けにより取り戻す。お互いがターゲット同士でないとわかったクラピカとレオリオは同盟を結ぶ。

ヒソカに狙われたクラピカとレオリオだったが、交渉により戦うことは回避できた。しかし、殺気がおさまらないヒソカは次なるターゲットを探す。ヒソカがターゲットを襲う瞬間を狙ってゴンは釣竿でヒソカのプレートを奪うことに成功した。しかし、逃げようとした瞬間、他の受験者に襲われプレートを奪われてしまい・・・。

キルアはあとをつけてくるイモリに勝負をしかけ、難なくかたをつけていた。一方ゴンは、レオリオとクラピカの元へ合流。レオリオのターゲット、ポンズのプレートを奪うために作戦を練ることに。3人はポンズを追って怪しい洞窟へたどり着く。単身乗り込んでいったレオリオだったが―。

洞窟の中で毒蛇に囲まれ八方塞のゴンたち。毒蛇の罠をしかけた張本人であるバーボンは既に死んでしまい、解除の仕方もわからない。そんな中、毒蛇にかまれたレオリオの容態は悪化していく―。なんとか、脱出に成功したゴンは無事に試験を突破。次なる試験の前に最終試験受験者はネテロと面接をすることに・・・。

ついに最終試験へと進んだゴンたち。最終試験は勝ったものから抜けていくトーナメント戦だった！相手を殺したら即失格のルールのもと、行われた第一試合はゴン対ハンゾー。ハンゾーに手も足も出ないゴンだが全く降参しようとしない。ついに痺れを切らしたハンゾーは腕を折ると脅したが―。

ハンゾーとの闘いにより腕を折られたゴンは、病室で目覚めたときにサトツからハンター試験の合格を言い渡される。落第者がキルアだと聞かされたゴン。信じられないゴンは、サトツから兄であるイルミと対決したときのキルアの様子を聞き―。

キルアに人殺しを無理矢理させていたのなら許さない――。イルミに対し怒りをぶつけるゴンは、キルアを連れ戻しにククルーマウンテンに行くことを決意する。旅立つゴンたちを見送りながら、サトツは「まだハンター試験は終わっていない」と呟く・・・。

パドキア共和国に到着し、キルアがいるククルーマウンテンへ観光バスで向かうゴン、レオリオ、クラピカ。しかし、城壁のような正門に阻まれてしまう。脇にある守衛の門から入ろうとしても、番犬に食い殺されるという。なんとしてもキルアに会いたいゴンたちは守衛にキルアの友達だと名乗り、取り次いでもらうよう頼み込むが―。

キルアに会うために「試しの門」から中へ入ることを選んだゴンたち。門を開けるため、使用人の部屋で身体を鍛えることとなる。一方そのころ、キルアはゴンたちが自分に会いに来ていることを知る。特訓の成果を発揮し、門を開け中に入ったゴン、レオリオ、クラピカだったが、執事見習いカナリアに行く手を阻まれ―。

キルアを想うカナリアの手助けで、屋敷へ近づけたゴンたち。しかし、キキョウから独房にいるため、キルアには会えないと言い渡される。そのころキルアはシルバに呼ばれ、「友達に会いたいか？」ときかれる。正直に会いたいと告げたキルアは、ゴンたちのもとへ行くことをゆるされ・・・。

カナリアに案内されて、執事室へたどり着いたゴンたち。そこで出会った執事のゴトーから、キルアの友達としてふさわしいかを判断するコインゲームをもちかけられる。ゲームを切り抜けて、無事にキルアとの再会を果たしたゴンは次なる目標にむけて進み始める…。

くじら島にすむミトさんにゴンから手紙が届き・・・。