La squadra indaga su un nuovo inarrestabile soldato nemico creato da Anubis. Il dottor Jackson guida una squadra alla ricerca di un dispositivo alieno in America Centrale, ma ottiene più di quanto si aspettasse.

O'Neill chiede aiuto a un ex compagno per salvare Daniel e il dottor Lee, rapiti in America Centrale. Carter, Teal'c e Jacob si infiltrano nella struttura di super-soldati di Anubis.

La base segreta della Terra viene attaccata dalle forze di Anubis e il Maggiore Carter si ritrova ad essere braccato dal nemico. Il generale Hammond e Jacob Carter fanno una scoperta inquietante sull'alleanza Terra-Tok'ra.