Il dottor Jackson, su un pianeta per condurre alcuni scavi archeologici, viene catturato da un Unas; la SG-1, inviata alla sua ricerca, scopre che un'altra squadra è stata sterminata e che le acque del pianeta sono piene di simbionti goa'uld.

Teal'c, su Chulak per organizzare una ribellione jaffa, viene catturato da Heru-ur. Nel frattempo il resto della SG-1, all'oscuro dell'accaduto, cerca di sabotare l'alleanza che si sta per formare tra Apophis ed Heru-ur, il quale intende offrire Teal'c come dono al suo ex nemico.

Nel corso di un'esplorazione con una sonda in un mondo abitato da creature elettroniche, un'entità aliena riesce ad infiltrarsi nei computer della base; dopo un primo tentativo di distruggerla, questa si trasferisce nel corpo di Carter, rivelando che la sonda terrestre ha causato un disastro sul suo mondo.

Il team SG-1 scopre una civiltà che sta utilizzando gli Unas come schiavi. Così i membri della squadra devono insegnare alla tribù di Chaka, un amico di Daniel, il concetto di insurrezione.

Un carismatico leader dei Jaffa sta cercando di fomentare la ribellione della sua gente contro i Goa'uld. Per questo chiede aiuto ed alleanza alla Terra. Così crea un nuovo pianeta natale dei Jaffa, grazie alle armi dei Signori del Sistema i cui eserciti sono stati sconfitti.

La squadra SG-1 trova un mondo controllato dai Replicatori e una giovane ragazza che potrebbe conoscere il segreto per la salvezza degli Asgard.

La tensione tra i Tok'ra e i Jaffa ribelli nella base extramondo dell'S.G.C. aumenta quando vengono attaccati da un nemico invisibile.

Un adolescente si presenta all'S.G.C. affermando di essere Jack O'Neill, mandando la squadra in missione per scoprire la sua vera identità.

Dopo una ferita, Teal'c deve mettere da parte i suoi dubbi quando l'SG-1 lancia una missione per salvare suo figlio e il suo mentore da un campo di sterminio Jaffa.

Quando i tentativi della Terra di sfruttare una miniera di naquadah appena scoperta vengono ostacolati da una tribù di indigeni Unas, l'SG-1 deve chiedere aiuto a un vecchio amico.

O'Neill chiede aiuto a un ex compagno per salvare Daniel e il dottor Lee, rapiti in America Centrale. Carter, Teal'c e Jacob si infiltrano nella struttura di super-soldati di Anubis.

La base segreta della Terra viene attaccata dalle forze di Anubis e il Maggiore Carter si ritrova ad essere braccato dal nemico. Il generale Hammond e Jacob Carter fanno una scoperta inquietante sull'alleanza Terra-Tok'ra.

Teal'c diventa il principale sospettato in un'indagine per omicidio dopo essersi trasferito in un appartamento fuori dalla base. Carter valuta il suo futuro con Pete.

Un duplicato del Colonnello Carter chiede aiuto al Comando Stargate per sconfiggere il Quinto Replicatore, che sostiene di aver trovato un modo per contrastare la nuova arma degli Asgard.

L'SG-1 viene in aiuto di un mondo che sta per essere invaso dai Goa'uld, solo per scoprire che il re locale è l'Harry Maybourne della Terra.