Docteur en sciences politiques et expert en négociations internationales, Elisabeth Weir a remplacé le général Hammond à la tête du programme Porte des Etoiles. Alors que les activités de la base en antarctique sontmomentanément suspendues, elle convient de la nécessité d'envoyer Sam et Teal'c requérir l'aide des Asgards ; seule solution pour libérer le colonel O'Neal, tenu en état de stase depuis l'éclaboussante victoire des terriens sur l'armée d'Anubis anéantie. Au même instant, le Haut Conseil des grands maîtres délègue trois émissaires au prétexte de négocier un traité d'alliance contre Ba'al. Celui-ci, profitant de la disparition d'Anubis a annexé ses guerriers drones et représente un danger pour tous...

Les grands maîtres Goa'uld sont faits prisonniers. Thor et Teal'c apprennent que tous les Réplicateurs n'ont pas été détruits et qu'ils commencent à prendre le contrôle de la nouvelle planète des Asgards, Orilla, sur laquelle ils tentaient de reconstruire leur civilisation.

Depuis 5 jours qu'il est au commande du SGC, le général Jack O'Neil doit faire face à de multiples épreuves. Premièrement, la croissance exponentielle d'une plante alien rapportée d'une mission. Deuxièmement, la capture de Sam, Daniel et Teal'c par des rebelles Jaffa. Enfin, l'organisation de négociations entre émissaires de l'Alliance puis l'arrivée d'un traitre nommé assistant administratif d'O'Neil, Marc O'Neil. Un générateur datant des Anciens pourrait débloquer une situation apparemment sans issue...