Zwei weltfremde Wissenschaftler werden Zeugen, wie SG-1 von den Goa'uld entführt wird. Trotz anderslautender Befehle versuchen sie, das Team zu retten. SG-1 verfolgt unterdessen seine eigenen Pläne, in denen ein Spion der Tok'ra eine wichtige Rolle spielt.

Daniel Jackson erscheint O'Neill und warnt ihn, dass der Goa'uld Anubis das Auge des Ra lokalisiert hat. Das sagenumworbene Objekt, das ungeheure Macht verleiht, ist irgendwo auf Abydos verborgen. Mit Daniels Hilfe finden es O'Neill und SG-1 vor Anubis. Der Goa'uld aber ist entschlossen, das Auge an sich zu bringen und droht damit, den ganzen Planeten zu vernichten, wenn Daniel und SG-1 es ihm nicht übergeben.

Im Stargate Center entdeckt Jonas zufällig eine Spur des verschollenen Daniel auf einem fremden Planeten. Das SG-1-Team bricht auf, um ihn nach Hause zu holen. Doch das Wiedersehen gestaltet sich schwierig. Daniel, der von Beduinen in der Nähe der Stadt der Verlorenen aufgelesen wurde, hat sein Gedächtnis verloren. Inzwischen findet das SG-1-Team heraus, dass die Stadt der Verlorenen für ihren Feind Anubis eine wichtige Rolle spielt.

Die Falle des SG-1-Teams hat nicht funktioniert: Anubis konnte entkommen und befindet sich mit Jonas’ als Gefangenem auf dem Weg zu dessen Heimatplaneten. Offenbar hat er es auf die explosiven Naquadah-Vorräte der Kelownaner abgesehen. Vertreter des Planeten bitten das Stargate-Team um Hilfe. Sie benötigen dringend ein spezielles Kristallgefäß, um ihr Naquadah sicher aufbewahren zu können.

Daniel übersetzt Schriften der Antiker, die das SG-2-Team vom Planeten P3X-439 mitgebracht hat. Daraus erfährt er von der „Bibliothek des Wissens“, die in einem bestimmten Behältnis aufbewahrt wird. Doch SG-2 stieß auf dem Planeten auch auf einen Aufklärer der Goa’uld, folglich hat auch Anubis Kenntnis von dem geheimen Wissen. Nun beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn das SG-1-Ream muss das Behältnis unbedingt vor Anubis finden.

Das Wissen der Antiker wurde aus dem Behältnis direkt in O’Neills Gehirn geladen. Nun hofft er, bald den Standort der „Verlorenen Stadt“ zu kennen, denn dort liegt die Macht, die Anubis für immer unschädlich machen könnte. Dessen Heer nähert sich bereits der Erde. Daniel muss schleunigst die antikische Sprache erlernen, um an Informationen über die „verlorene Stadt“ zu kommen. O’Neill gerät durch sein neues Wissen indessen in Lebensgefahr.

Von Ba’Al wissen O’Neill, Sam und Jacob, dass in den Tempelruinen von Dakara eine Waffe der Antiker versteckt ist, mit der man die Replikatoren vernichten kann. Da Replikator-Carter durch ihren Gefangenen Daniel aber ebenfalls von der Waffe weiß, entbrennt ein Wettlauf gegen die Zeit. Sam und Jacob finden die Waffe, doch um alle Replikatoren gleichzeitig zu vernichten, brauchen sie Ba’Als Hilfe. Indessen überfallen die Replikatoren das Stargate Center auf der Erde, und auch Daniel gerät in tödliche Gefahr.