Carter egy rendkívül ügyes, de engedetlen tanuló útját egyengeti a Csillagkapu segítségével. A szokványosnak tűnő gyakorlat azonban halálos fordulatot vesz, amikor megtámadják őket.

Maybourne ezredes felkeresi O'Neill-t, és közli vele, hogy be tudja juttatni a CSK1-et abba a fegyverraktárba, amit Simmons ezredes annyira keresett. A feltételei azok, hogy cserébe elnöki kegyelmet akar és a CSK1-gyel akar tartani a küldetésen. Ám amikor a csapat eljut a helyszínre, Maybourne és O'Neill nem oda kerülnek, ahová azt tervezték.

Teal'c és Bra'tac egy rosszul sikerült találkozó helyszínén egy eddig ismeretlen, furcsa páncélzatú harcossal találják magukat szemben. A harcosról kiderül, hogy mesterségesen, génmanipulációval hozták létre. Eközben Daniel és dr. Lee Hondurasban emberrablók fogságába esik, miközben egy nagy erejű, ősi gépet keresnek.

Carter vezetésével terv készül Anubisz bázisának felkutatására, ahol kiderül, hogy a rettegett ellenfélnek a birtokában van egy goa'uld királynő, valamint több ezer újfajta harcos. Eközben O'Neill egy régi harcostársával - akivel komoly konfliktusuk volt - Daniel kiszabadítására indul a vadonba. Azonban senki sem számol azzal, hogy az Ősök gépét sikerül aktiválni.

Az elnök utasítására egy forgatócsoport érkezik a Parancsnokságra, hogy rögzítsék az ott zajló tevékenységeket. A személyzet egy része azonban mindent bevet, hogy elkerülje a kínos interjúkat...

Egy raktárépületben szörnyű mészárlás történik, melynek gyanúsítottja egy fiatal lány, Anna, aki szemmel láthatóan semmit sem tud arról, hogy mi történt, ám a biztonsági kamera szerint bizonyos a bűnössége. A CSK1 hamarosan a helyszínre érkezik, és igyekszik megoldani a furcsa esetet, amely egy titkos kísérletig, és egy goa'uld jelenlétéig vezet.

Öt nap múlva az elnök látogatást tesz a Parancsnokságon, azonban addig az újdonsült bázisparancsnoknak még rengeteg problémát kell megoldania. Talán ebben pedig az új személyi titkára is a segítségére lehet...

Kifejlesztenek egy olyan szimulátort, amely a kiképzésben segíti majd a Parancsnokság embereit. Teal'c számára a feladat nagyon könnyűnek bizonyul, amit szóvá is tesz, ezért őt kérik fel a fejlesztések kipróbálására. A gépnek az a legfőbb jellemzője, hogy a felhasználó élményeiből meríti az eseményeket, és tanul. Teal'c hamarosan pedig komoly kihívással találja szemben magát...

Új tag érkezik a CSK1-hez, Cameron Mitchell alezredes személyében. Csakhamar azonban O'Neill utódjától, Landry tábornoktól kell szembesülnie azzal a ténnyel, hogy a csapat szinte feloszlott. Carteren és Daniel-en kívül Teal'c is elhagyta a programot és visszatért az övéihez.

Avalon minden próbáját kiállva Mitchell csapata kincsre és egy még értékesebb, Ős kommunikációs szerkezetre bukkan. Annak reményében, hogy ősökre bukkanhatnak, Vala és Daniel vállalkozik a kommunikációra, mely során tudatuk egy másik galaxisban élő két ember testében landol. Az új világ egy titokzatos, új vallás bűvöletében él...

Amikor Daniel és Vala tudata egy másik galaxisba vándorol, találkoznak az ott élő, ámde igen különös fajjal. Az Orik egy kegyetlen vallás követői, akik magukat istennek tekintve a zéró tolerancia elvét követik, vagyis megvetik mindazokat, akik más vallásban hisznek.

Daniel és Mitchell bolygóközi vadászatra indulnak. Daniel azonban rájön, hogy őt és Valát összekötötte egy idegen energiamező. A Jaffák ugyanis lokalizálni akarják őket, hogy visszaszerezzék a korábban Vala által ellopott és az ő tulajdonukat képező karkötőt.

A CSK1 hamarabb tér vissza egy küldetésről, mint kellene... Az eligazításon egyes tények máshogy hangzanak el, mint ahogyan azokat Landry ismeri, ezért a tábornok gyanakodni kezd. Hamarosan, immár a megfelelő időpontban, befut egy újabb CSK1. Aztán nem sokkal később még egy, és még egy.

A CSK1 kíséretet biztosít egy delegációnak a Gamma bázisra, ahol elszabadul az egyik kísérleti alany, egy bogárfajta, ami több bolygón pusztított már, és amit talán a Hírnököknek köszönhet a galaxis. A bogarak pedig mindent felfalnak, ami az útjukba kerül, és a kedvencük a hús.

Egy Glastonbury-ben talált szerkezet vizsgálata közben Mitchell és Carter átkerülnek egy másik dimenzióba. Mindent látnak és hallanak, de nem tudnak beszélni senkivel. Időközben azonban a Sodan-okat támadás éri, ahol nagy szükség lenne a két eltűntre.

A CSK-1-nek sikerül rengeteg Baal klónt elfognia és ki kell deríteniük, hogy vajon melyik volt az eredeti.

Carter a fázison kívül helyező eszközt szeretné tökéletesíteni, de a kísérlet egy másik valóságba viszi. Abban a dimenzióban pedig az Ori pár napon belül megtámadja a Földet. Így hát Sam az egyetlen, aki megmentheti a bolygót...

Cameron Mitchell elmegy Valával az érettségi találkozójára, de a Lucian Szövetség által kitűzött vérdíj miatt vadászni kezdenek rájuk a földönkívüli fejvadászok és a CSK1 többi tagjára is. Bár a többieknek sikerül megmenekülniük, Micthellt foglyul ejti egy fejvadász, aki ezzel ráadásul felfed némi információt a többi ember előtt Mitchell kilétéről.

A Földön felbukkan Vala édesapja, Jacek, aki kétes értékű híreket hoz az Arkad embereinek támadási terveiről, majd cserében menedékjogot kér. A tábornok kis habozás után aztán elfogadja az ajánlatot. Jacek azonban tényleg olyan, amilyennek Vala az első pillanatban leírta: megbízhatatlan, hazudozó és csaló...