Gli uomini dell'SG-1 arrivano a Cimmeria, dove Jack O'Neill e Teal'c vengono risucchiati in un labirinto e si scontrano con un Unas, una creatura che è stata la prima ospite per i Goa'uld. Qui si trova anche il martello di Thor, un'arma degli Asgard progettata per distruggere i Goa'uld.

Visionando alcuni vecchi filmati Daniel Jackson intuisce che nel 1945 lo scopritore dello stargate professor Langford riuscì a inviare il suo assistente Ernest Littlefield attraverso il portale, senza fare più ritorno. l'SG-1 parte sulle tracce di Littlefield assieme alla figlia del professore Catherine Langford, allora fidanzata del giovane assistente scomparso.

In un sito archeologico in Messico viene liberata per caso Hathor, la madre di tutti i Goa'uld e moglie di Ra. Infiltratasi nel Comando Stargate, inizia a soggiogare e manipolare i soldati di sesso maschile, mentre le donne sembrano immuni ai suoi metodi. Lo scopo di Hathor è quello di dare alla luce un nuovo tipo di larva Goa'uld, usando il colonnello O'Neill come ospite.

Una strana malattia ha ucciso tutti gli abitanti del pianeta P8X-987, tranne una bambina di nome Cassandra, che viene portata sulla Terra. Samantha Carter si affeziona rapidamente alla piccola, rimanendo sconvolta quando scopre che la bambina potrebbe essere stata usata dai Goa'uld come cavallo di Troia per trasportare una bomba all'interno del proprio corpo.

Sam ha una visione che la porta a conoscere l'ubicazione di un gruppo di Tok'ra. Hammond organizza una spedizione, ma l'incontro con i Goa'uld ribelli non è dei migliori.

Sam pensa di chiedere al padre morente di diventare il nuovo ospite per Selmak, un tok'ra morente. Jacob accetta. Ma bisogna fare in fretta perché un tok'ra traditore ha venduto i suoi amici ai Goa'uld.

Dal pianeta Madrona viene sottratto un manufatto in grado di controllare il clima e la squadra SG-1 è accusata del furto.

L'SG-1 si reca su un pianeta per esplorare un'enorme piramide ma Daniel scompare misteriosamente dopo aver toccato un inquietante teschio di cristallo. Per scoprire che fine ha fatto i suoi compagni di viaggio chiedono la collaborazione del nonno dello scienziato, un noto archeologo ricoverato presso un ospedale psichiatrico.

Daniel si trova faccia a faccia con gli Ori, una razza di esseri infuocati che pretendono l'adorazione dei mortali. Altrove, il Comando Stargate incontra il primo missionario Ori nella nostra galassia.

Samantha Carter torna al Comando Stargate quando gli Ori prendono il controllo di un pianeta, usando un campo di forza in espansione per prendere piede nella nostra galassia.