L'episodio si colloca un anno dopo le vicende narrate nel film Stargate, quando il portale rimasto inutilizzato in una base militare si attiva improvvisamente e da esso fuoriescono creature aliene agli ordini di Apophis, un goa'uld della stessa razza del defunto Ra, che uccidono alcuni soldati e rapiscono una soldatessa.

Il programma Stargate viene riattivato agli ordini del generale George Hammond, che fa richiamare in servizio il colonnello Jack O'Neill e lo invia su Abydos assieme al capitano Samantha Carter con il compito di trovare il professor Jackson, la cui moglie Sha're viene rapita dai goa'uld poco dopo.

I soldati riescono ad arrivare sul pianeta Chulak, dove Apophis vuole usare Sha're come ospite per sua moglie; vengono fatti prigionieri ma riescono a liberarsi grazie all'aiuto di Teal'c, una delle guardie di Apophis ribellatasi al suo padrone. Ritornano sulla Terra, ma lasciano i loro cari nelle mani dei loro nemici

Colonel O'Neill, leading the new SG-1, track Apophis back to the planet Chulak to rescue Sha're and Skaara, and befriend one of Apophis' Jaffa guards.

Il senatore Kinsey è incaricato di svolgere indagini sull'attività della sezione Stargate, in vista di una chiusura della base. Infatti il senatore è convinto che il programma sia in realtà una montatura dei militari per ottenere ingenti finanziamenti dal governo. Inutili sono le narrazioni delle minacce sventate dalla squadra e gli avvertimenti di Daniel Jackson, che continua a sostenere che un attacco dei Goa'uld sia imminente.

Mentre Daniel Jackson tenta di convincere suoi compagni dell'imminenza di un attacco dei Goa'uld, il senatore Kinsey riesce a far chiudere lo Stargate, ma ciò non impedisce che la squadra SG-1 passi attraverso il portale contravvenendo agli ordini. I quattro si ritrovano catapultati in una astronave Goa'uld diretta contro la Terra al comando del figlio di Apophis Klorell, che è ospite del corpo di Skaara, un tempo amico di O'Neill. La nave viene minata ma parte della squadra viene catturata. Il destino della Terra dipende dai due compagni rimasti liberi e dall'opposizione di Skaara al controllo del suo ospite.

Il figlio di Apophis Klorel, ospite del corpo di Skaara sta per attaccare la Terra, ma in sprezzo degli ordini ricevuti a bordo si trova la squadra SG-1, che ha minato la nave. L'arrivo di Apophis stesso a bordo di una seconda nave rende necessaria una modifica dei piani. l'SG-1 viene catturato, ma liberato da Bra'tac, un Jaffa al servizio di Klorell ed amico di Teal'c, che ha in progetto di far combattere le due navi Goa'uld fra loro. Nel frattempo gli attacchi missilistici terrestri sono inefficaci e generale Hammond sta evacuando la base attraverso lo stargate.

L'SG-1 viaggia indietro nel tempo con un audace piano per rubare un pezzo di tecnologia antica a Ra, il potente Goa'uld che regnava nell'antico Egitto.