Il senatore Kinsey è incaricato di svolgere indagini sull'attività della sezione Stargate, in vista di una chiusura della base. Infatti il senatore è convinto che il programma sia in realtà una montatura dei militari per ottenere ingenti finanziamenti dal governo. Inutili sono le narrazioni delle minacce sventate dalla squadra e gli avvertimenti di Daniel Jackson, che continua a sostenere che un attacco dei Goa'uld sia imminente.

Mentre Daniel Jackson tenta di convincere suoi compagni dell'imminenza di un attacco dei Goa'uld, il senatore Kinsey riesce a far chiudere lo Stargate, ma ciò non impedisce che la squadra SG-1 passi attraverso il portale contravvenendo agli ordini. I quattro si ritrovano catapultati in una astronave Goa'uld diretta contro la Terra al comando del figlio di Apophis Klorell, che è ospite del corpo di Skaara, un tempo amico di O'Neill. La nave viene minata ma parte della squadra viene catturata. Il destino della Terra dipende dai due compagni rimasti liberi e dall'opposizione di Skaara al controllo del suo ospite.

Il generale Hammond annuncia il suo ritiro, e il suo sostituto, il generale Bauer, appena insediato scioglie l'SG-1, ordinando al maggiore Carter di aiutare la costruzione di una nuova bomba al naquadah. Il colonnello O'Neill, non convinto della sincerità del generale Hammond, si rivolge a Maybourne, il quale gli indica una possibile cospirazione dell'NID. Nel frattempo, la bomba al naquadah viene testata su un pianeta, ma lo stargate non riesce a scollegarsi.

Nel 2010, la Terra ha sconfitto i Goa'uld grazie all'aiuto degli Aschen; lo Stargate è stato reso pubblico e la tecnologia ha fatto molti passi avanti. Cercando di scoprire perché non riesce ad avere figli, tuttavia, Carter scopre che i farmaci che gli Aschen hanno fornito per allungare la vita dei terrestri li stanno rendendo progressivamente sterili, questa è un'astuta tattica per riuscire nel lungo periodo, a conquistare l'intero pianeta. Riunitisi per trovare una soluzione, gli ex membri della SG-1 hanno l'idea di spedire un messaggio nel passato per evitare che gli umani contattino gli Aschen, evitando così che si stringa l'alleanza con essi. Il piano ha successo e il messaggio giunge a destinazione. Le coordinate del pianeta degli Aschen vengono cancellate dal computer del Comando Stargate.

I membri della squadra SG-1 incontrano un nuovo potenziale alleato nella loro guerra contro i Goa'uld, ma purtroppo non sono a conoscenza di tutti i segreti che gli Ashen nascondono.

Il colonnello O'Neill è accusato dell'omicidio del senatore Kinsey e il resto della squadra deve scoprire una cospirazione per scagionarlo.

Il generale Hammond e il Pentagono rivelano l'esistenza dello Stargate agli altri governi mondiali e devono difendere il fatto che il programma è gestito dall'esercito degli Stati Uniti.

Una troupe cinematografica arriva per documentare il lavoro dell'S.G.C. in vista di un'eventuale divulgazione al pubblico, ma scopre che il personale della base non è affatto entusiasta di partecipare.

Il giorno dell'insediamento del nuovo presidente, dopo che questi è stato informato del programma Stargate, il suo vice, l'ex-senatore Kinsey, cerca di convincerlo a togliere al generale Hammond la responsabilità di guidare il comando Stargate.

O'Neill fa di tutto per evitare che le conoscenze degli Antichi cadano nelle mani dei Goa'uld quando la squadra scopre un secondo deposito. Il Presidente sostituisce il Generale Hammond con un diplomatico civile.

Anubis inizia un assalto sistematico alla Terra e l'unica speranza di salvezza del pianeta dipende dalla capacità dell'SG-1 di trovare la mitica Città Perduta degli Antichi.

Le relazioni tra gli Stati Uniti e la Russia sono tese quando i leader militari russi affermano che il governo americano è stato compromesso dai Goa'uld.