Im Stargate Center entdeckt Jonas zufällig eine Spur des verschollenen Daniel auf einem fremden Planeten. Das SG-1-Team bricht auf, um ihn nach Hause zu holen. Doch das Wiedersehen gestaltet sich schwierig. Daniel, der von Beduinen in der Nähe der Stadt der Verlorenen aufgelesen wurde, hat sein Gedächtnis verloren. Inzwischen findet das SG-1-Team heraus, dass die Stadt der Verlorenen für ihren Feind Anubis eine wichtige Rolle spielt.

Die Falle des SG-1-Teams hat nicht funktioniert: Anubis konnte entkommen und befindet sich mit Jonas’ als Gefangenem auf dem Weg zu dessen Heimatplaneten. Offenbar hat er es auf die explosiven Naquadah-Vorräte der Kelownaner abgesehen. Vertreter des Planeten bitten das Stargate-Team um Hilfe. Sie benötigen dringend ein spezielles Kristallgefäß, um ihr Naquadah sicher aufbewahren zu können.

Ein 13-jähriger Junge sorgt im Stargate Center für Aufregung: Er behauptet Jack O’Neill zu sein und kann sich nicht nur an Details aus dessen Leben erinnern, sondern verhält sich auch genau wie dieser. Dr. Fraiser stellt fest, dass die DNS des Kleinen tatsächlich mit der von O’Neill übereinstimmt. Doch dann entdeckt die Ärztin eine Anomalie: offenbar handelt es sich bei dem Jungen um einen Klon.

Feindliche Jaffa verletzten Teal’c schwer. Da er seinen Symbionten, der ihn früher stets heilen konnte, nicht mehr in sich hat, ist seine Genesung langwierig. Als er, noch völlig geschwächt, seine Freunde auf eine waghalsige Mission begleitet, wird er prompt gefangen genommen. Indessen wird Daniel von Visionen heimgesucht, in denen er Teal’cs Sohn Rya’c in großer Gefahr sieht.

Das SG-1-Team reist auf einen Planeten, der durch einen Krieg verwüstet wurde. Die wenigen Überlebenden bewohnen eine paradiesische Oase unter einer großen Kuppel, die von einem Computer gesteuert wird. O’Neill bietet den Bewohnern an, sie zu evakuieren, doch sie lehnen ab. Da geschehen plötzlich seltsame Dinge: Immer mehr Menschen verschwinden spurlos und die restlichen Einwohner verhalten sich zunehmend sonderbar.

Das SG-1-Team geht an Bord des Raumschiffs „Stromos“, das ziellos im All treibt. An Bord finden sie zahlreiche Außerirdische im Kälteschlaf. Doch einige von ihnen sind bereits tot. Kurz darauf erleiden die Mitglieder des Teams einen Nervenschock. Während sich Teal’c, O’Neill und Sam schnell wieder erholen, geht es Daniel zunehmend schlechter. Dr. Fraiser findet bald den Grund: Die Seelen der Aliens, die an Bord der „Stromos“ starben, haben von seinem Körper Besitz ergriffen.

Archäologen finden auf dem Planeten P3X-403 eine große Naquadah-Mine. Als ein Geologe spurlos verschwindet, werden SG-1 und SG-3 um Unterstützung gebeten. Während Teal’c und seine Kollegen versuchen, den Vermissten aufzuspüren, stößt Daniel auf Beweise für die Existenz von Unas auf dem Planeten. Kurz darauf wird die Leiche des Vermissten gefunden.

Captain Warrick macht Sam ein verlockendes Angebot. Wenn sie ihm einen Naquadah-Reaktor für sein Schiff zur Verfügung stellt, will er ihr erlauben, die Technologie seines Volkes, der Serrakin, zu studieren. Mit Hilfe des neuen Reaktors kann er an einem wichtigen Wettrennen teilnehmen. Sam begleitet Warrick als Cop-Pilotin zu dem großen Ereignis. Da erschüttert eine Explosion das Schiff: Offensichtlich wurde es sabotiert.

Dr. Jay Felger hat ein Computervirus programmiert, das jedes Stargate schließen kann. General Hammond willigt ein, das Virus an einem entlegenen Stargate zu testen. Dabei kommt es zu einem verheerenden Unfall: Alle Stargates des Netzwerks brechen zusammen. So sitzt Daniel nun in einem Hochwassergebiet fest, während Teal’c und O’Neill in einem mörderischen Feuergefecht gefangen sind.

Das SG-1-Team wird von einer Gruppe Jaffa angegriffen, doch kurz darauf kommen ihm sechs weibliche Jaffa zu Hilfe. Die Anführerin führt das Team zu einem Außenposten, der nur von Jaffa-Kriegerinnen besiedelt ist. Da die Mädchen aber ab einem bestimmten Alter nicht ohne Goa’uld-Symbionten überleben können, überfallen die Kriegerinenn Patrouillen, um deren Symbionten zu stehlen. Sam versucht den Mädchen zu helfen.

Teal’c und Bra’tac versuchen zwei Systemlords der Goa’uld aufzuspüren, als sie von einem finsteren Krieger angegriffen werden. Nach einem erbitterten Kampf können sie ihn schließlich töten. Als Sam und Selmak ihm die Rüstung abnehmen, finden sie darunter einen künstlichen Goa’uld-Wirt, der aber völlig intakt ist. Vermutlich starb der Krieger nicht durch den Kampf, sondern durch einen Herzinfarkt. Selmak will mehr über den synthetischen Soldaten herausfinden.

Daniel und der Archäologe Dr. Lee werden im Urwald von Honduras verschleppt. Die Entführer haben es auf einen seltsamen Würfel abgesehen, den die beiden im Dschungel gefunden haben. Das SG-1-Team wendet sich an den Agenten Burke, der behauptet, den Aufenthaltsort der Geiseln zu kennen. O’Neill macht sich auf den Weg nach Honduras, um seinen Kollegen zu retten. Doch vor Ort gerät er heftig mit Burke aneinander.

Das SG-1-Team soll die „Prometheus“ aus dem All bergen. Während der Mission greift ein unbekannter Raumkreuzer an. Sam rettet sich in eine Gaswolke und verliert dabei das Bewusstsein. Als sie wieder erwacht, findet sie sich allein auf der „Prometheus“ wieder. Zudem sind alle Rettungsschiffe verschwunden. Zwar hat sie genügend Vorräte an Bord, um bis zu ihrer Rettung zu überleben, doch die Gaswolke beginnt den Rumpf des Schiffes zu zersetzen.

Jonas Quinn kehrt zum Stargate-Team zurück und bittet um Hilfe: Er hat auf Langaria eine Naquadah-Ader entdeckt, die sich unterirdisch in höchst instabiles Naquadria verwandelt. Quinn befürchtet, dass es zu einer Explosion kommen könnte, die das Ende des Planeten bedeuten würde. Gemeinsam mit seiner Partnerin Kianna und Sam sucht er nach einer Lösung. Doch dann findet Sam Unerfreuliches heraus: Kianna spioniert für Baal.

Major Samantha Carter, das starke weibliche Mitglied des SG1-Teams, wird schwach bei dem Polizisten Pete, dem sie ihre Mitarbeit beim Team verheimlichen muss. Und auch Wissenschaftler Daniel muss sich mit Herzensangelegenheiten befassen. Immer wieder träumt er von seiner Freundin und deren Entführung durch die Goa’uld. Und eines Tages steht er dem Goa’uld gegenüber, der sie verschleppte.

Die geheime Alpha-Basis der Erde wird von den Goa’uld ausfindig gemacht und angegriffen. Bei der Evakuierung und Selbstzerstörung der Basis verschwinden 90 Besatzungsmitglieder spurlos. Unter ihnen ist auch Sam Carter, die dort einen neuen Waffen-Prototyp entwickeln wollte. Teal’c und Jack machen sich auf die Suche nach ihr, obwohl sie nicht wissen, ob Sam überhaupt noch am Leben ist.

Anlässlich des 1000. Trips durch das Stargate erhält Dokumentar-Filmer Emmet Bregman (Saul Rubinek) die Erlaubnis, einen Filmbericht über die Arbeit des Stargate-Kommandos zu drehen. General Hammond (Don S. Davis) stimmt notgedrungen zu, ist aber, wie das gesamte Team, wenig begeistert von den ungeladenen Gästen. Zumal man befürchtet, dass diese bei einem Einsatz ziemlich im Weg sein dürften. Tatsächlich wird die SG-1 plötzlich in Alarmbereitschaft versetzt.

Dokumentarfilmer Bregman ist stocksauer: Ihm wurde verboten, das Stargate in Aktion zu filmen. Während das SG-1 und SG-5 gemeinsam mit Dr. Frasier zu einer gefährlichen Mission aufbrechen, erhält Bregman nur langweiliges Interview-Material. Unterdessen geraten die Stargate-Teams auf dem Planeten P3X-666 in einen Hinterhalt. O’Neill, der versucht Dr. Fraiser zu helfen, wird von einer Energie-Salve eines Jaffa mitten in die Brust getroffen.

Das SG-1-Team wird nach Los Angeles gerufen. Dort hat der allzu entschlossene Wissenschaftler Keffler einen Hybriden aus Goa’uld und Mensch geschaffen. Der Prototyp namens Anna ist außer Kontrolle geraten und hat ein Massaker verübt. Während das SG-1-Team das Labor untersucht, in dem Anna geschaffen wurde, wendet diese ihre tödliche Kraft gegen ihren eigenen Schöpfer.

Die Vereinigten Staaten haben einen neuen Präsidenten und der frühere Senator und jetzige Vizepräsident Kinsey (Ronny Cox) sieht eine zweite Chance, die Kontrolle über das Stargate-Programm an sich zu reißen. Er liefert dem Präsidenten (William Devane) scheinbar unwiderlegbare Beweise dafür, dass General Hammond (Don S. Davis) und seine Leute versagt haben. Die gründliche Revision, die Kinsey vorschlägt, beginnt damit, dass er das Programm unter sein Kommando stellt.

Daniel übersetzt Schriften der Antiker, die das SG-2-Team vom Planeten P3X-439 mitgebracht hat. Daraus erfährt er von der „Bibliothek des Wissens“, die in einem bestimmten Behältnis aufbewahrt wird. Doch SG-2 stieß auf dem Planeten auch auf einen Aufklärer der Goa’uld, folglich hat auch Anubis Kenntnis von dem geheimen Wissen. Nun beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn das SG-1-Ream muss das Behältnis unbedingt vor Anubis finden.

Das Wissen der Antiker wurde aus dem Behältnis direkt in O’Neills Gehirn geladen. Nun hofft er, bald den Standort der „Verlorenen Stadt“ zu kennen, denn dort liegt die Macht, die Anubis für immer unschädlich machen könnte. Dessen Heer nähert sich bereits der Erde. Daniel muss schleunigst die antikische Sprache erlernen, um an Informationen über die „verlorene Stadt“ zu kommen. O’Neill gerät durch sein neues Wissen indessen in Lebensgefahr.