Epizoda začíná neúspěšnou misí SG-1 na P2X-374. Zatím nemohou najít vhodnou náhradu za Daniela. Další kandidát se neosvědčil a oni jen zázrakem unikli domů. Generál informuje Sam, hned po neúspěšném návratu, že projekt v Oblasti 51 je dokončen. Ta zajde za Jonasem, který se na Zemi pomalu zabydluje, a nachází si nového koníčka v meteorologii. Na generálův pokyn ho vezme do oblasti Oblasti 51, kde Jonas spatří dokončenou a plně funkční verzi prototypu X-302, z které je nadšen. Po návratu na základnu, najde Jack generála, jak mluví s plukovníkem Čechovem, který se snaží protlačit ruské zájmy a lidi v rámci smlouvy do SGC i do týmu SG-1, což Jack kategoricky odmítá před ním i poté, co zůstane s generálem o samotě. Jonas se během rozhovoru se Sam snaží naznačit, jestli by on nemohl být tím čtvrtým členem SG-1. Sam se však zatváří poněkud rozpačitě, neboť ani ona si není jistá, jestli má Daniela nahradit Kelowňan, kvůli kterému Daniel zemřel (povznesl se). Jonas o tom zkouší mluvit i s Teal’cem během boxu a Teal’c se tváří nejvíc souhlasně. Později v jídelně Teal’c zkusí Jackovi nadhodit volbu Jonase, než na základnu přichází Bra’tac se špatnou zprávou. Teal’cova žena umírá, její symbiont dosáhl stádia plné dospělosti...

Krátce po Anubisově dramatickém holo-představení („Připravte se na svou smrt“) dostává doktor McKay nápad. Vyslat silný elektromagnetický výboj, který zničí vše na druhé straně. Sam má námitky, že nápad nebude fungovat. Generál ji vyzve, ať najde něco lepšího, jinak bude mít McKay zelenou. Jediné, s čím Sam přijde, je výpočet, kdy v případě neúspěchu se zkrátí čas do výbuchu brány na polovinu. Generál ji však nařídí s McKayem spolupracovat. Tou dobou vystoupí z hyperprostoru teltak pilotovaný Shaq’relem s Teal’cem, Bra’tacem a Rya’cem na palubě. Kolem planety je spousta ha’taků, což je důkaz, že jsou na správném místě. V SGC již probíhají plné přípravy vedené McKayem, jež je ve svém živlu. Mezi ním a Sam srší rivalita a osobní nesnášenlivost, přesto se pouštějí společně do práce. ... Jack se po pár hodinách vrací do SGC. Generál Hammond si balí věci a ptá se Jacka, zda už se rozhodl, kam by chtěl být přidělen a co bude dále dělat. Zdá se, že projekt Hvězdné brány končí, protože nemohou používat bránu bez rizika dalšího útoku. Krátce na to přilétá teltak a Teal’c informuje základnu, že Anubisova zbraň byla zničena. Tím se vše mění – je jasné, že projekt může dále pokračovat. Jonas si stihne promluvit s Jackem. Ten mu nedává za vinu, co se stalo Danielovi. Později, když generál Jacka informuje o ruských podmínkách, za kterých jim pronajali bránu, se konečně rozhodne. Čtvrtým členem SG-1 se stává Jonas Quinn.

SG-1 s Jacobem, majorem Davisem a doktorem Friesenem letí goa'uldskou nákladní lodí - teltakem. Jejich cílem je goa’uldský ha’tak, jež přiletěl do Sluneční soustavy, aniž by zaútočil. Zůstal stát na své pozici. Ukazuje se, že by mohlo jít o loď, na jejíž palubě byl Thor. Důvod, proč nezaútočili, je, že senzory na palubě neukazují známky života. Jacob navrhuje, aby se na palubu raději přesunuli kruhy. Jack nechává Teal’ca s Jonasem na palubě, čímž novému členovi SG-1 zkazí trochu nadšení z prvního letu vesmírem.

Díl začíná v Antarktidě, kde Jack a Sam nalezli druhou hvězdnou bránu (viz Solitudes), během nehody před 4 lety. Na tomto místě založil Pentagon výzkumnou stanici a skupinka vědců zde hledá další artefakty. Dr. Michaelsová mluví se Sam, přičemž ta jí vysvětluje teorii o tom, že antarktická brána je jedna z nejstarších bran, které nalezli (kolem 50 miliónů let). Sam trvá na tom, že tam pod ní ještě musí něco být. Kromě dvojice zmrzlých Jaffů však zatím za poslední čtyři roky neučinili žádný další objev. Říká Sam, že zdejší projekt Pentagon nejspíš ukončí, protože tady nic důležitého nenajdou. Během hovoru vpadnou dovnitř její dva kolegové dr. Woods a dr. Osbourne. Učinili totiž nečekaný nález v blízkosti původních vykopávek...

Pozdě v noci neznámý muž, dr. Richard Flemming, vyděšený nasedá do svého auta a rychle odjíždí pryč. Cestou vytáčí na mobilu číslo. Telefon zvedá Sam s ospalým hlasem. Dr. Flemming mluví rychle a zmínka o Adrianu Conradovi vzbudí její zájem. Stihne říci ještě o projektu a požádat o ochranu než do něj zezadu někdo prudce narazí. Telefon ohluchne a Sam se nic dalšího nedoví.

Ráno na poradě v SGC Sam rozebírá celou záležitost kolem doktora Flemminga. Pracoval u řady vědeckých společností a obzvláště u Immunitech Research, dceřiné společnosti Zetatron Industries, kterou vlastnil Adrian Conrad. Jonas okamžitě všechny překvapí, když doktora pozná podle jména, ale dále předstírá, že netuší, kdo je Adrian Conrad (viz Desperate Measures). Generál Hammond mu osvětluje, že Conrad si před nějakým časem zkoušel sám implantovat symbionta, aby vyléčil smrtelnou chorobu. Sam zarytě mlčí a nekomentuje, proč tehdy unesli i ji. Společnost byla přesunuta do malé vesničky Steveston na pobřeží Oregonu. Jelikož doktor Flemming je od rána pohřešován, generál Hammond nařídí vyšetřování a pošle SG-1 vyřešit záhadu. U stolu zůstává pouze Sam s Jonasem. Sam se ptá, zda Jonas skutečně nevěděl o Adrianu Conradovi. Ten připouští, že věděl, jenom nechtěl vypadat před ostatními příliš podivně tím, že ví všechno...

Protože Jackovi hrozí smrt, stává se hostitelem Tok'ry Kanana, který ho vyléčí. Jack/Kanan se poté nevrátí do SGC, ale odchází na planetu, na které byl Tok'ra Kanan při jedné ze svých posledních misí a zanechal tam svému osudu otrokyni, kterou se nyní chce pokusit ovobodit. Záchrana se ale nepodaří. Jack je vážně zraněn tyčovou zbraní a padne do rukou Goa'ulda Baala. Jeho symbiont Tok'ra Kanan spáchá sebevraždu, aby jeho znalosti nepadly do rukou nepřítele. Baal se domnívá, že Jack by si mohl uchovat nějaké vzpomínky svého symbionta a opakovaně ho mučí až k smrti a poté oživuje pomocí sarkofágu. Opět se setkáváme s dr. Danielem Jacksonem, který přichází Jackovi pomoci překonat a vydržet útrapy mučení.

Velitelství SG-1 kontaktují Kelowňané a navrhují diplomatické jednání. Na základnu přichází velitel Hale, velvyslankyně Dreylocková a dr. Kieran, Jonasův učitel na universitě a také muž jenž ho zatáhl do projektu naquadrie. Vyslanec hovoří o napjaté situaci na Kelowně, kdy Tirania a Federace Andari hodlají podepsat dohodu o neútočení a je jen otázkou času, než zaútočí na ně. Tím pádem jim nezbude nic jiného než použít naquadriovou bombu, jíž doktor Kieran úspěšně otestoval. Nabízí naquadrii výměnou za pomoc v oboru technologie tryskového pohonu. Generál Hammond a SG-1 váhá s jakoukoliv akcí, protože už se jednou spálili. Jonas jenom potvrzuje, co bylo řečeno, protože byl toho všeho součástí...

Profesor Jay Felger pracuje jako vědec v SG-1 a je velkým příznivcem SG-1. Zároveň je ale také velikým snílkem. Proto je celý bez sebe, když se s týmem SG-1 setká během jedné mise, kde provádějí výzkum technologie transportních kruhů. Jeho obdivování hrdinů má současně vliv na jeho práci, neboť více času stráví mluvením o nich, než výzkumem. Netuší ale, že Jaffa Herak dostal za úkol zajmout SG-1 a přivést je k Anubisovi. Náhle přilétá ha'tak a zaútočí al-keshem, z něhož se transportují Anubisovi Jaffové. Dochází k přestřelce a Jay dostává od Jacka rozkaz, aby se s ostatními vědci schoval dokud neodletí. Po krátké přestřelce je tým SG-1 skutečně zajat. Trojlístek vědců s Jayem v čele to sleduje z nedaleké duny, ale Jaffové si jich nevšímají a odlétají i s SG-1. Jay dostane šílený plán zachránit SG-1. Přesvědčí svého kolegu profesora Coombse, aby použili transportní kruhy k přesunu na goa’uldskou loď. Všichni to považují za šílené, ale Jay se od toho nenechá odradit. Třetího kolegu pošlou na základnu SGC, aby informoval generála Hammonda o situaci.

Na pozemské stanoviště Alfa přicházejí prchající Tok’rové ze základny Risa, kterou napadla Anubisova vojska. Spousta Tok’rů je zabita a zraněna. Jako poslední prochází bránou Jacob s Malekem. Jacob je sice zasažen, ale ujišťuje Jacka, že na druhé straně odpálil dostatečně silnou nálož, aby nikdo z Anubisových Jaffů neviděl, kam odešli. Na stanovišti jsou také Jaffové, vedeni Bra’tacem a Teal’cem. Už první setkání vyvolává mezi oběma stranami napětí, přestože bojují za stejnou věc proti stejnému nepříteli. Situaci musí uklidňovat až Jack. Ale Tok’rové mají svůj důvod k averzi vůči Jaffům, stejně jako Jaffové mají averzi vůči Tok’rům. Vůdcové obou skupin proto musí své lidi držet na uzdě, aby se předešlo problémům. Jacob později vysvětluje Jackovi proč tomu tak je a bylo. Tok’rové byli po staletí zabíjeni Jaffy, stejně jako Jaffové byli zabíjeni Goa’uldy, v nichž přes všechno vidí i Tok’ry. Útok na základnu Tok’rů vzbuzuje v Jacobovi obavy, že konec Tok’rů je mnohem blíže, než si kdokoliv myslel.

SG-1 naváže kontakt s planetou Pangar. Pangarané chtějí navázat s lidmi ze Země spojenectví a získat více znalostí o hvězdné bráně. Po první opatrné výměně názorů nabízejí výměnou Tretonin, vakcínu, jež posiluje imunitu, zajišťuje pevné zdraví a téměř stoprocentní ochranu vůči nemocem. Teal’c s Jonasem si jdou prohlédnout místní vykopávky. Ujme se jich archeoložka Zenna Valková, vedoucí projektu, která je vezme do místa hlavních vykopávek. Zatím Sam s Jackem jednají o Tretoninu. Obratem nabízejí deset adres vedoucích na mírumilovné světy, jenomže Pangarané chtějí navštívit jiná, více nebezpečnější místa ovládaná Goa’uldy. Jack je sice informuje o nebezpečích, ale oni jsou připraveni riskovat. Archeoložka Valková, zatím vezme Teal’ca s Jonasem do chrámu, kde jim ukazuje nápisy na stěnách, které zatím nedokázali přeložit. Teal’c na jedné ze stěn přeloží část nápisů, pojednávajících o Goa’uldovi Shak’ranovi, který vládl na Pangaru dlouho předtím, než byl zničen Apophisem. Pangaranka jim chce povědět více Tretoninu ve smyslu, že není úplně tím, čím se zdá být. Zmlkne, když kolem prochází jeden z dělníků a víc už o tom nemluví.

Sam chce nastoupit do auta, ale vtom ji osloví reportérka. Řekne jí, že ví o projektu Prometheus, což je krycí jméno pro projekt Stargate. Ukáže jí také trinium, které má být součástí Promethea. Sam vše popře a odjede. Když Sam dojede do SGC, vše vylíčí generálu Hammondovi. Ten se jí zeptá, jestli si myslí, že ten vzorek trinia byl pravý. Řekne také, že jde o únik informací z neznámého zdroje. Reportérka chce za čtyři dny vysílat reportáž o projektu. Když reportérka jede limuzínou, nastoupí do ní major Davis a řekne jí, aby reportáž nevysílala, protože jde o tajný projekt.

Pokračování epizody Prometheus v bodě, kdy členové SG-1 získali zpět kontrolu nad lodí, ale nevěděli, kde se právě nacházejí, dokud nepřiletěla Thorova loď. Thor členům týmu vypráví o boji Asgardů s replikátory a o tom, že prohrávají. Vymysleli však plán. S pomocí příkazového kódu převzatého z androidky Reese (viz epizoda 5.19 Menace) nalákali replikátory do jednoho místa, kde hodlali spustit zařízení na dilataci času. Potřebují však pomoc SG-1. Thor to vysvětluje tak, že pozemské loď je primitivnější než asgardská a pro replikátory je tedy nezajímavá, což by členům týmu mělo umožnit snadný průnik až na místo - planetu Halla [Hala], kde je zařízení umístěno. Asgardům totiž vše nevyšlo tak, jak to naplánovali, a zařízení se v plánovaný okamžik nespustilo. Proto Thor žádá členy SG-1, aby se vydali na planetu a zařízení spustili. Jack váhá s vydáním se na takovou šílenou misi. Thor dále argumentuje tím, že Asgardi válku s replikátory prohrávají na plné čáře...

Děj začíná návratem SG-1 z průzkumné mise na P9X-391. Přinášejí s sebou mimozemské zařízení, které našel Jonas v písečných rozvalinách. Vyzařuje energii, ale ta je podle Sam zcela neškodná... najednou však Jonas spatří podivné stvoření podobné hmyzu, jak poletuje nahoře u stěny. Nikdo jiný je ovšem nevidí. Generál Hammond nechává prohledat základnu, ale nic nenajdou. Domnívají se tudíž, že Jonas má halucinace a je přetažený, na což on reaguje hypotézou, že by symptomy mohly souviset s jeho dřívějším vystavením se účinkům naqadrie. Podle doktorky Fraiserové byl však na rozdíl od ostatních kelownských vědců nezasažen...

Díl začíná atentátem na senátora Kinseyho během jeho volební kampaně na prezidenta Spojených států. Atentátník si balí zbraň, opouští hotel zadními dveřmi a kupodivu vypadá úplně jako Jack O’Neill. V nastalé panice mizí ze scény.

V televizních zprávách je atentát na Kinseyho okamžitě vysílán a několik dní je přetřásán médii. V SGC jej všichni sledují kromě Jacka, který právě přijíždí ze svého oblíbeného rybaření na chatě. Je dost překvapený, když ho informují o profesionálním zabijákovi, po němž nejsou ani stopy. Přichází generál Hammond a s vážnou tváří ho informuje o tom, že bude eskortován do věznice v Petersonu a poté do Washingtonu pro vraždu senátora Kinseyho. Nikdo tomu nechce věřit a Jack má tendenci se vzepřít, jenže generál ho přesvědčuje, aby raději šel dobrovolně. Do SGC přijíždí major Davis a ukazuje jim záznam bezpečnostní kamery hotelu, odkud padl výstřel – důvod, jenž vedl k tomu, aby byl Jack zatčen pro vraždu. Dalším důkazem byla zbraň schovaná na dně jezera poblíž Jackovy chaty. Zmiňuje ještě i dřívější O'Neillovy spory se senátorem. Ani tyto důkazy zbytek SG-1 nepřesvědčí o tom, že je Jack vrah.

Tak kdo?

V úvodu si Jack na chatě v poklidu griluje a když se vrací zjišťuje, že mu jeden kousek chybí. Vzápětí najde Harryho Maybourna sedět na zídce, kde si pochutnává na jedné porci a chválí Jackovu kuchyni. Vysvětluje, proč přišel. Prezidentské období se pomalu chýlí ke konci a on cítí, že by mohl dostat milost. Výměnou za to, že je dovede na místo kde jsou, schovávané pokročilé zbraně, kvůli nimž Simmons a jeho kumpáni unesli X-303. Jedinou podmínkou je, že on tam musí jít s nimi, na což se Jack netváří zrovna souhlasně. Maybourne Jackovi nechá adresu brány a odejde...

Sam potkává Jonase u výtahu jak flirtuje s příjemnou zdravotní sestrou. Neodpustí si trochu se do něj navést, ale to již základnou zazní poplachová siréna. Vrací se ruský tým vedený plukovníkem Ivanovem. Přivádí neznámého muže jménem Alebran, který má informace o Nirrti, jež provádí pokusy na jeho lidech. Neopomene podotknout, že právě Jack byl tím, kdo Nirrti nechal jít. Alebran vypadá velice špatně a chce vědět, zda jeho lidem uvězněným v pevnosti pomohou. Později na ošetřovně popisuje Ivanov jak našel Alebrana. Alebran jim objasňuje situaci, kdy jeho lidé věřili Nirrti, dokud on sám neviděl jednoho ze svých lidí umírat hroznou smrtí. Poté ho Nirrti prostě propustila. Ve vesnici již byli všichni mrtví. Doplňuje, že ho Nirrti nějak změnila uvnitř ve svém zařízení, které, jak Fraiserová pochopí, dokáže manipulovat s DNA. Dospějí k závěru, že Nirrti znovu zkouší vytvořit dokonalého člověka – hok'tara.

Do Pentagonu byli svoláni představitelé nejvlivnějších a nejmocnějších národů světa (Angličané, Rusové, Číňané a Francouzi). Jsou tam všichni proto, že se jim vláda USA rozhodla odtajnit projekt Hvězdné brány. Major Davis spolu s generálem Hammondem a senátorem Kinseym jim vyprávějí o nalezení Hvězdné brány, rozluštění symbolů dr. Jacksonem, o konfliktech mezi goa'uldy a o celkové hrozbě, jakou pro naši Zemi goa'uldi představují. Nejprve si všichni myslí, že jde o nějaký žert, ale nakonec uvěří. Hammond jim vysvětluje, že je svolali proto, že kdyby goa'uldi napadli naši planetu a pět nejmocnějších národů světa by spolu spolupracovalo, měli by pozemšťané větší šanci klást úspěšný odpor. Ostatní státy žádají přemístění Hvězdné brány z Cheyenských hor na neutrální území a složení nového personálu ze zástupců všech států. S tím letectvo samozřejmě nesouhlasí. Čína je odhodlaná informace o Hvězdné bráně zveřejnit svému národu. Nakonec vše ale dopadne jinak..

SG-1 je na misi na planetě P2X-131, kde Carterová hodlá provádět nějaký hvězdný výzkum. Připravuje dalekohled a Jack si opodál zavazuje botu, když si všimne na zemi fotografie ženy. V tu chvíli se vysílačkou ozve Jonas, že s Teal’cem něco našli, aby se přišli podívat. Sam a Jack jdou za nimi. Je tam havarovaná vesmírná loď Sebrus [Cebrus]. Zezadu k nim přichází posádka této lodi. Všichni na sebe začnou mířit. Nakonec obě skupinky sklápějí zbraně a vzájemně se představují. Kapitánem lodi Sebrus je Aden Corso a dalšími členy posádky jsou zástupkyně Tanis Reynardová a Lyle Pender. Trojice vysvětluje, že jejich loď letěla vystřídat těžební tým a dostala se do asteroidové bouře. To je vychýlilo z kurzu a nemají palivo. Myslí si, že SG-1 přiletěla na planetu lodí a žádají o palivo, aby se dostali na jejich planetu Hebridan. Členové SG-1 jim sděluje, že přicestovali na planetu bránou, kterou oni neznají. Při celém tomto rozhovoru je z lesa sledují dva mimozemšťané...

Děj začíná v nemocnici, kde na sále leží Teal´c a přichází k němu lékař - je to Apophis. Teal´c se probouzí ze špatného snu v nějaké ubytovně jako hasič, jmenuje se T. Jonas jde za ním a ptá se, co se děje, ale Teal´c odpoví, že nic, ale ví, že je něco špatně; a opět je na základně ve svém pokoji. Sam je v jídelně a Teal´c jde za ní a Sam ho nutí vypít čaj. Zase je u hasičů, reality se střídají, pokaždé je jinde. V realitě u hasičů se T. chystá na transplantaci ledviny pro svého otčíma Braeho. Ozve se siréna a všichni jdou na výjezd. Jedou k nehodě. Je tam rozbité auto. T. jednoho zraněného otočí - je to Apophis a T. se lekne. Potom auto začne hořet a T. vidí uvnitř Braeho, a tak běží, aby ho vytáhl, ale auto vybouchne a T. to odmrští a... probudí se opět na základně. Sam je vyděšená, že Teal´c omdlel, ten ale tvrdí, že to není pravda...

Hvězdná loď Prometheus pod velením plukovníka Ronsona je na cvičné plavbě. Na palubě mají i SG-1 během své první mise. Ronson provádí velké množství cvičení a simulací. Později, během letu hyperprostorem, dojde ke skutečné nehodě. Takové, na kterou není Prometheus připraven. Naquadriový pohon vypadne a zůstanou na suchu. Jonas přijde na to, že příčinou byla silná gravitační vlna ze zanikajícího slunce. Jelikož opravu není možné provést na místě a cesta domů by trvala příliš dlouho, navrhuje doletět k planetě P3X-744, kde by podle kartuše měla být brána. Nejspíš zakopaná, protože se s ní nikdy nepodařilo navázat spojení. Risknou krátký skok hyperprostorem, ale poté, co se objeví u planety, dojde k přetížení reaktoru a musí ho rychle odhodit. Následující silná exploze vyřadí systémy Promethea a z planety jsou vystřelené balistické střely. Jack se na poslední chvíli s představenými planety domluví a oni své rakety zničí. Prometheus přistane na planetě, kterou místní obyvatelé nazývají Tagrea. Vše za mimořádně silných bezpečnostních opatření zdejší vlády.

SG-1 je na návštěvě planety P4S-237, která patřila pod Baalovu správu. Místní lidé zde stále těží naquadah, který posílají přes Baalova služebníka, Mota. Ten má na planetu dorazit během 12 dnů. Jonas během rozhovoru zažije podivné deja’vu, kdy zažije rozhovor s vesničany ještě před tím, než skutečně proběhne. Vyšetření v SGC nic neodhalí. Žádné spojitosti s vystavením naquadrii, ani účinkům, které to mělo na Kelownanské vědce. Pouze sotva patrná mozková aktivita, přesto se pokračuje v dalších testech. Na poradě se probírá situace ohledně P4S-237 a možnosti osvobodit ty lidi ze spárů Goa’uldů. Jonas má další vizi, která se krátce po poradě skutečně stane. Doktorka Fraiserová v druhém sledu testů najde něco, o čem si myslí, že by mohl být nádor na mozku. Navrhne Jonase uvolnit ze služby. Jonasovy vize dále pokračují s příchodem Tok’rů a jeho bolest hlavy začíná sílit...

V této vynikající závěrečné epizodě 6. sezóny, předznamenávající Danielův návrat, se vracíme tam, kde příběh začal - na Abydos. Na scéně se opět objevuje Skaara, O´Neillův malý abydoský přítel, který byl hostitelem Goa´ulda. Dozvídáme se, že na Abydos míří sám Anubis, aby něco našel. U překvapeného Skaary se objeví povznesený Daniel Jackson, který mu řekne, že v boji nebudou osamoceni, a že Anubis nesmí dostat to, co chce.

Daniel informuje ve výtahu o situaci plukovníka O´Neilla, který tomu zpočátku moc nevěří. Daniel mu řekne, že existuje šest mocných artefaktů - očí, rozdělených mezi Vládce Soustavy. Vládce Anubis nedávno získal pět ze šesti očí a chybí mu jediné - oko Raovo. Daniel si je jistý, že je ukryto na Abydosu, ale neví přesně kde. Prosí Jacka, aby Abydosu pomohl. Pokud by Anubis získal všech šest očí, byl by prakticky neporazitelný. O´Neill informuje o všem Hammonda a ten mu dá k misi svolení.