Daniel Jackson regresa a su forma mortal, aunque con una amnesia total. Aun así, deberá ayudar al SG-1 a destruir el superarma de Anubis.

Anubis invade Kelowna, el hogar de Jonas, en busca de Naquadriah, y dependerá del SG-1 el idear un plan para salvarlos.

O’Neill despierta una mañana inexplicablemente 30 años más joven. Sin embargo, pronto descubrirá que el proceso que lo hizo rejuvenecer también podría ocasionarle la muerte.

Tras recibir un disparo, Teal'c se da cuenta que sin su simbionte sus capacidades han disminuido, hasta tal punto que duda si está listo para retornar al servicio activo. Sin embargo, cuando Daniel recuerda que Bra'tac y Rya'c están en problemas, Teal’c deberá superar su inseguridad para salvarlos.

SG-1 descubre un mundo contaminado, donde los habitantes viven en una villa idílica protegida bajo una cúpula. Sin embargo, cuando algunas personas desaparecen y nadie recuerda que existieron, el SG-1 se dispone a investigar.

El SG-1 encuentra una nave espacial estrellada, llena de cientos de personas. Sin embargo, algo ocasiona que varias conciencias sean implantadas dentro de la mente de Daniel.

Tras haber encontrado un planeta rico en depósitos de Naqqadah, el personal del SGC entra en conflicto con una población de Unas que habitan el lugar. Daniel deberá recurrir a un viejo amigo para arreglar la situación.

Carter ayuda a Warrick a inscribir su nave en una peligrosa carrera cuyo premio es un lucrativo contrato.

Buscando evitar ser despedido, el Dr. Felger desarrolla apresuradamente un virus capaz de desactivar un Stargate. Sin embargo, al parecer el virus luego se esparce y termina por deshabilitar toda la red de Stargates de la Galaxia.

SG-1 conoce a un grupo de mujeres Jaffa guerreras, que además cuenta con su propia base rebelde.

Teal'c y Bra'tac son atacados por un guerrero de armadura negra, quien resulta ser un humano Goa'uld mutante creado por Anubis. Jackson visita Honduras en busca de un artefacto oculto, que quizás pueda ayudarlos a derrotar al casi invencible soldado Goa’uld.

O'Neill viaja a Centroamérica para rescatar a Jackson, mientras Teal'c, Carter, Jacob/Selmak y Bra'tac intentan destruir la base donde Anubis crea sus nuevos soldados.

Carter se halla a bordo del Prometheus rumbo a la Tierra, cuando son atacados por una nave desconocida. Al intentar ocultarse en una nebulosa, toda la tripulación, con excepción de Carter, desparece.

Jomas Quinn regresa al SGC buscando ayuda para evitar que el Naquadriah bajo tierra termine por destruir una parte importante del planeta.

Cada noche Daniel dice tener sueños en donde Sarah Gardner le pide que descifre una tablilla para encontrar la Ciudad Perdida de los Antiguos. En tanto, Carter inicia una relación con un detective, quien decide investigar sobre el verdadero trabajo de Sam.

El Sitio Alfa, donde un prototipo de arma anti-supersoldado está siendo desarrollado, es atacado por Fuerzas de Anubis. Aunque Carter logra escapar, pronto se ve perseguida por uno de los nuevos Guerreros Goa'uld.

Un equipo de filmación llega al Comando Stargate a documentar el lugar, pero la bienvenida que reciben resulta ser poco entusiasta.

Una misión de rescate de un soldado resulta en la muerte de un miembro del Comando Stargate, y el equipo de filmación es testigo de cómo esto genera importantes repercusiones en relación a la conducción del SGC.

El SGC encuentra una base del NID rebelde, donde se intentaba mezclar ADN de humanos y de Goa'uld. Sin embargo, todos los agentes, excepto uno, fueron asesinados.

Un nuevo Presidente de EEUU ha sido electo, y pronto se le comunica la existencia del Programa Stargate, el cual, según el nuevo vicepresidente Robert Kinsey, necesita cambios urgentes en su administración.

Para evitar que caiga en manos de Anubis, O'Neill decide descargar todo el conocimiento de un repositorio de los Antiguos a su cerebro otra vez, pero luego, mientras el General Hammond es reemplazado en la comandancia del Comando Stargate por la Dra. Elizabeth Weir, Bra’tac informa que Anubis va camino a la Tierra.

Con la flota de Anubis a punto de invadir la Tierra, el SG-1 realiza un viaje que finalmente los lleva a la Antartida, donde O'Neill tendrá que activar a tiempo el arma Antigua que podrá acabar con las fuerzas de Anubis y salvar el planeta.