両親を殺した“武器”を憎みながらも、武器商人ココの私兵部隊に加わることとなった元少年兵のヨナ。ココはある国の軍と武器の取り引きをしていたが、それを防ごうとする勢力に襲撃される。入隊のテストということでココに同行していたヨナはそのピンチを乗り切ろうと応戦するが…。

依頼人の元へ向かうココたち。商品を届けて帰るだけの任務だったはずが、赴いた先はパイプライン利権を奪い合う戦闘地域と化していた。出くわした商売敵の武器商人カリーから旨みのない兵器追加発注の契約を無理やり押しつけられ、不利な状況に追いやられてしまった。しかし、ココは、契約を反故にして戦闘地域からの脱出を試みる。

中東ドバイに滞在していたココたちは、つかの間の休暇を楽しんでいた。しかし、一方でココの命を狙う2人組の殺し屋“オーケストラ”もドバイに到着していた。油断していたココに突然襲撃をしかけ、白昼の街中で銃撃戦を繰りひろげるオーケストラは、駆けつけたバルメ、ヨナたちと壮絶な死闘を展開する…。

ショッピング中、オーケストラの“師匠”と“チナツ”による襲撃を受けたココ。分散していたレームたちと合流するも、大火力で見境なしに銃撃され、防戦一方の状態に…。そして、激しい銃撃戦の後、その現場へ地元警察を引き連れ、1人の男が現れる…。

ソマリア沖を航行中、追加の荷を洋上で受け取ることになったココ。しかし、それを運んできたのはココの兄、キャスパーだった。ココたちはヨナと、彼の過去に深く関わるキャスパーを、対面させないよう試みるも、運悪く2人は遭遇してしまう。殺意をむき出しに襲い掛かるヨナに対してキャスパーは…。

海路で移動中のココたちは途中、海賊に襲われつつも南アフリカを目指す。一方で香港の貿易会社、大星海公司の陳国明もまたある目的から南アフリカを目指していた。そんな2人の動きを察知したスケアクロウが付け狙う中、到着したココは目的である、ドクター･マイアミこと天田南博士に会おうとするが…。

天田南博士を追って雪山地帯へ入ったヨナたち。陳の部下カレン･ロウの使う戦闘術に、かつての戦いで自身の部隊を全滅させた者の面影を垣間見たバルメはその者の正体を聞き出すべく戦いを挑む。一方、街に残るココは陳との会合に臨み、博士を巡って対峙することになる…。

無人航空機導入を図るB国に、売り込みを行うココ。しかし売り込み先にいたのは元女優の兵器ブローカー、アマーリア･トロホブスキー。以降、ココの行く先々に根回しをして動きを封じてくる。八方ふさがりに陥ったココに逆転の手立てはあるのか…?

商品を空輸することになったココたち。しかし今回は商品のほかにNGOの医師団も合わせて輸送しなければならなくなってしまう。彼らを積んでいることを隠しながらT共和国に入国と取引を済ませるが、民兵組織である「バルカン･ドラゴン」のリーダー、バルドラの乱入により、一気に窮地に立たされてしまう…。

T共和国空港でバルドラの部隊をしりぞけるも、連れてきた医師長のリビエールを攫われてしまうココたち。この場を脱出し彼を救出する次の一手を思案するが、いずれにしても激しい反撃が予想され決め手に欠ける。しかしマオの放った一言が部隊脱出の鍵となる…。

ココが話していても上の空のバルメ。かつて自分の部隊を全滅させた敵の手掛かりをつかんだ今、バルメはココ部隊を離れ、復讐のために1人敵地へ向かうことを決意していた。一方その頃、3人組の殺し屋が、ココ部隊全員の殺害計画を練っていた…。

【シーズン1 最終話】バルメとヨナの欠けた状態で殺し屋の襲撃を受けるココたち。不意を突かれて、かつてない危機的状況に陥ってしまう。一方、同伴していたヨナをも出し抜き、単身敵地に乗り込むバルメ。敵兵を倒しながら進んでいるようにみえたが、敵の作戦により狙撃ポイントへ狩り出されてしまう…。

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バルメとの戦いの後、行き場をなくしていたカレンと出会い、自分のもとに引き入れた天田南。 秘書として振り回されることになるカレンだが、ある日、南からソロモン諸島へ旅行へ行こうと言われる。 向かった先に待っていたのはココたちHCLIの面々。ライバル各社やCIAまで注目する中で、ロケットの発射が行われようとしていた…

ボスニア・ヘルツェゴビナを訪れたココ部隊。 かつてこの地の紛争に従軍していたアールはCIAのブックマンと出会った時のことを思い出す。 一方、ブックマンは自らの計画に刃向おうとする部下ヘックスに邪魔をしないよう警告するが、彼女は聞き入れることもなく、ココの命、そしてココが大切にしているであろうヨナの命を奪おうと画策を始める。

優秀なヘックスを自分の手元に残しておくためには、ヨナを見殺しにすることもやむを得ないと語るブックマン。 ヘックスの独断による作戦が実行に移され、命の危険が迫るココとヨナを守ろうと動き出すアールだったが、そのためには自らの正体を明かさなければならない。 救出のためにココたちのもとに到着したアールだったが…

ジャカルタでの商談が空振りに終わってしまったキャスパー。一同はここ最近、東南アジアの兵器展開に影を落とす「日本の商社」の存在を気にかけ始める。 心当たりのあるキャスパーは現在日本に向かっているココと共同で、ある作戦を行うという。 キャスパーとの合流のため日本に到着したココたちだが、ヨナはキャスパーとの過去を思い出し、ためらいを感じていた。

一連の兵器業界の背後に暗躍する「日本の商社」とは、かつてトージョが所属していた秘密部隊のことであった。 かつての古巣、【SR班】を敵に回すことになったトージョは、元上司である日野木と対峙する決意を固める。 一方、日野木はココたちを敵と認識し、徹底的に抗戦する構えを見せる。

日野木から“話し合い”のため東京湾アクアライン、海ほたるサービスエリアに呼び出されたココたち。 警戒をしつつ現地へ赴くも、亡霊のごとく姿を見せない日野木の罠に分断され、ヨナが一人取り残されてしまう。 トージョはココたちを脱出させ、自身は単身ヨナの元に救出に向かうが…

イラクを訪れ、過去の思い出話として湾岸戦争従軍時にレームと出会い、共に特殊作戦に従事していたことを語るワイリ。 今回はビジネスではなくHCLIの慈善事業で資材を運ぶ予定であったが、同行するPMC（民間軍事会社）の暴走により一般人に被害が出てしまう。 ココが彼らを解任したことにより、危険なイラクで少人数での物資輸送を行うことになる。

天田南博士の勤めるメルヒェン社第二製作所の落成を祝うココ。 “オモチャメーカーの工場”にこだわるココの行動を不審に思うスケアクロウとブックマン。 南にカレンと一緒に散歩に連れ出されたヨナは、彼女に対して「ココと一緒に何を始めようとしているのか？」と問いただす。

物理学博士で量子光学の権威、エレナ・バブーリン博士がココ部隊によって誘拐される。 直後ココは大阪をはじめとして世界中を飛び回り始める。 世界がココの動きに注目する一方、スケアクロウはココがメルヒェン社の第二製作所に秘密裏に多額の資金を投入していることを突き止める。

キューバ・グアンタナモ米軍基地にて、またしても要人誘拐作戦を企てるココ。 作戦に気づいたNSAのプレイムが米海軍シールズの中の極秘部隊【ナイト・ナイン】を派兵する。 かつてない最強の部隊を相手に、ルツとヨナは地雷原の真っ只中に取り残されてしまう。窮地に追い込まれつつある部隊を救うためにココは南にある命令をする……

ココが今までに打ち上げてきた衛星、南と進めてきた“ヨルムンガンド計画”、実行によって生じる犠牲、すべてを知ったヨナはココに銃を向ける。 ココは間違っていると説くヨナと、世界は新しくならざるを得ないと返すココ。 言い返す言葉を持たないヨナはココから逃げ出してしまう。行くあてもないヨナに手を差し伸べたのは――

ココとヨナが分かれて以降、世界はさらに混乱を極めていた。 ヨルムンガンド計画は発動されないまま月日は流れ、ヨナは自分を拾ってくれたキャスパーの部隊から離れることを告げる。 ココにもキャスパーにも属さない立場に立ち、手にしていた銃を投げ捨てた時、武器を憎む元少年兵ヨナが見る世界とは。