ハルジオンの町に立ち寄った新人魔導士の少女・ルーシィは、サラマンダーと名乗るキザな魔導士にナゼか心を奪われてしまう。それは魅了（チャーム）という"相手の心を術者に惹きつける"禁止された魔法のせいだった！偶然、出会った少年・ナツと猫のハッピーのおかげで難を逃れたルーシィだったが、サラマンダーが憧れのギルド・「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の魔導士だと聞き、彼の主催する船上パーティーに参加することに！だけど、そこでルーシィを待ち受けていたのは、とんでもない陰謀だった！？

ナツに誘われ、晴れて「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の一員となり、期待に胸をふくらませるルーシィ！だけど、その直後、ちょっとした問題を目の当たりにすることに。ギルド仲間のマカオが「仕事」に出たっきり、一週間も帰ってこないというのだ。マカオを探しにギルドを飛び出したナツに、興味本位（？）で同行するルーシィは、マカオの仕事内容を知ってビックリ！たどり着いた場所は、猛吹雪！！なぜなら依頼は、凶悪モンスター"バルカン"の討伐！！燃えまくるナツを尻目に、ルーシィはビビリまくりです！！

お気にの新居も決まってご機嫌のルーシィは、ナツとハッピーとチームを組んで、ついに初仕事へ！依頼の内容は、「エバルー公爵の屋敷から一冊の本を取ってくる」というもの。和気あいあいと出かける三人！一方その頃、「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）では、みんなの騒めきが‥‥。ナント、依頼の報酬が急に10倍にアップしたのだ！！　依頼内容もナゼか変更されて「本の破棄」に！！報酬アップに燃えまくるナツたち。だけど、この依頼、な～んかイヤな予感が！？

依頼の本・「DAYBREAK」（デイブレイク）には隠された秘密があった！？エバルーが"自分を主人公に"無理矢理書かせた、一見駄作のこの小説には、魔導士でもあった作者・ケム・ザレオンの、ある魔法がかけられていたのだ。そのことに気づいたルーシィは本を破棄せずに、依頼主のカービィ氏に届けることを決意！自分の悪事の数々を漏らされると思い、必死に襲いかかってくるエバルー！星霊と共に迎え撃つルーシィ！！ルーシィが届けたい"本当の秘密"、その意味とは！？

定例会でマスター不在の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、鎧を纏った最強の女魔導士・エルザが帰ってきた！風紀委員のごとく皆を仕切る彼女の迫力に、新入りのルーシィもビックリ!!そんなエルザが突如、ナツとグレイにチームの結成を呼びかける。闇ギルド・鉄の森（アイゼンヴァルト）の不穏な動きを調査しようというのだ。この最強チーム（？）に同行することになったルーシィは期待と不安でいっぱい!!一方、アイゼンヴァルトの連中は"ララバイ"という魔法で何やらヤバイ計画を進行中のようで!?

魔笛・ララバイとは、その音色を聞いた者全てを滅ぼす集団呪殺魔法だった!!そして、アイゼンヴァルトの死神・エリゴール率いる一団はオシバナ駅を占拠！その動きを察知し駆けつけたエルザたちに対し、ララバイを周辺に鳴り響かせることを宣言する。計画の実行のために、その場を立ち去るエリゴールを追って、さっそく戦闘開始!!エルザの活躍で戦況は有利に働くものの、エリゴールには何やら別の目的があるみたいで･･････!?

アイゼンヴァルトの本当の目的は、ギルドマスターの集う定例会でララバイを放つことだった！邪悪な計画を遂行すべく、着々と定例会会場を目指すエリゴール。しかし、ナツたちはエリゴールの仕掛けた風の結界・魔風壁（まふうへき）によって駅構内に閉じ込められ、成す術なく立ち往生!!このままではマスターたちの命が危ない!!そんな時、一筋の光明が!!その希望とは‥え!?　ルーシィ!?

魔風壁（まふうへき）を突破し、エリゴールに追いついたナツ!!"風"を操るエリゴールに対し、ナツの"炎"は歯が立たず大ピンチ!!しかし、風の弱点に気づいたハッピーの機転で、ナツの滅竜魔法（めつりゅうまほう）が炸裂、大逆転勝利をおさめる!!遅れて駆けつけたルーシィたちも一安心・・・と思いきや、エリゴールの手下のカゲヤマが一瞬の隙をついてララバイを奪取、マスターたちの下へ向かってしまう!!一難去ってまた一難、今度こそ"ララバイ"は止められない!?

闇ギルド・アイゼンヴァルトの邪悪な企てを阻止したナツたちが、帰路の途中に迷い込んだのはクローバー大峡谷の奥‥そこは大自然の迷宮!?何やら怪しい廃村にたどり着いたものの、そこへ容赦なく空腹が襲ってくる！空腹は異常事態よりも優先だ!!ってことで、うごめく家、駆け回るイス、飢えたナツたちは何でもいいから食べようとして‥‥!?しかし、この村には意外な真実が秘められていた!!

ケンカ上等!!炎の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ナツと鎧の妖精女王（ティターニア）・エルザの戦いに盛り上がるフェアリーテイル!!荒くれ者たちが集うこのギルド、語り合うにはやっぱり拳!!格上のエルザに対し、気合十分のナツも一歩も退かない!!二人の白熱のケンカの行方は!?そして一方、評議院ではアイゼンヴァルト事件における「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の行動が問題になっていた。その内容は‥エルザの逮捕!?

S級クエスト‥それはマスターに認められた魔導士だけに認められる危険な依頼!!‥‥なんだけど、そのS級クエストにナツ＆ハッピー＆ルーシィが勝手に行ちゃった!!向かった先は、「呪われた島・ガルナ島」。ナント、そこに住む人々は、月の魔力によって悪魔の姿に変化してしまっていた!!そこで、ナツたちが聞かされた呪いを解く方法は唯一つ‥「月を破壊する事」!?この依頼、一体どーなるの!?

呪いを解くヒントを探す為、島を探索するナツたちは、何だか怪しい遺跡にたどり着く。そこで発見したものはナント、かつてグレイの師匠・ウルが北の大陸に封印したはずの不死身の悪魔・デリオラだった!!そして、月の魔力を使って、その封印を解こうとしている零帝と名乗る男とその一味に遭遇、零帝の声を聞いたグレイは激しく動揺する!!ガルナ島の呪いとデリオラには何か関係が!?グレイと零帝との関係は!?この呪いに潜む"因縁"とは!?

零帝・リオンの手下が村を襲撃!!空から容赦なく"毒毒ゼリー"を浴びせかけ、村は壊滅状態に!!怒りに燃えるナツの相手は、"魔法の効かない"魔導士・波動のユウカ＆毒爪のトビー!!そしてルーシィは"人形撃"駆使するシェリーに星霊を操られて大ピンチ!!グレイが戦線離脱し劣勢の中、相性最悪の敵を相手に、ナツたちは勝機をつかめるか!?

星霊を操られ、勝機を見い出せないルーシィ！だけど、決してあきらめないのが「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士!!ルーシィは、切り札の星霊・アクエリアスを召喚、捨て身の一手に出るが‥‥!?一方、一人でリオンの下に向かったナツは、遺跡を破壊し傾かせ、デリオラ復活の儀式を阻止する!!暴走するリオンとの第2ラウンド‥今度こそ炎の拳をブチかませ!!

ついに明かされるグレイとリオンの因縁。10年前‥デリオラに家族を奪われ、傷ついたグレイを救ったのは、ウルとリオンだったのだ。ウルに弟子入りしたグレイは、リオンと共に造形魔法の修行に明け暮れる。しかしその矢先、デリオラの所在を耳にしたグレイは、無謀にもデリオラに戦いを挑んでしまう。そのことが引き起こした悲劇とは!?罪を背負ったグレイと、夢を失ったリオン‥‥二人の決着をつける時がきた!!

ウルが命をかけて封じたデリオラ。その復活を阻止しようと、グレイは捨て身の攻撃でリオンに挑む。一方、ナツの相手は仮面をかぶった変な奴・ザルティ。なんと、時を操る魔法でナツが傾かせた遺跡を復元し、ムーンドリップを再開させてしまう!!氷が溶けだし、轟くデリオラの咆哮!!厄災の悪魔復活も、もう時間の問題‥その時、グレイが決意した"覚悟"とは!?

響き渡るデリオラの咆哮!!ナツは"時を操る"ザルティと対峙、エルザは儀式の阻止を計るが、奮闘むなしく、ついに不死身の悪魔が復活してしまう!!ウルと同じく、その命を犠牲にする魔法"絶対氷結（アイスドシエル）"で、デリオラを再び封印しようとするグレイ!!それを制するナツ!!そして、デリオラの凶悪なる拳がナツたちを捉えようとした瞬間、事態は予期しえぬ展開に‥‥!?

「今から、あの月を破壊する」‥‥デリオラを倒しても、悪魔の姿が解けない村人たちを前に、エルザが堂々と宣言!?投擲力を上げる"巨人の鎧"を纏い、闇を退ける力を持つ"破邪の槍"をナツの炎で加速させて、月に向かって全力投擲!?自信満々のエルザだけど、そんなの月に届くはずがない‥‥って、本当に月が割れちゃった!?なんと、そこには意外な真実が隠されていて‥‥!?

「この文字の意味を解いてください」‥‥リクエストボードに張り出された奇妙な依頼書。そこに書かれた古代文字を読んだ途端、ナツとロキ、ルーシィとグレイ、そしてハッピーとエルザの人格が入れ替わっちゃった!?しかも、この古代魔法、３０分以内に呪文を解除しないと元に戻れないらしい!?思いもよらぬ大ピンチに、ギルドはいつにもまして大騒ぎ!!みんな、一体どうなっちゃうの!?

ミラジェーンの口から語られる、在りし日の「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）。そのキッカケは、ルーシィが偶然見つけた一枚の絵だった。そこには、幼い頃のナツにグレイ、エルザやミラ、エルフマンなどなど、６年前のみんなが描かれていて・・・・あれ!?でも、ハッピーがいない!!なぜかドラゴンはいるんだけど・・・・!?ルーシィの知らない、空飛ぶ不思議な猫・ハッピーの誕生秘話が明らかに!!

ギルド間抗争勃発!?何の前ぶれもなく「幽鬼の支配者」（ファントムロード）が「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）を襲撃してきたのだ!!怒り心頭、報復しようとするナツたちを制するマカロフだったが、なんと、その魔手がレビィたちにまで及んでしまう!!さすがに堪忍袋の緒が切れたマカロフ、"戦争"を宣言し、ギルドのメンバーを率いてファントムロードに殴りこみをかける!!

怒りを拳に宿し戦う「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）のメンバーたち!!ナツは鉄の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ガジルに、ギルドの誇りをかけて挑む!!攻勢をかけるフェアリーテイル‥‥そして、ついにマカロフは「幽鬼の支配者」（ファントムロード）のマスター・ジョゼと対峙する!!しかし、なんとジョゼの下には、捕らわれたルーシィが!!動揺を隠せないマカロフ!!奴らの本当の狙いはルーシィ!?この抗争の裏にある陰謀とは!?

マカロフの戦線離脱により、撤退を余儀なくされた「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）！「幽鬼の支配者」（ファントムロード）の目的が自分だと知り、責任を感じるルーシィを励ますナツたち。そこへファントムロードが追い討ちをかけるべく、なんとギルドごと攻めてきた！！そしてジョゼは、魔導集束砲"ジュピター"でフェアリーテイルを消滅させようとする！！かつてない脅威を前にナツたちに残された手は！？

「幽鬼の支配者」（ファントムロード）内部に乗り込んだナツとグレイ、そしてエルフマン。ナツの頑張りでなんとかジュピターそのものを破壊するが、ファントムにはさらなる切り札が！！なんとギルドを"超魔導巨人・ファントムMkⅡ"に変形させ、禁忌魔法・煉獄砕破（アビスブレイク）を放ち、ギルド一帯を消し去ろうというのだ。一刻を争う緊急事態、ナツたちの前にはファントム屈指のエレメント４が立ちはだかる！！

エルフマンがエレメント４の一人・大地のソルを撃破！！するとファントムMkⅡの動きがなぜか鈍くなる。なんと、この"巨人"はエレメント４が動力となっていたのだ。エレメント４全員を倒せば、煉獄砕破（アビスブレイク）は阻止できるはず！！残るは、あと二人！！ナツは大空のアリアと、そしてグレイは大海のジュビアと対峙する！！煉獄砕破発動まで、あと僅か！！「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の誇りをかけた戦いの行方は！？

"大空のアリア"に気合十分で挑むナツ。しかし、アリアが繰り出す"空域"魔法の前に全く歯が立たず、勝負は一方的な展開に！！そこへ現れたのは、なんと瀕死の重傷を負ったエルザ！！エレメント４最強と謳われるアリアに対し、手負いのエルザに勝機はあるのか！？一方、ルーシィは、ガジルにより捕らえられてしまう！！勢いづく「幽鬼の支配者（ファントムロード）」‥‥新たな局面を向かえた抗争の行方は！？

火竜の拳が鉄竜に炸裂！！ルーシィのピンチにかけつけたナツは怒りをその拳に宿し、ガジルに挑む！！二頭の竜が暴れるが如く苛烈さを増す滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）同士の戦い！！しかしエレメント４との連戦で力を消耗してしまったナツは次第に押され始める！！戦況も徐々に「幽鬼の支配者（ファントムロード）」の優勢に傾いて‥‥！！激化するこの抗争、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の運命は！？

エレメント４、そして鉄竜（くろがね）のガジルと、屈強な敵を撃破したナツたち。残るは聖十大魔道に名を連ねるジョゼ、ただ一人！！己の全てをかけてエルザが挑むが、ジョゼの圧倒的魔力の前に、敗北は時間の問題と思われた。しかしその時、魔力を取り戻したマカロフが現れた！！多くの哀しみが生まれたこの戦い‥‥怒りと誇りを胸に、マカロフが繰り出す魔法とは！？聖なる光が今、審判を下す！！

ギルドの誇りをかけた「幽鬼の支配者（ファントムロード）」との抗争が終わり、一週間。大きな傷跡を残したものの、崩壊したギルドの再建に向け、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」にも活気が戻りつつあった。しかしその矢先、なんと父親との確執に胸を痛めていたはずのルーシィが、書き置き一枚を残して実家に帰ってしまう！！「フェアリーテイル」を愛してやまないルーシィ‥‥彼女のとった行動、その真意とは！？

次世代を担う若者たち。妖精の尻尾（フェアリーテイル）にもラクサス、エルザなど二代目マスター候補はいるものの、まだまだその座を譲るには日が浅いと痛感する（！？）マカロフの毎日！！そんな折、エルザを中心としたナツたちフェアリーテイル最強チームが仕事に出かける！！はりきる面々、その依頼の内容は舞台の演出‥‥のはずが、なんと役者に変更！！まさかの事態にも、意外と乗り気な皆だけど‥‥！？

仕事終わりにやって来た温泉地・鳳仙花村！！ナツたちはそこで偶然、ロキに遭遇！！相変わらずルーシィと距離を保とうとするロキだけど、今回はどこかいつもと違う雰囲気！？そして、なんとロキがルーシィにとんでもない告白を！！そこには想像を絶するロキの"真実"が‥‥。誰も知らないロキの秘密が今、明らかに！！

ロキの罪、それは友の為に星霊界のルールを破ってしまった事‥‥。結果、ロキは星霊界を永久に追放され、生命力も無くなりつつあった。償いとして自分がこの世から消滅する事だけを願っていたロキ‥‥。でも、星霊を愛するルーシィが黙っていない！！「仲間を想う気持ちは罪なんかじゃない!!!!」‥‥ルーシィの叫びは星霊界に届くのか！？

"妖精"たちの休息！？‥‥ってことで、仕事を忘れビーチで羽を伸ばすナツたち！！しかし、バカンス気分も束の間、突然、謎の一味の襲撃を受け、エルザとハッピーを連れ去られてしまう！！しかも、その連中は、なんとエルザの"昔"の仲間だった！！エルザの秘められた過去が今、世界を揺るがす事態を誘（いざな）う！？彼らが向かう"楽園の塔"とは一体！？

エルザの昔の仲間にして意外な素性（！？）をもつジェラール。彼が支配する「楽園の塔」･･･別名・Rシステム、それは死者を蘇らせる禁忌の魔法を意味していた！！そして事態の真相を知らないナツたちが、エルザとハッピーを取り戻すべく塔への潜入を試みていた頃、Rシステムの存在を把握した魔法評議会は、その存在を消し去るべく、恐ろしい決断に踏み切ろうとしていた！！

秘められたエルザの過去‥楽園の塔の強制労働からの解放を求めて戦った代償、それはジェラールを"失う"ことだった！！黒魔導士・ゼレフに魅入られ、悪にその身を堕としたジェラールとエルザの間に横たわる、凄惨で哀しい二人の真実とは！？一方、魔法評議会では楽園の塔に究極の破壊魔法・エーテリオンを投下すべきか議論されていた！！事態は予測不能な未来に向かって‥‥！？

エルザを生け贄としてゼレフ復活の儀を行おうとするジェラール。彼が名づけた"楽園ゲーム"・・それは暗殺ギルドの魔導士・"三羽鴉（トリニティレイブン）"とナツたちとのバトルロワイヤルだった！！しかもそれは、いつ評議院がエーテリオンを投下してくるか分からない中での命がけのバトル！！ジェラールの悪魔の微笑が見守る中、戦いは新たなステージへ！！

命がけの"楽園ゲーム"！！ナツは鳥頭の正義（ジャスティス）戦士・梟（フクロウ）と、そしてルーシィ＆ジュビアは髪を振り乱すロックでパンクなヴィダルダス・タカと対峙する！！見た目はふざけていても、暗殺ギルドの実力はダテじゃない！？その比類なき魔法の前に、戦いは想像を絶する展開に！！エーテリオンの脅威が迫る中、ナツたちはエルザを過去から解き放つ希望の光を見い出せるのか！？

ヴィダルダス・タカと梟（フクロウ）を撃破し、残る三羽鴉（トリニティレイヴン）は斑鳩（イカルガ）ただ一人！！決死の覚悟で挑むエルザだが、斑鳩が繰り出す剣閃に、なんと最強の鎧までも粉々に切り裂かれてしまう！！エーテリオン投下のカウントダウンが始まり、残された時間はあと僅か‥‥エルザはこの強敵を打ち倒し、ジェラールの元へたどり着けるのか！？

ついに、その時は訪れた‥‥。ナツ、エルザ、ジェラールらを楽園の塔に残したまま、エーテリオンが投下されてしまった！！そして尊い犠牲に皆が胸を痛めた瞬間、衝撃の出来事が！！なんと、塔の外壁が崩れて巨大な魔水晶（ラクリマ）が現れたのだ！！それは評議院をも巻き込む、ジェラールの狡猾な罠だった！！今、ジェラールの信じえぬ真実が明らかに！！

ナツvs. ジェラール！！本来の魔力を取り戻したジェラール、その圧倒的な魔力はナツに攻め入る隙を与えない！！一転、塔そのものを破壊してしまおうとするナツだが、それに怒（いか）ったジェラールはエルザもろとも葬り去ろうと最強の天体魔法「暗黒の楽園（アルテアリス）」を放つ！！絶体絶命のピンチ、その先には衝撃の結末が待っていて！？今、ナツの滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）としての真価が問われる！！

楽園の塔が消滅し、過去の呪縛から解き放たれたエルザ、そしてショウたちは、それぞれ新しい一歩を踏み出そうとしていた。そしてマグノリアに戻ったナツたちを待っていたのは、新しく生まれ変わった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！プール、遊技場なども新設され超豪華！！だけど、ギルドが変わっても、みんな、おかまいないなしに大騒ぎ！！‥‥そんな折、ギルドに不満を持つ"アイツ"が帰ってきて！？

マグノリアの街に収穫祭の季節がやってきた。妖精の尻尾（フェアリーテイル）もこの祭りに当然参加、「ミス・フェアリーテイルコンテスト」を開催して大盛り上がり!! しかしその最中、ラクサスとその親衛隊・雷神衆が乱入、コンテストにエントリーしていたルーシィやエルザたちを石化させ人質に取ってしまう!! なんと、その目的は、フェアリーテイル最強を決める"バトル・オブ・フェアリーテイル"だったのだ！

ラクサスたちを倒そうとする妖精の尻尾（フェアリーテイル）の魔導士たち！ しかし、雷神衆の一人、フリードの魔法・"術式"によって、なんと仲間同士の潰し合いを強要されてしまう!! しかも、頼みのナツは、何故かバトルに参加できなくて････!? ラクサスたちに優位な戦況の中、石化したルーシィたちを救う術（すべ）は!?

石化から一人復活したエルザは、雷神衆のエバーグリーンと対峙する。また、妖精の尻尾（フェアリーテイル）最強候補の一人、ミストガンも参戦し、一気に形勢を巻き戻したフェアリーテイル！ しかし、そこにラクサスが新たな一手を打つ！ なんと雷（いかづち）の魔水晶（ラクリマ）・"神鳴殿"を発動させ、街の人々全員を人質に取ってしまったのだ！ 新たな局面を向かえたこのバトル、本気の潰し合いの行方は!?

石化が解けたルーシィたちも加わり、ますます白熱するバトル！ そして、レビィの力でフリードの術式から逃れたナツとガジルも、いよいよバトルに参戦!! しかし一方で、フリードの圧倒的な力の前に、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーは次々と屈してしまう。そして、その矛先はミラジェーンにまで及び････!? ミラジェーンの秘められた真の力が今、解き放たれる！

マグノリアの空中に無数に設置された雷（いかづち）の魔水晶（ラクリマ）・"神鳴殿"！その発動まであと10分となる中、カルディア大聖堂にいるラクサスの下に、ミストガンがたどり着く!! 妖精の尻尾（フェアリーテイル）最強の座をかけ、二人の戦いの火蓋が切って落とされた！ 想像を絶する強大な魔法の応酬！ そんな中、一足遅れてナツとエルザも大聖堂に到着する。そこで彼らが目にした驚きの事実とは････!?

エルザを中心に、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の魔導士たちは、力を合わせて"神鳴殿"への攻撃を試みる！ 一方、格上のラクサスに一人立ち向かうことになったナツは、その圧倒的な魔力の差に、絶体絶命のピンチに陥る！ しかし、そこへもう一人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ガジルが現れる！ 共闘する二人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）、その魔力はラクサスの野望を打ち砕くことができるのか!?

マスターの座を手に入れ、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を変えようとするラクサスは、マカロフの魔法・"妖精の法律（フェアリーロウ）"を放つ！ 術者が敵と認識したものを全て標的とする超絶審判魔法が導いた結末とは････!?　ナツ vs. ラクサス、そしてバトル・オブ・フェアリーテイル、ついに決着!!

収穫祭も終わり、ギルドも日常を取り戻しつつあった・・・・んだけど、そこはやっぱり「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！魔法専門誌「週刊ソーサラー」の取材で、みんなが我先にと大騒ぎ！！ 一方、「私のカードが言ってるよ。今日はあんた、運命の出会いをする日だ」・・・・というカナの占いで、なんとルーシィに恋の予感が！？ルーシィの前に現れたのは、「週ソラ」の記者と小説家の青年！！ルーシィの運命の相手・・・・本命は一体！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、またまた恋の予感が！！「ナツはルーシィの事　好きなのかもね～」というミラの一言に、ルーシィの胸は高鳴って！？一方、グレイに恋してやまないジュビア‥‥その切ない乙女心は、グレイの気をひく為、禁断の"魔法薬"へと向かってしまう！！実はこの"魔法薬"、フェアリーテイルを崩壊の危機に導く（！？）のだけれど‥‥みんなを巻き込む恋の大騒動、その結末は！？

最近、ルーシィをつけ回すアヤしい影‥‥ナントそれは、変わり果てたルーシィの父親だった！！事業に失敗し、会社も私財も全て失ったというのだ。金を無心してくる父親に失望し、突き放すルーシィ。しかし、再起をかけて父親が向かった商業ギルドが、闇ギルドに占拠されてしまう！！「あんな人だけど‥それでも　あたしが‥助けに行かないきゃ！！！！」‥‥ルーシィはたった一人で父親の救出に向かう！！

闇ギルド最大勢力の"バラム同盟"！！その一角を担う闇ギルド「六魔将軍(オラシオンセイス)」が不穏な動きを見せているらしい。そこでオラシオンセイス討伐のため、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」を含む４つの正規ギルドが連合軍を結成することに！！集った連合軍の顔ぶれは、ヤンキーにホストにナルシスト、そして‥‥お子ちゃま！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」の目的は、古代人が封印した強大な破壊魔法「ニルヴァーナ」を手に入れる事だった！！それを阻止すべく、作戦を遂行しようとする連合軍だが、敵の魔の手は既にそこまで迫っていた！！なんと、隙をつかれたジュラと一夜の二人が早くも手負いにされ、切り札となるはずだった魔導爆撃艇までも、ナツたちの眼前で破壊されてしまう！！そしてその直後、大胆不敵にもオラシオンセイス全員が現れて‥‥。"連合軍　vs. 六魔"、いきなり全面対決に！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」に連れ去られたウェンディ、その正体は"天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）"で、治癒魔法の使い手だった！！先の戦闘で毒に侵されたエルザを救う為にも、ナツたちは一刻も早くウェンディを奪還しようと六魔の後を追う！！一方、オラシオンセイスはウェンディの治癒魔法で、ニルヴァーナの鍵を握る"ある人物"を復活させようとしていた！！しかし、その正体はあまりにも意外なものだった！！

ウェンディの奪還を急ぐ連合軍の前に、数多の闇ギルドが立ちはだかる！！そして、並み居る強敵をなんとか蹴散らし、いち早くウェンディの元にたどり着いたナツとハッピーだが、そこで目の当たりにした現実は、想像を絶するものだった！！ナントそこにいたのは、楽園の塔でエーテリオンに飲み込まれて消えたはずのジェラールだったのだ！！そして一人、その場を立ち去ったジェラール‥‥彼を軸に、事態はますます混沌の渦へ！！

エルザ回復の鍵を握るウェンディをナツに託し、一人で六魔の一角・“レーサー”と対峙するグレイ！！しかし、圧倒的な“スピード”を誇るレーサーの魔法はさらにグレードアップ、「デッドGP」なる魔導二輪での“レース”バトルに引きずり込まれてしまう！！敵の土俵での勝負に劣勢を強いられるグレイ。しかしそこに、かつての兄弟子・リオンが現れる！！志を共にした二人のタッグは、レーサーのスピードを“奪う”事ができるのか？

ウェンディの治癒魔法により、一命を取り止めたエルザ！！歓喜に湧くナツたちだが、時を同じくして、突如、ワース樹海から天を突き刺す黒い光が発生する！！まさか、そこにニルヴァーナが！？一瞬のためらいも見せず、“光”に向かって疾走するナツ！！一方、六魔最強と言われるミッドナイトが眠りから覚めて・・・・！！事態が混沌と化す中、ついにニルヴァーナの恐ろしい“力”が明らかに！！

ニルヴァーナ‥‥それは光と闇を入れ替える恐ろしい魔法だった！！それを知ったルーシィはヒビキらと共に、ナツを追ってニルヴァーナの下に急ぐが、その前に六魔の一人・星霊魔導士のエンジェルが立ちはだかる！！星霊を道具としてしか見ていないエンジェルに違和感を覚えるルーシィ。しかし、格上のエンジェルの前に成す術なく跪いてしまう！！絶体絶命のピンチ‥‥ルーシィの星霊への想いは奇跡を呼び起こせるか！？

“ジェラールが生きていた”‥‥驚愕の事実を知り、複雑な思いを抱えながらもジェラールの下を目指すエルザ。そして、その時は訪れた。再会した二人‥‥しかし、そこにいたのはエルザの知っているジェラールではなかった！！“変わり果てた”ジェラール‥‥彼がニルヴァーナの封印を解いた訳、その意外な真実とは！？そして、その悲壮なる覚悟が導いた衝撃の事態とは！？

ジェラールが命をかけて仕掛けた“自立崩壊魔法陣”！！これによってニルヴァーナは消滅するかと思われた。しかし、突如そこに現れた六魔将軍（オラシオンセイス）のブレインによって自立崩壊魔法陣はいとも簡単に無効化され、ついにニルヴァーナが復活してしまう！！邪念に支配されたニルヴァーナ‥‥その先には闇の世界の台頭が！！しかし希望は繫がっている！！ナツたちのあきらめない思いが、オラシオンセイスの闇に挑む！！

復活したニルヴァーナ！！その動きを止める為、ブレインの下にたどり着いたナツとハッピーの前には、六魔のコブラが立ちはだかる！！ナツ＆ハッピー vs. コブラ＆毒蛇キュべリオスの空中戦・・・・しかしナツたちは、コブラの“心の声を聴く魔法”に大苦戦！！すべての攻撃が“聴かれて”しまい、成す術のないナツたち・・しかし、そこへコブラの意外な真実が追い討ちをかける！？

光と闇を入れ替える超反転魔法・ニルヴァーナ！！なんと「六魔将軍（オラシオンセイス）」のブレインは、そのニルヴァーナをウェンディとシャルルのギルド「化猫の宿（ケット・シェルター）」に向けて放とうとしていたのだ！！非道なるブレインに対し、怒りを爆発させる「蛇姫の鱗（ラミアスケイル）」のジュラ！！聖十大魔道に名を連ねるその魔力は、ブレインを倒し、ニルヴァーナを止められるのか！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」最後の一人・ミッドナイトがエルザとジェラールの行く手を阻む！！なんと、その実力は、いとも簡単にジェラールを退けてしまうほどだった！！“全ての物を捻じ曲げて歪ませる”ミッドナイトの魔法・屈折（リフレクター）に苦しむエルザ・・・・六魔最強と謳われる相手に対し、勝機を見出すことができるのか！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」全滅！！激闘の末、勝利を収めたナツたち連合軍・・・・しかし、これはさらなる死闘への入り口だった！？なんと、六魔全てを倒した事により、生体リンク魔法によって封印されていたブレインのもう一つの人格、オラシオンセイスのギルドマスター・“ゼロ”が目を覚ましたのだ！！破壊を好み、凶悪な魔力を持つというゼロ・・・・「化猫の宿（ケット･シェルター）」目前、ナツたちはかつてなき強大な敵に挑む！！

「化猫の宿（ケット・シェルター）」へ向けニルヴァーナが発射されてしまった！！ だが、間一髪、ヒビキたちが動かす魔導爆撃艇「クリスティーナ」が現れ、直撃を阻止。そして緊迫する事態の中、ニルヴァーナを止める方法が判明する! ヒビキが念話でナツたちに伝えたその方法とは、ニルヴァーナの足にある６つの魔水晶（ラクリマ）を全て同時に破壊することだった。満身創痍のナツたちだが、まだ心はくじけていない！ナツたちはゼロの野望を阻止できるのか！？

ニルヴァーナを止めるため、傷ついた体を奮い立たせる連合軍の魔導士達。ナツの本能が嗅ぎ取ったのか、ナツが選んだ魔水晶（ラクリマ）で待っていたのは最強の敵、マスター･ゼロ！気合十分でゼロに挑むナツだが、相次ぐ激戦でもはや魔力も体力も限界に達し、窮地に追い込まれてしまう。しかも、その目の前に別のラクリマへ向かったはずのジェラールが現れ、ナツを魔法で攻撃してきた。ジェラールはまたも闇に堕ちてしまったのか！？絶対絶命、どーするナツ！？

滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）としての真の力を解放したナツは、マスター・ゼロと魔水晶（ラクリマ）をついに撃破する！！残る全てのラクリマを仲間たちが打ち砕き、ニルヴァーナは地響きと共に崩れ去った！勝利を迎え、わき立つ連合軍一同。だが、何者かによって張り巡らされた“術式”によってナツ達は閉じ込められてしまった！！ナツ達を取り囲む男達の正体は、なんと新生魔法評議院の強行検束部隊。突如現れた彼らの目的とは一体！？

記憶はなくなっても、罪は消えない････。新生魔法評議院の目的は、「六魔将軍（オラシオンセイス）」ではなく、ジェラールを逮捕する事だった！！その事実を受け、悩むエルザの姿を見たナツと仲間たちは、逮捕を阻止しようとする。それを見たエルザが出す答えとは？ そして、「化猫の宿（ケット・シェルター）」に戻ったウェンディたちにギルドマスター・ローバウルから語られる衝撃の真実。ケット・シェルターの大いなる秘密とは――！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に久しぶりに帰ってきたナツたち。変わらないギルドの空気に触れ、激戦の疲れも癒えてきた。ウェンディとシャルルも仲間に加わることになり、盛り上がるギルド！数日後、にぎわうギルドの中でグレイが驚くべき情報をもたらす。グレイが語ったのは、ダフネと名乗る人物がドラゴンと会ったという噂‥。それを聞いたナツたちはダフネがいるライズという宿屋に向かう。そこでナツたちを待ち受けていたのは！？

グレイの情報を頼りに、ライズという宿屋にやって来たナツたちだが、そこで出会ったダフネの罠にはまり、宿屋から出られなくなってしまう！ しかも、そこへなんとグレイがやってきて、突如ナツに襲い掛かって来る！！氷と炎･･相反する二人の戦いは次第に熱を帯びて！？一方、深夜になっても帰らないナツやウェンディを心配し、ルーシィとエルザが宿屋へ向かうと、その道中、不気味な黒フードの人物が現われて！？

ダフネの目的は、ナツを捕らえ、彼女が長い年月をかけて作り出した人工生命体・“ドラゴノイド”を起動させることだった！滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の魔力が動力源のドラゴノイドは、ナツの魔力を吸収して動き出し、マグノリアの街に襲いかかろうとする！！何とかそれを阻止しようとする「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達たちだが、ドラゴノイドの体内にナツがいるため思うように攻撃できず、絶体絶命のピンチに追い込まれてしまい！？

「こいつを････オレごとぶっ壊せ！！」ナツの悲痛な叫びがドラゴノイドの体内から聞こえてくる。その頃、ギルドに連れ戻されたグレイは、幼い頃ナツが「音なしの町」で交わした約束と、ドラゴノイドの秘密をマカロフに伝えるのだった。ナツの魔力吸収が完了するまであとわずかとなり狂喜するダフネ。このままナツはドラゴノイドの中で力尽きてしまうのか！？ そんな中、マカロフがグレイに授けた秘策と、エルザたちが取った行動とは！？

日夜過酷な依頼をこなす「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達も、この日ばかりは日々の激務を忘れて大騒ぎ。一年に一度のビックイベント、それは「お花見」！ ギルドに入って初めての「お花見」を明日に控え、ドキドキわくわくのルーシィは、仕事でナツたちとともに極寒のハコベ山へ行くことに。それはとある薬草を取ってくるという一見簡単そうに見えるクエストだったのだが････。ルーシィはそこであるトラブルに巻き込まれてしまい！？

ギルドにも慣れてきたウェンディは、もっと大きな仕事に挑戦してみんなの役に立ちたいと意気込むが、それが元でシャルルと口論になってしまう。そんな中、一人で仕事を請けるウェンディを気遣って、マカロフは何故かハッピーとフリードにウェンディのサポートを指示して！？真面目すぎるウェンディと超マイペースなフリード、それに振り回されるハッピー。かくして始まる二人と一匹の珍道中･･果たして無事に依頼を達成できるのか！？

ルーシーは、依頼人がフェアリーテイルの女性寄宿舎フェアリーヒルズにあるオブジェを探しているという謎の手書きの依頼に気付く。その仕事がいたずらでないことを確認するために、彼女はそれを確かめに行く。寮に着くと、彼女は依頼人が寮の長であるヒルダであることを知る。ヒルダは困った猫の格好をしている彼女に「輝く宝物」を探してほしいと頼む。

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」恒例のビッグイベント・・・・それは、全魔導士強制参加の”24時間耐久ロードレース”！！知力＆体力を競うこのレース、“飛行”以外の魔法は使用無制限！！ それぞれのプライドを賭けた（？）過酷なレース、優勝するのはいったい誰！？そして、最下位に与えられる恐ろしい罰ゲームとはいったい！？

いつもと変らずノドかな「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！そこに急遽鳴り響く鐘の音が！？そう、フェアリーテイル最強の魔導士・ギルダーツが３年ぶりに帰ってきたのだ！！その実力といえば、100年間誰も達成できていない”100年クエスト”に赴くほど！！ギルダーツの帰還をことさら喜ぶナツ・・・・しかし、ギルダーツがナツに用意したおみやげは意外なもので！？

今日も笑顔の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の面々・・・・の中で、なぜかシャルルだけご機嫌ナナメ！？何か思いつめているようだけど！？そんな折、ウェンディとシャルルの前に、“ジェラール”と同じ顔を持つミストガンが現われる！！なんと幼い頃ウェンディと出会ったジェラールとは、ミストガンだったのだ！！しかし再開の喜びも束の間、ミストガンの口から衝撃的な一言が！！そして、フェアリーテイルの日常に未曾有の危機が迫る！！

ナツ＆ハッピー、そしてウェンディ＆シャルルを残して、フェアリーテイルがギルドごと、超亜空間魔法“アニマ”を通って異世界・エドラスに吸収されてしまった！！エドラスから来たというシャルルが語るには、魔力が枯渇してきたエドラスの人々が、この世界（アースランド）から魔力を吸い取ろうとしているというのだ！！仲間を救う為、エドラスに乗り込むナツたち・・・・まだ見ぬ別世界・エドラス、そこで待ち受けるのは！？

エドラス・・・・そこはまるでパラレルワールド！？アースランドとは違う独自の文化と歴史を持つこの別世界、まったく“別の”妖精の尻尾（フェアリーテイル）が存在し、なんとリサーナまで生きていたのだ！！戸惑いを隠せないナツたち・・・・しかし、事態はさらに混迷を極め、突如、王国軍が攻めてくる！！その理由は・・フェアリーテイルが闇ギルドだから！？そして、その刺客とは、ナツたちにとって想像しえぬ人物だった！？

魔力としてエドラスに吸収された仲間を救出する為、エドラスの王都を目指すナツたち！！しかし、魔力が有限のエドラス・・魔法を使えないナツたちの道中には早くもトラブルが発生！！エドラスのルーシィの協力でなんとか難を逃れたものの、その後も王国軍に追われたりと、前途は多難！！そんな折、別世界のエドラスでナツたちの前に姿を現したのは・・・・！！この遭遇がもたらすのは希望！？それとも・・・・！？

ナツたちの前に現れたのはナント、アースランドのルーシィ！！ミストガンの差し金で、エドラスにたどり着いたルーシィはナゼか魔法が使え、王国軍を見事撃退する！！そして心機一転、王都を目指すナツたちだが、その道中、ギルドの仲間たちが巨大魔水晶（ラクリマ）にされていて、その魔力抽出が２日後だと知る。窮地に立たされるナツたち・・・・そこへ現れたのは“ファイアボール”の異名を持つエドラスのアイツだった！！

王都にたどり着いたナツたちは、そこで巨大魔水晶（ラクリマ）にされた仲間たち、そしてエドラス国王・ファウストの非道さを目の当たりにする！！悔しい気持ちを押し殺し、いったん退いて仲間を救う作戦を立てるナツたち・・・・すると、ある“妙案”を思いつき、シャルルの脳裏に浮かぶ“情報”を基に、エドラス国王のいる城までの潜入を試みることに！！しかし、その先で待ち受けていたのは、信じられない残酷な“真実”だった！？

ハッピーとシャルルが“任務”を完遂した“エクシード”！？ナツたちが王国軍に囚われる一方、手厚くもてなされるハッピーとシャルルは、エクシードの国・エクスタリアに連れていかれる。そこで二人は自分たちの存在が、人間の上に立ち、人間を導く立場であることを聞かされる。そして戸惑う二人に、さらなる残酷な真実が明かされる。シャルルも知らない本当の任務・・・・エドラスがハッピーとシャルルに託した本当の“使命”とは！？

ルーシー・ハートフィリアは、フェアリーアカデミーの転校生です。ナツ、ウェンディー、エルザ、グレイ、そしてギャングも同様だ。しかし、フェアリーアカデミーの予測不可能なクラスメートたちにとって、トラブルはそれほど先のことではない。ライバル校が暴力団、ガジェールとジュビアを先頭にトラブルを起こしており、ナツとグレイは彼らを止めに乗り出した。一方、クラス委員長のエルザさんは、ハンサムな見知らぬ人との恋愛問題に直面しています。

「オイラたちで　みんなを助けるんだ！！！」・・・・自分たちの運命に抗うかのように逃走するハッピーとシャルル！！そんな二人を追っ手から匿ってくれたのはエクシードの夫婦・ラッキーとマールだった。自分の意志がエクスタリアに操作されていると聞かされ塞ぎこむシャルルだったが、ラッキーとマールの優しい心に触れ、本来の自分を取り戻していく。ハッピーとシャルル・・・・二人の心の“翼”は、仲間たちを助け出す光を見出せるのか！？

ルーシィに対して抹殺命令！？冷酷なるエドラスのエルザにルーシィの命が奪われようとした瞬間、ハッピーとシャルルが見事、ルーシィを救出！！しかし、上空からはエクスタリア近衛師団、地上からはエドラス王国軍に包囲され万事休す！？・・・・と思ったその時、予想しえぬ事態が！！エドラス国王が「コードＥＴＤ」を発令・・・・その驚愕の全貌が今、エドラス、そしてアースランドの未来を変えてしまう！？

窮地に陥ったルーシィたちの前に現われたのはナント、グレイとエルザ！！ガジルの滅竜魔法によって魔水晶（ラクリマ）から復活していたのだ！！そして、エルザ vs. エルザ・・・・魔力も互角の二人の戦いが始まった！！一方、ナツとウェンディを救出したルーシィたちは、ウェンディから「コードＥＴＤ」の目的、そして非情なるその手段を聞かされる。エドラスのエクスタリアへの反応・・・・永遠の魔力を欲するエドラスの暴走を、ナツたちは阻止できるのか！？

「コードＥＴＤ」を阻止するため、エドラス王の下へ急ぐナツ、ルーシィ、そしてグレイ！！しかし、その前には王国軍屈指のヒューズとシュガーボーイが立ちはだかる！！永遠の魔力を手に入れるために、フェアリーテイルの仲間、そしてエクシードの命を犠牲にしようとするエドラス・・・・その邪望にナツたちの怒りは爆発する！！しかしその間にも、「コードＥＴＤ」は最終段階に入ろうとしていた。予断を許さぬ緊急事態、ナツたち必死の戦いが続く！！

ルーシィは竜鎖砲の鍵を持って逃げてきたココと遭遇する。ココは仲間さえも犠牲にしようとするファウストに疑問を持ち、逃げてきたのだ。助けを求めるココとルーシィの前に魔戦部隊参謀のバイロが現れ、二人に襲い掛かる！ルーシィの攻勢にひるむバイロだが、まだ奥の手を隠し持っているようで！？ そして、グレイはシュガーボーイと対決。全ての運命を握る鍵をかけた戦いは、さらに激化する！！

迫る危機を告げにエクスタリアを訪れたウェンディとシャルル。だが、エクシードたちは、女王シャゴットの力を信じて、二人の言葉を全く聞き入れてくれない。一方、氷の造形魔法により竜鎖砲の鍵を手中にしたナツとグレイ。その前にエドラスのエルザが立ちふさがる！捕らわれてしまった二人、ついに竜鎖砲発射の準備は整ってしまった。絶体絶命のナツたちは、魔水晶（ラクリマ）にされた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たちを救えるのか！？

発射された竜鎖砲により、エクスタリアの浮遊島へ妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たちを取り込んだ巨大魔水晶（ラクリマ）が迫る！必死に止めようとするナツたち。一方、ウェンディとシャルルの前に、エクシードの女王・シャゴットがついに姿を現した。「時が来た」と語る彼女の口から、今まで隠されてきた衝撃の真実が明かされる。エクシードたちの間に動揺が広がる中、島と巨大ラクリマがついに衝突。その時、ナツ達が目にした驚くべき光景とは！？

ミストガンの壮大なる策により、最悪の事態は防がれた。歓喜するナツたちとエクシードだったが、そこへ、ファウストが王国最強の兵器「ドロマ・アニム」を駆り、現れた。それは竜を模したドラゴンの強化装甲。魔法を無効化する装甲と圧倒的な攻撃力でミストガンを撃墜するドロマ・アニム。だが、凶大なる敵に反撃を試みる者たちが！相手はドラゴン、倒せるのはドラゴン狩りの魔導士。ナツ、ウェンディ、ガジル・・トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）vs. ドロマ・アニム、最終決戦開始！！

トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）vs. 魔導兵器ドロマ・アニム、ぶつかり合う巨大な力と力。ドロマ・アニムの無尽蔵の魔力により、苦戦を強いられるナツたち。一方、エルザ・スカーレットとエルザ・ナイトウォーカーの戦いも熾烈を極め、一瞬の隙も見せられない互角の戦い。エドラス王国軍に数で押されるルーシィたちも窮地に追い込まれ、絶体絶命！だが、その時、一つの希望の芽が開く――！！

エドラスに生きる全ての生命の為に、限界を超えても立ち上がるナツ、ウェンディ、ガジル。火、空、鉄・・・・・・３人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の力が合わさる時、それは想像を超えた力となり、悪を討つ！壮絶なるバトルもついに決着の時が訪れる！しかし、絶望を乗り越え、希望の兆しが見えたと思った瞬間、空に浮かんでいた島が崩れ落下し始めた！未だ過ぎぬ危機、一体何が・・・・・・！？

全てが解決したと思った矢先、城下で暴れまわり、街を破壊する奴らが現れた！「我が名は大魔王ドラグニル！この世界の魔力はオレ様が頂いたァァ！！」その正体は、ナツ！ファウストを捕えた、ナツ、ウェンディ、ガジルはエドラスの国民を怯えさせ、逃げ惑わせる！そして、止めてみろとミストガンを挑発するナツ。その真意は――！？妖精の尻尾（フェアリーテイル）、エドラス、エクシード、それぞれの想いを胸に、別れの時が目の前に迫る！！

ギルドもマグノリアの街も全て元に戻り、無事アースランドへと帰ってきたナツ達。元々、魔力を持っていたエクシードたちも一緒にアースランドへやってきた。自分に与えられた“使命”が許せないシャルルは、エクシードたちをエドラスに返すべきと主張するが、それには秘密があり‥‥！？そして、アースランドのサイズに合わせて小さくなったパンサーリリーが現れ、怪しい奴を捕まえてきたと言う。その人物とは、まさかの！？

たとえ、魔力が無くても強く生きる事は出来る！！ミストガンを王に抱き、新たな国造りへ向けて着実に歩みだしたエドラス。一方、元通りになったアースランドの妖精の尻尾（フェアリーテイル）はいつもの活気を取り戻し、メンバーたちは大騒ぎ！しかし、波乱の火種はすでにくすぶり始めていた・・。フェアリーテイルを危険視し、厳しく取り締まるべく雄叫びを上げる新生魔法評議院！そして、誰もいない島で一人、ナツを待つ謎の男！新展開、突入――！！

S級魔導士昇格試験の出場者が発表！試験会場は妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地、天狼島！！ナツ、グレイ、フリードなど総勢８名の錚々たる顔ぶれが出揃い、出場者たちは気合全開。そんな出場者の中でカナだけが、なぜか浮かない顔‥。試験のルールで、パートナーを一人選びペアを組むことになったのだが、順調に決まる人もいれば、なかなか決まらない人もいて！？

天狼島へ向かうナツ達の前に、異様ながら壮大（！）な、妖精の尻尾（フェアリーテイル）・初代ギルドマスター「メイビス」が眠る地、天狼島が姿を現した。そして、マカロフから一次試験の内容が発表される。その内容は、島にある８つのルートを突破すること。だが、そのルートにはそれぞれ試練が待ちうけている！中には、エルザやミラジェーンたちS級魔導士とのバトルもある。激闘必死のS級試験、ついに開始！！

「激闘」ルートでの対戦が次々と決まる中、エルザがいると思ってナツが選んだルートで待っていたのは、なんとギルダーツ！「終わった」と泣くハッピーを傍目に「燃えてきたぞ!!!!」と気合十分のナツ。戦いが始まると同時に全力全開で挑むナツだが、ギルダーツは全ての攻撃を弾き返す。底が見えない最強魔導士の魔力！諦めないナツだが、ギルダーツの魔法が直撃してしまい！？

一次試験を突破した出場者たちが挑む次の試験は、島のどこかにある「メイビス」の墓を見つけるというものだった。一方、試験から脱落したメストは、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）についての、ある重大な秘密がこの島に隠されているらしい」と言い、ウェンディを誘って天狼島の探索を始める‥。そんなメストに不信感を抱くパンサーリリー。その理由とは！？そして、ウェンディの運命は！？

謎の青年から放たれた生命を奪う禍々しき黒い波動！間一髪、エルフマンとエバーグリーンの危機を救ったナツだったが、脅威の魔法が再び襲い掛かる！だが、イグニールのマフラーが身代わりとなり、ナツたちを救った！そして、青年は姿を消してしまう。同じ頃、天狼島に史上最強の闇ギルド・悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が接近。計り知れない巨大な闇の力が、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に、ナツ達に迫る！混沌極める天狼島。運命の戦いが、いま始まる――！！

絶妙なコンビネーションで魔法を繰り出す、悪魔の心臓（グリモアハート）のヨマズ・カワズに、ガジル＆レビィは大苦戦！そして、ヨマズの口から天狼島にグリモアハートの全部隊が向かっている、という衝撃の事実が語られる。想像を超えた事態に危機を覚えたガジルは、この事をみんなに知らせるようにと、レビィを一人逃がす。そして、ガジルは傷ついた体を奮い立たせ、ヨマズとカワズの前に立ちはだかる！グリモアハート屈指の魔導士たちをそろえた「煉獄の七眷族」もついに姿を現し、戦いはさらに加速していく！

パンサーリリー、ウェンディたちを煉獄の七眷族の一人、アズマが襲う！全てを圧倒する脅威の力に、なすすべなく倒れされていく一同‥。そして、悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が天狼島に迫る。だが、その前に立ちはだかったのは巨人化したマスターマカロフ！！心の強さを拳に込めた怒りの鉄槌が飛行艇をなぎ払う！マカロフはグリモアハートを撃退できるのか！？

ますます激化する悪魔の心臓（グリモアハート）との戦い。次から次へと押し寄せてくるグリモアハートの大軍団を迎え討つナツたち。その前にひときわ異彩を放つ、黒い炎を操る魔導士が現れた。その男は、煉獄の七眷族・ザンクロウ。「弱者はいらねぇ！！！！」と味方をも焼き尽くす残虐非道な男はナツへと、黒い炎を放ってきた。炎を食べられるナツは、その炎を食べようとするが、なんと食べることができない！かつてない魔法の使い手にナツはどう挑む！？

圧倒的な力を持つ失われた魔法(ロスト・マジック)の使い手たち。その力を前に、苦戦を強いられる妖精の尻尾(フェアリーテイル)の面々。滅神魔導士(ゴッドスレイヤー)・ザンクロウと戦うナツは、竜をも超える神の炎に対抗する術がない。瀕死のマカロフの目の前で、神の炎に包まれたナツ。すべてを灰にする黒い炎の中で、ついにナツの魔力が消えてしまった････！ “絶対なる力”の前に、ナツはこのまま力尽きてしまうのか！？

型破りな戦法でザンクロウを撃破したナツ！ しかし激闘の傷は深く、ナツはその場で倒れてしまう。リサーナを守ってミラジェーンが倒れ、エルフマンとエバーグリーンも苦戦している。そんな中、七眷属の長・ウルティアがゼレフに接触！ 混沌と闇の王、伝説の黒魔導士・ゼレフを擁し、悪魔の心臓(グリモアハート)が目指す「大魔法世界」とは！？ 恐るべき野望がついに明かされる！！

魔力なき人間がすべて消し去られる絶望の未来。「大魔法世界」を実現させるわけにはいかない！ しかし、エルフマンとエバーグリーンは、ラスティローズのロスト・マジック「具現のアーク」の前に力尽きてしまう！ 一方、カプリコの力に圧倒されるルーシィ、グレイ、カナ。ロキは、なぜか三人をその場から遠ざける。ロキが見破ったカプリコの驚きの正体とは！？

カプリコの正体は、体を乗っとられ、悪の道を歩かされていた星霊カプリコーンだった！ロキの捨て身の戦法で解放されたカプリコーン。本来の主であるルーシィの母・レイラと交わされていた、ルーシィに関わる約束とは・・・・！？そして、回復したナツは七眷属の長・ウルティアとぶつかり、ルーシィとカナは「メイビスの墓」場所を示すヒントにたどり着く・・・・！

カナに眠らされてしまったルーシィは、煉獄の七眷属の一人、華院＝ヒカルに襲撃されてしまう！ 見かけによらず強いヒカルに、ルーシィは追い詰められる。絶体絶命のその瞬間、ウルティアとバトル中のナツが乱入してきた！ ウルティアはすぐに離脱したものの、ヒカルとその呪殺魔法「丑の刻参り」に苦戦するナツたち。バトルの勝敗は！？ ナツ・ルーシィ・ハッピーが３人一緒に繰り出した、驚きの必殺技とは！？

息の合った連携で華院＝ヒカルを倒したナツ＆ルーシィ＆ハッピー。“家族”が受けた痛みを自分達で返すため、ドランバルトからの救出の申し出を一蹴する。一方、メルディの攻撃に苦戦するジュビアは、グレイを殺すというメルディの言葉に怒り爆発！ グレイへの愛を力へと変え、本来の力を解放した！ 追い込まれたメルディは、己の唯一の目的を果たすため、ジュビアを利用してグレイを殺す“最悪の秘策”を発動する！！

メルディとジュビアとグレイ。失われた魔法（ロスト・マジック）「マギルディ＝センス」によって、一人が死ねば全員が死ぬという状態に陥った三人。グレイを殺すという目的達成のため自らを殺そうとするメルディを、ジュビアは止めることはできるのか！？ そして悪魔の心臓（グリモアハート）の副司令ブルーノートがついに参戦！ 強大な重力魔法の使い手に、いきなりの大ピンチを迎えるナツたち！ ハデスさえも一目置く、最強の男の力とは！？

ついにメイビスの墓に辿り着いたカナ。墓には妖精三大魔法の一つ、“妖精の輝き（フェアリーグリッター）”が封じられていた！ ルーシィの救難信号を受けたカナは、最強の魔法を携えて、ブルーノートに襲撃される仲間のもとへ駆けつける。しかしカナの“フェアリーグリッター”では、ブルーノートに対抗することはできない！ すべてが終わると思われた瞬間、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を救いに現われたのは、カナが12年間待ち続けたあの男だった！！

ギルダーツ、フリード、ビックスロー。絶体絶命の危機に駆けつけた頼りになる男たち！ 傷つき疲れた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間を助け、悪魔の心臓（グリモアハート）を圧倒する。アズマと対するエルザも、仲間への思いを力に変えて戦い続けるが、そのアズマが仕掛けた失われた魔法（ロストマジック）が、天狼島のシンボルである天狼樹に重大な異変を起こし‥‥！！ 妖精の尻尾、全滅へのカウントダウンが始まった！！

天狼樹を支配されてしまい、全魔導士が魔力を奪われていく妖精の尻尾（フェアリーテイル）。本気の妖精女王（ティターニア）と対することを望むアズマに、唯一動くことを許されたエルザだったが、アズマの強大な魔力の前に力尽きてしまう。しかしその時、聞こえるはずのないジェラールの声を聞き、見えるはずのないナツや仲間たちの笑顔を見る。フェアリーテイルを救うためには、アズマを倒すしかない！！ エルザは、立ち上がる力を取り戻すことができるのか！？

アズマを打ち倒したエルザの活躍により天狼樹は解放され、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーたちは魔力を取り戻す。危機に陥っていたギルダーツやフリード、ビックスローも、悪魔の心臓（グリモアハート）に反撃開始！ 一方、七眷属の長・ウルティアとグレイは、ウルティアにとっての母、グレイにとっての師匠であるウルをめぐる愛憎に決着をつけるため、本気のバトルを開始する！！

ウルへの相反する思いを抱え、戦うグレイとウルティア。グレイが武器とする氷は、時間が戻れば水になり、時間が進めば蒸発してしまう。失われた魔法（ロスト･マジック）で時間を操るウルティアには、氷の造形魔法が通じない！ しかし、ウルから受け継いだ氷の魔法を信じるグレイは、仰天の方法でウルティアに対抗する！ 母に捨てられた過去‥‥溶けない氷に固められたウルティアの心。バトルの中で明かされる、母と娘の真実とは‥‥！？

妖精の尻尾(フェアリーテイル)と、悪魔の心臓（グリモアハート）のギルドマスター・ハデスの直接対決が始まった！ だが、ナツたちが全力を込めた合体魔法(ユニゾンレイド)を準備運動と切り捨てるハデスの強さは想像を絶するものだった！ ハデスの指先の攻撃だけで、次々と打ち倒されていくナツ、グレイ、エルザ‥‥。果たして、フェアリーテイルに勝機はあるのか！？ そして、あのザンクロウを一瞬で死に至らしめたゼレフがつぶやいた‥‥「アクノロギア」とは一体！？

「フェアリーテイル」 の著者・真島ヒロ氏が監修した新作オリジナルストーリーが2012年2月17日に公開されました。「過去の世界」では「夏の秘密」が公開されます。ギルドの倉庫にある「魔法の本」に導かれ、夏、ルーシー、ハッピー、グレー、エルザは過去へと旅立ちました!!

ナツにとどめをさそうとするハデスの前に立ちふさがったのは、なんとラクサス！ 破門中のラクサスは“元妖精の尻尾（フェアリーテイル）”を名乗るが、ギルドが受けた痛みに怒り心頭。圧倒的な力でハデスに対抗するが‥‥！ 一方、七眷属の生き残り、華院＝ヒカルやヨマズ、カワズの奇襲を受けるベースでは、戦いで傷ついたミラジェーンやエルフマンたちを守るため、リサーナと雷神衆が立ち上がる！！

ラクサスの全魔力が込められた雷を食べてしまったナツは、なんと炎と雷を融合させた“雷炎竜”へと変化した！ 雷を帯びた灼熱の炎「雷炎竜の咆哮」が炸裂し、ついにハデスを倒したかに見えたその時‥‥ハデスは封印していた「悪魔の眼」を解き放つ！！ 絶望的な魔力を操る、底の見えないハデスの恐怖。成す術はなくとも、それでも一丸となって立ち向かう妖精の尻尾（フェアリーテイル）！！ 魔導戦艦の船底で、ハッピーたちが見つけた“ある物”が、この戦いの命運を握るカギ‥‥！？

仲間の全力を受けたナツの拳が、ハデスの顔面に直撃！ 裏魔法で武装したはずのハデスに一体何が‥‥！？ ハッピーたちが魔導戦艦の船底で見つけたのは、ハデスの力の源となる“悪魔の心臓”だった。ハッピーたちに己の“心臓”を破壊されたハデスは、その強大な力を失ってしまったのだ！ 妖精の尻尾（フェアリーテイル）とハデスの戦いは、いよいよ本当のクライマックスへ！！ そして、覚醒したゼレフが、誰も想像できない、驚愕の世界の訪れを告げる‥‥！！

妖精の尻尾(フェアリーテイル)に敗れ、戦艦で逃げ出した悪魔の心臓(グリモアハート)の前に、ゼレフが姿を現した！ 絶望の黒魔導士が、非道の闇ギルドに報いの鉄槌を落とす！ 一方、街を襲い家族を奪ったことをメルディに告白したウルティアと、ずっと秘密にしてきた父と娘の関係をギルダーツに打ち明けたカナ‥‥。人間たちの愛情と現実が交錯する天狼島に、“アクノロギア”の影が迫る！ 「時代の終わりを告げる」という、その正体とは！？

“アクノロギア”とは、黙示録にある黒い竜！ 天狼島に降り立ち、妖精の尻尾(フェアリーテイル)に襲い掛かる！ ギルダーツもラクサスも歯が立たない、その圧倒的なパワー。絶体絶命、虫ケラのように蹴散らされるフェアリーテイルをかばい、巨大な竜の前に立ちはだかったのは、みんなのマスター‥‥マカロフだった！ 我が子らを未来へ生かすために、生命を捨ててアクノロギアを止めるマカロフに、ナツたちはどうする！？

アクノロギアによって天狼島が消滅して７年。島と共に、ナツたちが消滅して７年。妖精の尻尾(フェアリーテイル)はかつての力を失い、フィオーレ最弱のギルドに落ちぶれていた。四代目マスター・マカオは、帰ってこない仲間たちを思い出すことしかできない今のギルドを解散してしまおうかと悩んでいる。そんな時、フェアリーテイルを訪れた青い天馬(ブルーペガサス)のメンバーたち。一夜はマカオに「天狼島はまだ残っている」と告げるが‥‥！？

天狼島を襲ったアクノロギアの“咆哮(ブレス)”から、ナツたちが生還した！フェアリーテイル初代マスター・メイビスの力に守られ、人知れず７年間眠り続けていたのだ！ 帰ってきた天狼島組は、空白の時間を埋めるかのように、ギルドの仲間と大騒ぎ。しかし、失われた７年はやはり長く、物事が変わるには十分すぎる時間‥‥。父・ジュードを訪ねたルーシィが聞かされたのは、ジュードはひと月前に亡くなっているという事実だった‥

不在だった７年の間に金庫を盗まれてしまい、明日の食費にも困っていたナツとハッピー。400万ジュエルの報酬を狙って、脱獄囚･ベルベノを捕まえに、バルサミコ伯爵主催の魔法舞踏会に乗り込む！ ベルベノの狙いは伯爵家に代々伝わる大切な指輪。その指輪を持つ者は伯爵の一人娘スーと結婚できるという。めちゃくちゃなダンスで舞踏会を大混乱させる妖精の尻尾(フェアリーテイル)のメンバーは、ベルベノを捕まえることができるのか！？ そして、ベルベノの真の目的とは‥‥！！

ナツたちが請け負った依頼は、とある資産家の金塊を無事に送り届けるというもの。しかし金塊を運ぶ列車で乗り物酔いにやられ、ナツはいつも通りダウンしてしまう。そこに襲いかかったのが、密かに金塊を狙っていた大怪盗！ その名も“ケツプリ団”！！ 必殺の大放屁(超クサイッ！)で、ルーシィ、ハッピー、シャルルは吹き飛ばされてしまい、グロッキーのナツとウェンディだけが取り残されてしまった。ナツと金塊を守るために、ウェンディがとった驚きの作戦とは！？

「あたし‥‥透明人間になっちゃった！？」お風呂上りのルーシィは、自分の身体を見てビックリ。はじめは慌てていたルーシィだったが、誰にも見えないことを利用して、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーにいたずらを仕掛ける！ ルーシィのいたずらで大混乱に陥ったものの、なんとか落ち着きを取り戻したギルド。さあ、戻る方法を考えようと思ったが‥‥。いくら知恵を絞っても、戻る方法が見つからない！ しかも、戻れないだけじゃない、衝撃の事実も判明し‥‥。絶体絶命の大ピンチ、ルーシィの運命やいかに‥‥！？

“連続教会破壊事件”が新聞を賑わしているある日のこと。ルーシィを訪ねて、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に見知らぬ少女がやって来た。彼女の名はミッシェル。今は亡きジュードの遺品を渡すため、娘であるルーシィをずっと捜していたという。渡された遺品は、何に使うのかわからない一本の鉄の棒。首を傾げるルーシィだったが、それ以上に、突然現れた妹分のようなミッシェルが気になってしまう。ルーシィは、これから行くあてがないというミッシェルに、一緒に暮らすことを提案する。

ジュードの遺品に、突然古代文字が浮かび上がった！ 文字の解読にとりかかるルーシィだったが、それが一向に進まない。一方、久しぶりに出会ってしまったナツとラクサスとガジルは、一触即発乱闘寸前！ マグノリアの街を巻き込んで、決着をつける“決闘祭り”に発展してしまう。最強ラクサスと、ナツ、ガジルのガチバトルの行方は‥‥！？ そして、仕事から戻ったレビィの協力で遺品の古代文字を解読したルーシィ。そこに書かれていた、謎のメッセージとは‥‥！？

ある日、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を訪ねてきた、ココ、ヒューズ、シュガーボーイ。エドラスで旧知の面々だ。しかし３人は「ルーシィを渡せ」と言い放ち、いきなり襲いかかってきた！ なんと彼らはアースランドのココ、ヒューズ、シュガーボーイだったのだ！ ヒューズの魔法でナツが操られ、ギルドは火の海に！ このままではルーシィが連れ去られてしまう！！ 彼らの狙いとは！？ そして、その時ミッシェルがとった驚きの行動とは！？

人を自由に操るヒューズの魔法で、崖から転落するルーシィとミッシェル。ルーシィは星霊の力でなんとかヒューズに対抗する。ナツは、相手の魔法を吸収してしまうシュガーボーイの魔法に大苦戦中だ。彼らの正体は、フィオーレ最大の教会組織「ゼントピア」に所属する戦闘部隊・レギオン隊！襲撃は勢いを増し、ギルダーツとバイロ、パンサーリリーとココなど、フェアリーテイルとレギオン隊の乱戦はエスカレート！そして、ルーシィを狙うレギオン隊の本当の目的が明かされる！！

レギオン隊の目的は、ルーシィの父・ジュードの遺品である時計の針を奪うことだった。父の遺品を奪われ意気消沈するルーシィ‥‥しかしナツたちは、レギオン隊が掲げる「聖戦」の意味を探り、遺品を奪還するため早速動き出す！ 時計の針に隠された秘密を探るべくルーシィの生家へとやって来たナツたち。ジュードが残した謎かけ（アナグラム）を解き明かし、ついに重要な手掛かりを手に入れるが、そこにまたもやレギオン隊が現れる！！

「星空の鍵」という絵本に、ジュードの遺志と世界に訪れる混沌の謎が隠されていることがわかった。父は自分に針を託し、残りの部品を各地の遺跡に分散して隠したのではないかと推測するルーシィ。時計の部品が集まった時、一体何が起きるのか。レギオン隊が求める聖戦と混沌とは何か。その答えを求め、妖精の尻尾（フェアリーテイル）は５つのチームに分れて、残りの部品を探す旅に出る！！

砂漠に遺跡の入口を見つけたナツたちは、流砂とともにその内部へと飲み込まれてしまった。遺跡の中は様々なトラップだらけ。暴れるだけのナツに少々おマヌケなルーシィとハッピー。そこにミッシェルとロメオを加えたこのチーム。目的の最深部へ、たどり着くことができるのか！？一方、グレイ・ジュビア・リオンの３人も教会跡の遺跡に到着。そこは岩が浮遊する不思議な空間だった。岩の仕掛けをクリアしたグレイたちは、同じく時計の部品を探しにレギオン隊のシュガーボーイに出会う！！

ルーシィの父・ジュードの遺品の謎を追って、地下聖堂に辿り着いたナツたち。そこにレギオン隊のダンとココが襲いかかってきた！ダンの槍のせいで、ルーシィがちっちゃくなったりハッピーが巨大化したりの大騒ぎ！ナツとダンのバトルが激しさを増す一方で、ルーシィたちを追いかけていたココが落とし穴にはまってしまう。とっさにココの手をつかんだルーシィだったが、結局二人とも奈落の底へ‥‥。敵同士なのに助けてくれたルーシィに心を揺らすココの目の前で、今度はルーシィが危険な罠にはまって‥‥！？

時計の部品を手に入れるべく魔導図書館に到着したエルザたちが出会ったのは、あの真の悪（ワル）・ケツプリ団だった！ エルザ・シャルルとケツプリ団は早速険悪な雰囲気になってしまうが、この出会いを何とか平和的に解決したいウェンディは自ら再び黒タイツ姿に変身する！ さらに、なぜかエルザも黒タイツ姿になって‥‥！？ 一方、ダンと激闘を続けるナツたち。ダンが持つ魔法を拡散させる盾には、ナツの炎が通用しない。打つ手がない状況で、ハッピーとミッシェルが思いついた秘策とは‥‥！？

シャドウ・ギアとガジル＆パンサーリリーのチームは、目的地である険しい岩山にたどり着いた。そこで待ち構えていたのはレギオン隊の頭脳・サミュエル。リリーとサミュエル、エクシード同士のバトルが幕を開ける！だが力と経験で上回るリリーはサミュエルを圧倒、ガジルたちも時計の部品を掘り当てて勝負あり‥‥と思われたが、それはすべてサミュエルの計算であり作戦だった！！一転大ピンチに陥るガジルたちは、緻密に積み上げられたサミュエルの計算を超えることが出来るのか！？

ダンを倒したナツたちの前に、レギオン隊を束ねるバイロが現れた！最強の力で襲いかかるバイロにナツたちは‥‥！？そして、ミラジェーン、エルフマン、リサーナの三人も時計の部品を手に入れていたが、そこにはレギオン隊のマリー･ヒューズが！人間を意のままに操ることの出来るタクトを持つヒューズは、ミラジェーンの体からサタンソウルだけを引きずり出す。暴走するサタンソウルに倒されるエルフマンとリサーナ。弟妹を助ける事が出来ないミラジェーンは、サタンソウルを凌ぐ、封印されていた第二の魔力を出現させる‥‥!!

ルーシィの父の遺志と遺品を守るため、隠された時計の部品を探す妖精の尻尾(フェアリーテイル)。時計の針を奪われたナツは、魔法を無効化する能力を持つバイロと激突する。 炎をかき消され本来の力を発揮できないナツは、格闘でもフィオーレで５本の指に入るというバイロに叩きのめされる。仲間のために何度でも立ち上がるナツと、自身が信じる正義のためには何を犠牲にしてもかまわないというバイロ。二人の戦いが沸点に達したその時、誰もが驚くまさかのヤツらが現れた‥‥！！

妖精の尻尾（フェアリーテイル）とレギオン隊の前に現れたのは、かつてニルヴァーナをめぐりナツたちと死闘を繰り広げた六魔将軍(オラシオンセイス)！ ブレイン二世をリーダーに、パワーアップした新生オラシオンセイスは、圧倒的な攻撃でフェアリーテイルとレギオン隊を戦闘不能にしてしまう。完成した無限時計とともに消えてしまったオラシオンセイス。世界の命運を握る“時計”の物語‥‥フェアリーテイル、レギオン隊、オラシオンセイス、三つ巴の激闘が、ここに幕を開けた！！

六魔将軍（オラシオンセイス）が無限時計を奪い去ってから、フィオーレ全土で頻発する教会襲撃事件がさらに激しさを増した。なぜ教会が襲われるのかはわからないが、これ以上ヤツらの勝手にはさせられない！オラシオンセイスの居場所の特定とメンバーの組分けをカナの占いにゆだね、ナツたちは反撃のため出発する！それと同時に、レギオン隊が属するゼントピアの裏側では、事態をさらに悪化させる陰謀が進行していて‥‥。

カナの占いで新たなチームを編成した妖精の尻尾（フェアリーテイル）。ナツ、ルーシィ、エルフマン、ミッシェルのチームは、教会爆破を目論む六魔将軍（オラシオンセイス）のジャックポットと出会う。チームの連携がとれず苦戦するナツたち。ナツたちだけではなく、ほかのチームもメンバーの折り合いが悪く、どこも険悪ムード。絆が自慢のフェアリーテイルを襲う突然の不協和音。対する敵は、どのチームも超強力！ナツたちだけじゃない！ガジルやジュビア、ウェンディにも危機が迫る‥‥！！

無限時計を巡る妖精の尻尾（フェアリーテイル）、レギオン隊、新生六魔将軍（オラシオンセイス）の三つ巴の戦いは激しさを増していく！ナツたちは教会襲撃を続けるオラシオンセイスとフィオーレ各地で大激闘！その頃、評議員のラハールとドランバルトは、とある教会の奥で一人の少女と出会う。「生きることを諦めた」という彼女に、ドランバルトは自分が見捨て死なせてしまったと思い込んでいるウェンディの面影を重ねる。そこへ現れたオラシオンセイスのレーサー。ドランバルトは、襲いかかる強大な敵から少女を守ることができるのか！？

ギルダーツとラキが保護した女性の名は、ミッシェル・ロブスター。しかしミッシェルは、ナツやルーシィとともに教会襲撃騒動に巻き込まれている最中のハズ。ルーシィの血縁を名乗り現れたミッシェルとは、一体何者！？ エルザvs.コブラ（六魔）、ガジル＆ジュビアvs.ガットマン(レギオン隊)。各地で激戦は続き、いよいよこの戦いの真の狙いが明かされる‥‥！そして、ナツとルーシィの前に現れた、六魔将軍（オラシオンセイス）最後の一人とは‥‥！？

無限時計とは、「リアルナイトメア」という“時”を操る大魔法を発動させるための装置だった。六魔将軍（オラシオンセイス）を束ねるブレイン二世は、「リアルナイトメア」による世界の破滅を目論んでいたのだ。正体を現した六魔最後の一人イミテイシアに気絶させられたナツは、牢獄の中で目を覚まし、ルーシィの姿がないことに気づく。同じ牢獄に囚われていたケツプリ団とともに脱獄を試みるが‥‥。

無限時計は、ついに「リアルナイトメア」を発動させてしまった！ルーシィを生贄に、魔法が完成するまでもう時間がない！すべてを知って、無限時計を止めるために動き出した妖精の尻尾（フェアリーテイル）も、ガジルが老けたりハッピーが犬になったり、「リアルナイトメア」のせいで大混乱！そこに襲いかかったレーサーと、仲間を先に行かせるため対峙する役を買ってでたミラジェーン。二人の壮絶バトルの行方は！？そして、牢を抜け出しルーシィを探すナツの前に、最悪の敵ガットマンが現れる！！

無限時計復活のために捕らわれたルーシィを追って無限城を駆け上がるナツたちだったが、六魔将軍(オラシオンセイス)の妨害にあい、思うように先に進めない。限られた時間の中で、焦る妖精の尻尾(フェアリーテイル)のメンバー。そんな中、ハッピーがあることを思いつく。「新生オラシオンセイスを全員倒せば、無限時計の所有権が解除され、ルーシィも開放されるんじゃ‥‥」ハッピーのアイデアで作戦は決まった！ フェアリーテイル全員で、オラシオンセイスをぶちのめせ！！

ついにルーシィのもとにたどり着いたナツたちの前に、ミッシェルの仮面を脱ぎ捨て、ルーシィを渡すまいとするイミテイシアが立ちはだかる。エルフマンを軽くあしらうほどの力を持ったイミテイシアを倒さなければ、ルーシィを開放することはできない！ 一方、無限城の他のフロアでは、エルザ×コブラ、グレイ×エンジェルのバトルもスタート！ 巨大な無限城を揺るがして、フェアリーテイルの大暴れが始まる‥‥！！

刻一刻と無限時計に取り込まれていくルーシィ。イミテイシアに苦戦するナツの前に、さらにブレイン二世も現れた！ 二人の強敵に、ナツはやられてしまうのか！？一方、ルーシィと無限時計の融合を遅らせる手段を発見したフェアリーテイル。レギオン隊も協力し、無限城から無数に伸びる鎖を破壊するが、残された時間はあまりにも少なく‥‥。そして明かされる、ルーシィの過去に秘められていたイミテイシアの正体とは！？

「戻りたい‥楽しかったあの頃に‥」最後の力を振り絞り、ルーシィに想いを伝えるイミテイシア。その言葉を聞いた途端、ルーシィの中に眠っていた彼女との幼い頃の記憶が蘇る。一方、ブレイン二世のジェネシス・ゼロによって発動された闇に飲み込まれたナツ。未来を犠牲にしてまで強大な力を手に入れたブレイン二世に、今を生きるナツの渾身の一撃が放たれる！世界の運命は？ナツはルーシィを救えるか！？未来を懸けた最終バトル、ついに決着！！

星空の鍵を巡る戦いが終わった。いつも通りの騒がしさを取り戻した妖精の尻尾(フェアリーテイル)のギルドに、バイロたちレギオン隊の面々がやって来た。昨日の敵は今日の友！事件解決を祝って、全員入り乱れての宴が始まる！！一方、帰還したナツの事を話す２人の魔導士。それぞれにネコを連れた２人が所属するギルド・剣咬の虎(セイバートゥース)は、ナツたちが天狼島で眠っていた７年の間にフィオーレ最強に上り詰めたという‥‥。待望の新章「大魔闘演武編」スタート！！

久しぶりの手合わせで、ナツがマックスに大苦戦！？天狼島組が眠っている間も修行を積み、着実に強くなっていたライバルの姿に、失われた７年の大きさを痛感するナツたち。手っ取り早く魔力を上げられる方法を探すものの、ポーリュシカに一喝されてお手上げ状態！そして、この７年の間にギルドの勢力図も一変し、今や断トツの最弱ギルドに成り下がってしまった妖精の尻尾（フェアリーテイル）。その汚名を一気に返上する方法があるというのだが‥‥！？

最強ギルドの称号と３千万ジュエルを手にするため、目指すは「大魔闘演武」優勝！大魔闘演武とは、魔法を使った様々な競技で“魔”を競い合う祭だ。大魔闘演舞は３か月後に開催される。それまでに７年のブランクを埋められなければ、とてもじゃないが優勝なんて出来るわけがない。天狼組はそれぞれに合宿をはり、パワーアップを目指すことになった。ナツたちが合宿の場所に選んだのは海！しかし、順調(？)に魔力を上げるナツたちの前に突然バルゴが現れ、星霊界が滅亡の危機にあると告げる‥‥！！

星霊界での１日は人間界での３か月！？ 時間の流れの違いにより、貴重な修業期間を失ってしまったナツたち。フィオーレではナツたちが大魔闘演武に参加することが知れ渡り盛り上がっている。困り果てるナツたちは、何者かの呼び出しを受け出向いた場所で、今も投獄されているはずのジェラールと悪魔の心臓（グリモアハート）のウルティア＆メルディに出会う。３人は、ナツたちがある依頼を受けてくれたら、その代わりに大魔闘演武で戦えるよう魔力を増大できるようにしてくれるというが‥‥！？

大魔闘演武が開催されるフィオーレ王国の首都クロッカスにやって来たナツたち。「参加者は深夜12時までに指定された宿に帰ること」という規則を確認し、それぞれにクロッカスの街へと繰り出す。しかし、ナツとハッピーは剣咬の虎(セイバートゥース)の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・スティングとローグに出会ってしまい、一触即発の状態に！自分たちを第三世代と称し、ナツを旧世代とバカにする２人。本戦で思い知らせてやることを心に誓うナツ。そして近づく深夜12時‥‥。謎に満ちた、大魔闘演舞の幕が開く！！

ついに始まった大魔闘演武！まずは予選の空中迷宮(スカイラビリンス)！この迷宮を抜け、先にゴールへたどり着いた８チームが本戦へ進出できる。時間に間に合わなかったウェンディの捜索をリサーナとハッピーに任せ、エルフマンをチームに加えたナツたち。スカイラビリンスは、空に浮かぶ巨大な球で、それ自体が回転する立体迷路。予選突破は狭き門。ナツたちは、８位以内でゴールできるのか！？そして、姿を消したウェンディとシャルルの行方は！？

マビスは、天竜島での一人旅に飽きてしまい、仲間たちが一緒に合宿に行くことを知らずに、ギルドを訪ねることにした。そのグループはナツとグレーによって引き起こされる多くの問題に直面している。女の子が酔っ払ったらどうなりますか?

大魔闘演武本戦、５日間に及ぶバトル祭がいよいよスタート！！イケメン軍団・青い天馬(ブルーペガサス)や聖十(せいてん)のジュラを擁する蛇姫の鱗(ラミアスケイル)、妖精の尻尾(フェアリーテイル)に私怨を向ける闇ギルド・大鴉の尻尾(レイヴンテイル)など、強力なギルドが次々と登場して歓声高まる会場は、優勝候補筆頭、最強ギルド・剣咬の虎（セイバートゥース）の入場を待って興奮最高潮へ！しかし、ひとつ残った出場枠‥‥。誰も予想できなかった、意外なチームが現れる‥‥！！

本戦のオープニングゲームは「隠密(ヒドゥン)」！マトーくんの掛け声とともに、競技場に広大な街が出現した！！これは参加者たちのコピーであふれる街の中から本物を見つけ出し、一撃を与えポイントを獲得していく競技だ。騙し騙され、一触即発のかくれんぼ！妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、必勝の決意でグレイが参加するが、なぜか大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のナルプディングに執拗に狙われてしまう。どんどんポイントを奪われるグレイに反撃の手はあるのか！？

大魔闘演武初日の後半戦は１対１のバトルパート！競技パートで０ポイントだった妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、ルーシィが選出される。相手は、大鴉の尻尾（レイヴンテイル）から伸縮自在の赤髪を操るフレアだ。ウェンディにグレイ、仲間を続けて傷つけられた因縁のギルド相手に、ルーシィの怒りが爆発。いきなり星霊を二体同時に呼び出し、フレアを圧倒する！しかし、魔力では勝てないと悟ったフレアは、観客席で応援している幼いアスカを人質に取る。フレアの卑劣な手になすすべがないルーシィは、このまま敗北してしまうのか‥‥！？

第３試合はオルガ・ナナギアvs.ウォークライ。目下最強のギルドと謳われる剣咬の虎（セイバートゥース）の実力を見ようと、ナツやエルザたちも大注目！そして第４試合、妖精の尻尾（フェアリーテイル）Bチームから、ジェラール扮するミストガンが登場。屈辱を味わったルーシィたちのためにも勝利を誓う！だが対するは‥‥今大会最強候補筆頭、大陸中でたった10人にしか与えられない聖十（せいてん）の称号を戴くジュラ！ジェラールは最強の相手から、フェアリーテイルの初勝利をもぎ取ることが出来るのか‥‥！？

大魔闘演武初日が終了し、妖精の尻尾(フェアリーテイル)はA･Bチームが揃って惨敗！しかしナツを筆頭に、誰一人うつむく者はいなかった。「今日の敗戦は明日の勝利への糧」と、２日目以降の巻き返しを誓う！そして２日目。競技パートは連結された戦車の上から落ちないようにゴールを目指す、その名も「戦車(チャリオット)」。フェアリーテイルAチームからは満を持してナツが登場！Bチームからガジル、剣咬の虎(セイバートゥース)からはスティングが出てきて‥‥競技はまさかの展開に！？

大魔闘演武2日目バトルパート第２試合は、四つ首の番犬（クワトロケルベロス）のS級魔導士バッカスvs. 妖精の尻尾（フェアリーテイル）Ａチームのエルフマン！かつてはエルザと互角に戦ったというバッカス、試合に勝ったらミラジェーンとリサーナをもらうと宣言する。姉と妹、何より自分自身を侮辱されたエルフマンは怒りのテイクオーバーで対抗するが‥‥！？一方、ウェンディとシャルルが誘拐された事件には、意外な人物が黒幕にいることが判明。大魔闘演武に隠された陰謀が、ついに姿を現し始める！！

２日目バトルパート第３試合。妖精の尻尾（フェアリーテイル）Ｂチームからミラジェーン、対するは青い天馬（ブルーペガサス）からジェニー。しかしこのバトルには特別ルールが採用され、どちらがよりセクシーで魅力的かを観客にアピールするグラビア対決になってしまう！元トップモデル同士の競演に、美しさに自信を持つ人魚の踵（マーメイドヒール）がなぜか参戦！？さらにルーシィやエルザ、ジュビアまで乱入してきて‥‥！！スク水、ネコ耳、ウェディングドレス、次々と出されるお題に応えることはできるのか！？

大魔闘演武2日目、バトルパート最終試合は剣咬の虎（セイバートゥース）ユキノvs. 人魚の踵（マーメイドヒール）カグラ！この戦いの勝敗に互いの生命を賭ける取り決めを交わした二人。星霊魔導士のユキノは、黄道十二門・双魚宮のピスケスと天秤宮のライブラを召喚して戦うが、カグラには通じない。カグラの強さを悟ったユキノは、黄道十二門を超える力を持つという十三番目の星霊を呼び出す‥‥！！虎と人魚の戦いの結末は！？

大魔闘演武２日目の夜。エルザは、楽園の塔で仲間だったミリアーナと再会する。人魚の踵（マーメイドヒール）の魔導士になっていたミリアーナ。思いがけない再会を喜ぶエルザだったが、ミリアーナの心がジェラールへの深い恨みに支配されていることを知ってしまう。一方、カグラに敗れたユキノは、剣咬の虎（セイバートゥース）の名を汚した罪でギルドを辞めさせられてしまう。屈辱に落とされたユキノは、その足で妖精の尻尾（フェアリーテイル）がいる宿を訪れるのだが‥‥！？

自らが持つ黄道十二門の鍵2つをルーシィに譲るため、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のもとを訪れたユキノ。剣咬の虎（セイバートゥース）が仲間であるはずのユキノにした仕打ちを聞いたナツは、怒りに震えセイバーの宿に殴り込みをかける！ナツと最強ギルドの場外乱闘の行方は!?そして大魔闘演武3日目。100体のモンスターを順番に倒していく競技・伏魔殿（パンデモニウム）。フェアリーテイルから満を持して登場したエルザが言い放った、会場中が驚愕する宣言とは‥‥！！

8人の参加者が順番に100体のモンスターを倒す、その名も伏魔殿（パンデモニウム）。ランクの高いモンスターがいることを考慮し、欲張りすぎず戦うことが重要なこのゲーム。参加者たちが頭を悩ませる中、クジ引きで最初の挑戦権を得たエルザは、なんといきなり「挑戦権100」を宣言してしまう！エルザ１人対モンスター100体！あまりにも無謀な、妖精女王（ティターニア）の死闘を見届けろ！！

100体のモンスターをただ1人で倒しきったエルザ！MPF(魔力測定器)でカウント不能の数字を出したカナ！大魔闘演武が始まって以来いいとこなしの妖精の尻尾(フェアリーテイル)、いよいよ本気の反撃が始まった！！3日目のバトルパートは進み、フェアリーテイルBチームから登場したラクサスの相手は大鴉の尻尾（レイヴンテイル）アレクセイ。レイヴンテイルのマスターは、ラクサスの父であり、フェアリーテイルのマスター・マカロフの息子であるイワン。因縁深すぎる対決に、思いもよらぬ仕掛けと思惑‥‥！？

大魔闘演武３日目、バトルパート第３試合。父・イワンの謀略により大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のメンバー５人全員と戦うことになってしまったラクサス。妖精の尻尾（フェアリーテイル）を倒すために集められた精鋭と実の父を相手に、ラクサスは勝利することができるのか！？そして第４試合、ウェンディと戦うのは蛇姫の鱗（ラミアスケイル）のシェリア！可憐すぎる美少女対決は、あっと驚く壮絶バトル‥‥！？

天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ウェンディと天空の滅神魔導士・シェリア、２人の天空魔法がぶつかり合う大激闘！魔法で自己回復ができるシェリアには、どんな攻撃も通用しない。一方的にやられるウェンディだったが、仲間の思いを背負ってギルドのために戦う覚悟は揺るがない。ウェンディ、起死回生の秘策とは！？小さな拳を握り締める、二人の少女の戦いの結末は！？一方、闘技場の外では、ミストガンを装って大魔闘演武に参加しているジェラールが、評議員のドランバルトに正体を見抜かれるのだが‥‥。

大魔闘演武はいよいよ４日目！競技パートは、宙に浮いた水の球の中で戦う海戦（ナバルバトル）！得意の水流魔法で他の魔導士たちを圧倒するジュビアと、星霊アクエリアスを召喚して対抗するルーシィ。全チーム参加のバトルロイヤルは、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の独壇場かと思われたが、それまでまったく存在を消していた剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが一転して攻勢に出る。ミネルバの圧倒的な力と残虐性が、ルーシィに襲いかかる‥‥！！

ただ勝つだけでは飽きたらず、ルーシィをいたぶったミネルバの戦い方に、ナツやエルザたちの怒りは爆発寸前！妖精の尻尾（フェアリーテイル）と剣咬の虎（セイバートゥース）は一触即発の状態になってしまう。そして続いて行われるバトルパートでは、なんとその両者がぶつかる組み合わせに！大鴉の尻尾（レイヴンテイル）の失格により、A・Bチームを統合して臨むフェアリーテイルの新たなメンバーは？闘技場がヒートアップするタッグバトルは、青い天馬（ブルーペガサス）一夜の登場で幕を開ける！！

大魔闘演武４日目、バトルパートはタッグバトル！第２試合は蛇姫の鱗（ラミアスケイル）リオン＆ユウカvs.人魚の踵（マーメイドヒール）カグラ＆ミリアーナ！カグラからの試練で、ひとりバトルを任されたミリアーナはリオンとユウカ相手に大奮闘するが‥‥！？そして第３試合、ついに始まる妖精の尻尾（フェアリーテイル）vs.剣咬の虎（セイバートゥース）！ナツ、ガジル、スティング、ローグ‥‥４人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）が激突する異次元の闘い！！

超えるべき目標としてきた相手を前に、序盤から一気に攻め立てるスティングとローグ。しかしその攻撃をものともせず受け止め、２人に格の違いを見せつけるナツとガジル。白熱するバトルは、スティングとローグが自らの意志でドラゴンフォースを発動させたことで様相が一変‥‥第三世代ドラゴンスレイヤーの進化した力がついに発揮される！圧倒的なパワーで襲いかかるスティングに、ナツとガジルは敗れ去ってしまうのか！？

全身全霊をぶつけ、万感の思いを込めたバトルもついに決着！不遇の７年を強いられた仲間のため、傷つき倒れたルーシィと、ハッピーの揺るがない信頼に応えるため、ナツは仲間への思いを力に変えてスティングとローグを圧倒する！だが、スティングとローグの合体魔法（ユニゾンレイド）「聖影竜閃牙」がナツに炸裂し‥‥！？勝利者の名が宣告されたその時、そこに立っていたのは誰だ！？

グランドマジックゲームでは、フェアリーテイルの魔道士がリラックスしようと、竜雪ランドとして知られる人気のリゾートに向かいます。 友達や他のギルドのメンバーと交流している間、フェアリーテイルのクレイジーなアンティックはすぐにみんなのトラブルにつながります。

はるかかなたの町で、真島さんの漫画 「フェアリーテール」 のルーシーさん、奈津さん、ハッピーさんはトラブルメーカーを見つけて対処することを使命としている。事情が分からずにはぐれてしまいました。同じことが、真島さんの漫画 「レイヴマスター」 のエリーさんとハルさんにも起こる。ルーシーとエリーは何とかお互いに出会い、一緒になってそれぞれのパートナーを見つけようとする。

フィオーレ一番のギルドを決める魔導士達の祭典『大魔闘演武』。その四日目の戦いでタッグバトルをナツが制し、フェアリーテイルはついに首位に躍り出る。その夜、チームの快進撃を祝い、ギルドのメンバー達は盛大な宴会を催していた。そんな祝勝ムードの彼らの元に、闘技場の地下で、あるモノを見つけたというガジルがやってくる。彼が発見したモノ、それはおびただしい竜の骨で埋め尽くされた『ドラゴンの墓場』だった。

竜の幽霊ジルコニスから、ドラゴンスレイヤーが生まれた理由を聞かされたナツ達は、その衝撃の事実に戦慄する。そこへ、王国を救う為のある計画を遂行するべく、王宮の騎士団長アルカディオスが接触。彼はナツ達をメルクリアス城に案内し、星霊魔道士であるルーシィに協力を願い出る。しかし、そのすぐ後ろには、アルカディオスの計画を快く思わない、王国の大臣ダートンと兵達が迫っていた。

ついに始まった大魔闘演武最終戦。そのバトル形式は、クロッカスの街を丸ごと舞台にしたチーム全員参加のサバイバルゲームであった。街の至るところで激戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達。目まぐるしく戦況が変化する中、フェアリーテイルチームは、何故か一歩も動こうとしない。果たして、彼らの真意は？一方、別働隊のナツ達は、囚われてしまったルーシィを救出するべく、再びメルクリアス城内へと向かう。

大魔闘演武の最終戦で、記憶の造形魔法を使うセイバートゥースの魔導道士・ルーファスと対決するグレイ。大会初日に彼に敗れた事もあり、グレイは何とかその雪辱を晴らそうと奮闘するが、またもや苦戦を強いられ、次第に追い込まれていってしまう。しかし、それでも彼の勝利を信じて見守るフェアリーテイルのメンバー達。果たしてこの圧倒的不利な状況のグレイに、打開する策はあるのか。

セイバートゥースのルーファスを相手に、辛くも勝ち星を上げるグレイ。勝利に沸き立つ、フェアリーテイルのメンバー達。一方、王宮メルクリアスの地下にある『奈落宮』へ落とされたナツ達は、出口を探しさ迷っていたところ、重傷を負ったアルカディオスを発見する。事情を聞こうとするナツ達だが、そこへ謎の集団が襲いかかる。それはフィオーレ王国に仇なす者を始末する、王国最強の処刑人『餓狼騎士団』だった。

奈落宮で餓狼騎士団と激闘を繰り広げるナツ達は、戦闘の最中、魔力のぶつかり合う衝撃でバラバラに弾き飛ばされてしまう。はぐれた後も、各所で戦いを続ける仲間達。その一角、ルーシィとユキノは騎士団の一人・ウオスケと戦うことになる。重力変化の魔法で二人を翻弄するウオスケ。一方、星霊を召喚する『星霊の鍵』が奪われている為、ルーシィとユキノはまともに戦う事が出来ない。果たして、彼女たちに反撃のチャンスはあるのか。

ウオスケの攻撃でマグマの中に落とされ、大ピンチのルーシィとユキノだったが、アルカディオスの決死の覚悟により、何とか溶岩の中から脱出する。しかし、二人を助け出したアルカディオスは力尽き、マグマに沈んでしまう。そんな絶体絶命の窮地を救ったのは、ルーシィの星霊であり、フェアリーテイルの仲間でもある『獅子宮の星霊レオ』だった。彼の助力で、星霊の鍵を取り戻したルーシィとユキノは、ついに反撃に出る。

餓狼騎士団との攻防もいよいよ大詰め。奈落宮の一角で、騎士団の一人カミカと戦うミラジェーン。多彩な効果を持つ紙を操る魔法で攻撃するカミカだったが、サタンソウルで悪魔の力を接収したミラジェーンには敵わない。同じ頃、各所で餓狼騎士団と激闘を繰り広げていたナツ達、他のメンバーも次々と敵を蹴散らしていく。仲間を想い、本気になったフェアリーテイル達には、王国最強の処刑人達も圧倒されてしまうのだった。

フィオーレ王国の影の処刑人・餓狼騎士団との闘いを制したナツ達は、奈落宮の出口と思しき扉へとたどり着く。しかし、いざ先へ進もうとすると、扉の向こう側から「マント姿の少女」が現れるのだった！ジェラールたちがかねてから追っていた「ゼレフに似た謎の魔力」を持つという少女の正体が、ついに明かされる！？一方、地上の大魔闘演武決勝戦では、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが激闘の火花を散らすが、そこへ乱入する人物が現れて！？

ミネルバの卑劣な策に巻き込まれたミリアーナ。彼女を救うべく、エルザとカグラは戦いを余儀なくされる。そのバトルで、仇であるジェラールに味方をするエルザに、憎しみの炎を燃やすカグラ。怨みを力に変えた彼女の前に、エルザは圧倒されてしまう。そして彼女の口から語られる、悲しい過去。それはエルザにとっても、辛い過去を思い起こさせる出来事だった。

カグラとの激闘を続けるエルザ。しかし、必殺の鎧換装の魔法もことごとく打ち砕かれ、なす術がない。だが、満身創痍になりながらも、それでもエルザは、自分を生かす為に死んでいったかつての仲間の為、そして自分の勝利を信じる今の仲間の為、決して勝負を諦めない。一方、未来から来たルーシィと出会ったナツ達は、彼女からフィオーレ王国全てを震撼させる、恐るべき事実を聞かされる。

大魔闘演武決勝戦も佳境。クロッカスの街の一角で、セイバートゥースのローグと対決するガジル。戦闘は、鉄竜の魔法を駆使するガジルがローグを圧倒していたが、その時、ローグに謎の声が届き、その声に導かれたローグが突然豹変。異質な影の力を宿し、突如ガジルを圧倒し始める。一方、奈落宮を脱出したナツ達は、仲間と合流するべく王宮の通路を駆け抜けていた。

大魔闘演武決勝戦で、黒い影に憑依された剣咬の虎（セイバートゥース）のローグはガジルを追い詰めていた。だがガジルは影の属性を自らも吸収し、反撃に転じる！　猛烈な勢いでローグを翻弄するガジルの影。型破りの戦いで、勝利を手にするのはどちらなのか････！？　王宮では、行く手を阻む王国軍兵士の魔法部隊と交戦していたナツたちの前に、またしてもあの強敵が立ちはだかっていた。悲惨な未来を変えようと奮闘するナツたちの想いと、罪人を決して許さない敵の理念がぶつかり合う！

大勢の敵に取り囲まれながら、ナツたちがなんとか突破口を開こうとしている頃、蛇姫の鱗(ラミアスケイル)のジュラとラクサスは、力の限りに激突していた。全身全霊のぶつかり合いに、胸の内が熱くたぎるのを感じる二人。エルザは己の怒りの全てをミネルバへの攻撃に込め、同様にクロッカスのあちこちでは、グレイやジュビア、ガジルたちも皆、最後の力を振り絞っていた。戦いの中で輝く若者たちの姿をメイビスが見つめる。そして今、ついに大魔闘演武････決着！！

大魔闘演武のフィナーレにクロッカスの街は盛り上がるが、ナツたちは未だ王宮の地下で餓狼騎士団に足止めを食らっていた。ところが、いきなり敵勢である王国軍兵士の「影」が動き出して････！？一方、ドラゴンの大群が国を襲うという予言を真実だと結論づけ、エクリプス計画の第2段階を宣言するヒスイに、地下から戻ったアルカディオスはある疑念を唱えた。時を同じくしてジェラールは、察知した謎の魔力の正体に気づき、誰もが見過ごしていた恐るべき事実に辿りつく！

影から姿を現したのは、未来のローグだった！ドラゴンに対抗する唯一の手段を今後ルーシィが邪魔する、という理由で、未来ローグは現在のルーシィを亡き者にしようとしていたのだ。未来ローグの攻撃を自ら身代わりとなって受けた未来ルーシィは、全てをナツに託して倒れた。自分たちのやり方で未来を守ると語るナツは、炎をまとい未来ローグの闇に立ち向かう！だが、地上ではヒスイの指示のもと、着々と「エクリプス・キャノン」の発射準備は進んでいて･･。重々しい音を立て、エクリプスの扉が、開く。

月蝕が支配する夜空の下、ついにエクリプスの扉が開いた！だが、ルーシィは扉を閉めなくてはならないと言い出し、扉に歩み寄っていく。襲い来る一万のドラゴンに対抗できる唯一の兵器だと未来ローグが語ったエクリプスの、真の姿とは････！？開いた扉の向こうに待っていたのは、誰もが予想だにしないものだった。現れた巨竜マザーグレアは大地を切り裂き、その咆哮が人々を絶望に陥れる。ナツは、そしてルーシィは、未来を守ることができるのか･･！？

未来ローグの策略も加わり、人類は４００年の過去からドラゴンの群れを招き寄せてしまった！操竜魔法でドラゴンを意のままに動かす未来ローグと戦うナツ。一方、グレイたち妖精の尻尾(フェアリーテイル)の仲間や他のギルドのメンバーは、街を破壊するドラゴンたちを止めるべく、それぞれに戦闘を開始していた。魔導士たちによる、人類の生き残りをかけた総力戦が始まる！そんな中、ジェラールの手引きで、評議院に捕えられていたある男が呼び寄せられ････。

ドラゴンの群れと魔導士たちの戦いが続く中、マザーグレアから大量の卵が街に降り注ぐ！卵から生まれた小型のドラゴンが魔導士たちにさらなる苦戦を強いるが、この時のためにドラゴンスレイヤーがいるのだというナツの言葉が、スティングたちに仲間を守る勇気を与えていた。そこに六魔将軍（オラシオンセイス）の毒の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・コブラも参戦！戦況が人類に有利になったかに見えたその時、以前ナツたちがドラゴンの墓場で出会ったジルコニスが、思わぬ攻撃に出て････！？

７人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）と７体の巨竜、さらに無数の小型ドラゴンや魔導士たちが入り乱れる戦場で、ルーシィは未来の自分が残したメモを発見、そこに記された内容に驚く。一方、炎のドラゴン・アトラスフレイムを利用してパワーアップしようとするナツ。抵抗するアトラスフレイムは、必死にしがみつくナツの中に炎竜王イグニールの存在を感じとって･･。果たして世界は、新たな竜の王となった未来ローグによって支配されてしまうのか･･！？

世界を元に戻す為とはいえ、罪のない“現代のローグ”を短絡的に殺そうと考えたウルティアは、自分の罪深さを知り一人愕然とする。その頃、ドラゴンとの局地戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達は、ドラゴンの圧倒的なパワーに苦戦しながらも何とか踏みとどまっていた。その一角、リオンとグレイ、ジュビアは、共闘して小型ドラゴンの一掃を試みる！しかし、死角から現れた小型ドラゴンにエネルギー弾を放たれて・・・！？

激戦虚しく、街のいたるところで魔導士の命が奪われていく。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達も苦戦を強いられ、徐々に絶望の色が濃くなる中、ナツとルーシィは、未来を守ることができるのか・・・！？一方ウルティアは、かつて悪魔の心臓（グリモアハート）のマスターハデスが使用を禁じた、時魔法・「ラストエイジス」について考えていた。それは、時間を戻す代わりに、術者に大きな代償を払わせる魔法だというが・・・・・・！？

エクリプスの扉を破壊すれば未来が変わる！？未来ルーシィの残したメモ帳から一筋の光明を見出したルーシィ達は、ありったけの魔力で扉を壊そうとする。一方、ドラゴン・マザーグレアの上では、ナツと未来ローグの激闘が続いていた。凶気によって、過去を絶望に変えることすら厭わない未来ローグに対し、ナツの怒りが爆発！アトラスフレイムの炎を纏い、ナツ渾身の一撃が、炎の弾丸となって炸裂するのだった！！人と人、竜と竜、人と竜との前代未聞の闘いが、いよいよ決着の時を迎える！！！

ドラゴンとの死闘から数日後、王宮では「大魔闘演武打ち上げパーティ」が開かれることに。招待された各ギルドの魔導士たちも各々着飾って参加し、宴は大いに盛り上がるのだった。そんな中、会場の一角では、セイバートゥースのスティングたちと、かつてのギルドメンバーであるユキノが鉢合わせ！気まずい雰囲気に、ユキノはその場を去ろうとするが！？さらにヒスイ姫は、エクリプス計画の責任を取る為、国王の御前に自ら進み出て！？

ジェラールとメルディは、姿を消したウルティアを探し街中を彷徨っていた。すると一人の老婆が現れ、ある女性から預かったという１通の手紙を差し出す。ウルティアからの手紙だとメルディは喜ぶが、そこには思いもかけない言葉が記されているのだった。一方、馬車でマグノリアへ帰るナツたち一行の中で、グレイは一人、浮かない顔をしていた。小型ドラゴンと戦った時の、予知のような不思議な感覚を忘れられずにいたのだ。しかもそれは、子供の頃に感じた、ある感覚にも通じるものがあって･･･！？

大魔闘演武で優勝し、マグノリアに凱旋帰京を果たしたフェアリーテイル一同は、街の人々から盛大な祝福を受け、嬉しい記念品の贈呈を受けるのだった。王国最強になったことで、その後ギルドには沢山の依頼が来てみんな大忙し。ナツ・ルーシィ・ハッピーは“モグラ退治”の仕事に出かけることにする。しかし、依頼先のドロマーズの村へ着いてみると、地面はドロドロの泥沼状態で、巨大モグラ(？)が現れる！グレイ、エルザ、ウェンディ、シャルルにも手伝ってもらいつつ、果たして“モグラ退治”は成功するのか！？

スティングがマスターとなった新生セイバートゥースに、フロッシュと買い物に出かけていたレクターが、大声を上げて戻ってきた。フロッシュが行方不明！？スティング・ローグ・ユキノは、レクターと共にフロッシュを探しに出る。途中、通りすがりのガジルやウェンディ達に聞き込みをしながら、ようやくフロッシュを発見！するとフロッシュは、自力でギルドに帰ろうとしていた。ローグの発案で、フロッシュの様子を影から見守ることにするのだが･･･？フロッシュ初めての単独行動は、珍道中で･･･！？

ギルドの地下酒場は、グレイとジュビアが依頼主から貰ってきたビリヤード台で盛り上がっていた。そこへやってきたエルザは、ビリヤードの球を見て、ある懐かしい記憶を思い起こす。それは、ルーシィがフェアリーテイルに加入する前のお話。とある街のビリヤード店に来たエルザは、フェアリーテイルの所属だと嘘をついて悪事を働く、「ムーランルージュ」という女盗賊のことを知る。ギルドの名を汚されて怒り心頭のエルザは、隣のスイーツ店にいたムーランルージュに即時対決を挑むのだが････!?

「エクリプスの扉」の件で力を貸してくれた星霊たちに、お礼をしようと考えたルーシィとユキノは、空が開けた見晴らしの良い『星の丘』にやって来た。「みんなのやってみたいと思っていることを実現させてあげよう！」と、ルーシィ達は黄道十二門の星霊を順番に呼び出していく。ナツとハッピーにも手伝ってもらって、星霊たちのおもてなしは順調!!･･･のはずが、彼らの願いは、思いもよらない個性豊かなものばかりで･･･!?

フィオーレ王国では、最近各地で異常気象や自然災害が続いており、それらが天体の異常によるものではないかと、星霊魔導士に原因調査の依頼を出した村があった。自分にぴったりの仕事だと張り切るルーシィは、ナツ・ハッピーと共に、依頼主の村へ向かう。しかし、到着してみるとそこに村はなく、いきなり巨大ウミウシが襲ってきた!!しかも、応戦しようとルーシィが黄道十二門の星霊を呼び出そうとしても、全く反応がない!?やっとのことで召喚できたホロロギウムに尋ねると、星霊界に大変なコトが起きていると告げるのだった!!

ルーシィ達の前に現れた、姿も性格も豹変し、過去の記憶もないという黄道十二門の星霊達。彼らは、「完全なる自由」を手に入れるための儀式・“リベラム”を行おうとしていた。その後、ユキノが持ち込んだ古文書によって、リベラムには“天球儀”が必要なことが分かり、ギルドの面々は、チームに分かれて情報収集に当たることに。しかしそんな中、ナツは勢い込んで、単身星霊界に乗り込んでしまう！一方、魔導図書館に着いたルーシィ達の前には、「おしおき」をしたがるバルゴが現れ、猛攻撃を仕掛けてくる!!

ルーシィ達は、リベラムという儀式で自由を手に入れた星霊達が、「12日間の命」となってしまうという驚愕の事実を知る。そこで、星霊達を守るため、儀式が行われるという“アストラル・スピリタス”の場所を探す旅に出た一同は、道中ヒスイ姫とアルカディオスに偶然出会うのだった。星霊の異変は自分のせいだと言うヒスイは、なんと彼らを「強制閉門」できる鍵を持っていた!!これで戦わずに星霊を星霊界に送り返すことができる！と喜ぶルーシィ達。しかし、そこへユキノの星霊・ピスケスが現れ、鍵を奪ってしまい…!?

亜空間・「アストラル・スピリタス」では、黄道十二門の日蝕星霊たちが儀式･「リベラム」を行おうとしていた。ルーシィたちも、ようやくアストラル・スピリタスへたどり着き、「儀式が成功しても、与えられる自由は12日間だけ」という事実を彼らに伝える。後を追って来たエルザらも加わり、儀式を中断させることには成功するが、レオたちは、各星霊の宮へと繋がる12の門の中へ、それぞれ姿を消すのだった。そこでナツたちは、「強制閉門」の鍵を手に、それぞれの日蝕星霊たちの元へ向かう!!

「強制閉門」をするため、日蝕星霊を追うフェアリーテイルメンバー。ナツはレオのいる獅子宮の世界、ルーシィはバルゴのいる処女宮の世界へ。そんな中、宝瓶宮の世界に向かったウェンディとシャルルは、遊園地のような建造物に驚いていると、「あそぼー！」と言って無邪気に攻撃を仕掛けてくる子供姿のアクエリアスに遭遇！ しかも、言葉とはうらはらにアクエリアスの攻撃は圧倒的なパワーで、ウェンディたちはあっという間にピンチになってしまい･･･!?

双魚宮の世界でピスケスと戦うミラジェーン。日蝕星霊となり水の弱点を克服したピスケス母子との、水中バトルが繰り広げられる!! 一方、磨羯宮の世界で行われていたのは…カプリコーンとレビィによる、クイズ番組形式の「カルトクイズバトル」だった!! そして、天蠍宮の世界で行われていたのは、スコーピオンとカナによる「カードバトル」！ スコーピオンは日蝕星霊、カナはフェアリーテイルの仲間たちをフィールドに召喚できるカードを使い、強制閉門をかけたバトルがスタートする!

磨羯宮の世界でカプリコーンとクイズバトルをしているレビィは、予期せぬ問題に苦戦中。一方、宝瓶宮の世界で合流したナツ、ハッピー、ウェンディ、シャルルは、レオの匂いを辿って、いつの間にか獅子宮の世界へと移動していた。処女宮の世界では、バルゴのエスカレートするお仕置きに、ルーシィが絶体絶命!? そして、巨蟹宮の世界へ行ったグレイはキャンサーとダンスバトルをすることに!! 少し踊っただけでも赤面のグレイ。ダンスバトルは一体どうなる!?

日蝕星霊との局地戦はますます白熱していく。磨羯宮でクイズ対決を繰り広げるレビィとカプリコーンは大接戦。勝負を決める最終問題は、レビィも驚く珍問が出題される！ 処女宮にいるルーシィは、一旦建物の外に出て、形勢を立て直そうとするのだが･･･。

そして、一面砂漠の白羊宮の世界では、体中の水分を奪われ絶不調のジュビアの元に、魔導四輪に乗ったアリエスが襲いかかる！！ さらに、レオを探すナツやウェンディの前に、突如不審な人物が現れて･･･！？

双児宮の世界では、ジェミニに捕らわれたガジルとリリーがリスの姿に変えられてしまっていた！ リリーのサポートを得て、ガジルは小屋からの脱出を図るが･･･。同じ頃、人馬宮の世界では、エルザとサジタリウスによる流鏑馬の３本勝負が始まっていた。エルザも換装を駆使してサジタリウスに応戦。しかし、地中の障害物を上手く察知することができずに苦戦してしまう。さらに、レオを追っていたナツたちの前に現れた、黄道十二門十三番目の星霊・オフィウクスが、恐るべき真の姿を見せる！！