Natsu, Lucy y Happy comienzan su viaje para reconstruir Fairy Tail, el primer lugar que visitan es Lamia Scale para reencontrarse con una vieja amiga. Pero revivir el gremio será más difícil de lo que esperaban. Por otro lado, Lamia Scale por casualidad esta celebrando un festival en la ciudad, y el gremio Orochi Fin aprovecha el festival para atacar a Lamia Scale.

Wendy y Sherria intentan detener el ataque de Orochi, pero un enemigo formidable del pasado las detiene. Sin embargo, Natsu logra derrotarlo de un solo ataque. Más tarde, el viaje de Natsu y compañía, una vez sumadas Wendy y Charle, los llevan a donde Juvia podría residir.

Natsu y sus amigos encuentran a Juvia viviendo sola en un pueblo abandonado. Después de que Juvia les cuenta el misterioso comportamiento y desaparición de Gray, Natsu corre a Sabertooh para evitar que sucedan ciertos eventos trágicos. Por otro lado, el nuevo miembro del Consejo Mágico, Gajeel, se acerca a la base de Avatar, un gremio de culto religioso a Zeref.

Natsu, Lucy y Happy se infiltran en la base de Avatar en busca de Gray. El equipo se ve obligado a luchar con los magos negros de alto nivel de Avatar, incluido Gray, quien en realidad está infiltrado en una misión secreta en coordinación con Erza.

Gray y Erza revelan los detalles de la misión secreta. Mientras tanto, los miembros de Avatar se preparan para eliminar toda una ciudad para atraer a Zeref. Los miembros de Fairy Tail se reúnen para asegurarse de ponerle fin.

Arlock invoca a uno de los 18 dioses de la guerra de Yakuma,conocido como Ikusa-Tsunagi, para asesinar a sus propios hombres con el fin de atraer a Zeref, revelando que ese fue la verdadera Operación de Purificación desde el principio. Natsu enfurecido se enfrenta a Ikusa-Tsunagi en una batalla uno contra uno, que eventualmente sale victorioso, más tarde se entera que el futuro de Rogue fue evitado.

Zeref comparte la historia de su infancia y como llegó a ser afectado por la Maldición de Ankhseram, el Dios de la Muerte. Mientras tanto, a Lucy le preocupa que los antiguos miembros de Fairy Tail hayan seguido adelante y no quieran regresar a reconstruir el gremio.

Los miembros de Fairy Tail se ponen a trabajar en la reconstrucción del gremio.Tienen fe de que Makarov volverá algún día, pero por ahora deben elegir un nuevo maestro, y acaban eligiendo a Erza de manera temporal. De repente, un viejo conocido aparece y revela muchos secretos del pasado del gremio, y Gajeel formula su propio plan después de escuchar los secretos y plantearse varios dilemas.

Natsu y sus amigos zarparon hacia el Imperio Álvarez para rescatar a Makarov. Se detienen en la Isla Caracol para encontrar una situación explosiva y toparse con uno de los temidos 12 Spriggan, llamada Brandish.

El equipo de infiltración de Fairy Tail se encuentra con Brandish, una poderosa miembro de los 12 Spriggan, que les da una advertencia antes de partir. Mientras tanto, Makarov continúa sus negociaciones con el Imperio Álvarez, finalmente se encuentra con su emperador después de una ausencia de un año, pero se sorprende al ver que el emperador no es otro que Zeref.

Después de reunirse con Makarov, el Equipo Natsu intenta escapar del Imperio Álvarez. Sin embargo, el Rey del Desierto Ajeel está en una persecución ardua, demostrando que puede aplastar fácilmente al equipo de Fairy Tail hasta que Laxus acude a su rescate. Días más tarde en la alianza, Mavis se prepara para revelar algunos secretos a la alianza antes de la guerra.

Mavis finalmente revela los secretos de su pasado, incluida su conexión con Fairy Tail, Zeref y su propio "pecado". Los engranajes siempre cambiantes del destino ofrecen destellos de esperanza, pero también producen una contradicción final y trágica.

Mavis termina su historia y revela la verdadera y aterradora naturaleza de la Magia Fairy Heart. Mientras, Zeref y los 12 Spriggan preparan su invasión a Ishgar, con Acnologia como tercer participante.

Antes de que comience la batalla por la supervivencia de Fairy Tail, los miembros del gremio pasan la última noche a su manera. Pero cuando el vasto ejército de Álvarez lanza un ataque sorpresa, el vínculo de solidaridad de Fairy Tail se pone a prueba contra la primera ronda de los 12 Spriggan.

A medida que la batalla se desarrolla en toda Magnolia, los magos de Fairy Tail continúan su lucha por la supervivencia de su gremio. Cuando Erza y Ajeel se enfrentan una vez más, la Reina de las Hadas alcanza nuevos límites para salvar a sus amigos y finalmente pone fin al Rey del Desierto.

Con Ajeel derrotado y Brandish prisionera, el último enemigo de Fairy Tail, Wall Eehto, que puede ver las debilidades de otros y explotarlas, asalta la Catedral Kardia para disipar el Jutsu Shiki de Freed que protege la ciudad. Sin embargo, los magos de Fairy Tail se salvan con la aparición de un aliado inesperado.

Los gremios de todo Fiore se unen a Fairy Tail en la batalla contra el ejército de Zeref. Mientras tanto, Natsu y Happy se dirigen al oeste para derrotar a Zeref de una vez por todas.

La feroz batalla entre Natsu y Zeref finalmente termina después de una sorprendente revelación sobre el pasado de los Dragon Slayers. Mientras tanto, la guerra continúa a lo largo de Fiore, con los diferentes gremios peleando contra el ejército de Álvarez y los 12 Spriggan.

Brandish escapa por poco de la muerte, gracias a Lucy y Kana. Después de despertarse, ella revela su relación pasada con Layla, la madre de Lucy. En todo el reino, la guerra comienza a caer en favor de Álvarez.

God Serena derrota a los Cuatro Dioses de Ishgar y lleva la batalla a su conclusión aparente, aunque aparece alguien no invitado. Mientras tanto, Gajeel, Erza, Laxus y otros miembros de Fairy Tail parten a diferentes lugares para apoyar a los otros Gremios en batalla.

Mientras Laxus lucha contra Wall, queda incapacitado cuando su afección por las partículas de barrera mágica alcanza un nivel crítico. Al este, Wendy y Sherria se enfrentan a Dimaria de los 12 Spriggan, pero son instantáneamente abrumadas ante un Take Over, aunque alguien familiar viene a su rescate.

Finalmente Sherria logra derrotar a Dimaria con la ayuda de Ultear. Por otro lado, el gremio es atacado por otro Spriggan, pero Lucy y Natsu aparecerán para plantarle cara.

Jacob está demostrando ser un rival formidable y está a punto de acabar con prácticamente el gremio entero, pero los miembros que quedaban en pie no se rendirán y lucharán al máximo

El hechizo del enemigo, Historia de Cadáveres, está trayendo de vuelta a las peores pesadillas de nuestros protagonistas, quienes deberán hacerles frente una vez más.

Brandish quiere negociar con August acompañada por Natsu y Lucy, pero mientras gajeel se enfrenta a un durísimo oponente. Además, la incursión en la batalla de cierta fuerza externa está a punto de cambiarlo todo.

Mientras Gajeel hace lo imposible por derrotar a su oponente y proteger a Levy, Natsu, Lucy y Brandish intentan convencer a August para que detenga una guerra inútil.

Un terrible hechizo ha provocado que el mundo se vuelva prácticamente loco. Debido a ello, los miembros del gremio se han separado aleatoriamente y la vida de la Primera corre peligro.

Los miembros de Fairy Tail, dispersos por el mundo tras Universe One, se dirigen hacia el gremio para reunirse y salvar a Mavis, quien ahora está con Zeref. Por otra parte, Irene acudirá ante Zeref para dar explicaciones por orden de August

Llegan más refuerzos para las fuerzas que intentan llegar hasta el gremio y eliminar a Zeref de una vez, pero, para su desgracia, aún aguarda un poderoso mago.

Controlados por un terrible hechizo, Gray y Juvia se ven obligados a matarse mutuamente hasta que solo quede uno. Pero ¿serán capaces de ceder en esa dura situación?

Brandish tiene pensado no lastimar a Gray y Lucy siempre y cuando se mantengan al margen, pero todos sabemos que nuestros protagonistas nunca harían eso, así que hay que iniciar un duro combate.

Mientras Gray y Natsu se enzarzan en un combate sin sentido, los demás tienen que hacer frente a la amenaza del imperio Alvarez.

Mientras Natsu se debate entre la vida y la muerte, Zeref se aparece ante él para hablarle un poco sobre cómo fue su infancia y sus verdaderos padres.

Sting deberá emplear su poder y el de Rogue combinados si quiere poder hacer frente a Larcade y sus tremendos poderes.

Irene aparece ante Erza y le cuenta con todo detalle el pasado de la antigua reina de los dragones y la relación que tiene con Zeref.

Todos los esfuerzos de Irene por tener un cuerpo humano fueron en vano, pero tiene ante sus ojos una nueva posibilidad que nunca había considerado.

Mientras Irene y Erza luchan a muerte, Natsu sigue encerrado dentro de sí mismo tratando de resolver qué es en realidad: si dragón o demonio.

La derrota de Irene ha supuesto que el mundo vuelva a la normalidad. Todo vuelve a estar como era y todos vuelven a su sitio, pero Gray no aparece por ninguna parte.

Gray está dispuesto a darlo absolutamente todo para acabar de una vez por todas con Zeref, independientemente del precio que tenga que pagar para conseguirlo.

Se pondrán a prueba las relaciones paterno-filiales en este episodio, principalmente centradas en las figuras de Zeref, por un lado, y Gildarts, por otro lado.

El amor de Erza consigue frenar el enfrentamiento a muerte entre Natsu y Gray, pero acto seguido caen exhaustos y aparece Larcade, uno de los enemigos más peligrosos posibles.

August está decidido a acabar con absolutamente todo el mundo, aunque ello le pueda costar su propia vida.

Acnologia ha hecho acto de presencia y ya no hay nada ni nadie que pueda hacerle frente. Por suerte para nuestros protagonistas, aparece un personaje con una información vital para frenarlo.

Por fin hay un plan firme para derrotar a Acnologia de una vez. Aunque es muy arriesgado y no hay garantía de éxito, la única opción posible es llevarlo a cabo con la esperanza de que salga bien.

Actualmente hay dos frentes abiertos. Por un lado, Zeref finalmente ha conseguido Fairy Heart, por el otro, hay que encontrar un modo de enviar a Acnologia a la grieta temporal

Natsu está dispuesto a darlo todo contra Zeref haciendo arder incluso su propia alma si hace falta, pero ¿será suficiente para vencer? Mientras tanto, el enfrentamiento contra Acnologia parece perdido irremediablemente

A Zeref le queda poco tiempo de vida, así que Mavis querrá aprovecharlo para despedirse de él y decirle todo lo que siempre le había querido decir.

Todo parecía resuelto y que acabaría bien, pero Natsu desaparece de repente y de la grieta temporal surge nuevamente Acnologia con la intención de destruirlo todo.

Mientras los Cazadragones enfrentan a Acnologia dentro de la grieta, los demás magos lucharán también contra Acnologia, pero es inmune a la magia, así que deberán encontrar otro modo.

El combate entre Acnologia y Natsu llega a su fin, así que es hora de que la vida siga, pero ¿cómo lo hace para cada uno de los personajes?