自妖精尾巴解散過了一年後的大魔鬥演武中，納茲和哈比順利再度和露西見面，三人為了讓妖精尾巴復活而展開一場尋找同伴之旅。大家跟著露西來到了名為瑪格麗特的城鎮，發現蛇姬之麟正在此地舉辦感謝祭，這時，納茲和哈比發現了自己以前的同伴，驚訝到無法言語。

魔導士公會蛇鬼之鰭規劃了一場夜襲，釋放大量魔物衝往瑪格麗特鎮，利昂和露西拚命地阻止魔物入侵到城鎮之中，另一方面，為了直搗敵人本陣，天空姊妹的溫蒂和潔莉亞便從空中進擊，她們趁著敵人疏忽大意成功時發動奇襲，但沒想到，有個出乎意料的強敵正等著她們…

納茲一行人在雨降村中順利見到了茱比亞，也得知格雷行蹤不明的消息。格雷失蹤前的模樣，就跟一年前來自未來的羅格告知納茲的可怕訊息非常相似，為了確認格雷的狀況，納茲趕緊帶著露西前往劍咬之虎。他們這時還不知道，心智已被染得漆黑的格雷，臉上正掛著一抹微笑…。

黑魔術教團正計畫著「淨化作戰」。納茲、露西、哈比在追查格雷的消息時，發現了教團的根據地，他們借助芭露歌的力量試著潛入敵陣，卻被迫立刻和教團幹部一戰。納茲毫不畏懼的與陸續來襲的高位黑魔導士戰鬥，就在此時，闇黑纏身的格雷，帶著冷冽的神情，出現在他們的面前…。

黑魔術教團相信瑟雷夫會出現在死亡聚集之地，因此企圖將整個城鎮化為活祭品。艾爾莎也透過臥底的格雷在水面下不停地行動，得知來龍去脈的納茲一行人為了阻止教團的惡行，急忙趕往執行淨化作戰之地－馬爾巴鎮。面對黑魔導士和數千名敵人，胸口寄宿光芒的妖精們，即將揮出正義的鐵鎚！

集結後的妖精尾巴主力成員把黑魔術教團逼急了，沒想到，亞洛克神官為了繼續執行「淨化作戰」，召喚了超越人類智慧的存在－－厄魔十八鬥神之一的『戰之絆』。看到亞洛克毫不珍惜夥伴生命的行為，大為光火的納茲便起身阻止巨大的鬥神繼續肆虐。

孤獨的魔導士做了一個夢，那是距今400年前的過去。失去心愛家人的少年不肯面對現實，便一腳踏入了禁忌的領域，無視周遭人士反對並持續進行禁忌研究的他，最終觸怒了安克瑟拉姆神，使得矛盾的詛咒纏身。

收到露西的信件後，妖精尾巴睽違一年終於在馬格諾利亞重新集結，他們決心要讓公會復活，並開始重新建造毀壞的建築物。另一方面，為了得到許可成為正式公會，公會會長是不可或缺的存在，在沒有馬卡羅夫妖精尾巴，有誰能夠負責整合公會呢?被選為第七代公會會長的人是…

納茲一行人得知了一年前解散妖精尾巴公會的真相，他們為了拯救第六代會長馬卡羅夫，便在艾爾莎的指揮下，以少數精銳前往西之大陸艾拉基塔西亞。在路上，他們為了跟間諜會合，而在卡拉寇爾島上岸，卻在此處感受到一股動盪的氣氛。

納茲一行人受到阿爾巴雷斯精銳，布蘭堤修･μ的洗禮，在她那擁有足以讓一座島消失的強大實力面前，他們只能戰慄害怕。原以為已經沒有辦法拯救馬卡羅夫時，一雙出乎預料的救援之手幫助了他們。另一方面，在阿爾巴雷斯的首都，人民正歡慶著斯普利蓋皇帝的歸來。

最終戰爭（諸神黃昏）開戰前，梅比斯在妖精尾巴的面前道出一直以來被視為公會最高機密的光之神話，那是在距今100年前，一對被詛咒的少年和少女在相遇後展開的「唯一魔法」的故事，是一段在創立公會的背後發生的悲慘命運故事。

至今約100年前，梅比斯和瑟雷夫引發的「奇蹟」，最終進化成必須隱瞞世人的強大魔法「妖精心臟」。梅比斯因為自己過去造成的罪孽，導致公會夥伴們被迫捲入戰爭之中，感到懊悔不已…所幸夥伴們都溫柔地接納了她。於此同時，西大陸的阿爾巴雷斯帝國已經做好準備，將要進軍侵略伊修迦爾。

為了準備進行一場賭上公會存亡、必須和史無前例的強大敵人戰鬥的戰爭，妖精尾巴的夥伴們各自度過了一夜，而命運像是在嘲弄他們似的，阿爾巴雷斯帝國軍發動了夜襲！突然其來的攻擊令瑪格諾利亞城鎮壟罩在不安之下，被奪得先機的妖精尾巴究竟該如何突破這場危機!?

妖精尾巴遭到阿爾巴雷斯帝國大軍四面包圍，甚至讓12入侵了馬格諾利亞城鎮之中，審判者瓦爾的軍隊蹂躪著街道，而出現在露西面前的布蘭堤修，也稍稍透露了自己和她之間的因緣。同時，位於西方上空的艾爾莎正與艾吉爾交手，陷入了苦戰之中…

艾爾莎和比絲卡擊退了強敵，但他們開心不了多久，城鎮又立刻遭到新的12的成員－審判者瓦爾的威脅。瓦爾離開了格雷等人正在迎戰中的戰場，來到了卡爾地亞大教堂，因為用魔法障壁保護著馬格諾利亞鎮的弗里德人就在那裡。只要解開弗里德的術式，城鎮就會暴露在西方上空的大艦隊所集中的炮火之中……!?

妖精尾巴成功擋下了阿爾巴雷斯帝國先行部隊的攻擊，但他們面臨的四面楚歌危機仍然不變。為了保護故鄉，菲歐烈中的魔導士公會全都起身一同奮戰，也讓梅比斯開始規畫下一步作戰計畫。這時，納茲和哈比一起往西方上空奔馳而去！

伊格尼爾托付的執念火焰，纏繞在納茲右手，納茲並以此與黑魔導士瑟雷夫對峙。這時，瑟雷夫預測到自己的死亡，便說出了連納茲一直都不知情的出生秘密…。受到真相衝擊後的納茲揮起拳頭，試圖給瑟雷夫最後一擊，那是為了保護家人？還是銘刻在自己體內的使命使然呢……

當菲歐烈各地發生激烈戰鬥時，馬格諾利亞的「妖精尾巴」公會內部也有事件發生。敵國進軍的危機暫時解除後，露西誠心向布蘭堤修發問，試圖得知自己的母親蕾拉的情報。沒想到在不知不覺間，遭到憎恨和憤怒染指的雙手，開始往露西的身邊靠近！

前去面對東方威脅的伊修迦爾四天王，被葛多瑟雷納一個人逼到無路可退，就在一切即將落幕的時候，戰鬥卻突然往出乎預料的方向進展。同時，妖精尾巴的援軍部隊頂著連續戰鬥的疲勞與還沒癒合的傷痕，往各個地方前進著。在前方等待他們的會是…

為了替弗里德等人報一箭之仇，拉格薩斯起身單挑斯普利蓋12的瓦爾，但他最擅長的雷屬性魔法不僅無效，還因為侵蝕體內的魔障粒子汙染問題，導致全身動彈不得。另一方面，和迪瑪莉亞對峙的溫蒂、潔莉亞、夏璐璐三人，在毫無死角的力量面前幾乎要命喪黃泉。奪還哈魯吉翁港的戰爭，會以失敗告終嗎!?

解放秘術「第三魔法源」之後，雖然可以暫時獲得強大力量，卻也得付出相對的代價。為了保護親友，獲得禁斷之力的少女挺身面對與「時之神」合而為一的迪瑪莉亞。而在南方哈魯吉翁的戰鬥開始白熱化的當下，斯普利蓋12的一名黑影，正往馬格諾利亞的妖精尾巴公會逼近！

為了擊敗傑科夫，納茲和露西合作無間，漂亮地打了一場仗。但敵人的戰力仍然不可小覷，傑科夫靠著暗殺魔法再度將納茲等人逼入絕境，甚至連同伴的生命都危在旦夕。這時，在南方哈魯吉翁港中，持續保持沉默的奈因哈特蓄勢待發！

萊因哈特呼喚的屍骸強敵，阻擋在妖精們的面前，也將哈魯吉翁港的戰況導向終結！復活的斑鳩、阿茲馬、羌華他們逼迫艾爾莎回想起已忘記的苦痛，連續戰鬥而傷痕累累的艾爾莎，究竟能否跨越重新復甦的昔日苦難呢!?

納茲一行人動身前去和歐蓋斯特交涉，同時，戈吉爾等人以援軍身分抵達菲歐烈北方，並升起反擊的狼煙！但在幹勁十足的他們面前出現的威脅，是遭人畏懼、被稱為「死神」的12成員之一的布拉多曼。戈吉爾因憤怒而燃燒的鐵鎚，能夠擊碎死神帶來的死亡嗎!?

布拉多曼操縱的「魔障粒子」劇毒，讓蕾比不支倒地！戈吉爾唯一能做的事只有一件，那就是盡快打倒敵人，讓蕾比脫離魔障粒子的汙染，但是，他怎麼樣都無法如願攻擊到布拉多曼，心靈越來越焦急。面對無敵的死神，戈吉爾還有勝算嗎！？

艾琳所釋放的宇宙極元重新建構了菲歐烈的國土，讓納茲一行人全都飛散到各地。即使戰況變得混亂，魔導士們仍需互相協助，朝著眼前的敵人走去。但是，此時的妖精尾巴公會，已經如艾琳所願，讓梅比斯即將面臨一場新的試煉。

見到吉爾達茲勇猛的模樣後，納茲一行人受到莫大的激勵，開始衝刺往公會前進。但氣勢高昂的他們，即將見到集結後的12真正可怕之處。其中一人是全身纏繞著結凍冷氣的冬將軍，一瞬間就讓戰場化為凍土！在壓倒性的劣勢之中，他們是否能夠顛覆戰況，拯救梅比斯呢？夥伴之間的團結力正受到考驗！

見到吉爾達茲勇猛的模樣後，納茲一行人受到莫大的激勵，開始衝刺往公會前進。但氣勢高昂的他們，即將見到集結後的12真正可怕之處。其中一人是全身纏繞著結凍冷氣的冬將軍，一瞬間就讓戰場化為凍土！在壓倒性的劣勢之中，他們是否能夠顛覆戰況，拯救梅比斯呢？夥伴之間的團結力正受到考驗！

遭到伊貝爾的魔法「冰之鎖」支配心靈後，格雷和茱比亞開始被迫自相殘殺。而茱比亞無法忍受自己傷害格雷的行為，決定要了斷自己的性命。她抗拒了伊貝爾的強制思維，即將用水之刀刃，往自己的身體砍下……

當格雷得知END的真面目時，納茲再度因為布蘭堤修的魔法而倒下，露西則拚了命試圖要說服布蘭堤修。她想珍惜兩人之間萌芽的友情，這份心意卻怎樣都無法傳達給對方。兩人各自懷抱著想守護的事物，賭上絕不退讓的誓言而戰鬥，最後她們招來的，是新的危機。

納茲為了殺害瑟雷夫而不停往前逼近，這時阻擋在他面前的，是為了打倒敵人而憤怒的格雷！兩人都背負著無人可阻撓的理由，不惜讓憎恨支配心靈，甚至拳腳相向。同時在戰場最前線中，艾爾莎為了突破敵軍而努力奮戰，但我方仍因為敵方壓倒性的戰力導致夥伴們士氣低落，疲憊不堪……

納茲和格雷因為艾爾莎的眼淚而恢復神智。他們是一群苦樂與共、無可取代的夥伴，牽掛著對方的心情，滲透至各自的心靈之中，剝落了名為憎恨的面具。另一方面，阿爾巴雷斯軍中殘存的12之盾也開始對伊修迦爾進行猛烈攻勢，還出現了一名新敵人。

和格雷激烈戰鬥後失去意識的納茲，遭到謎樣的力量侵蝕身體，並在自己的心裡徘徊著。這時出現在他眼前的「心之領路人」，即將訴說他所不知道的「400年前的回憶」。另一方面，殘存的12其中一名強敵拉凱多發動了不分敵我的魔法攻擊，將雪乃和神樂逼到絕境…。

獲得白影龍之力的史汀格壓制了拉凱多！但是，拉凱多使出了邁向死亡誘惑的強大魔法「死者安息」，面對無法抗拒的慾望，史汀格只能強撐苦戰。與此同時，仍然呈現昏迷狀態的納茲開始出現變化，即使露西和哈比在一旁擔憂，納茲的身體仍然繼續惡化著…

被稱為12之中最強的人－－艾琳開始向艾爾莎和溫蒂訴說的，是至今約400年前的事。那是人們在惡龍的威脅之下恐懼不已，而期望與龍共存的某個女王為此挺身而戰的故事。那正是與艾爾莎的誕生有關的秘密，同時也是和滅龍魔導士息息相關的物語。

艾爾莎雖然得知自己衝擊般的出生秘密，心靈仍然沒有任何迷惘。為了打倒阻擋自己前往公會道路的人，她和溫蒂同心協力，挺身面對眼前的敵人。兩人默契十足的組合，逐漸將艾琳逼到絕路，但是，艾琳的臉上卻浮現出了令人毛骨悚然的笑容！

變化成龍的姿態的艾琳，試圖殺害艾爾莎以及其四周，毅然使用了超越人智的力量，讓隕石掉落！為了保護心愛的同伴和家人（公會），艾爾莎讓刀乘載著自己的想法，往天空飛去。龍和妖精，兩名女王碰撞引發的激烈死鬥，等待著她們的出乎預料結果會是……

解除宇宙極元後，馬格諾利亞回歸成原先應有的模樣。妖精們即使四散在各地，也感受到了勝利在即，並在梅比斯軍師的指揮之下，一路衝向公會。但是，一位男人正靜靜地眺望一切。他正是12之首，擁有「災厄」稱號的歐蓋斯特。

為了保護重要的夥伴，格雷使出了附加了消失屬性的禁忌魔法，那不只會消滅自己的性命，甚至連自身存在都會抹殺。充滿溫暖回憶的公會空間，開始凍結成憂傷的世界，並試圖將傳說中的黑魔導士冰封在內。同時，在馬格諾利亞城鎮中，讓人類的未來染上漆黑的另一個威脅即將迫近！

歐蓋斯特從未理解過何為親子之間的愛情，他挑釁般的言論讓吉爾達茲暴跳如雷，吉爾達茲也與自己的女兒卡娜合作，試圖要在不利的情況中殺出重圍！面對任何魔法都無效的強敵，只能退守防禦的父女究竟能否找到反擊的空檔呢!?另外，在妖精尾巴的工會中，另一道影子正逐漸逼近…

被崇拜的父親瑟雷夫否定自身存在的拉凱多，因為悲傷而扭曲了臉龐。接著，成長過程中不知親情為何物的歐蓋斯特，受到捨命守護女兒的吉爾達茲使出的反擊後，究竟在想著什麼呢!?畫在激鬥之後的休止符、轉動的命運齒輪，是否也會破壞本應幸福的家庭關係呢…？

出現在天馬．克里斯提納船內的神祕女性，長得和艾爾莎以及溫蒂熟識的人很像。該名女性說出「無人知曉的真相」和打倒黑龍的「秘策」，讓大家獲得了一線希望。另一方面，妖精尾巴的公會中，最終戰爭的真正目的，將由黑魔導士揭曉！

一夜和艾爾莎一行人把一縷希望寄託在安娜發現的時空縫隙上，並駕著天馬．克里斯提納在空中奔馳。持續被惡龍所威脅的這段歷史，即將邁向終結！但是，在馬格諾利亞中，獲得「END之書」的露西等人做好覺悟的同時，和納茲對峙的瑟雷夫靜靜地浮現出了微笑。

比斯所希望的結局沒有到來，瑟雷夫也奪走了她的妖精心臟，並獲得了「神之力」，準備要完成新月蝕計畫。納茲雙手抱著倒下的梅比斯，燃燒著熊熊火焰，把他現有的力量全都集中在拳頭上，以瑟雷夫為目標全數解放！

圍繞在「時空縫隙」附近的天馬和黑龍依然持續進行著攻防。在馬格諾利亞的露西也正補寫著從「END之書」消失的文字，雖然成功讓納茲復活，卻因為操弄惡魔文字而使得露西飽受痛苦的代價，開始被黑暗之力侵蝕…即將完成新月蝕計畫的瑟雷夫，以及起死回身的納茲，宿命對決的結果會是!?

瑟雷夫和梅比斯圍繞著「矛盾的詛咒」所開始的命運齒輪。在和納茲的激鬥中戰敗的瑟雷夫和終於在公會與他兩人獨處的梅比斯，終於要親口說出各種思念。約100年前，梅比斯和瑟雷夫相遇後，總是擁抱著湧現的愛情與憎恨這兩種矛盾心情，他們倆最終得到的答案會是!?

和瑟雷夫之間的戰鬥結束，正準備回到公會的時候，納茲竟然悄悄地消失在露西一行人的面前。同時，在哈魯吉翁的海上，溫蒂發現天空出現了令人毛骨悚然的裂縫，本應迎來的和平，也隨著碎裂之聲化為泡影。引領世界邁向破滅的存在，彷彿要用裂縫毀壞天空似的，突然現身！

精神與肉體分裂的黑龍－亞克諾羅基亞，在「時空縫隙」中，納茲等七名滅龍魔導士開始對黑龍的精神體進行「獵龍」攻擊。另一方面，黑龍的肉體在馬格諾利亞上空不停攻擊，破壞著眼前所看到的一切，彷彿龍王祭的再現。究竟勝利的會是人類，還是龍…！？

至今約400年前，無法訴說流傳的另一個故事。尊敬龍的一名青年，因為憎恨而憔悴的悲傷秘話…。時光飛逝，「龍王祭」再度降臨於世。為了在哈魯吉翁發動羈絆的魔法，露西和夥伴們手牽著手。而在時空縫隙之中，化為執念團塊的孤獨龍王，仍然襲擊著納茲等人！

妖精球」是讓巨大的羈絆力量束縛邪惡的存在。魔導士們的思念之力，傳達給了在時空縫隙中戰鬥的納茲一行人。在400年前失去人類之心，直到現在都被狂氣囚禁的黑龍．亞克諾羅基亞。為了終結悲傷的連鎖，納茲將所有人的思念化為火焰，釋放出靈魂的一擊！