Au bain flambant neuf de Fairy Tail, les hommes écoutent avec un vif intérêt ce qui se passe du côté des dames, où Flare Corona s’est introduite. De retour au siège de la guilde, les frères ennemis Natsu et Grey reçoivent une nouvelle demande de mission qui leur est spécifiquement destinée. Cette fois, ils vont devoir se tenir car le client est un éminent personnage…

Propulsée par la magie de Warrod, l’équipe de Fairy Tail trouve le village du soleil entièrement congelé y compris ses habitants au gabarit stupéfiant. C’est alors qu’un étrange trio vient perturber le bon déroulement de la mission.

Au village du soleil entièrement recouvert de glace, Erza cherche à comprendre pourquoi elle a soudain repris une apparence d'enfant. Pendant ce temps, Natsu et les autres sont aux prises avec Sylph Labyrinth, la redoutable guilde de chasseurs de trésors. Harcelés par leurs adversaires, les mages de Fairy Tail réussiront-ils tout de même à dégeler le village et ses immenses habitants ?

Alors que Flare se bat contre les Chasseurs du Labyrinthe des Sylphes, avec Lucy et Wendy, Erza se retrouve sous l'attaque de Minerva. Pendant ce temps, Natsu est toujours à la recherche de la voix familière, tandis que Gray rencontre Doriate et est victime de sa magie.

Gray se libère des souvenirs de Deliora, de Moon Drip et de la glace qui le retiennent, et est prêt à se battre. Il demande à Doriate s'il a gelé les Géants ou non, avant d'affirmer sa volonté de le vaincre. Pendant ce temps, Lucy, Wendy et Flare, après avoir vaincu les Chasseurs, se précipitent vers la Flamme Éternelle, s'inquiétant à la fois pour leurs amis et pour les Géants. Happy et Carla sont également dans une situation difficile, car un monstre cyclope rôde dans le ciel, les effrayant et les incitant à rester cachés.

Alors que Natsu affronte le redoutable cyclope ailé, Gray met en œuvre son plan pour faire fondre la montagne de glace qui enferme la flamme éternelle… mais finira-t-il par l'éteindre en même temps ?

Atlas Flame, la flamme éternelle, a dégelé le village du soleil. Avant de retourner annoncer à Warrod le succès de la mission, Natsu et ses compagnons font la fête avec les géants, qui ont la joie de retrouver leur chère Flare. L’occasion d’oublier momentanément Succubus Eye, le Chasseur de Démons… et Tartaros, la guilde clandestine dont les mystérieux desseins alimentent les inquiétudes.

En plein réunion des neuf sages, le Conseil de la magie est détruit dans une gigantesque explosion. Rescapé, Dranbalt rend visite à Cobra en prison pour obtenir des informations sur Tartaros. De son côté, Natsu espère aussi en savoir plus sur la mystérieuse guilde clandestine et sur son démon E.N.D. qui, pense-t-il, pourrait le mener jusqu’à Ignir.

En s’autodétruisant, Tempester répand dans l’atmosphère une nuée de particules qui infectent gravement Luxus et l’unité Raijin. Polyussica, la conseillère médicale de Fairy Tail, accourt à leur chevet. Pour débusquer les démons de Tartaros, Natsu et ses camarades se rendent chez un ancien membre du Conseil, qui est lui aussi sous la menace de la mystérieuse guilde clandestine.

Jackal ravage l’ensemble de la ville avec une explosion en chaîne. Natsu croit le terrasser mais son attaque n’a finalement aucun effet. Michello, l’ancien membre du Conseil, soupçonne Tartaros de convoiter Face, dont l’existence est pourtant secrète. Dans l’immédiat, il fuit sa maison en ruine pour partir se cacher.

Venu assurer la protection de Michello, Natsu affronte Jackal, de Tartaros, qui menace de faire sauter toute la ville. Pendant ce temps, les autres équipes de Fairy Tail arrivent chez les autres ex-membres du Conseil visés par Tartaros…

Erza et Mirajane arrivent chez Crawford Theme, l’ancien président du Conseil, pour assurer sa protection. L’attaque de Tartaros ne se fait guère attendre mais, pour les deux coéquipières, la troupe assaillante ne constitue pas la véritable menace.

Natsu et Happy ont fait irruption au quartier général de Tartaros, où Erza subit le terrible interrogatoire de Kyôka. Pendant ce temps, Jellal affronte Oracion Seis, qui défend bec et ongles sa nouvelle liberté.

Dans le Q.G. volant de Tartaros, Erza continue à subir le terrible interrogatoire de Kyôka, tandis que Natsu et Lisana reçoivent à leur cellule la visite de Silver. Pendant ce temps, Crawford, l'ex-président du Conseil, tente de localiser Jellal afin de libérer Face.

Alors que tout Fairy Tail s’apprête à lancer l’assaut, le siège de la guilde explose. Dans leur cube volant, les membres de Tartaros voient bientôt surgir trois chats à l’horizon. Juste avant la déflagration, Kanna, intriguée par l’attitude d’Elfman, a eu le temps d’utiliser sa Magie des Cartes. La guilde peut enfin passer à la contre-attaque !

Au Q.G. de Tartaros, Natsu est tombé sur Zeleph, qui lui parle de la genèse de cette guilde, et du rôle qu'E.N.D y joue. Pendant ce temps, Fairy Tail peut investir le château grâce à la brèche ouverte par Erza. Une fois à l'intérieur, Lucy, Wendy, Happy et Carla accèdent rapidement à une vaste salle de contrôle.

Wendy et Carla foncent vers le gouffre de la vallée des ciguës pour empêcher Face d’annihiler toute magie sur le continent. Dans le cube, Natsu, Lucy et Happy découvrent la nouvelle apparence de Franmarth : un maître Hadès curieusement bâti…

Au gouffre de la vallée des ciguës, Wendy est aux prises avec Ezel, tandis que Carla l’alerte sur l’imminence du déclenchement de Face. Pendant ce temps, dans le cube, Natsu affronte toujours une version déjantée de Hadès, qui aspire l’âme de ses sorts.

Face est censé s’être déclenché, mais les membres de Fairy Tail s’aperçoivent rapidement que la magie n’a pas disparu. Dans le cube, Franmalth transformé en Hadès tente d’absorber les âmes de Natsu, Lucy et Happy, qui puisent la force de résister dans ce qu’ils ont de plus cher…

Au cours d’une halte près d’un village abandonné, Racer tente de convaincre les autres Oracion Seis de ne pas suivre Jellal. Soudain, une ombre surgit de la brume : c’est Rusty Rose, l’un des Sept Pairs du Purgatoire de Grimoire Heart. Pressé par Meldy et Cobra, il consent à raconter le calvaire qu’il a enduré à Tartaros.

Dans le cube de Tartaros, Mirajane est en difficulté face à Seilah, sur laquelle son Take Over ne fonctionne pas. Elle songe alors au temps où, chassée par les gens de son village qui la croyaient possédée par un démon, elle a débarqué à Fairy Tail avec Elfman et Lisana.

Seule rescapée d’Alegria parmi les mages de Fairy Tail, Lucy est pourchassée à l’intérieur de Plutogrim par tous les membres de Tartaros. Au prix d’une lourde consommation de magie, elle reçoit le renfort simultané de deux Esprits, mais si elle veut sauver ses camarades, elle doit maintenant compter sur ses propres forces.

Seule rescapée d’Alegria, Lucy est parvenue à invoquer le Roi des Esprits. Mard Geer, de Tartaros, croit bientôt déceler une faille dans l’apparente invulnérabilité du géant, mais ce dernier est loin de voir comme un point faible ses liens avec les humains.

Alors que débute l'affrontement entre quatre démons de Tartaros et quatre mages de Fairy Tail, Silver se jette sur Grey et disparaît avec lui, sous les yeux stupéfaits de Jubia. Le cube Plutogrim est maintenant détruit et le plan Face semble avoir échoué mais, en traversant la ville en ruine, Makarof repense à la phrase de Hadès : “ce n’est pas encore fini”.

Sting et Rogue sont arrivés à temps pour sauver Minerva et Erza. Mard leur révèle bientôt comment Tartaros a pu mettre en marche d’innombrables Face, bien que le président du Conseil soit mort. Pendant ce temps, Jubia pressent qu'un terrible malheur va s'abattre sur Grey, que Silver a emmené de force.

Silver révèle à Grey que, pour éliminer tous les disciples d’Oul, il a appris une magie anti-démons qui le rend résistant à la glace. Pendant ce temps, Natsu et Gajil affrontent avec difficulté Tempester et Torafuzar, sous les yeux d'une Lucy toujours blessée. Jubia, quant à elle, subit les « assauts verbaux » de Keyes, qui la questionne sur l’éventualité de perdre son bien-aimé.

Vaincu par Grey, Silver admet être son père, mais un père mort il y a dix-sept ans, dont Keyes utilise le cadavre pour une expérience. Pendant ce temps, Jubia apprend peu à peu la cruelle vérité de la bouche même du démon « résurrecteur », et fait bientôt face à une décision qui risque de dévaster son bien-aimé.

Après avoir vaincu Keyes en pénétrant dans son corps, Jubia s’effondre, infectée par des démono-particules. Pendant ce temps, dans les ruines de Plutogrim, le gros des troupes de Fairy Tail cherche en vain les camarades disparus. Parmi ces derniers, Erza, Minerva et les Exceeds tentent de gagner la salle de contrôle du cube, guidés – ou égarés ? – par Franmalth transformé en champignon.

Dans l’eau des Ténèbres, Reby vient à la rescousse de Gajil en lui transmettant de l’air par la bouche. Pour faire respirer Natsu et les autres membres engloutis, elle utilise cette fois sa magie Solid Script, mais il reste la menace mortelle que fait peser sur eux la toxicité de l’eau. Alors que Torafuza le serre dans sa gigantesque main, Gajil repense à Belno, la vieille dame qui lui prodiguait jadis ses conseils.

Dans Magnolia en ruine, Luxus est introuvable. Malgré son état préoccupant, le mage de la foudre est parti affronter Tempester l’Immortel. Lorsque le face-à-face s’engage, Luxus subit de tels chocs que son adversaire le presse d’abandonner. Mais les humains ont une capacité de résistance que les démons ignorent…

Déterminée à stopper Face depuis la salle de commande du cube, Erza doit y affronter Kyôka. Pendant ce temps, Mirajane raconte à Lily et Happy comment elle a laissé Elfman et Lisana aux prises avec une horde de clones de Lummy. Bientôt, un étrange grondement annonce une arrivée inattendue.

Deux dragons s’affrontent dans le ciel de Magnolia. D’un côté, Acnologia dont Zilkonis avait naguère conté l’histoire ; de l’autre, Ignir, à peine sorti du corps de Natsu, et qui fait subir à son adversaire un déluge de flammes. À terre, tous les mages de Fairy Tail doivent se contenter d'assister au terrible spectacle. Tous sauf Natsu, qui vient demander avec virulence des explications au roi des dragons de feu.

Désormais sous sa forme Etherious, Kyôka brise l’armure d’Erza, puis accélère le compte à rebours de Face ! Dans le ciel, les dragons Ignir et Acnologia poursuivent leur féroce affrontement, sans se soucier du danger auquel ils exposent les mages de Fairy Tail. Natsu, lui, s’apprête à attaquer Mard Geer pour s'emparer du livre de E.N.D.

Dans son combat face à Mard Geer, Natsu reçoit le renfort des Dragons jumeaux Sting et Rogue. Pendant ce temps, Gajil et Reby transportent Luxus et Jubia afin qu’ils se fassent soigner par Polyussica. Elfman et Lisana, quant à eux, décident de venir à bout de la horde de Lummy.

Après avoir annoncé par télépathie le recours à Lumen Histoire pour tenter d’empêcher l’activation de Face, Makarof ordonne à ses mages de revenir immédiatement à la guilde. Dans le ciel, Ignir monte encore plus haut pour pouvoir combattre Acnologia sans aucune retenue. Au sol, Natsu a reçu le renfort des dragons jumeaux pour affronter Mard Geer, et Erza est toujours aux prises avec Kyôka.

Grâce au pouvoir de Silver, Grey parvient tant bien que mal à contrer Memento Mori, le maléfice ultime de Mard Geer Tartaros, ce qui permet à Natsu de poursuivre le combat. Pendant ce temps, les membres de Blue Pegasus font décoller leur navire volant, et transmettent à toutes les guildes le message télépathique de Fairy Tail appelant à détruire les innombrables Face.

Alors que la magie s’amenuise de plus en plus sur tout le continent, les populations voient surgir dans le ciel des dragons qui se mettent à détruire les Face. Après l'assaut, Ignir explique pourquoi lui et ses congénères étaient restés tout ce temps dans le corps des Chasseurs de Dragons. Mais Acnologia, son terrible adversaire, n’a pas abdiqué.

Les dragons surgis du ciel sont parvenus à détruire les milliers de Face. Et grâce au sacrifice d'Ignir et à la bravoure de tous les mages, Acnologia a été repoussé. Mais entre les dragons et les Chasseurs, c'est déjà le temps des adieux. Chaque guilde peut alors regagner son quartier général, ou du moins ce qu'il en reste. Les membres de Sabertooth ont ainsi la bonne surprise de voir reparaître Minerva après une longue absence.