大魔闘演武優勝の功績により、フェアリーテイルには連日依頼が殺到。ギルドに新しく建設された大浴場では、日々の疲れを癒すメンバーたちが、それぞれ会話に華を咲かせていた。そんな中、女湯ではルーシィの前に突如珍客が現れるのだった！！それから数日後、ギルドではナツとグレイが大喧嘩をしていた。そこへ、彼ら2人を指名する緊急の依頼書が舞い込む。依頼内容を見たマカロフは驚愕。依頼者は、聖十大魔道の一人で、イシュガルの四天王と呼ばれる偉人からのものだったのだ！！

凍った村を元に戻す手がかりをさがすため、ひとり別行動をしていたエルザは、何の因果か、突然子供の姿になってしまった！！一方、月の雫（ムーンドリップ）を持つトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）を追いかけるナツたちは、意外と強い彼らに苦戦気味。そんな折、一部だけ氷が溶けた地面から、ナツはとある声を感じ取る。どこかで聞いたことのある声、聞こえてくる声の元を目指して走り出すナツ！しかし、その先でナツも何故か子どもの姿になってしまい･･････！？

風精の迷宮（シルフラビリンス）と対峙するルーシィ・ウェンディの下に、元・大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のフレアが加わった！彼女は、凍りついてしまったこの「太陽の村」と何か関わりがあるらしいのだが･･･。一方、突如子供の姿になってしまったエルザの前には、闇ギルドに身を落とした元・剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが現れ、執拗に襲いかかるのだった！！そして更に同じ頃、別行動をしていたグレイの前にも、新たな敵の陰が近づいてきて･･･！？

闇ギルド・夢魔の眼（サキュバス・アイ）のドリアーテが使う魔法「退化ノ法」により、それぞれ子供の姿に変えられてしまったナツ・グレイ・エルザ。体格が変わり、力や速度、耐久力、魔力が低下し圧倒的不利な中、グレイは造形魔法と持ち前の機転によって、臆することなく眼前のドリアーテに対抗する。善戦の甲斐あり、ドリアーテの魔法が解けて、元の姿に戻ることができたグレイ達。しかしそれも束の間、戦況は一変する！なんとドリアーテが激しい息遣いと共に巨大化し、異形の姿へと変化してしまうのだった！！

凍りついた“永遠の炎”を溶かす方法に心当たりがあるというグレイ。その言葉を信じたナツは、一行をしつこく追い回す怪鳥と戦う役を一人で引き受ける。ナツが怪鳥と激闘を繰り広げる間に、グレイは永遠の炎に直接触れる。山ほどの大きさの氷を溶かす方法とは、魔力を通して「自分の氷に作り替える」こと。グレイの魔力によって氷は見事に溶けおちたが、その跡には肝心の“炎”も残っていなかった。全員が動揺する中、ウェンディだけが何かの気配を感じ取っていて……？

復活した“永遠の炎”によって、村の氷は溶けおちた。ナツたちは、炎の残留思念から、ゼレフ書最凶最悪の悪魔“END”の名を知らされる。一方、氷漬けから解放された巨人たちは、祝いの宴を行う。しかし、その席にフレアの姿がない。かつてこの村を捨てて出て行ったことが後ろめたくて宴に参加するのをためらっていたのだ。そんなフレアを、巨人たちは体と同じくらい大きな心で、再び迎え入れるのだった。すべてが落着したと思われたその裏で、しかし闇ギルド「冥府の門（タルタロス）」はすでに暗躍をはじめており……？

冥府の門への対策会議が行われていた魔法評議院ＥＲＡが、何者かによって襲撃、爆破されてしまう。９人の評議員は全員死亡。生き残っていたドランバルトの前にあらわれたのは、犯人を自称する半獣の男。男は自らを、冥府の門・九鬼門の一人、ジャッカルと名乗った。一方、妖精の尻尾（フェアリーテイル）へ帰ってきたナツたちは、ゼレフ書の悪魔・ＥＮＤの正体を調べていたが……。

レストラン・８アイランドを急襲した九鬼門・テンペスター。居合わせたフリード、ビックスロー、エバーグリーンが応戦するも歯が立たない。そこへラクサスが参戦、テンペスターとの激闘が始まる。三人を圧倒したテンペスターだったが、ラクサスの凄まじい戦闘力の前に敗北。勝利を諦めたテンペスターは、自らの命と引き換えに、全身を「魔障粒子」という物質に変え、町中を汚染してしまう。次々と倒れていく住人たちを救うためにラクサスがとった手段は……？

元評議員たちを狙い始めたタルタロスに対し、フェアリーテイルはチームに分かれ、それぞれ護衛の任に就く。ナツたちが訪れたのは、元評議員・ミケロの家。そこを九鬼門・ジャッカルが強襲、ナツとの激しい戦闘が始まる。関係のない町の人々を巻き込んで爆発を引き起こすジャッカルに対し、猛攻を仕掛けるナツ。はじめはナツがジャッカルを圧倒するが、ジャッカルにはまだ奥の手があり……？

ナツとジャッカルの激戦は続く。触れたものを爆弾に変えるジャッカルの呪法に、苦戦を強いられるナツ。しかし、ナツが爆発を「食う」コツを掴んだことで、形成は逆転。追い詰められたジャッカルはついに本性を現し、悪魔の姿となってナツに襲い掛かる！ジャッカルの変身に動揺しながらも、ナツはその拳に「戦う理由」を宿し、強敵に真っ向から立ち向かう！

タルタロスが狙う白き遺産“フェイス”。その正体は、大陸中の魔力を消滅させる兵器、魔導パルス爆弾だった。魔法評議員の元議長・クロフォードの家へ向かったエルザとミラジェーンは、“フェイス”の保管場所を尋ねる。その時、クロフォードの家をタルタロス兵が襲撃！エルザとミラジェーンの共闘がはじまる。一方、ドランバルトとの取引で牢から脱出したオラシオンセイスたちの前には、ジャラールが現れ……？

タルタロスに捕らえられたエルザとミラジェーンを救出するため、敵の本拠地へと乗り込んだナツとハッピー。出くわした九鬼門のひとり・フランマルスが２人に襲い掛かる！仲間を奪われた怒りを力に変え、ナツはフランマルスに対して優勢な戦いを続けるが、その時、敵に増援が現れる。同じく九鬼門のひとり“絶対零度のシルバー”。その男の匂いに、ナツはある違和感を感じ取るが……。

牢に囚われたナツとリサーナ。セイラに操られ、不審な行動を取るエルフマン。そして元議長・クロフォードとフランマルスは、フェイスの封印を解くためにジェラールの行方を探す。そんな時、自分がタルタロスの標的になっていることを知らないジェラールは、荒野でオラシオンセイスとの激闘を続けていた。たったひとりで４人を相手に奮戦を続けるジェラールだったが、思いがけない窮地が彼を襲い……？

タルタロスのアジトでは、捕らわれていたナツ、リサーナ、エルザ、ミラたちがそれぞれ自由の身に。フェアリーテイルの反撃がはじまる！！

仲間たちを探してタルタロスのアジト内を駆けまわるナツの前に現れたのは、黒魔導士ゼレフ！挑みかかるナツを軽くいなしたゼレフは、意味深な言葉だけを残し、再び姿を消してしまう。その頃、管制室らしき部屋にたどり着いたルーシィたちは、すでに魔導パルス爆弾・フェイスが起動してしまっていることを知る。そして、フェイスの発動を阻止しようと行動を起こそうとした彼女たちの前に、２人の九鬼門・フランマルスとキースが立ちはだかるのだった！

キューブ内でナツたちの前に立ちはだかるフランマルスは、自身の持つ「最強の魂」に変身する。その魂とは、かつてナツたちを追い詰めた悪魔の心臓(グリモアハート)のマスター、ハデスだった！一方、ミラジェーンはセイラと、エルザはキョウカと、グレイはキースと、それぞれ激闘を繰り広げていた。そして動き出したフェイスを止めるため、出現場所に急行するウェンディとシャルルを、九鬼門・エゼルが襲う！

フェイス発動を止めるため、九鬼門・エゼルに立ち向かうウェンディ。苦戦しつつも、ドラゴンフォースを手に入れ、反撃をはじめる！しかし、エゼルもまた九鬼門としての意地を見せ、戦いは拮抗状態へ。フェイス発動の瞬間が刻一刻と迫る中、全力を出しつくしたウェンディの一撃がついにエゼルを倒し、背後にそびえていたフェイスまでも破壊する。しかし、発動までのカウントダウンは依然止まらず……？

フェイス発動のカウントダウンが完了したのに魔力がなくならない!? ウェンディとシャルルが見事「フェイス」を破壊したことを感じ、勢いを取り戻すナツたち「フェアリーテイル」のメンバー。想定外の事態に困惑するタルタロス・九鬼門だったが、それも束の間。ハデスの魔を吸収したフランマルスはさらなる強力な呪法でナツ・ルーシィ・ハッピーに襲い掛かり、エルザの前には、悪魔として転生した「ネオミネルバ」が現れる…!!

「フェアリーテイル」と「タルタロス」の激闘は加熱の一途をたどる。そんな中ジェラールは「六魔将軍(オラシオンセイス)」を伴い、山深い廃墟でその身体を休めていた。六魔との闘いで深刻なダメージを負ったジェラール。ホットアイはメルディとともにジェラールを介抱していたが、他の者たちはいまだジェラールへの態度を決めかねていた。そこへ現れた「悪魔の心臓(グリモアハート)」のラスティローズ！ 思いがけないラスティの出現が、全員の運命を大きく動かす…!!

悪魔の本性を表し、ミラジェーンに襲いかかる九鬼門のセイラ。その圧倒的なパワーと、暴走とさえ言える攻撃性に、シュトリとなったミラには抗うすべが見つからない。絶体絶命の時、ミラの脳裏に浮かんできたのは、ある思い出…。命にかえても家族を守らなければいけない！ ミラの心に秘められた、ストラウス家の過去が明かされる。一方、冥界島(キューブ)では、いよいよ“冥王”マルド･ギールが姿を現し、戦局を大きく変動させるのだった…!!

突如鳴動を始めた冥界島（キューブ）は、その姿を“冥王獣（プルトグリム）”に変え、フェアリーテイルやタルタロス兵を吸収してしまった!!プルトグリムの体内で、壁や地面に取り込まれ石のように動かないナツやハッピーたち。ただ一人難を逃れたルーシィだったが、九鬼門、そして残ったすべてのタルタロス兵から狙われてしまう。ギルドのみんなを取り戻すため、ルーシィは持てる魔力を振り絞り、星霊三体同時開門を試みるが･･･。

マルド・ギールが発動させた大呪法・アレグリアにより、冥王獣(プルトグリム)に取り込まれてしまった“妖精の尻尾（フェアリーテイル）”の面々。その中でただ一人難を逃れたルーシィは、大切な星霊の鍵を壊すという最大の犠牲を払い、星霊王を召喚する！星霊王とマルド・ギールのバトルがド派手に始まり、と同時に、悲しみにうつむいたままのルーシィに襲いかかるジャッカルの爆撃！ルーシィはこの危機を乗り越えることができるのか!?

フェイスは止めた！空飛ぶ本部も落っこちた！“冥府の門（タルタロス）”壊滅に向け、一気呵成（いっきかせい）に攻めかかるフェアリーテイル。しかし、九鬼門は誰一人劣勢を意に介すことなく、その攻撃を撃ち返してくる。まだ…終わってはいない…？死を覚悟して一機のフェイスの起動を止めたウェンディとシャルルが知ったのは、すべてをふりだしに戻し、さらに状況を“二千倍”悪化させる衝撃の事実だった!!

大陸中の魔法を消滅させてしまう魔導パルス爆弾・フェイス。それは一機だけではなかった。今や大陸には確認されているだけでも二千機のフェイスが出現し、起動までのカウントダウンを進めている！絶望的な状況にあっても、前を向き明日をつかむための戦いを続けるナツたち。“剣咬の虎（セイバートゥース）”のスティング＆ローグも加わり、今も戦況は刻一刻と変化する。そんな中、シルバーと相対するグレイは、同じ氷の属性を持つシルバーに、自身の人生を変えるほどの告白を聞かされて……!?

シルバーの肉体はすでに亡くなっていたグレイの父のもの。その肉体を操っているのは、師匠・ウルがその生命をもって封印したはずの悪魔・デリオラ！父の身体と師の思い、グレイにとって最大級に大切なものが踏みにじられているこの状況。その上同じ属性を持つシルバーにグレイの魔法は効かないが、シルバーの“滅悪魔法”はグレイの身体を切り刻むことができる。絶望に絶望が重なる中で、グレイが見出した勝機とは!?

「アンタはデリオラじゃねえ…オレの…親父だろ…」ついにシルバーを打ち倒したグレイの口から絞り出された衝撃の真実！その問いに答えるように、シルバーは自分がここへとたどり着いた道のり、グレイと戦わなければいけなくなった悲しみの過去を語る。父と子といえど、今は「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」と「冥府の門（タルタロス）」。グレイは、実の父にとどめを刺すことができるのか…!?そんな中、突然ジュビアに届いたシルバーの声。そこで頼まれたある願いとは…!?

フランマルスから制御室の場所を聞き出したエルザたちは、魔導パルス爆弾・フェイスを止めるため、瓦礫となったプルトグリムの中を急ぐ！同じ頃ついにジュビアがキースを倒し、ナツとガジルの前に残ったのはトラフザーとテンペスター。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達はそれぞれ“雷炎竜”と“鉄影竜”にモードを切り替え、悪魔たちもエーテリアスフォームとなってそれに対抗する!!しかし、その後トラフザーの呪力により、ナツたちの周りには黒い液体が溢れだして…!?

トラフザーが作り出した冥界の黒い水の中で動けなくなってしまったナツ、ルーシィたち。体を鉄へと変化させて、悪魔の攻撃にかろうじて意識を保ち対抗するガジルだったが、このままでは呼吸がもたない。限界寸前のガジルのもとに、間一髪レビィの救いの手が届いた！さらにレビィの魔法のサポートも受けて、ガジルの反撃が始まる。今回の「冥府の門(タルタロス)」との戦いで、ある特別な思いを抱えていたガジル…。初めて明かされる、ガジルの胸に秘められていた悔恨とは…!!

力を使い果たしたガジルを襲うテンペスターの前に立ちはだかったのは…ラクサス！ 魔障粒子に侵された身体に鞭打ってテンペスターと戦うラクサスだったが、その気力もついに限界を迎える…。“家族”を背負って戦うラクサスが、最後にとった反撃の手段とは!? そして、さまざまな場所で同時に進行する「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の戦い。制御室にたどり着いたエルザたちの前にも、またもや敵が現れて!? 「フェイス計画」を阻止し大陸を守るため、戦いはいよいよ最終局面に突入する!!

全フェイス発動まで、残り３２分。発動を阻止するため、エルザは最後に残った九鬼門・キョウカと対峙する。互角以上の戦いを繰り広げるが、決着をつけるには至らない。一方、ナツたちも意識を取り戻し、最終局面に臨もうと意気込んでいた。そのとき、突如としてウェンディが昏倒。時を同じくして、辺りに轟音が響き渡る。聞く者すべてを震撼させたそれは、絶望のはじまりを告げる咆哮だった。

「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」と「冥府の門(タルタロス)」の激闘に呼び寄せられたかのように、突如として姿を現したアクノロギア。そのアクノロギアに立ち向かうべく、ナツがずっと探し続けていた火竜・イグニールが、突如眼前に現れた！ 二頭のドラゴンは上空で死闘に突入するが、気持の整理がつかないナツは、その争いに割って入る。口論の末、イグニールはナツに一つの依頼を出すのだった。「マルド・ギールの持つ本を奪え」と！イグニール vs.アクノロギア、ナツ vs.マルド・ギール。決着、近づく!!

フェイスと生体リンクを行い、エーテリアスフォームとなったキョウカ。これまで互角の戦いを続けていたエルザだったが、一秒ごとに魔力を増していくキョウカの前に、成すすべもなく倒れてしまう。痛覚を剥き出しにされ、五感すべてを奪われ、嘲笑され、罵倒され、それでもエルザは傷だらけになって立ち上がる。エルザの道を照らすもの――それは、仲間を想う、強い気持ち！

空中ではアクノロギアとイグニール、地上ではナツとマルド・ギールの戦いが続いていた。マルド・ギールに押されつつあったナツのもとに、「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜、スティングとローグが駆けつける！共闘する３人のドラゴンスレイヤーを前に、防戦を強いられるマルド・ギール。やがて、その顔から余裕が失せ、ひとつの表情が現れる。それはまぎれもない、怒りの形相――!!

フェイスを止めるために、ルーメン・イストワールを解き放つことを決心したマカロフ。一方、余裕を取り戻したマルド・ギールは、ナツたちに「ゼレフ書の悪魔」について語りはじめるのだった。ゼレフは何故悪魔を創造したのか、そして、彼らの最終目的・願いとは!? 明かされた、身勝手とも言える理屈に怒りを覚えつつも、攻勢へ転じることができないナツたち。しかしそこへ、絶大な“魔力”を手にした人物が現れて!?

ナツ＆グレイ vs.マルド・ギール、スティング＆ローグ vs. ジエンマ！「冥府の門(タルタロス)」との激闘は最終局面に突入する。悪魔に転生したかつてのマスターの前に、苦戦を強いられるスティングとローグ。しかし、今度こそ本当の意味で強いギルドになるため、「フェアリーテイル」のようになるため、２人は死力を振り絞る。その強い思いが届いた時、ナツとグレイによる、マルド・ギール・タルタロスへの反撃がはじまるのだった！

マルド・ギールの放った究極の呪法「メメント・モリ」によって、力尽きたかと思われたナツとグレイ。しかし、半身を悪魔の力で覆ったグレイが、わが身を盾にしてナツを守っていた。グレイの決死の想いを受け取ったナツが、ドランゴンフォースを纏って反撃に出る！ 圧倒的な攻撃を仕掛けるナツだったが、紅蓮鳳凰劍を喰らってなお、マルド・ギールは倒れない。しかし、そこに追撃の矢が！同時に、フェイス発動のカウントダウンがついに00:00を指し示し――!?

ついに発動してしまったフェイス！しかし、大陸を絶望に陥れるはずだったその兵器は、ドラゴンたちによって一掃されるのだった。勝利の喜びに沸く一同、しかしそこに水を差すようにアクノロギアが攻撃を再開。炎竜王イグニール vs. 闇の翼アクノロギアの、最後の激闘がはじまる。時を同じくして、ENDの書をめぐり対立するナツとグレイ。しかし、本は突然現れた男によって奪われてしまう。その男こそは、悪魔たちの生みの親、黒魔導士ゼレフ――!!

イグニールの命と引き換えに、片腕を失ったアクノロギアはいずこかへ姿を消し、長きにわたった激闘についに終止符が打たれた。同じく、グランディーネ、メタリカーナ、バイスロギア、スキアドラムにも永遠の別れの時が訪れる。悲しみの涙を流すナツの心に響いたのは、イグニールの最後の言葉だった……。多くの傷跡を残しながら「ひとつの時代」が終わり、新たなる物語が幕を開ける――！