フィオーレ一番のギルドを決める魔導士達の祭典『大魔闘演武』。その四日目の戦いでタッグバトルをナツが制し、フェアリーテイルはついに首位に躍り出る。その夜、チームの快進撃を祝い、ギルドのメンバー達は盛大な宴会を催していた。そんな祝勝ムードの彼らの元に、闘技場の地下で、あるモノを見つけたというガジルがやってくる。彼が発見したモノ、それはおびただしい竜の骨で埋め尽くされた『ドラゴンの墓場』だった。

竜の幽霊ジルコニスから、ドラゴンスレイヤーが生まれた理由を聞かされたナツ達は、その衝撃の事実に戦慄する。そこへ、王国を救う為のある計画を遂行するべく、王宮の騎士団長アルカディオスが接触。彼はナツ達をメルクリアス城に案内し、星霊魔道士であるルーシィに協力を願い出る。しかし、そのすぐ後ろには、アルカディオスの計画を快く思わない、王国の大臣ダートンと兵達が迫っていた。

ついに始まった大魔闘演武最終戦。そのバトル形式は、クロッカスの街を丸ごと舞台にしたチーム全員参加のサバイバルゲームであった。街の至るところで激戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達。目まぐるしく戦況が変化する中、フェアリーテイルチームは、何故か一歩も動こうとしない。果たして、彼らの真意は？一方、別働隊のナツ達は、囚われてしまったルーシィを救出するべく、再びメルクリアス城内へと向かう。

大魔闘演武の最終戦で、記憶の造形魔法を使うセイバートゥースの魔導道士・ルーファスと対決するグレイ。大会初日に彼に敗れた事もあり、グレイは何とかその雪辱を晴らそうと奮闘するが、またもや苦戦を強いられ、次第に追い込まれていってしまう。しかし、それでも彼の勝利を信じて見守るフェアリーテイルのメンバー達。果たしてこの圧倒的不利な状況のグレイに、打開する策はあるのか。

セイバートゥースのルーファスを相手に、辛くも勝ち星を上げるグレイ。勝利に沸き立つ、フェアリーテイルのメンバー達。一方、王宮メルクリアスの地下にある『奈落宮』へ落とされたナツ達は、出口を探しさ迷っていたところ、重傷を負ったアルカディオスを発見する。事情を聞こうとするナツ達だが、そこへ謎の集団が襲いかかる。それはフィオーレ王国に仇なす者を始末する、王国最強の処刑人『餓狼騎士団』だった。

奈落宮で餓狼騎士団と激闘を繰り広げるナツ達は、戦闘の最中、魔力のぶつかり合う衝撃でバラバラに弾き飛ばされてしまう。はぐれた後も、各所で戦いを続ける仲間達。その一角、ルーシィとユキノは騎士団の一人・ウオスケと戦うことになる。重力変化の魔法で二人を翻弄するウオスケ。一方、星霊を召喚する『星霊の鍵』が奪われている為、ルーシィとユキノはまともに戦う事が出来ない。果たして、彼女たちに反撃のチャンスはあるのか。

ウオスケの攻撃でマグマの中に落とされ、大ピンチのルーシィとユキノだったが、アルカディオスの決死の覚悟により、何とか溶岩の中から脱出する。しかし、二人を助け出したアルカディオスは力尽き、マグマに沈んでしまう。そんな絶体絶命の窮地を救ったのは、ルーシィの星霊であり、フェアリーテイルの仲間でもある『獅子宮の星霊レオ』だった。彼の助力で、星霊の鍵を取り戻したルーシィとユキノは、ついに反撃に出る。

餓狼騎士団との攻防もいよいよ大詰め。奈落宮の一角で、騎士団の一人カミカと戦うミラジェーン。多彩な効果を持つ紙を操る魔法で攻撃するカミカだったが、サタンソウルで悪魔の力を接収したミラジェーンには敵わない。同じ頃、各所で餓狼騎士団と激闘を繰り広げていたナツ達、他のメンバーも次々と敵を蹴散らしていく。仲間を想い、本気になったフェアリーテイル達には、王国最強の処刑人達も圧倒されてしまうのだった。

フィオーレ王国の影の処刑人・餓狼騎士団との闘いを制したナツ達は、奈落宮の出口と思しき扉へとたどり着く。しかし、いざ先へ進もうとすると、扉の向こう側から「マント姿の少女」が現れるのだった！ジェラールたちがかねてから追っていた「ゼレフに似た謎の魔力」を持つという少女の正体が、ついに明かされる！？一方、地上の大魔闘演武決勝戦では、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが激闘の火花を散らすが、そこへ乱入する人物が現れて！？

ミネルバの卑劣な策に巻き込まれたミリアーナ。彼女を救うべく、エルザとカグラは戦いを余儀なくされる。そのバトルで、仇であるジェラールに味方をするエルザに、憎しみの炎を燃やすカグラ。怨みを力に変えた彼女の前に、エルザは圧倒されてしまう。そして彼女の口から語られる、悲しい過去。それはエルザにとっても、辛い過去を思い起こさせる出来事だった。

カグラとの激闘を続けるエルザ。しかし、必殺の鎧換装の魔法もことごとく打ち砕かれ、なす術がない。だが、満身創痍になりながらも、それでもエルザは、自分を生かす為に死んでいったかつての仲間の為、そして自分の勝利を信じる今の仲間の為、決して勝負を諦めない。一方、未来から来たルーシィと出会ったナツ達は、彼女からフィオーレ王国全てを震撼させる、恐るべき事実を聞かされる。

大魔闘演武決勝戦も佳境。クロッカスの街の一角で、セイバートゥースのローグと対決するガジル。戦闘は、鉄竜の魔法を駆使するガジルがローグを圧倒していたが、その時、ローグに謎の声が届き、その声に導かれたローグが突然豹変。異質な影の力を宿し、突如ガジルを圧倒し始める。一方、奈落宮を脱出したナツ達は、仲間と合流するべく王宮の通路を駆け抜けていた。

大魔闘演武決勝戦で、黒い影に憑依された剣咬の虎（セイバートゥース）のローグはガジルを追い詰めていた。だがガジルは影の属性を自らも吸収し、反撃に転じる！　猛烈な勢いでローグを翻弄するガジルの影。型破りの戦いで、勝利を手にするのはどちらなのか････！？　王宮では、行く手を阻む王国軍兵士の魔法部隊と交戦していたナツたちの前に、またしてもあの強敵が立ちはだかっていた。悲惨な未来を変えようと奮闘するナツたちの想いと、罪人を決して許さない敵の理念がぶつかり合う！

大勢の敵に取り囲まれながら、ナツたちがなんとか突破口を開こうとしている頃、蛇姫の鱗(ラミアスケイル)のジュラとラクサスは、力の限りに激突していた。全身全霊のぶつかり合いに、胸の内が熱くたぎるのを感じる二人。エルザは己の怒りの全てをミネルバへの攻撃に込め、同様にクロッカスのあちこちでは、グレイやジュビア、ガジルたちも皆、最後の力を振り絞っていた。戦いの中で輝く若者たちの姿をメイビスが見つめる。そして今、ついに大魔闘演武････決着！！

大魔闘演武のフィナーレにクロッカスの街は盛り上がるが、ナツたちは未だ王宮の地下で餓狼騎士団に足止めを食らっていた。ところが、いきなり敵勢である王国軍兵士の「影」が動き出して････！？一方、ドラゴンの大群が国を襲うという予言を真実だと結論づけ、エクリプス計画の第2段階を宣言するヒスイに、地下から戻ったアルカディオスはある疑念を唱えた。時を同じくしてジェラールは、察知した謎の魔力の正体に気づき、誰もが見過ごしていた恐るべき事実に辿りつく！

影から姿を現したのは、未来のローグだった！ドラゴンに対抗する唯一の手段を今後ルーシィが邪魔する、という理由で、未来ローグは現在のルーシィを亡き者にしようとしていたのだ。未来ローグの攻撃を自ら身代わりとなって受けた未来ルーシィは、全てをナツに託して倒れた。自分たちのやり方で未来を守ると語るナツは、炎をまとい未来ローグの闇に立ち向かう！だが、地上ではヒスイの指示のもと、着々と「エクリプス・キャノン」の発射準備は進んでいて･･。重々しい音を立て、エクリプスの扉が、開く。

月蝕が支配する夜空の下、ついにエクリプスの扉が開いた！だが、ルーシィは扉を閉めなくてはならないと言い出し、扉に歩み寄っていく。襲い来る一万のドラゴンに対抗できる唯一の兵器だと未来ローグが語ったエクリプスの、真の姿とは････！？開いた扉の向こうに待っていたのは、誰もが予想だにしないものだった。現れた巨竜マザーグレアは大地を切り裂き、その咆哮が人々を絶望に陥れる。ナツは、そしてルーシィは、未来を守ることができるのか･･！？

未来ローグの策略も加わり、人類は４００年の過去からドラゴンの群れを招き寄せてしまった！操竜魔法でドラゴンを意のままに動かす未来ローグと戦うナツ。一方、グレイたち妖精の尻尾(フェアリーテイル)の仲間や他のギルドのメンバーは、街を破壊するドラゴンたちを止めるべく、それぞれに戦闘を開始していた。魔導士たちによる、人類の生き残りをかけた総力戦が始まる！そんな中、ジェラールの手引きで、評議院に捕えられていたある男が呼び寄せられ････。

ドラゴンの群れと魔導士たちの戦いが続く中、マザーグレアから大量の卵が街に降り注ぐ！卵から生まれた小型のドラゴンが魔導士たちにさらなる苦戦を強いるが、この時のためにドラゴンスレイヤーがいるのだというナツの言葉が、スティングたちに仲間を守る勇気を与えていた。そこに六魔将軍（オラシオンセイス）の毒の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・コブラも参戦！戦況が人類に有利になったかに見えたその時、以前ナツたちがドラゴンの墓場で出会ったジルコニスが、思わぬ攻撃に出て････！？

７人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）と７体の巨竜、さらに無数の小型ドラゴンや魔導士たちが入り乱れる戦場で、ルーシィは未来の自分が残したメモを発見、そこに記された内容に驚く。一方、炎のドラゴン・アトラスフレイムを利用してパワーアップしようとするナツ。抵抗するアトラスフレイムは、必死にしがみつくナツの中に炎竜王イグニールの存在を感じとって･･。果たして世界は、新たな竜の王となった未来ローグによって支配されてしまうのか･･！？

世界を元に戻す為とはいえ、罪のない“現代のローグ”を短絡的に殺そうと考えたウルティアは、自分の罪深さを知り一人愕然とする。その頃、ドラゴンとの局地戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達は、ドラゴンの圧倒的なパワーに苦戦しながらも何とか踏みとどまっていた。その一角、リオンとグレイ、ジュビアは、共闘して小型ドラゴンの一掃を試みる！しかし、死角から現れた小型ドラゴンにエネルギー弾を放たれて・・・！？

激戦虚しく、街のいたるところで魔導士の命が奪われていく。滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）達も苦戦を強いられ、徐々に絶望の色が濃くなる中、ナツとルーシィは、未来を守ることができるのか・・・！？一方ウルティアは、かつて悪魔の心臓（グリモアハート）のマスターハデスが使用を禁じた、時魔法・「ラストエイジス」について考えていた。それは、時間を戻す代わりに、術者に大きな代償を払わせる魔法だというが・・・・・・！？

エクリプスの扉を破壊すれば未来が変わる！？未来ルーシィの残したメモ帳から一筋の光明を見出したルーシィ達は、ありったけの魔力で扉を壊そうとする。一方、ドラゴン・マザーグレアの上では、ナツと未来ローグの激闘が続いていた。凶気によって、過去を絶望に変えることすら厭わない未来ローグに対し、ナツの怒りが爆発！アトラスフレイムの炎を纏い、ナツ渾身の一撃が、炎の弾丸となって炸裂するのだった！！人と人、竜と竜、人と竜との前代未聞の闘いが、いよいよ決着の時を迎える！！！

ドラゴンとの死闘から数日後、王宮では「大魔闘演武打ち上げパーティ」が開かれることに。招待された各ギルドの魔導士たちも各々着飾って参加し、宴は大いに盛り上がるのだった。そんな中、会場の一角では、セイバートゥースのスティングたちと、かつてのギルドメンバーであるユキノが鉢合わせ！気まずい雰囲気に、ユキノはその場を去ろうとするが！？さらにヒスイ姫は、エクリプス計画の責任を取る為、国王の御前に自ら進み出て！？

ジェラールとメルディは、姿を消したウルティアを探し街中を彷徨っていた。すると一人の老婆が現れ、ある女性から預かったという１通の手紙を差し出す。ウルティアからの手紙だとメルディは喜ぶが、そこには思いもかけない言葉が記されているのだった。一方、馬車でマグノリアへ帰るナツたち一行の中で、グレイは一人、浮かない顔をしていた。小型ドラゴンと戦った時の、予知のような不思議な感覚を忘れられずにいたのだ。しかもそれは、子供の頃に感じた、ある感覚にも通じるものがあって･･･！？

大魔闘演武で優勝し、マグノリアに凱旋帰京を果たしたフェアリーテイル一同は、街の人々から盛大な祝福を受け、嬉しい記念品の贈呈を受けるのだった。王国最強になったことで、その後ギルドには沢山の依頼が来てみんな大忙し。ナツ・ルーシィ・ハッピーは“モグラ退治”の仕事に出かけることにする。しかし、依頼先のドロマーズの村へ着いてみると、地面はドロドロの泥沼状態で、巨大モグラ(？)が現れる！グレイ、エルザ、ウェンディ、シャルルにも手伝ってもらいつつ、果たして“モグラ退治”は成功するのか！？

スティングがマスターとなった新生セイバートゥースに、フロッシュと買い物に出かけていたレクターが、大声を上げて戻ってきた。フロッシュが行方不明！？スティング・ローグ・ユキノは、レクターと共にフロッシュを探しに出る。途中、通りすがりのガジルやウェンディ達に聞き込みをしながら、ようやくフロッシュを発見！するとフロッシュは、自力でギルドに帰ろうとしていた。ローグの発案で、フロッシュの様子を影から見守ることにするのだが･･･？フロッシュ初めての単独行動は、珍道中で･･･！？

ギルドの地下酒場は、グレイとジュビアが依頼主から貰ってきたビリヤード台で盛り上がっていた。そこへやってきたエルザは、ビリヤードの球を見て、ある懐かしい記憶を思い起こす。それは、ルーシィがフェアリーテイルに加入する前のお話。とある街のビリヤード店に来たエルザは、フェアリーテイルの所属だと嘘をついて悪事を働く、「ムーランルージュ」という女盗賊のことを知る。ギルドの名を汚されて怒り心頭のエルザは、隣のスイーツ店にいたムーランルージュに即時対決を挑むのだが････!?

「エクリプスの扉」の件で力を貸してくれた星霊たちに、お礼をしようと考えたルーシィとユキノは、空が開けた見晴らしの良い『星の丘』にやって来た。「みんなのやってみたいと思っていることを実現させてあげよう！」と、ルーシィ達は黄道十二門の星霊を順番に呼び出していく。ナツとハッピーにも手伝ってもらって、星霊たちのおもてなしは順調!!･･･のはずが、彼らの願いは、思いもよらない個性豊かなものばかりで･･･!?

フィオーレ王国では、最近各地で異常気象や自然災害が続いており、それらが天体の異常によるものではないかと、星霊魔導士に原因調査の依頼を出した村があった。自分にぴったりの仕事だと張り切るルーシィは、ナツ・ハッピーと共に、依頼主の村へ向かう。しかし、到着してみるとそこに村はなく、いきなり巨大ウミウシが襲ってきた!!しかも、応戦しようとルーシィが黄道十二門の星霊を呼び出そうとしても、全く反応がない!?やっとのことで召喚できたホロロギウムに尋ねると、星霊界に大変なコトが起きていると告げるのだった!!

ルーシィ達の前に現れた、姿も性格も豹変し、過去の記憶もないという黄道十二門の星霊達。彼らは、「完全なる自由」を手に入れるための儀式・“リベラム”を行おうとしていた。その後、ユキノが持ち込んだ古文書によって、リベラムには“天球儀”が必要なことが分かり、ギルドの面々は、チームに分かれて情報収集に当たることに。しかしそんな中、ナツは勢い込んで、単身星霊界に乗り込んでしまう！一方、魔導図書館に着いたルーシィ達の前には、「おしおき」をしたがるバルゴが現れ、猛攻撃を仕掛けてくる!!

ルーシィ達は、リベラムという儀式で自由を手に入れた星霊達が、「12日間の命」となってしまうという驚愕の事実を知る。そこで、星霊達を守るため、儀式が行われるという“アストラル・スピリタス”の場所を探す旅に出た一同は、道中ヒスイ姫とアルカディオスに偶然出会うのだった。星霊の異変は自分のせいだと言うヒスイは、なんと彼らを「強制閉門」できる鍵を持っていた!!これで戦わずに星霊を星霊界に送り返すことができる！と喜ぶルーシィ達。しかし、そこへユキノの星霊・ピスケスが現れ、鍵を奪ってしまい…!?

亜空間・「アストラル・スピリタス」では、黄道十二門の日蝕星霊たちが儀式･「リベラム」を行おうとしていた。ルーシィたちも、ようやくアストラル・スピリタスへたどり着き、「儀式が成功しても、与えられる自由は12日間だけ」という事実を彼らに伝える。後を追って来たエルザらも加わり、儀式を中断させることには成功するが、レオたちは、各星霊の宮へと繋がる12の門の中へ、それぞれ姿を消すのだった。そこでナツたちは、「強制閉門」の鍵を手に、それぞれの日蝕星霊たちの元へ向かう!!

「強制閉門」をするため、日蝕星霊を追うフェアリーテイルメンバー。ナツはレオのいる獅子宮の世界、ルーシィはバルゴのいる処女宮の世界へ。そんな中、宝瓶宮の世界に向かったウェンディとシャルルは、遊園地のような建造物に驚いていると、「あそぼー！」と言って無邪気に攻撃を仕掛けてくる子供姿のアクエリアスに遭遇！ しかも、言葉とはうらはらにアクエリアスの攻撃は圧倒的なパワーで、ウェンディたちはあっという間にピンチになってしまい･･･!?

双魚宮の世界でピスケスと戦うミラジェーン。日蝕星霊となり水の弱点を克服したピスケス母子との、水中バトルが繰り広げられる!! 一方、磨羯宮の世界で行われていたのは…カプリコーンとレビィによる、クイズ番組形式の「カルトクイズバトル」だった!! そして、天蠍宮の世界で行われていたのは、スコーピオンとカナによる「カードバトル」！ スコーピオンは日蝕星霊、カナはフェアリーテイルの仲間たちをフィールドに召喚できるカードを使い、強制閉門をかけたバトルがスタートする!

日蝕星霊との局地戦はますます白熱していく。磨羯宮でクイズ対決を繰り広げるレビィとカプリコーンは大接戦。勝負を決める最終問題は、レビィも驚く珍問が出題される！ 処女宮にいるルーシィは、一旦建物の外に出て、形勢を立て直そうとするのだが･･･。

そして、一面砂漠の白羊宮の世界では、体中の水分を奪われ絶不調のジュビアの元に、魔導四輪に乗ったアリエスが襲いかかる！！ さらに、レオを探すナツやウェンディの前に、突如不審な人物が現れて･･･！？

双児宮の世界では、ジェミニに捕らわれたガジルとリリーがリスの姿に変えられてしまっていた！ リリーのサポートを得て、ガジルは小屋からの脱出を図るが･･･。同じ頃、人馬宮の世界では、エルザとサジタリウスによる流鏑馬の３本勝負が始まっていた。エルザも換装を駆使してサジタリウスに応戦。しかし、地中の障害物を上手く察知することができずに苦戦してしまう。さらに、レオを追っていたナツたちの前に現れた、黄道十二門十三番目の星霊・オフィウクスが、恐るべき真の姿を見せる！！

日蝕星霊の強制閉門に成功したエルザ達は、新たに現れたダンジョンで合流することができた。未だ戻らない仲間を心配していたところ、つい先程まではなかったはずの扉が、ダンジョンの中に現れる！一方、処女宮ではルーシィとバルゴ、天秤宮ではユキノとライブラの対決が続いていた。そして、蛇遣い座・オフィウクスによって真の姿を現したアストラル・スピリタスでは、自由になるための儀式・リベラムを再び行おうとするレオと、阻止するナツの激闘が始まる！！

ルーシィとユキノは、それぞれ処女宮と天秤宮で苦戦を強いられていた。また、ナツの勝利でレオの強制閉門を果たしたにもかかわらず、なぜか儀式・リベラムは止まらない！バトルのダメージでナツは高熱でフラフラになりながらも、オフィウクスに立ち向かう！！そんな中、ハッピーの機転でオフィウクスに攻撃を仕掛けると、アストラル・スピリタスに異変が起こり･･･！？一方、ナツ達の元へ駆けつけたヒスイは、オフィウクスの企てる真の目的に気付く！！

黄道十二門の日蝕星霊たち全員の強制閉門を果たしたナツたち。しかし、リベラムは止まらず、ついに蛇遣い座・オフィウクスの真の目的が明らかになる！さらにナツは、オフィウクスの笛の音・“死の舞踏”により、体の自由を奪われ攻撃すらままならないピンチに陥ってしまう！！一方、ダンジョン内のエルザたちは、古文書に記されていた“トリニタス”という言葉の意味に気付き、連携した破壊活動を始める。そして、ルーシィ、ユキノ、ヒスイは、天球儀を壊すべく、古の超魔法『ゴットフリート』の発動を試みるのだった！?

リベラムの赤い光が止まった!!これでやっと星霊たちを救えると、安堵するルーシィたち。しかし、金の鍵は未だ何の反応も示さない。アストラル・スピリタスが崩壊し始めたため、一同がとりあえずの脱出を図ろうとしていたところ、突然地の底から響くような激しい雄叫びが耳をつんざく。リベラムの阻止が間に合わなかったのだ！助けを求めて来たホロロギウムに導かれ、ナツたちは覚悟を決めて星霊界へ。到着した一同が目にしたのは、荒廃し強風吹きすさぶ世界。そして、雄叫びの主は、星霊獣と化した日蝕星霊王だった!!

星霊獣に外側から攻撃を続けるエルザたち。一方、勢いを付けて星霊獣の体内へ飛び込んだナツとハッピーは、ロキの匂いを追って先を急ぐが、辺りは混沌とした暗闇で、隕石の攻撃も受けて苦戦を余儀なくされてしまう。しかし、遂にナツたちは、星霊獣の体の中心にたどり着き、今回の危機の起因ともなる恐るべき現象を目の当たりにするのだった！星霊界は、星霊獣によって最早崩壊寸前。絶体絶命の瞬間に試される、仲間との絆！ ナツやルーシィたちは、星霊たちを救うことができるのか！？日蝕星霊編、いよいよ完結。

フェアリーテイルに平和な日常が戻って来た。アルザックとビスカに頼まれ、彼らの一人娘・アスカを１日預かることになったナツ。ジュースを奢ったりして面倒見の良いナツ…のはずが、射的ゲームでアスカに負けて、彼女の頼みを１日何でも聞いてあげることになってしまう！「仕事がしたい」というアスカの願いに応えるため、ナツ・ルーシィ・ハッピーは、アスカと共にギルドの依頼をこなすことに…。一方、ケーキを食べたいアスカのために、エルザやウェンディが一役買った末、何故か「フィオーレ一」のケーキ作りが始まってしまう。

朝から上機嫌でシャワーを浴びるジュビア。なぜなら今日は、ジュビアがグレイと出会って「413日目の記念日」だから！記念日なら贈り物をしてはどうか、というエルザの提案で、ジュビアは早速プレゼント選びを始める。しかし、グレイが喜びそうなものが何かを、ギルドの仲間たちに相談しても、ジュビアに返ってくる答えはどれも個性的なものばかり･･･。気付けば、外は今にも雪が降りそうな空模様。紆余曲折を経て用意したプレゼントを、ジュビアはグレイに渡そうと頑張るのだが･･･！？

料理を美味しくしたり、万能薬にもなるという魔法の氷・ハコベアイスを見つけて取ってくる依頼を請けたナツ・ルーシィ・ハッピーは、極寒のハコベ山へやってきた。簡単な仕事だから楽勝！と、張り切るルーシィだったが、急な雪崩と猛吹雪で３人は身動きが取れなくなってしまう！！しかも、偶然見つけた洞窟に入って吹雪が止むのを待とうとするが、なんとそこは、世にも恐ろしい「生きた洞窟」で、３人はいとも簡単に閉じ込められてしまい･･･！？

たくさんの依頼をこなすために、もっといろんな魔法を覚えたいと考えたルーシィは、ミラジェーンに頼んで「変身魔法」を教えてもらうことに。興味を持ったナツとハッピーも、ルーシィと一緒に変身魔法のお勉強。そして、彼らから少し離れたところにも、変身魔法を隠れて練習する人たちがいた･･･。一方その頃、エルザ・ウェンディ・エバーグリーン、そして何故かガジルとパンサーリリーは、街のとある洋服店でショッピングをしていた。エルザとガジル、リリーは、その店である「スーツ」に目が留まり･･･！？

ある日空から大きな卵が降ってきた！ナツの顔面に直撃した卵･･･孵化させてみると、なんと黒い謎の生き物が誕生した。ナツはそれに「ケモケモ」と名付けて、新しい家族として可愛がる。同じ頃、魔法評議院の計らいで、大魔闘演武上位６ギルド間での交換留学制度が始まる事に。ナツは、ケモケモを知っている人を探すため、いつものメンバーと共に留学先のギルドへ向かう。しかし、お騒がせのナツたちが行く先々では、当然のように（？）珍騒動が発生！しかもケモケモは、その間どんどん体が大きくなっていき･･･！？

セイバートゥースと共に謎の島を探索することになったナツたち。上陸し分散して探索を始めると、突如海の魔物・シーサーペントが襲来、一同は早々にピンチに陥ってしまう!!

フェアリーテイルのリクエストボードに掲出されている依頼書、それはラクサスを指名するものだった。ラクサスは雷神衆と共に雷被害に悩まされている依頼先の町へ向かうが…。

フェアリーテイルのあるマグノリアの街に、世にも恐ろしい魔の手が…!!街の片隅から始まった、突然に訪れた恐怖とは…!?