Fairy Tail celebra sus anteriores victorias comportándose como de costumbre. Mientras en Sabertooth el maestro Gemma reprende a los dragones gemelos, en un momento de ira mata a Lector lo que enfurece a Sting quien ataca a su maestro. Jellal se encuentra con la persona encapuchada, Gajeel aparece para mostrar a Natsu y Wendy el subterraneo en donde encontró un cementerio de dragones. Wendy usa Vía Láctea para invocar el alma de un dragón que les cuenta el origen de los Dragon Slayer. Charle tiene una visión de la ciudad en ruina siendo destruida por dragones.

Natsu y su grupo hablan con Arcadios y Yukino acerca de sus objetivos con el portal Eclipse, sin embargo el ministro de defensa interviene pues no está de acuerdo con el proyecto en el cual necesitaban de Lucy y Yukino, por tal causa son arrestadas. Ante ésto los miembros de Fairy Tail deciden mandar un equipo representante en el día final del torneo y un equipo que rescate a Lucy, formando una batalla en dos frentes.

Comienza el evento final del torneo, los gremios participantes compiten en una batalla de supervivencia, en donde el equipo de Fairy Tail es movilizado gracias a las estrategias de la primer maestra del gremio Mavis, mientras el equipo de rescate llega a salvar a Lucy y a Yukino, sin embargo el grupo es enviado por la princesa de Fiore, Hisui, a un lugar subterráneo conocido como El Palacio del Infierno.

Gray es dirigido por Mavis en dirección al oponente que tanto deseaba enfrentarse, Rufus de Sabertooth, con quien tendrá un reñido duelo basado en magia de creación, ¿podrá el poder de los sentimientos superar a los cálculos?.

Mientras el torneo sigue su curso, el equipo de rescate de Lucy sigue buscando una salida del Palacio del Infierno, en ese lugar se encuentran con el comandante Arcadios quien había sido atacado por un grupo de ejecutores conocidos como los Caballeros Garou, un grupo independiente que trabaja para el reino desde las sombras y con quienes Natsu, Lucy, Mirajane, Wendy, Yukino y el resto del grupo deberán enfrentarse para encontrar una salida.

La batalla del equipo de rescate contra los Caballeros Garou continúa, aunque por obra de Cosmos son separados, quedando cada uno con un oponente para batalla; Natsu vs. Kama, Wendy vs. Cosmos, Mirajane vs. Kamika, Pantherlily vs. Neppa, Lucy, Yukino, Arcadios, Happy y Charle vs. Uosuke, ¿cuál será el rumbo de éstos ahora que han sido separados?.

La Batalla contra los Caballeros Garou continúa, es el turno de Lucy y Yukino, quienes recuperan sus llaves gracias a Loke, con ésto la batalla de Lucy, Yukino y sus espíritus contra Uosuke de los Caballeros Garou da inicio.

Continúa la batalla del equipo de rescate contra los Caballeros Garou en el Palacio del Infierno, pero ésta vez poniendo fin a las batallas ¿Podrán Natsu, Lucy, Mirajane, Wendy, Yukino y Pantherlily derrotar a Kama, Uosuke, Kamika, Cosmos y Neppa?.

El equipo de rescate encuentra la salida del Palacio del Infierno, sin embargo se ven envueltos en un suceso al encontrarse con alguien en la puerta, quien les habla sobre el futuro que les espera, el torneo continúa mientras dan inicio las fuertes y complicadas batallas, Erza, la maga más fuerte de Fairy Tail se enfrenta a las otras dos magas más fuertes de la competición, Kagura de Mermaid Heel y Minerva de Sabertooth, dando una fiera batalla triple entre un Hada, una Sirena y una Tigresa.

El equipo de rescate se ha encontrado con una Lucy, la cual dice venir del futuro, mientras en el torneo continúan los encuentros para los enfrentamientos, ésta vez es el turno de Laxus y Orga para mostrar la fuerza de sus rayos, Rogue dando inicio a su anhelada batalla contra Gajeel, mientras Erza continúa en su enfrentamiento con Kagura y Minerva, sin embargo la maga de Sabertooth decide retirarse de la batalla dejando el duelo entre Erza y Kagura.

Continúa la batalla entre Erza y Kagura, Kagura logra recordar un poco más acerca de su pasado y Minerva regresa al escenario de batalla, mientras el Equipo de Rescate se encuentra junto a Lucy del Futuro, quien despierta y les habla acerca del trágico futuro que se apresura a Fiore.

Mientras Lucy del Futuro continúa relatando acerca del futuro que se aproximaba, Arcadios tiene algunas dudas sobre ella, mientras en las batallas del torneo es el turno de Gajeel, quién se enfrenta a Rogue de Sabertooth quien es poseído por una sombra que le habla y ordena que mate a su oponente, lo que preocupa a Frosch, amigo y compañero del mago de Sabertooth.

El enfrentamiento entre Gajeel y Rogue de Sabertooth continúa, esta vez para decidir al ganador de la batalla de las sombras, por otro lado de la ciudad Juvia y Gray continúan su enfrentamiento contra Lyon y Chelia, mientras Minerva se divierte un momento con Erza, el Equipo de Rescate y Lucy del Futuro se enfrentan al Ejército Real, y al mismo tiempo vuelven a ser atacados por Los Caballeros Garou, y en el torneo comienza la verdadera batalla entre Laxus, Orga de Sabertooth y Jura de Lamia Scale.

Es momento de mostrar quién es el gremio más fuerte; Fairy Tail, Sabertooth o Lamia Scale, los gremios que se disputan la Gloria, las batallas finales del torneo están por culminar.

Fairy Tail ha ganado el torneo, el Equipo de Fairy Tail se pregunta el motivo por el que Natsu no ha lanzado la señal de operación exitosa, en Mercurius el Equipo de Rescate intenta abrirse camino mientras luchan con el ejército de Fiore, todo para dar aviso acerca del destino que Lucy del Futuro les había contado, un sujeto extraño aparece y está dispuesto a matar a Lucy, ¿cuál es la razón?.

Luego de que Lucy del futuro haya sido asesinada por Rogue del Futuro, Lucy escapa de Mercurius junto a Wendy, Loke y los Exceed, el rey de Fiore informa a los gremios sobre la destrucción que se avecina y sobre el Plan Eclipse, y pide a todos ellos que unan sus fuerzas para combatir a los dragones, mientras que fuera del castillo comienzan a abrirse las puertas de Eclipse, dentro de el se lleva a cabo una fiera batalla entre Natsu y Rogue del Futuro.

Lucy intenta cerrar las puertas de Eclipse, Hisui intenta detenerla, pero pronto todos se dan cuenta que el hacer caso a Lucy era necesario, pues los dragones comienzan a pasar a través de Eclipse, así comienza la batalla entre humanos y dragones

Luego de la salida de los dragones a través del Portal Eclipse, los magos de los gremios entablan una batalla contra ellos, Fairy Tail, Sabertooth, Blue Pegasus, Mermaid Heels y Lamia Scale hacen su intento por derrotarlos, mientras Natsu continúa su batalla contra Rogue del Futuro y el dragón Motherglare, ante el ataque de 7 dragones la única salida posible es el contraataque de 7 Dragon Slayer.

Habiendo 7 dragones y 7 Dragon Slayer, la situación de batalla cambia y son los Dragon Slayer quienes se enfrentan a ellos, Motherglare, uno de los dragones pone algunos huevos, de donde salen otros dragones pequeños, de los cuales el resto de los magos deben enfrentar, mientras Zirconis da una prueba de su magia, la cual hace a los humanos perder la dignidad.

La batalla entre magos y dragones continúa más viva que nunca. Por su parte, Natsu ha conseguido aliarse con Atlas Flame, al conocer éste último que el padre del Dragon Slayer es Igneel. Con la nueva alianza, Natsu vuelve a ir a por Rogue del futuro con la esperanza de derrotarlo de una vez por todas. Mientras tanto, Ultear descubre la ubicación de Rogue del presente y se pregunta si debe matarlo o no para salvar el futuro.

La lucha que involucra humanos y dragones continúa, mientras algunos continúan en batalla, luchando por seguir con su vida, existe alguien que cree que sigue siendo una terrible pecadora y que no merece vivir pues no ha cambiado sus malos aspectos, y por otros rumbos, la guerra se llena de malos momentos y tragedias inevitables.

Ante la inesperada muerte de Gray y varios otros magos, para algunos parece no haber esperanza de victoria en la lucha contra los dragones. Mientras la lucha continúa, Lucy sigue abriéndose camino para informar lo que ha encontrado en la libreta de su contraparte futura, y Ultear continúa lamentando su acciones y su existencia, lo que le hace tomar una decisión que le hará pagar un alto precio.

Al darse cuenta que si Eclipse es destruida todo regresará a la normalidad, Lucy y Yukino intentan destruir el portal sin mucho éxito, sin embargo la solución llega luego de muchos esfuerzos, la batalla contra los dragones da fin, y es momento de que cada ser que altera el presente, regrese a su respectivo tiempo.

Algunos días después del final de la guerra entre el presente y el pasado, el Rey invita a los magos a un banquete dentro del castillo, los gremios que competían y luchaban unos contra otros durante el torneo, ahora conviven y disfrutan del momento que se les ha regalado, sin embargo Natsu no aparece y nadie parece saber en dónde se encuentra. Hisui decide aceptar su castigo por haber tomado la decisión equivocada de abrir eclipse, por lo que su padre decide darle un castigo un poco fuera de lo común.

Los magos del torneo regresan a su hogar, entre ellos los integrantes del equipo de Natsu, mientras ellos alistan y realizan su viaje de retorno, en otros lugares se hacen algunas revelaciones, tales como la futura apertura de las puertas del infierno, en otros lugares, la gente anda por Crocus, tal como lo hace una anciana que ha aparecido de pronto, y en otros lugares, alguna gente se pregunta ¿En dónde está Ultear?, tal como lo hacen Jellal y Meredy.

Fairy Tail ha regresado a casa, Magnolia se muestra orgulloso, el orgullo es tan grande que tienen para ellos, un enorme presente. Natsu y Lucy deciden tomar una misión que aparenta ser fácil, pero resulta ser un poco complicada. En otra parte, Mavis, primer maestra de Fairy Tail sostiene una confrontación, con aquel conocido como "El Mago Oscuro".

Sabertooth también ha regresado a casa luego del torneo, el ambiente oscuro que se tenía con la presencia de Jiemma y Minerva ha desaparecido, el gremio ahora es más unido y alegre con su nuevo maestro Sting, quien junto a sus compañeros Lector Rogue y Yukino, buscan a Frosch, que se ha perdido en la ciudad, y no sabe regresar a casa, ellos lo vigilan y cuidan, mientras el pequeño Exceed intenta regresar a su gremio, junto a su preciado amigo Rogue.

Gray y Juvia han sido premiados por un cliente muy agradecido luego de haber cumplido una misión, el regalo que él les ha dado es una mesa de billar, lo que emociona a muchas personas dentro del gremio, y a otras les trae recuerdos, como a Erza, quien luego de ver el asunto de la mesa de billar comienza a recordar un poco sobre años atrás, en donde por ciertas circunstancias, aprendió a jugarlo, circunstancias en donde conoció a una chica conocida como "Moulin Rouge", quien tendría más tarde un espacio en la vida de Erza y de Fairy Tail.

Como agradecimiento por haber participado en el cierre de Eclipse posterior a los Grandes Juegos Mágicos, Lucy y Yukino deciden recibir a sus espíritus y complacerles en algún deseo que tengan, ésto junto a Natsu y Happy, sin embargo Lucy no espera lo agotador que puede ser lidiar con todos los espíritus, especialmente por las diferentes actitudes que cada uno de ellos posee.

El Clima de muchas partes se encuentra un tanto extraño, nieve en el desierto, calor en épocas de frío, y demás sucesos pasan, todos los miembros de Fairy Tail deciden ir a alguna misión, Natsu, Lucy y Happy eligen no quedarse atrás, y toman una misión un tanto extraña, en donde Lucy nota que no logra invocar a ningún espíritu de las llaves doradas, además de tener que enfrentarse repentinamente a enemigos con los que nunca esperaron llevar una batalla.

Después de los sucesos ocurridos con los Espíritus del Zodiaco, los magos de Fairy Tail junto a Yukino deciden investigar más acerca del por qué podrá estar ocurriendo todo lo sucedido, por lo cual deciden dividirse en equipos, sin embargo Natsu se separa del gurpo para viajar al mundo celestial y llevar una batalla contra uno de los espíritus, mientras Lucy, Yukino y Levy se dirigen a la biblioteca mágica para comenzar su investigación, sin imaginar los problemas a los que ahí se enfrentaran.

Hisui y Arcadios salen en búsqueda de Fairy Tail, para explicar un poco acerca de la situación que ocurría tanto en el mundo real, como en el Mundo Celestial, sin embargo deberán a enfrentarse a un rival, o mejor dicho, dos rivales pertenecientes a los 12 Espíritus del Zodiaco.

Los Espíritus del Zodiaco han comenzado Liberum, el ritual que les otorgaría la libertad que tanto buscaban incluso a consecuencia de su muerte, sin embargo son detenidos por los magos de Fairy Tail, con quienes deberán enfrentarse para decidir el futuro del Liberum.

Las batallas de los magos contra los espíritus celestiales continúan, Lucy lucha contra Virgo, Kana contra Escorpio, Mirajane contra Piscis y Natsu contra Leo, mientras en el escenario del parque de diversiones se lleva a cabo otra batalla, Wendy y Aquario se enfrentan en una divertida y peligrosa batalla de niñas pequeñas.

Los magos siguen en duelo contra sus respectivos contrincantes, Levy se enfrenta a Capricornio en un duelo de conocimientos, mientras Mirajane lucha y logra derrotar a Piscis, Lucy sigue corriendo gran peligro con la sádica Virgo, y Kana se enfrenta a Escorpio en un duelo de cartas, en donde ambos deberán poner sus reglas y usar su mejor estrategia utilizando un mazo de sus respectivos compañeros en el enfrentamiento.

Luego de una serie de preguntas, Levy logra derrotar a Capricornio, mientras que al mismo tiempo, Lucy se enfrenta a Virgo tal como se enfrenta Yukino con Lbra, en un extraño lugar, al cual han llegado Natsu, Happy, Wendy y Charle aparece una extraña mujer que dice ser el espíritu de la décimo tercera puerta, y Juvia finalmente se encuentra con Aries, a quien deberá derrotar aún con el cansancio que le produce el calor del mundo desértico del Espíritu Celestial.

Continuando con los enfrentamientos contra los espíritus celestiales, es el turno de Gajeel y Lily de buscar una salida ante la situación que se encuentran con los gemelos Gemini, Hisui y Arcadios observan las batallas mientras continúan en dentro de la treceava puerta, Lucy aún sigue junto a Virgo, Yukino junto a Libra, mientras Erza se enfrenta Sagitario en tres purebas dentro del escenario de papel maché del espíritu celestial, y al mismo tiempo, Natsu, Wendy, Happy y Charle se enfrentan al domador de la serpiente, Ophiuchus.

Los magos que han cerrado las puertas de sus rivales se reúnen nuevamente, la tensión durante los enfrentamientos contra los espíritus no se detiene, Leo junto a Ophiuchus vuelve a realizar el Liberum, sin problema alguno para afectar los espíritus cuyas puertas ya fueron cerradas, así como a Virgo y Libra, quienes continúan luchando contra Lucy y Yukino respectivamente, Natsu, Wendy, Happy y Charle inician sus intentos por detener el ritual, y para lograrlo, Natsu deberá enfrentarse nuevamente a Leo, y su deseo por conseguir la libertad completa.

La Magia Oscura de Leo que ha adquirido Natsu comienza a afectarle, Lucy y Yukino se enfrentan a Virgo y Libra, ésta vez para culminar con la batalla, el combate contra La Domadora de Serpientes, Ophiuchus inicia, aunque parece ser realmente complicado y la situación se modifica nuevamente debido a revelaciones del espíritu de la décimo tercera puerta.

Al darse cuenta de que con el fin de detener Liberum Versus deben destruir cuerpo de Ophiuchus, Erza y los otros atacan a la bestia de diferentes lugares. Mientras tanto, Happy y Natsu toman vuelo para participar en la batalla principal contra el cuerpo de Ophiuchus. Lucy, Yukino y Hisui activan Gottfried, un hechizo capaz de destruir el Astrolabio, que está transmitiendo energía al Rey Espíritu Celestial.

La batalla contra la domadora de serpientes llega a su fin, el grupo que ha ido a Astral Spyritus decide viajar al Mundo Celestial para enfrentar a la raíz de todos los problemas, el Rey Espíritu Celestial.

Lucy, Gray, Erza y Gajeel contiúan luchando contra el Rey Espíritu Celestial en el Mundo Celestial, mientras Natsu ataca desde el interior del Espíritu, en dicho interior Natsu hace todo lo posible por detener de una vez por todas el desastre causado en cuanto a los Espíritus del Zodiaco, y llegando por fin a la parte culminante de la batalla.

Bisca y Alzack salen de misión, por lo que deciden encargar a su hija Asuka con Natsu, quien al perder un juego promete que hará todo lo que la niña le pida, Lucy y Happy se unen al cuidado de Asuka, que además deberán trabajar en pequeñas misiones para ayudar a la pequeña a conseguir dinero para poder comprar un objeto que es muy preciado para sus padres.

Es un día especial para Juvia, es el día número 413 desde que conoció a Gray, lo cual la tiene muy contenta, aconsejada por Erza, Juvia decide hacer un regalo para Gray, por lo cual ella buscará qué regalarle, sin saber que ese día es también una fecha importante para su amado.

Natsu, Lucy y Happy salen a una misión, en la cual habían aceptado conseguir cierto hielo de la montaña Hakobe para una fabrica de hielo, cuentan que dicho hielo no se derrite y no puede ser cortado con un arma afilada normal además de tener usos cosméticos, alimenticios y curativos, en la búsqueda de dicho hielo, Lucy, Natsu y Happy quedan atrapados en una cueva con vida, de la que se dice nadie logra salir.

Debido a los problemas que le causa a Lucy el quedar sin sus llaves a la hora de una batalla o misión, ella decide aprender la magia de Transformación, por lo que decide pedir lecciones a Mirajane, no sin que Natsu y Happy se entrometan en el asunto y decidan aprender también dicha magia, al igual que Macao y Wakaba aunque éstos a escondidas, por otro Lado, Wendy, Evergreen, Gajeel, Lily y Erza deciden salir a comprar algo de ropa en una tienda, de la cual saldrá una "heroína" que se hace llamar "Fairy Woman" y busca la manera de combatir el mal.

Un día en que Natsu y Lucy deciden salir de misión, les ocurre un suceso algo extraño, luego de ver una gran sombra negra pasar sobre ello, un huevo cae en la cara de Natsu, él decide cuidar dicho huevo hasta que nazca lo que haya dentro de él, hasta que un buen día nace una misteriosa criatura a la que decide cuidar y llamar "Kemokemo", tratando de investigar cómo es que debe cuidar a su nuevo amigo, Natsu decide ir junto a Lucy, Gray, Erza y Happy a un intercambio que ha organizado el Consejo Mágico, por lo que visitan a sus amigos de Lamia Scale, Blue Pegasus, Mermaid Heels y Quatro Cerberus, aunque sólo causan desastres, por otro lado, al encontrarse con Sting y Rogue, ellos hablan a los magos de Fairy Tail sobre una misteriosa isla que apareció en medio del mar.

El equipo de Natsu, junto a Sting, Rogue y los Exceed de Sabertooth deciden aceptar la propuesta del consejo de investigar la misteriosa isla aparecida en el mar, donde en un determinado momento se ven en los apuros de luchar contra una serpiente marina, además de enfrentar problemas de un cierto envenenamiento, en medio de la batalla Lucy, Natsu, Happy y Kemokemo quedan atrapados en unas ruinas, en donde harán un gran descubrimiento.

En la pizarra de solicitudes hay únicamente una de ellas, la cual pide la ayuda específicamente de Laxus, él junto a Freed, Evergreen y Bickslow deciden tomar la petición, en donde debían ayudar a una ciudad donde caían montones de rayos a diario, dicha solicitud es enviada por el alcalde de la ciudad, quien al parecer oculta algunos misterios.

El día de la apertura de otro restaurante de Yajima, Lucy, Erza, Juvia, Wendy y Levy deciden trabajar como meseras, mientras ellas trabajan, en Magnolia también ocurre otro espeluznante suceso, la gente de la ciudad entra en pánico, pues por extraños motivos su rostro cambia cuando son olfateados por otras personas que ya han adquirido el rostro que causa terror entre todos en Magnolia, el rostro de Ichiya.