El maestro Makarov informa que se acerca el examen de clasificación S, nombra a sus 8 concursantes y explica la reglas; se decide que cada concursante vaya con otro mago como apoyo, mientras Charles tiene una visión de la competencia con los magos sufriendo. Las parejas son: Natsu y Happy, Gray y Leo/Loki, Cana y Lucy, Levy y Gajeel, Jubia y Lissana, Wendy y Mest, Elfman y Evergreen y por último Freed y Bixlow.

Los Equipos van en barco a la isla Tenroujima en la que se llevara a cabo la prueba, el maestro makarov les informa que la primera prueba tratará de atravesar 8 caminos, 1 para cada equipo, en los que deberán luchar entre ellos o contra los magos de clase S. Lucy y Cana derrotan a Freed y Bixlow, y Natsu quien se encontraba buscando a Erza, se encuentra cara a cara con Gildarts.

Jubia y Lissana están peleando contra Erza, mientras que Elfman y Evergreen se enfrentan a Mirajane convertida en demonio. Paralelamente Natsu se enfrenta fieramente a Guildarts pero es vencido por el extremo poder mágico de este, sin embargo logra superar su prueba.

Pantherlily y Charles llegan a la isla Tenrou, debido a que estaban preocupados por Wendy y los recuerdos que tenían de Mest, mientras tanto, en su ruta, Wendy y Mest son derrotados por Gray y Loki, quienes logran superar la prueba, paralelamente Elfan y Evergreen usando una gran estrategia superan a Mirajane, obteniéndose así los 5 grupos clasificados: Alma de HierroNatsu y Happy, Lucy y Cana, Gray y Loki, Gajeel y Levy y Elfman y Evergreen. El maestro Makarov les informa que la siguiente prueba consiste en encontrar la tumba de Mavis, el fundador de Fairy Tail; en la búsqueda, Elfman y Evergreen se encuentran con el joven de cabello negro que los ataca, siendo salvados por Natsu.

Se revela que el joven de cabello negro es en realidad Zeref, el mago oscuro más poderoso de la historia, y se presenta al gremio oscuro más poderoso Grimoire Heart, quienes se encuentran buscando el despertar de Zeref; mientras tanto, en la isla Tenrou aparecen Yomazu y Kawazu. Miembros de Grimoire Heart, quienes intentan matar a Levy pero son detenidos por Gajeel.

Gajeel le ordena a Levy que huya e informe a los demás del ataque de Grimoire Heart, Levy se va, dejando a Gajeel un trozo de hierro con su escritura mágica, gracias a lo que Gajeel es capaz de vencer a Kawazu y Yomazu con su técnica más poderosa: Arte Secreto del Cazadragones, Demonio de Karma: Espada del Dios de Hierro. Posteriormente Mest y Wendy son encontrados por Charle y Lily, éste último ataca a Mest y le exige que revele su identidad real.

Se descubre que Mest es en realidad un miembro del consejo de magia infiltrado en Fairy Tail para destruirlo; en eso los ataca Azuma, miembro de Grimoire Heart, derrotándolos fácilmente. Paralelamente, llega Grimoire Heart a la Isla Tenrou en su nave, siendo atacados por Makarov, quien activa la Fairy Law para terminar con los invasores, pero al ver al líder de Grimoire Heart se detiene, ya que este era en el pasado el 2do Maestro de Fairy Tail, Purehito. Mientras tanto, en la isla, se infiltran todas las tropas del gremio oscuro, iniciando la guerra.

El Maestro Hades derrota en un combate al Maestro Makarov, y los 7 hermanos el purgatorio, esparcidos por la isla, se encuentran con los magos de Fairy Tail, ante Natsu aparece Zancrow, un mago de fuego, que afirma ser un God Slayer, con un fuego más poderoso que el de un Dragon Slayer.

Natsu lucha contra Zancrow, pero está en una gran desventaja al no poder comerse las llamas de su rival, por lo que en un cruce de ataques explosivos, resulta herido y sale volando, encontrandose con el malherido maestro Makarov; en ese momento, descubre lo que le hacía falta para ganar, logra comerse las llamas negras y atacar a Zancrow con la "Llamarada del Dios Dragón del fuego", derrotándolo.

Mirajane activa su Satan Soul para luchar contra Azuma, quien había encerrado a Lissana en una bomba mágica, sin embargo pierde el combate, y para salvar a Lissana recibe el daño de la explosión de lleno, paralelamente, Elfman y Evergreen son ampliamente superados por Rusty Rose, quien revela los planes de Grimoire Heart, un mundo de oscuridad en el que solo puedan vivir los magos. Mientras tanto Ultear, derrota al mago oscuro Zeref capturándolo.

Elfman y Evergreen son derrotados por la poderosa magia de Rustyrose, por su parte, Natsu, percibe el olor de alguien que había derrotado en el pasado, iniciando su búsqueda, en ese instante, Loki ordena a Cana, Lucy y Gray que se alejen y busquen a los demás parientes del purgatorio, y reta a Caprico a un duelo de espíritus estelares; este último descubre que Lucy es la hija de Layla Heartfilia, su anterior dueña, por lo que decide eliminarla.

Leo lucha contra Caprico, descubriendo que en realidad este era un humano llamado Zoldeo fusionado con caprico, gracias a la astucia de Leo, consigue ganar y liberar a Caprico que afirma pertenecer a Lucy. En ese instante Natsu se encuentra con Ultear iniciando una pelea, pero siendo superado ampliamente por su magia del tiempo. Mientras Lucy descifra la ubicación de la tumba de Mavis, y Cana la engaña para buscarla por si sola después que se lo dijera.

Lucy se encuentra con Kain Hikaru, quien le habla sobre su magia (el poder de controlar a las personas con un muñeco), y por una estúpida razón termina usándola sobre si mismo, sin embargo consigue poner a Lucy en peligro y está huye encontrándose con Natsu y Ultear, Lucy y Natsu deciden formar equipo para luchar, y Ultear escapa con Zeref dejando a Kain luchando solo, este demuestra su gran fuerza, hasta que Happy le quita el muñeco y en un ataque combinado entre Lucy, poseída por el muñeco, y los poderes de fuego de Natsu y la velocidad de Happy, derrotan a Kain con el ataque especial: Lucy de Fuego)

Jubia y Erza luchan contra Meredy, descubriendo que es muy poderosa, en un determinado momento Meredy dice que matara a Grey por haber asesinado a Ul, la madre de Ultear, enfureciendo a Jubia y provocando que está la ataque salvajemente, por lo que Meredy conecta los sentimientos de Jubia y Grey, con su Maguilty Sense, para acabar a ambos al mismo tiempo, sin embargo se ve forzada, por los poderes de Jubia, a compartir a la unión aceptando su propia muerte con tal de acabar con Grey.

Jubia logra detener a Meredy y salvar a todos de morir, Ultear le revela a Grey que es la hija de su maestra Ul, ante Erza aparece Azuma; ante Levy, Lissana y Lily Rustyrose, y ante Natsu y compañía BlueNote, el mas poderoso en Grimoire Heart, quien busca la tumba de Mavis Vermillion, fundador de Fairy Tail, en ese instante, por fin Cana, encuentra la tumba.

Cana cuenta la historia de su pasado, en la que se rebela que Gildarts es su padre. Mavis le otorga el resplandor fairy para luchar contra BlueNote y proteger a Fairy Tail, sin embargo no funciona y es derrotada junto a Natsu y compañía. Cuando Blue Note está a punto de matar a Cana, aparece Gildarts, dejando a cana sorprendida.

Comienza la pelea entre Gildarts y BlueNote, mientras se libra la batalla entre Levy, Lily y Lisanna y RustyRose, quienes son apoyados por Freed y Bixlow, mientras tanto Azuma, quien se había encontrado con Erza, derriba el árbol sagrado de la isla, dejando a todos los magos de Fairy Tail sin magia, a excepción de Erza, con quien pelearía.

En un combate realmente difícil para Erza, es capaz de derrotar, con el poder de sus amigos, al poderoso Azuma, consiguiendo que este, le regrese al gremio sus poderes.

Azuma al ser derrotado, decide regresarle a los miembros de fairy Tail sus poderes, Gracias a eso Freed y Bixlow son capaces de derrotar a RustyRose, y Gildarts, por su parte, derrota a BlueNote. Mientras tanto, Ultear engaña a Gray con una mentira sobre la voluntad de Ul de matar a Hades, sin embargo, Gray no le cree y decide iniciar una pelea contra la líder de los 7 hermanos el purgatorio.

Gray lucha y derrota a Ultear, descubriendo de paso, el triste pasado de Ultear y el porque de su odio a Ul, sin embargo, Ultear, logra recordar la verdad que ocultaba su pasado, y el hecho de que el objetivo de ésta, era solo volver al pasado en el que no odiaba a su madre.

Comienza la ofensiva de Fairy Tail; Natsu, Gray, Lucy, Erza, Wendy, Lily, Happy y Charle atacan la nave de Hades, los exceeds, por su parte buscan la fuente de poder de la nave para destruirla, mientras los magos atacan a Hades con todo, sin embargo son fácilmente abatidos por el poder de Hades, y cuando éste se dispone a acabar con Natsu, aparece para ayudar Luxus Dreyar.

Comienza un igualado combate entre Luxus y Hades, mientras tanto, en el campamento de Fairy Tail, aparecen Kain Hikaru, Kawazu y Yomazu y comienzan a luchar contra Freed, Bixlow, Lisanna, Cana y Levy. En ese momento, en la nave, se evidencia la superioridad del maestro Hades, quien logra dañar a Luxus, y cuando está por acabarlo, el Dragon Slayer falso cede el resto de sus poderes a Natsu, para que derrote a Hades. Gracias al poder del rayo de Luxus, Natsu se convierte en el Dragon Slayer del Trueno-LLameante.

Freed, Bixlow y Elfman logran derrotar a Kawazu y Yomazu. Por su parte Natsu logra darle una paliza a Hades con el poder del Trueno-Llameante, sin embargo, Hades se quita su parche de ojo y utiliza una de las magias de Zeref: Nemesis, con los que prosigue el combate contra los magos. Por su parte los exceeds encuentran el centro de poder del barco y Lily encuentra un arma similar a su antigua espada de Edolas.

Ultear renueva el árbol de la isla con su magia, con lo que los magos Fairy Tail logran derrotar a Hades y terminar la guerra con Grimoire Heart. Fairy Tail se reúne en su campamento para recuperarse de heridas y en la nave de Grimoire Heart aparece Zeref anunciando el final de la era con la invocación de Acnologia.

Zeref mata a Hades, mientras Acnología se dirige hacia la isla Tenrou, Makarov pospone el examen para los magos clase S y Cana le confiesa a Gildarts que es su hija, Gildarts le promete que nunca más dejará que se sienta sola.

Acnologia aparece y se enfrenta a Fairy Tail, quienes lo ataca con toda su fuerza, sin embargo, no logran derrotarlo, y la Isla Tenrou es erradicada.

7 años después de la erradicación de la Isla Tenrou, nunca se encontraron supervivientes, ni rastros de la isla, y en Magnolia, Fairy Tail se ha convertido en un pequeño gremio, con una gran deuda monetaria al nuevo gremio Twilight Ogre. Un día Ichiya, de Blue Pegasus aparece en Fairy Tail y les informa a los miembros que la Isla Tenrou aun existe; por lo que el gremio va en búsqueda de la isla, reencontrándose con todos los miembros de antaño, quienes descubren que fueron protegidos por la 1ra Maestra de Fairy Tail, Mavis Vermillion.

Lucy descubre que debe el dinero de alquiler de los 7 años que estuvo perdida, y que está arruinada; al igual que los demás miembros de Fairy Tail que estuvieron en Isla Tenrou. Por ésta razón decide ir a visitar a su padre, descubriendo que este había muerto un mes atrás; al volver a Magnolia, la casera de Lucy, le informa que su padre le envió un regalo de cumpleaños durante 7 años seguidos, y que en el último había una suma de dinero equivalente a su deuda, Lucy llora al leer la última carta de su difunto padre.

Natsu descubre que su caja fuerte a sido robada mientras estuvo ausente siete años. Natsu, también tiene problemas para conseguir alimentos. Un trabajo llega con la recompensa de 4.000.000 que solicita capturar al prisionero fugado Velveno, el cual entrará en el baile mágico patrocinado por el conde de balsámico! El objetivo de Velveno es el anillo que se transmite de generación en generación y que solo aparece una vez cada siete años, además el que consiga este anillo tendrá el derecho de casarse con la hija del conde, Sue. Los miembros de Fairy Tail causan estragos buscando capturar a Velveno en el baile, y el verdadero propósito de Velveno es Casarse con la hija del conde!!

Natsu,Happy,Wendy,Charle y Lucy tienen la mision de proteger un tren que lleva un cargamento de oro, Natsu esta mareado y forma una resistencia contra la magia troia de Wendy. La banda de los traseros gordos se apodera del vagón que lleva al cargamento y este se detiene, así Natsu vence a la banda pero solo les pagaron la mitad de la recompensa.

Lucy encuentra un tonico que hizo hace 7 años que hace que su piel sea mas hermosa, pero el tonico cambie su efecto debido al tiempo, lo que provoca que Lucy sea invisible. Entonces ella pedira ayuda a sus amigos para que solucionen su problema.

Michelle, una chica que dice ser pariente de Lucy, visita Fairy Tail y le da a Lucy un maletín que contenía una varilla metálica grande, que según ella es un recuerdo del difunto padre de Lucy. Debido a que Michelle es huérfana y no tiene a donde ir, Lucy lleva con ella a Michelle y le sugiere que comience a trabajar en Fairy Tail. Durante el ajuste a la vida en el gremio, Michelle sugiere a Lucy enviar una solicitud para investigar la llave. Después de que Michelle deje caer accidentalmente la varilla, ésta levita en el aire y un conjunto de símbolos brillantes aparece sobre ella. Makarov tiene ciertas sospechas y advierte a Lucy que no se involucre más con la vara, aunque Lucy sigue decidida a averiguar lo que su padre le pide.

Natsu y Gajeel desafian al aún exiliado Laxus a una pelea. Wendy sugiere que tengan un enfrentamiento al día siguiente con la esperanza de que se calmen y pierden el interés, pero esto excita al resto del gremio, que celebrará una gran fiesta para dicha pelea.

Tres magos visitan el gremio: resultan ser las contrapartes de Earthland de Hughes (una mujer llamada Mary Hughes), Sugar Boy y Coco, y desatan una batalla en Fairy Tail demandando que entreguen a Lucy. Michelle se hace pasar por Lucy para protegerla, lo que provoca que el resto del gremio, para confundir a los tres magos, los hacen pensar que todas las mujeres en Fairy Tail son Lucy, para que así la verdadera Lucy y Michelle puedan escapar. Sin embargo, Hughes las persigue y les obliga por el borde de un acantilado.

Byro y su equipo se revelan como miembros del Cuerpo de la Legión, un grupo de cruzados que buscan la aguja del reloj en posesión de Lucy como el arzobispo de Zentopia. Gray, Erza, y Gildarts ayudan a sus amigos a contra el Cuerpo de la Legión, pero Mary Hughes se las arregla para obtener la manecilla del reloj de Lucy y enciende una señal de su equipo a retirarse.

Fairy Tail va a la mansión Heartfilia en busca de pistas sobre lo Legión quiere con la manecilla del reloj. Aprenden que la Legión está en busca de piezas del reloj mística siguiendo las pistas a partir de dos mitos-un mito es el libro del que Lucy aprendido sobre la manecilla del reloj, y el otro es un libro de fotografías titulado encantado llave de los cielos estrellados.

Siguiendo las pistas del libro, los miembros de Fairy Tail se divididen en grupos para buscar el resto de piezas del reloj místico antes Legión hace. El equipo de Lucy es abordado por un grupo de arqueólogos interesados ​​en el reloj, que han oído rumores de viaje Fairy Tail y tratar de disuadirla. Al enterarse de su identidad y su resolución en el último deseo de su padre, el arqueólogo jefe, que está familiarizado con el padre de Lucy, tiene un cambio de corazón y usa la magia de su equipo para volver Natsu a su tamaño original. Mientras tanto, el Lyon también aprende de las hazañas de Fairy Tail y se une Gray y Juvia.

El equipo de Natsu y Lucy encuentra un laberinto subterráneo en medio del desierto. Ellos hacen su camino más allá de las deiversas trampas explosivas a medida que descienden hasta llegar a una cripta en la parte inferior, donde se encuentran con Coco y Dan. Mientras tanto, el equipo de Gray descubre una dimensión paralela donde una de las piezas del reloj está oculto. Sugar Boy aparece antes de que tomen el papel, pero el equipo de Gray lo derrota.

Natsu tiene dificultades para luchar contra Dan solo por el poder y la habilidad Dan acumulado a lo largo de siete años. Con la ayuda de sus amigos, sin embargo, derrota a Dan y descubre la parte del reloj en una iglesia clandestina. Mientras tanto, Erza intenta disciplinar a la Banda Butt Jiggle mientras que sus compañeros de equipo intentan encontrar la pieza de reloj en la biblioteca, y derrotan a la Banda Butt Jiggle. Al mismo tiempo, Gajeel y su equipo se enfrenta a Samuel, ya que busca la parte del reloj.

Pantherlily pelea y derrota a Samuel como el equipo de Gajeel recupera la parte del reloj de una cámara subterránea. Mientras tanto, los hermanos Strauss encuentranr la otra parte del reloj y en el encuentro Mary Hughes, Byro aparece antes que el equipo de Natsu con la manecilla del reloj en su poder.

Mary Hughes utiliza sus poderes para extraer la transformación Mirajane, el Satanan Soul de su cuerpo y lo utiliza en contra de los hermanos. Sin embargo, utiliza su Mirajane prohibido "Halphas" transformación del Satan Soul en contra y derrota a Mary Hughes. Mientras tanto, Byro revela al equipo de Natsu que la Legión está bajo las órdenes del arzobispo de Zentopia para reunir y proteger las piezas de reloj de un gremio mágico que busca para reunirse y formar el Reloj Infinity.

Byro es capaz de anular toda la magia de natsu, Natsu sigue peleando con el apoyo de sus amigos y Coco de Legión. Antes de que Byro derrotara a Natsu, el resto de los miembros de fairy tail llegan con las restantes piezas del reloj, las partes del reloj reaccionan entre si juntándose. Con el reloj de la infinidad completo aparece el nuevo oración seis

Dirigido por Midnight, ahora se hace llamar Brain II, los miembros de la renacida Oracion Seis usan sus nuevos poderes para derrotar a ambos, a Fairy Tail y la Legión. Fairy Tail es rescatado por Blue Pegasus mientras Oración Seis desaparece con el Reloj Infinity. Lucy vuelve a leer llave de los cielos estrellados y se da cuenta de que su padre le confió la manecilla del reloj para impedir que el reloj se construya.

Fairy Tail se entera de que Oración Seis está destruyendo iglesias como parte de su plan para poder completar el Reloj de Infinity. Utilizando la adivinación de Cana, los miembros de Fairy Tail se dividen en grupos nuevos para ir a las iglesias que aún no han destruidos los miembros de la Legión y Oracion Seis. Mientras tanto, Gildarts y Laki investigan la plantación largo tiempo abandonada de la familia de Michelle, añade la Legión Guttman convicto a sus filas, y Lahar interroga al cardenal Zentopia Lapointe sobre Oración Seis reciente fuga de la prisión.

Lahar pide ayuda a Dranbalt, que se ha retirado de la depresión por su incapacidad para ayudar a Fairy Tail en la Isla Tenrou. Mientras tanto, Natsu y el equipo de Wendy se enfrentan contra Jackpot Oración Seis y Grim Reaper (antes Erigor de Eisenwald), respectivamente, y Gajeel y Juvia encontrar Guttman y Hughes María atacar una iglesia, mientras que Gildarts y Laki investigar una iglesia llena de sacerdotes y artificiales monjas.

Lahar y Dranbalt enfrentarn Katja, uno de los muchos asistentes celestiales encargadas de la protección de una fuerza desconocida de Oración Seis. Racer aparece ante ellos y, después de luchar contra Dranbalt, usa un hechizo llamado "Anti-Link" para cortar permanentemente el poder de Katja, debilitando el sello a su objetivo. Mientras tanto, Wendy derrota al Erigor,su cerebro lavado él y recupera sus recuerdos, Gray y el equipo Erza de pelean contra Ángel y Cobra, respectivamente, y Gildarts y Laki descubren el cuerpo comatoso de una chica llamada Michelle, con lo que la identidad de la "Michelle" con el grupo de Natsu en tela de juicio.

Los miembros de Oración Seis dejan de luchar contra Fairy Tail y reanudan su misión de echar el Anti-Link a los asistentes celestiales ocultos en iglesias, levantar completamente el sello de la verdadera forma del reloj de Infinity,. Byro, por su parte, le dice a equipo de Natsu que las órdenes de Lapointe son para traer a Lucy al arzobispo de Zentopia. Con el plan completo de Oración Seis, "Michelle", revela su verdadera identidad como miembro de Oración Seis, Imitatia, quien se hizo pasar por pariente de Lucy para manipular Fairy Tail en la ayuda de ellos. También revela su autoridad como arzobispo que le había dado la real, lo que obligó Byro a seguir sus órdenes, y secuestra a Lucy.

Natsu se encuentra preso en la Catedral de Zentopia junto con la Banda Jiggle Butt y es verdaderamente malo. En algún lugar, Lucy está clavadada en una pared mientras la Midnight, Klodoa e Imitatia preparan para activar la Pesadilla Real, la magia que contiene el reloj infinito. Mientras tanto, un grupo de arqueólogos que Lucy se encontró anteriormente en la búsqueda de las piezas del reloj aparecen en el gremio. El líder se revela para ser el descendiente de la Voluntad de Neville, Jean-Luc, y un conocido de Jude Heartfilia. Él y sus compañeros de equipo explican la historia del reloj infinito y su afiliación con Zentopia, y pedir a Fairy Tail detener el reloj. Más tarde, Ichiya viene con el nuevo diseño de Christina y traer a varios miembros seleccionados Fairy Tail para Zentopia Catedral. Sin embargo, Racer aparece en su dirigible. Mirajane activa su Satan Soul y se hace cargo de él, mientras que otros continúan su viaje. Lahar finalmente consigue la lacrima vigilancia utilizado para Magic Consejo reparado y se entera de que el sacerdote que solía visitar Oracion Seis en la prisión periódicamente se revela como el cardenal Lapointe. Mientras tanto, Natsu y los Butts Jiggle logran salir y liberan a Coco lo largo del camino, que pide unirse a ellos. Midnight, Klodoa e Imitatia empiezan activando la Pesadilla Real con Lucy, ahora aparentemente un estado mental inconsciente.

El reloj infinito resulta ser capaz de afectar el tiempo de los seres humanos. Mirajane derrota Racer e Ichiya pelea contra Kanaloa, al igual que Byro envía la que aeronave llega a la Catedral de Zentopia. Gildarts y Laki llegan a la primera habitación del arzobispo y se enteran que el arzobispo está siendo controlado. El Cardenal Rapowaint aparece frente a gildarts y laki, en ese momento Natsu y Coco llegan, confirman que Rapowaint es en realidad Maestro Zero, el anterior líder de Oracion Seis y que es el que está controlando al arzobispo.

Dirigido por Coco, Natsu, Gray, Erza, Gajeel, Elfman y partieron hacia el Castillo Infinito para derrotar a los nuevos Oracion Seis para cambiar la titularidad del reloj, para que puedan detenerlo y salvar a Lucy. Sin embargo, Lapointe es en realidad una muñeca creada por Magia de Personificación con cabello Maestro de Zero. Gildarts se las arreglan para derrotar Byro.

Coco, Elfman y Natsu, encuentran el lugar donde esta Lucy, pero Michelle, ahora que es Imitatia, comienza a luchar contra ellos, repitiendo cada vez, que esto lo hace por el amor que tiene por Lucy; Coco, Elfman y Natsu se dan cuenta que esta, ataca a los órganos vitales. Mientras, Gray pelea contra Angel, junto a Dan Straight, quien lo cubre con su escudo cuando Tenshi (angel), ataca.

Lucy, está siendo absorbida por el Reloj Infinito; mientras el Arzobispo recupera su estado, este, les informa al gremio que hay una forma de rescatar a Lucy y detener el reloj: Romper las cadenas. Erza derrota a Cobra. Lucy, logra darse cuenta que Imatatia (Michelle), siempre a estado con ella, pero es tarde, pues esta termina siendo acabada por Brain II.

Natsu empieza la pelea con Brain II, mientras tanto Gray, Wendy y Erza siguen rompiendo las cadenas para detener el reloj; Kinana encuentra a la persona que lo llama, siendo esa persona Cobra del nuevo Oracion Seis; Natsu derrota a Brain II, Lucy destruye el reloj mientras todos pensaban que Lucy murió, Natsu percibe su olor y la encuentra.