収穫祭も終わり、ギルドも日常を取り戻しつつあった・・・・んだけど、そこはやっぱり「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！魔法専門誌「週刊ソーサラー」の取材で、みんなが我先にと大騒ぎ！！ 一方、「私のカードが言ってるよ。今日はあんた、運命の出会いをする日だ」・・・・というカナの占いで、なんとルーシィに恋の予感が！？ルーシィの前に現れたのは、「週ソラ」の記者と小説家の青年！！ルーシィの運命の相手・・・・本命は一体！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、またまた恋の予感が！！「ナツはルーシィの事　好きなのかもね～」というミラの一言に、ルーシィの胸は高鳴って！？一方、グレイに恋してやまないジュビア‥‥その切ない乙女心は、グレイの気をひく為、禁断の"魔法薬"へと向かってしまう！！実はこの"魔法薬"、フェアリーテイルを崩壊の危機に導く（！？）のだけれど‥‥みんなを巻き込む恋の大騒動、その結末は！？

最近、ルーシィをつけ回すアヤしい影‥‥ナントそれは、変わり果てたルーシィの父親だった！！事業に失敗し、会社も私財も全て失ったというのだ。金を無心してくる父親に失望し、突き放すルーシィ。しかし、再起をかけて父親が向かった商業ギルドが、闇ギルドに占拠されてしまう！！「あんな人だけど‥それでも　あたしが‥助けに行かないきゃ！！！！」‥‥ルーシィはたった一人で父親の救出に向かう！！

闇ギルド最大勢力の"バラム同盟"！！その一角を担う闇ギルド「六魔将軍(オラシオンセイス)」が不穏な動きを見せているらしい。そこでオラシオンセイス討伐のため、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」を含む４つの正規ギルドが連合軍を結成することに！！集った連合軍の顔ぶれは、ヤンキーにホストにナルシスト、そして‥‥お子ちゃま！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」の目的は、古代人が封印した強大な破壊魔法「ニルヴァーナ」を手に入れる事だった！！それを阻止すべく、作戦を遂行しようとする連合軍だが、敵の魔の手は既にそこまで迫っていた！！なんと、隙をつかれたジュラと一夜の二人が早くも手負いにされ、切り札となるはずだった魔導爆撃艇までも、ナツたちの眼前で破壊されてしまう！！そしてその直後、大胆不敵にもオラシオンセイス全員が現れて‥‥。"連合軍　vs. 六魔"、いきなり全面対決に！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」に連れ去られたウェンディ、その正体は"天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）"で、治癒魔法の使い手だった！！先の戦闘で毒に侵されたエルザを救う為にも、ナツたちは一刻も早くウェンディを奪還しようと六魔の後を追う！！一方、オラシオンセイスはウェンディの治癒魔法で、ニルヴァーナの鍵を握る"ある人物"を復活させようとしていた！！しかし、その正体はあまりにも意外なものだった！！

ウェンディの奪還を急ぐ連合軍の前に、数多の闇ギルドが立ちはだかる！！そして、並み居る強敵をなんとか蹴散らし、いち早くウェンディの元にたどり着いたナツとハッピーだが、そこで目の当たりにした現実は、想像を絶するものだった！！ナントそこにいたのは、楽園の塔でエーテリオンに飲み込まれて消えたはずのジェラールだったのだ！！そして一人、その場を立ち去ったジェラール‥‥彼を軸に、事態はますます混沌の渦へ！！

エルザ回復の鍵を握るウェンディをナツに託し、一人で六魔の一角・“レーサー”と対峙するグレイ！！しかし、圧倒的な“スピード”を誇るレーサーの魔法はさらにグレードアップ、「デッドGP」なる魔導二輪での“レース”バトルに引きずり込まれてしまう！！敵の土俵での勝負に劣勢を強いられるグレイ。しかしそこに、かつての兄弟子・リオンが現れる！！志を共にした二人のタッグは、レーサーのスピードを“奪う”事ができるのか？

ウェンディの治癒魔法により、一命を取り止めたエルザ！！歓喜に湧くナツたちだが、時を同じくして、突如、ワース樹海から天を突き刺す黒い光が発生する！！まさか、そこにニルヴァーナが！？一瞬のためらいも見せず、“光”に向かって疾走するナツ！！一方、六魔最強と言われるミッドナイトが眠りから覚めて・・・・！！事態が混沌と化す中、ついにニルヴァーナの恐ろしい“力”が明らかに！！

ニルヴァーナ‥‥それは光と闇を入れ替える恐ろしい魔法だった！！それを知ったルーシィはヒビキらと共に、ナツを追ってニルヴァーナの下に急ぐが、その前に六魔の一人・星霊魔導士のエンジェルが立ちはだかる！！星霊を道具としてしか見ていないエンジェルに違和感を覚えるルーシィ。しかし、格上のエンジェルの前に成す術なく跪いてしまう！！絶体絶命のピンチ‥‥ルーシィの星霊への想いは奇跡を呼び起こせるか！？

“ジェラールが生きていた”‥‥驚愕の事実を知り、複雑な思いを抱えながらもジェラールの下を目指すエルザ。そして、その時は訪れた。再会した二人‥‥しかし、そこにいたのはエルザの知っているジェラールではなかった！！“変わり果てた”ジェラール‥‥彼がニルヴァーナの封印を解いた訳、その意外な真実とは！？そして、その悲壮なる覚悟が導いた衝撃の事態とは！？

ジェラールが命をかけて仕掛けた“自立崩壊魔法陣”！！これによってニルヴァーナは消滅するかと思われた。しかし、突如そこに現れた六魔将軍（オラシオンセイス）のブレインによって自立崩壊魔法陣はいとも簡単に無効化され、ついにニルヴァーナが復活してしまう！！邪念に支配されたニルヴァーナ‥‥その先には闇の世界の台頭が！！しかし希望は繫がっている！！ナツたちのあきらめない思いが、オラシオンセイスの闇に挑む！！

復活したニルヴァーナ！！その動きを止める為、ブレインの下にたどり着いたナツとハッピーの前には、六魔のコブラが立ちはだかる！！ナツ＆ハッピー vs. コブラ＆毒蛇キュべリオスの空中戦・・・・しかしナツたちは、コブラの“心の声を聴く魔法”に大苦戦！！すべての攻撃が“聴かれて”しまい、成す術のないナツたち・・しかし、そこへコブラの意外な真実が追い討ちをかける！？

光と闇を入れ替える超反転魔法・ニルヴァーナ！！なんと「六魔将軍（オラシオンセイス）」のブレインは、そのニルヴァーナをウェンディとシャルルのギルド「化猫の宿（ケット・シェルター）」に向けて放とうとしていたのだ！！非道なるブレインに対し、怒りを爆発させる「蛇姫の鱗（ラミアスケイル）」のジュラ！！聖十大魔道に名を連ねるその魔力は、ブレインを倒し、ニルヴァーナを止められるのか！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」最後の一人・ミッドナイトがエルザとジェラールの行く手を阻む！！なんと、その実力は、いとも簡単にジェラールを退けてしまうほどだった！！“全ての物を捻じ曲げて歪ませる”ミッドナイトの魔法・屈折（リフレクター）に苦しむエルザ・・・・六魔最強と謳われる相手に対し、勝機を見出すことができるのか！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」全滅！！激闘の末、勝利を収めたナツたち連合軍・・・・しかし、これはさらなる死闘への入り口だった！？なんと、六魔全てを倒した事により、生体リンク魔法によって封印されていたブレインのもう一つの人格、オラシオンセイスのギルドマスター・“ゼロ”が目を覚ましたのだ！！破壊を好み、凶悪な魔力を持つというゼロ・・・・「化猫の宿（ケット･シェルター）」目前、ナツたちはかつてなき強大な敵に挑む！！

「化猫の宿（ケット・シェルター）」へ向けニルヴァーナが発射されてしまった！！ だが、間一髪、ヒビキたちが動かす魔導爆撃艇「クリスティーナ」が現れ、直撃を阻止。そして緊迫する事態の中、ニルヴァーナを止める方法が判明する! ヒビキが念話でナツたちに伝えたその方法とは、ニルヴァーナの足にある６つの魔水晶（ラクリマ）を全て同時に破壊することだった。満身創痍のナツたちだが、まだ心はくじけていない！ナツたちはゼロの野望を阻止できるのか！？

ニルヴァーナを止めるため、傷ついた体を奮い立たせる連合軍の魔導士達。ナツの本能が嗅ぎ取ったのか、ナツが選んだ魔水晶（ラクリマ）で待っていたのは最強の敵、マスター･ゼロ！気合十分でゼロに挑むナツだが、相次ぐ激戦でもはや魔力も体力も限界に達し、窮地に追い込まれてしまう。しかも、その目の前に別のラクリマへ向かったはずのジェラールが現れ、ナツを魔法で攻撃してきた。ジェラールはまたも闇に堕ちてしまったのか！？絶対絶命、どーするナツ！？

滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）としての真の力を解放したナツは、マスター・ゼロと魔水晶（ラクリマ）をついに撃破する！！残る全てのラクリマを仲間たちが打ち砕き、ニルヴァーナは地響きと共に崩れ去った！勝利を迎え、わき立つ連合軍一同。だが、何者かによって張り巡らされた“術式”によってナツ達は閉じ込められてしまった！！ナツ達を取り囲む男達の正体は、なんと新生魔法評議院の強行検束部隊。突如現れた彼らの目的とは一体！？

記憶はなくなっても、罪は消えない････。新生魔法評議院の目的は、「六魔将軍（オラシオンセイス）」ではなく、ジェラールを逮捕する事だった！！その事実を受け、悩むエルザの姿を見たナツと仲間たちは、逮捕を阻止しようとする。それを見たエルザが出す答えとは？ そして、「化猫の宿（ケット・シェルター）」に戻ったウェンディたちにギルドマスター・ローバウルから語られる衝撃の真実。ケット・シェルターの大いなる秘密とは――！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に久しぶりに帰ってきたナツたち。変わらないギルドの空気に触れ、激戦の疲れも癒えてきた。ウェンディとシャルルも仲間に加わることになり、盛り上がるギルド！数日後、にぎわうギルドの中でグレイが驚くべき情報をもたらす。グレイが語ったのは、ダフネと名乗る人物がドラゴンと会ったという噂‥。それを聞いたナツたちはダフネがいるライズという宿屋に向かう。そこでナツたちを待ち受けていたのは！？

グレイの情報を頼りに、ライズという宿屋にやって来たナツたちだが、そこで出会ったダフネの罠にはまり、宿屋から出られなくなってしまう！ しかも、そこへなんとグレイがやってきて、突如ナツに襲い掛かって来る！！氷と炎･･相反する二人の戦いは次第に熱を帯びて！？一方、深夜になっても帰らないナツやウェンディを心配し、ルーシィとエルザが宿屋へ向かうと、その道中、不気味な黒フードの人物が現われて！？

ダフネの目的は、ナツを捕らえ、彼女が長い年月をかけて作り出した人工生命体・“ドラゴノイド”を起動させることだった！滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の魔力が動力源のドラゴノイドは、ナツの魔力を吸収して動き出し、マグノリアの街に襲いかかろうとする！！何とかそれを阻止しようとする「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達たちだが、ドラゴノイドの体内にナツがいるため思うように攻撃できず、絶体絶命のピンチに追い込まれてしまい！？

「こいつを････オレごとぶっ壊せ！！」ナツの悲痛な叫びがドラゴノイドの体内から聞こえてくる。その頃、ギルドに連れ戻されたグレイは、幼い頃ナツが「音なしの町」で交わした約束と、ドラゴノイドの秘密をマカロフに伝えるのだった。ナツの魔力吸収が完了するまであとわずかとなり狂喜するダフネ。このままナツはドラゴノイドの中で力尽きてしまうのか！？ そんな中、マカロフがグレイに授けた秘策と、エルザたちが取った行動とは！？

日夜過酷な依頼をこなす「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士達も、この日ばかりは日々の激務を忘れて大騒ぎ。一年に一度のビックイベント、それは「お花見」！ ギルドに入って初めての「お花見」を明日に控え、ドキドキわくわくのルーシィは、仕事でナツたちとともに極寒のハコベ山へ行くことに。それはとある薬草を取ってくるという一見簡単そうに見えるクエストだったのだが････。ルーシィはそこであるトラブルに巻き込まれてしまい！？

ギルドにも慣れてきたウェンディは、もっと大きな仕事に挑戦してみんなの役に立ちたいと意気込むが、それが元でシャルルと口論になってしまう。そんな中、一人で仕事を請けるウェンディを気遣って、マカロフは何故かハッピーとフリードにウェンディのサポートを指示して！？真面目すぎるウェンディと超マイペースなフリード、それに振り回されるハッピー。かくして始まる二人と一匹の珍道中･･果たして無事に依頼を達成できるのか！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」恒例のビッグイベント・・・・それは、全魔導士強制参加の”24時間耐久ロードレース”！！知力＆体力を競うこのレース、“飛行”以外の魔法は使用無制限！！ それぞれのプライドを賭けた（？）過酷なレース、優勝するのはいったい誰！？そして、最下位に与えられる恐ろしい罰ゲームとはいったい！？

いつもと変らずノドかな「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！そこに急遽鳴り響く鐘の音が！？そう、フェアリーテイル最強の魔導士・ギルダーツが３年ぶりに帰ってきたのだ！！その実力といえば、100年間誰も達成できていない”100年クエスト”に赴くほど！！ギルダーツの帰還をことさら喜ぶナツ・・・・しかし、ギルダーツがナツに用意したおみやげは意外なもので！？

今日も笑顔の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の面々・・・・の中で、なぜかシャルルだけご機嫌ナナメ！？何か思いつめているようだけど！？そんな折、ウェンディとシャルルの前に、“ジェラール”と同じ顔を持つミストガンが現われる！！なんと幼い頃ウェンディと出会ったジェラールとは、ミストガンだったのだ！！しかし再開の喜びも束の間、ミストガンの口から衝撃的な一言が！！そして、フェアリーテイルの日常に未曾有の危機が迫る！！

ナツ＆ハッピー、そしてウェンディ＆シャルルを残して、フェアリーテイルがギルドごと、超亜空間魔法“アニマ”を通って異世界・エドラスに吸収されてしまった！！エドラスから来たというシャルルが語るには、魔力が枯渇してきたエドラスの人々が、この世界（アースランド）から魔力を吸い取ろうとしているというのだ！！仲間を救う為、エドラスに乗り込むナツたち・・・・まだ見ぬ別世界・エドラス、そこで待ち受けるのは！？

エドラス・・・・そこはまるでパラレルワールド！？アースランドとは違う独自の文化と歴史を持つこの別世界、まったく“別の”妖精の尻尾（フェアリーテイル）が存在し、なんとリサーナまで生きていたのだ！！戸惑いを隠せないナツたち・・・・しかし、事態はさらに混迷を極め、突如、王国軍が攻めてくる！！その理由は・・フェアリーテイルが闇ギルドだから！？そして、その刺客とは、ナツたちにとって想像しえぬ人物だった！？

魔力としてエドラスに吸収された仲間を救出する為、エドラスの王都を目指すナツたち！！しかし、魔力が有限のエドラス・・魔法を使えないナツたちの道中には早くもトラブルが発生！！エドラスのルーシィの協力でなんとか難を逃れたものの、その後も王国軍に追われたりと、前途は多難！！そんな折、別世界のエドラスでナツたちの前に姿を現したのは・・・・！！この遭遇がもたらすのは希望！？それとも・・・・！？

ナツたちの前に現れたのはナント、アースランドのルーシィ！！ミストガンの差し金で、エドラスにたどり着いたルーシィはナゼか魔法が使え、王国軍を見事撃退する！！そして心機一転、王都を目指すナツたちだが、その道中、ギルドの仲間たちが巨大魔水晶（ラクリマ）にされていて、その魔力抽出が２日後だと知る。窮地に立たされるナツたち・・・・そこへ現れたのは“ファイアボール”の異名を持つエドラスのアイツだった！！

ハッピーとシャルルが“任務”を完遂した“エクシード”！？ナツたちが王国軍に囚われる一方、手厚くもてなされるハッピーとシャルルは、エクシードの国・エクスタリアに連れていかれる。そこで二人は自分たちの存在が、人間の上に立ち、人間を導く立場であることを聞かされる。そして戸惑う二人に、さらなる残酷な真実が明かされる。シャルルも知らない本当の任務・・・・エドラスがハッピーとシャルルに託した本当の“使命”とは！？

「オイラたちで　みんなを助けるんだ！！！」・・・・自分たちの運命に抗うかのように逃走するハッピーとシャルル！！そんな二人を追っ手から匿ってくれたのはエクシードの夫婦・ラッキーとマールだった。自分の意志がエクスタリアに操作されていると聞かされ塞ぎこむシャルルだったが、ラッキーとマールの優しい心に触れ、本来の自分を取り戻していく。ハッピーとシャルル・・・・二人の心の“翼”は、仲間たちを助け出す光を見出せるのか！？

ルーシィに対して抹殺命令！？冷酷なるエドラスのエルザにルーシィの命が奪われようとした瞬間、ハッピーとシャルルが見事、ルーシィを救出！！しかし、上空からはエクスタリア近衛師団、地上からはエドラス王国軍に包囲され万事休す！？・・・・と思ったその時、予想しえぬ事態が！！エドラス国王が「コードＥＴＤ」を発令・・・・その驚愕の全貌が今、エドラス、そしてアースランドの未来を変えてしまう！？

窮地に陥ったルーシィたちの前に現われたのはナント、グレイとエルザ！！ガジルの滅竜魔法によって魔水晶（ラクリマ）から復活していたのだ！！そして、エルザ vs. エルザ・・・・魔力も互角の二人の戦いが始まった！！一方、ナツとウェンディを救出したルーシィたちは、ウェンディから「コードＥＴＤ」の目的、そして非情なるその手段を聞かされる。エドラスのエクスタリアへの反応・・・・永遠の魔力を欲するエドラスの暴走を、ナツたちは阻止できるのか！？

「コードＥＴＤ」を阻止するため、エドラス王の下へ急ぐナツ、ルーシィ、そしてグレイ！！しかし、その前には王国軍屈指のヒューズとシュガーボーイが立ちはだかる！！永遠の魔力を手に入れるために、フェアリーテイルの仲間、そしてエクシードの命を犠牲にしようとするエドラス・・・・その邪望にナツたちの怒りは爆発する！！しかしその間にも、「コードＥＴＤ」は最終段階に入ろうとしていた。予断を許さぬ緊急事態、ナツたち必死の戦いが続く！！

ルーシィは竜鎖砲の鍵を持って逃げてきたココと遭遇する。ココは仲間さえも犠牲にしようとするファウストに疑問を持ち、逃げてきたのだ。助けを求めるココとルーシィの前に魔戦部隊参謀のバイロが現れ、二人に襲い掛かる！ルーシィの攻勢にひるむバイロだが、まだ奥の手を隠し持っているようで！？ そして、グレイはシュガーボーイと対決。全ての運命を握る鍵をかけた戦いは、さらに激化する！！

迫る危機を告げにエクスタリアを訪れたウェンディとシャルル。だが、エクシードたちは、女王シャゴットの力を信じて、二人の言葉を全く聞き入れてくれない。一方、氷の造形魔法により竜鎖砲の鍵を手中にしたナツとグレイ。その前にエドラスのエルザが立ちふさがる！捕らわれてしまった二人、ついに竜鎖砲発射の準備は整ってしまった。絶体絶命のナツたちは、魔水晶（ラクリマ）にされた妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たちを救えるのか！？

発射された竜鎖砲により、エクスタリアの浮遊島へ妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たちを取り込んだ巨大魔水晶（ラクリマ）が迫る！必死に止めようとするナツたち。一方、ウェンディとシャルルの前に、エクシードの女王・シャゴットがついに姿を現した。「時が来た」と語る彼女の口から、今まで隠されてきた衝撃の真実が明かされる。エクシードたちの間に動揺が広がる中、島と巨大ラクリマがついに衝突。その時、ナツ達が目にした驚くべき光景とは！？

ミストガンの壮大なる策により、最悪の事態は防がれた。歓喜するナツたちとエクシードだったが、そこへ、ファウストが王国最強の兵器「ドロマ・アニム」を駆り、現れた。それは竜を模したドラゴンの強化装甲。魔法を無効化する装甲と圧倒的な攻撃力でミストガンを撃墜するドロマ・アニム。だが、凶大なる敵に反撃を試みる者たちが！相手はドラゴン、倒せるのはドラゴン狩りの魔導士。ナツ、ウェンディ、ガジル・・トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）vs. ドロマ・アニム、最終決戦開始！！

トリプル滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）vs. 魔導兵器ドロマ・アニム、ぶつかり合う巨大な力と力。ドロマ・アニムの無尽蔵の魔力により、苦戦を強いられるナツたち。一方、エルザ・スカーレットとエルザ・ナイトウォーカーの戦いも熾烈を極め、一瞬の隙も見せられない互角の戦い。エドラス王国軍に数で押されるルーシィたちも窮地に追い込まれ、絶体絶命！だが、その時、一つの希望の芽が開く――！！

エドラスに生きる全ての生命の為に、限界を超えても立ち上がるナツ、ウェンディ、ガジル。火、空、鉄・・・・・・３人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）の力が合わさる時、それは想像を超えた力となり、悪を討つ！壮絶なるバトルもついに決着の時が訪れる！しかし、絶望を乗り越え、希望の兆しが見えたと思った瞬間、空に浮かんでいた島が崩れ落下し始めた！未だ過ぎぬ危機、一体何が・・・・・・！？

全てが解決したと思った矢先、城下で暴れまわり、街を破壊する奴らが現れた！「我が名は大魔王ドラグニル！この世界の魔力はオレ様が頂いたァァ！！」その正体は、ナツ！ファウストを捕えた、ナツ、ウェンディ、ガジルはエドラスの国民を怯えさせ、逃げ惑わせる！そして、止めてみろとミストガンを挑発するナツ。その真意は――！？妖精の尻尾（フェアリーテイル）、エドラス、エクシード、それぞれの想いを胸に、別れの時が目の前に迫る！！

ギルドもマグノリアの街も全て元に戻り、無事アースランドへと帰ってきたナツ達。元々、魔力を持っていたエクシードたちも一緒にアースランドへやってきた。自分に与えられた“使命”が許せないシャルルは、エクシードたちをエドラスに返すべきと主張するが、それには秘密があり‥‥！？そして、アースランドのサイズに合わせて小さくなったパンサーリリーが現れ、怪しい奴を捕まえてきたと言う。その人物とは、まさかの！？

たとえ、魔力が無くても強く生きる事は出来る！！ミストガンを王に抱き、新たな国造りへ向けて着実に歩みだしたエドラス。一方、元通りになったアースランドの妖精の尻尾（フェアリーテイル）はいつもの活気を取り戻し、メンバーたちは大騒ぎ！しかし、波乱の火種はすでにくすぶり始めていた・・。フェアリーテイルを危険視し、厳しく取り締まるべく雄叫びを上げる新生魔法評議院！そして、誰もいない島で一人、ナツを待つ謎の男！新展開、突入――！！