ハルジオンの町に立ち寄った新人魔導士の少女・ルーシィは、サラマンダーと名乗るキザな魔導士にナゼか心を奪われてしまう。それは魅了（チャーム）という"相手の心を術者に惹きつける"禁止された魔法のせいだった！偶然、出会った少年・ナツと猫のハッピーのおかげで難を逃れたルーシィだったが、サラマンダーが憧れのギルド・「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の魔導士だと聞き、彼の主催する船上パーティーに参加することに！だけど、そこでルーシィを待ち受けていたのは、とんでもない陰謀だった！？

ナツに誘われ、晴れて「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の一員となり、期待に胸をふくらませるルーシィ！だけど、その直後、ちょっとした問題を目の当たりにすることに。ギルド仲間のマカオが「仕事」に出たっきり、一週間も帰ってこないというのだ。マカオを探しにギルドを飛び出したナツに、興味本位（？）で同行するルーシィは、マカオの仕事内容を知ってビックリ！たどり着いた場所は、猛吹雪！！なぜなら依頼は、凶悪モンスター"バルカン"の討伐！！燃えまくるナツを尻目に、ルーシィはビビリまくりです！！

依頼の本・「DAYBREAK」（デイブレイク）には隠された秘密があった！？エバルーが"自分を主人公に"無理矢理書かせた、一見駄作のこの小説には、魔導士でもあった作者・ケム・ザレオンの、ある魔法がかけられていたのだ。そのことに気づいたルーシィは本を破棄せずに、依頼主のカービィ氏に届けることを決意！自分の悪事の数々を漏らされると思い、必死に襲いかかってくるエバルー！星霊と共に迎え撃つルーシィ！！ルーシィが届けたい"本当の秘密"、その意味とは！？

定例会でマスター不在の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、鎧を纏った最強の女魔導士・エルザが帰ってきた！風紀委員のごとく皆を仕切る彼女の迫力に、新入りのルーシィもビックリ!!そんなエルザが突如、ナツとグレイにチームの結成を呼びかける。闇ギルド・鉄の森（アイゼンヴァルト）の不穏な動きを調査しようというのだ。この最強チーム（？）に同行することになったルーシィは期待と不安でいっぱい!!一方、アイゼンヴァルトの連中は"ララバイ"という魔法で何やらヤバイ計画を進行中のようで!?

魔笛・ララバイとは、その音色を聞いた者全てを滅ぼす集団呪殺魔法だった!!そして、アイゼンヴァルトの死神・エリゴール率いる一団はオシバナ駅を占拠！その動きを察知し駆けつけたエルザたちに対し、ララバイを周辺に鳴り響かせることを宣言する。計画の実行のために、その場を立ち去るエリゴールを追って、さっそく戦闘開始!!エルザの活躍で戦況は有利に働くものの、エリゴールには何やら別の目的があるみたいで･･････!?

アイゼンヴァルトの本当の目的は、ギルドマスターの集う定例会でララバイを放つことだった！邪悪な計画を遂行すべく、着々と定例会会場を目指すエリゴール。しかし、ナツたちはエリゴールの仕掛けた風の結界・魔風壁（まふうへき）によって駅構内に閉じ込められ、成す術なく立ち往生!!このままではマスターたちの命が危ない!!そんな時、一筋の光明が!!その希望とは‥え!?　ルーシィ!?

魔風壁（まふうへき）を突破し、エリゴールに追いついたナツ!!"風"を操るエリゴールに対し、ナツの"炎"は歯が立たず大ピンチ!!しかし、風の弱点に気づいたハッピーの機転で、ナツの滅竜魔法（めつりゅうまほう）が炸裂、大逆転勝利をおさめる!!遅れて駆けつけたルーシィたちも一安心・・・と思いきや、エリゴールの手下のカゲヤマが一瞬の隙をついてララバイを奪取、マスターたちの下へ向かってしまう!!一難去ってまた一難、今度こそ"ララバイ"は止められない!?

闇ギルド・アイゼンヴァルトの邪悪な企てを阻止したナツたちが、帰路の途中に迷い込んだのはクローバー大峡谷の奥‥そこは大自然の迷宮!?何やら怪しい廃村にたどり着いたものの、そこへ容赦なく空腹が襲ってくる！空腹は異常事態よりも優先だ!!ってことで、うごめく家、駆け回るイス、飢えたナツたちは何でもいいから食べようとして‥‥!?しかし、この村には意外な真実が秘められていた!!

ケンカ上等!!炎の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ナツと鎧の妖精女王（ティターニア）・エルザの戦いに盛り上がるフェアリーテイル!!荒くれ者たちが集うこのギルド、語り合うにはやっぱり拳!!格上のエルザに対し、気合十分のナツも一歩も退かない!!二人の白熱のケンカの行方は!?そして一方、評議院ではアイゼンヴァルト事件における「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の行動が問題になっていた。その内容は‥エルザの逮捕!?

S級クエスト‥それはマスターに認められた魔導士だけに認められる危険な依頼!!‥‥なんだけど、そのS級クエストにナツ＆ハッピー＆ルーシィが勝手に行ちゃった!!向かった先は、「呪われた島・ガルナ島」。ナント、そこに住む人々は、月の魔力によって悪魔の姿に変化してしまっていた!!そこで、ナツたちが聞かされた呪いを解く方法は唯一つ‥「月を破壊する事」!?この依頼、一体どーなるの!?

呪いを解くヒントを探す為、島を探索するナツたちは、何だか怪しい遺跡にたどり着く。そこで発見したものはナント、かつてグレイの師匠・ウルが北の大陸に封印したはずの不死身の悪魔・デリオラだった!!そして、月の魔力を使って、その封印を解こうとしている零帝と名乗る男とその一味に遭遇、零帝の声を聞いたグレイは激しく動揺する!!ガルナ島の呪いとデリオラには何か関係が!?グレイと零帝との関係は!?この呪いに潜む"因縁"とは!?

零帝・リオンの手下が村を襲撃!!空から容赦なく"毒毒ゼリー"を浴びせかけ、村は壊滅状態に!!怒りに燃えるナツの相手は、"魔法の効かない"魔導士・波動のユウカ＆毒爪のトビー!!そしてルーシィは"人形撃"駆使するシェリーに星霊を操られて大ピンチ!!グレイが戦線離脱し劣勢の中、相性最悪の敵を相手に、ナツたちは勝機をつかめるか!?

星霊を操られ、勝機を見い出せないルーシィ！だけど、決してあきらめないのが「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の魔導士!!ルーシィは、切り札の星霊・アクエリアスを召喚、捨て身の一手に出るが‥‥!?一方、一人でリオンの下に向かったナツは、遺跡を破壊し傾かせ、デリオラ復活の儀式を阻止する!!暴走するリオンとの第2ラウンド‥今度こそ炎の拳をブチかませ!!

ついに明かされるグレイとリオンの因縁。10年前‥デリオラに家族を奪われ、傷ついたグレイを救ったのは、ウルとリオンだったのだ。ウルに弟子入りしたグレイは、リオンと共に造形魔法の修行に明け暮れる。しかしその矢先、デリオラの所在を耳にしたグレイは、無謀にもデリオラに戦いを挑んでしまう。そのことが引き起こした悲劇とは!?罪を背負ったグレイと、夢を失ったリオン‥‥二人の決着をつける時がきた!!

ウルが命をかけて封じたデリオラ。その復活を阻止しようと、グレイは捨て身の攻撃でリオンに挑む。一方、ナツの相手は仮面をかぶった変な奴・ザルティ。なんと、時を操る魔法でナツが傾かせた遺跡を復元し、ムーンドリップを再開させてしまう!!氷が溶けだし、轟くデリオラの咆哮!!厄災の悪魔復活も、もう時間の問題‥その時、グレイが決意した"覚悟"とは!?

響き渡るデリオラの咆哮!!ナツは"時を操る"ザルティと対峙、エルザは儀式の阻止を計るが、奮闘むなしく、ついに不死身の悪魔が復活してしまう!!ウルと同じく、その命を犠牲にする魔法"絶対氷結（アイスドシエル）"で、デリオラを再び封印しようとするグレイ!!それを制するナツ!!そして、デリオラの凶悪なる拳がナツたちを捉えようとした瞬間、事態は予期しえぬ展開に‥‥!?

「今から、あの月を破壊する」‥‥デリオラを倒しても、悪魔の姿が解けない村人たちを前に、エルザが堂々と宣言!?投擲力を上げる"巨人の鎧"を纏い、闇を退ける力を持つ"破邪の槍"をナツの炎で加速させて、月に向かって全力投擲!?自信満々のエルザだけど、そんなの月に届くはずがない‥‥って、本当に月が割れちゃった!?なんと、そこには意外な真実が隠されていて‥‥!?

「この文字の意味を解いてください」‥‥リクエストボードに張り出された奇妙な依頼書。そこに書かれた古代文字を読んだ途端、ナツとロキ、ルーシィとグレイ、そしてハッピーとエルザの人格が入れ替わっちゃった!?しかも、この古代魔法、３０分以内に呪文を解除しないと元に戻れないらしい!?思いもよらぬ大ピンチに、ギルドはいつにもまして大騒ぎ!!みんな、一体どうなっちゃうの!?

ミラジェーンの口から語られる、在りし日の「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）。そのキッカケは、ルーシィが偶然見つけた一枚の絵だった。そこには、幼い頃のナツにグレイ、エルザやミラ、エルフマンなどなど、６年前のみんなが描かれていて・・・・あれ!?でも、ハッピーがいない!!なぜかドラゴンはいるんだけど・・・・!?ルーシィの知らない、空飛ぶ不思議な猫・ハッピーの誕生秘話が明らかに!!

ギルド間抗争勃発!?何の前ぶれもなく「幽鬼の支配者」（ファントムロード）が「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）を襲撃してきたのだ!!怒り心頭、報復しようとするナツたちを制するマカロフだったが、なんと、その魔手がレビィたちにまで及んでしまう!!さすがに堪忍袋の緒が切れたマカロフ、"戦争"を宣言し、ギルドのメンバーを率いてファントムロードに殴りこみをかける!!

怒りを拳に宿し戦う「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）のメンバーたち!!ナツは鉄の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ガジルに、ギルドの誇りをかけて挑む!!攻勢をかけるフェアリーテイル‥‥そして、ついにマカロフは「幽鬼の支配者」（ファントムロード）のマスター・ジョゼと対峙する!!しかし、なんとジョゼの下には、捕らわれたルーシィが!!動揺を隠せないマカロフ!!奴らの本当の狙いはルーシィ!?この抗争の裏にある陰謀とは!?

マカロフの戦線離脱により、撤退を余儀なくされた「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）！「幽鬼の支配者」（ファントムロード）の目的が自分だと知り、責任を感じるルーシィを励ますナツたち。そこへファントムロードが追い討ちをかけるべく、なんとギルドごと攻めてきた！！そしてジョゼは、魔導集束砲"ジュピター"でフェアリーテイルを消滅させようとする！！かつてない脅威を前にナツたちに残された手は！？

「幽鬼の支配者」（ファントムロード）内部に乗り込んだナツとグレイ、そしてエルフマン。ナツの頑張りでなんとかジュピターそのものを破壊するが、ファントムにはさらなる切り札が！！なんとギルドを"超魔導巨人・ファントムMkⅡ"に変形させ、禁忌魔法・煉獄砕破（アビスブレイク）を放ち、ギルド一帯を消し去ろうというのだ。一刻を争う緊急事態、ナツたちの前にはファントム屈指のエレメント４が立ちはだかる！！

エルフマンがエレメント４の一人・大地のソルを撃破！！するとファントムMkⅡの動きがなぜか鈍くなる。なんと、この"巨人"はエレメント４が動力となっていたのだ。エレメント４全員を倒せば、煉獄砕破（アビスブレイク）は阻止できるはず！！残るは、あと二人！！ナツは大空のアリアと、そしてグレイは大海のジュビアと対峙する！！煉獄砕破発動まで、あと僅か！！「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の誇りをかけた戦いの行方は！？

"大空のアリア"に気合十分で挑むナツ。しかし、アリアが繰り出す"空域"魔法の前に全く歯が立たず、勝負は一方的な展開に！！そこへ現れたのは、なんと瀕死の重傷を負ったエルザ！！エレメント４最強と謳われるアリアに対し、手負いのエルザに勝機はあるのか！？一方、ルーシィは、ガジルにより捕らえられてしまう！！勢いづく「幽鬼の支配者（ファントムロード）」‥‥新たな局面を向かえた抗争の行方は！？

火竜の拳が鉄竜に炸裂！！ルーシィのピンチにかけつけたナツは怒りをその拳に宿し、ガジルに挑む！！二頭の竜が暴れるが如く苛烈さを増す滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）同士の戦い！！しかしエレメント４との連戦で力を消耗してしまったナツは次第に押され始める！！戦況も徐々に「幽鬼の支配者（ファントムロード）」の優勢に傾いて‥‥！！激化するこの抗争、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の運命は！？

エレメント４、そして鉄竜（くろがね）のガジルと、屈強な敵を撃破したナツたち。残るは聖十大魔道に名を連ねるジョゼ、ただ一人！！己の全てをかけてエルザが挑むが、ジョゼの圧倒的魔力の前に、敗北は時間の問題と思われた。しかしその時、魔力を取り戻したマカロフが現れた！！多くの哀しみが生まれたこの戦い‥‥怒りと誇りを胸に、マカロフが繰り出す魔法とは！？聖なる光が今、審判を下す！！

ギルドの誇りをかけた「幽鬼の支配者（ファントムロード）」との抗争が終わり、一週間。大きな傷跡を残したものの、崩壊したギルドの再建に向け、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」にも活気が戻りつつあった。しかしその矢先、なんと父親との確執に胸を痛めていたはずのルーシィが、書き置き一枚を残して実家に帰ってしまう！！「フェアリーテイル」を愛してやまないルーシィ‥‥彼女のとった行動、その真意とは！？

次世代を担う若者たち。妖精の尻尾（フェアリーテイル）にもラクサス、エルザなど二代目マスター候補はいるものの、まだまだその座を譲るには日が浅いと痛感する（！？）マカロフの毎日！！そんな折、エルザを中心としたナツたちフェアリーテイル最強チームが仕事に出かける！！はりきる面々、その依頼の内容は舞台の演出‥‥のはずが、なんと役者に変更！！まさかの事態にも、意外と乗り気な皆だけど‥‥！？

仕事終わりにやって来た温泉地・鳳仙花村！！ナツたちはそこで偶然、ロキに遭遇！！相変わらずルーシィと距離を保とうとするロキだけど、今回はどこかいつもと違う雰囲気！？そして、なんとロキがルーシィにとんでもない告白を！！そこには想像を絶するロキの"真実"が‥‥。誰も知らないロキの秘密が今、明らかに！！

ロキの罪、それは友の為に星霊界のルールを破ってしまった事‥‥。結果、ロキは星霊界を永久に追放され、生命力も無くなりつつあった。償いとして自分がこの世から消滅する事だけを願っていたロキ‥‥。でも、星霊を愛するルーシィが黙っていない！！「仲間を想う気持ちは罪なんかじゃない!!!!」‥‥ルーシィの叫びは星霊界に届くのか！？

"妖精"たちの休息！？‥‥ってことで、仕事を忘れビーチで羽を伸ばすナツたち！！しかし、バカンス気分も束の間、突然、謎の一味の襲撃を受け、エルザとハッピーを連れ去られてしまう！！しかも、その連中は、なんとエルザの"昔"の仲間だった！！エルザの秘められた過去が今、世界を揺るがす事態を誘（いざな）う！？彼らが向かう"楽園の塔"とは一体！？

エルザの昔の仲間にして意外な素性（！？）をもつジェラール。彼が支配する「楽園の塔」･･･別名・Rシステム、それは死者を蘇らせる禁忌の魔法を意味していた！！そして事態の真相を知らないナツたちが、エルザとハッピーを取り戻すべく塔への潜入を試みていた頃、Rシステムの存在を把握した魔法評議会は、その存在を消し去るべく、恐ろしい決断に踏み切ろうとしていた！！

秘められたエルザの過去‥楽園の塔の強制労働からの解放を求めて戦った代償、それはジェラールを"失う"ことだった！！黒魔導士・ゼレフに魅入られ、悪にその身を堕としたジェラールとエルザの間に横たわる、凄惨で哀しい二人の真実とは！？一方、魔法評議会では楽園の塔に究極の破壊魔法・エーテリオンを投下すべきか議論されていた！！事態は予測不能な未来に向かって‥‥！？

エルザを生け贄としてゼレフ復活の儀を行おうとするジェラール。彼が名づけた"楽園ゲーム"・・それは暗殺ギルドの魔導士・"三羽鴉（トリニティレイブン）"とナツたちとのバトルロワイヤルだった！！しかもそれは、いつ評議院がエーテリオンを投下してくるか分からない中での命がけのバトル！！ジェラールの悪魔の微笑が見守る中、戦いは新たなステージへ！！

命がけの"楽園ゲーム"！！ナツは鳥頭の正義（ジャスティス）戦士・梟（フクロウ）と、そしてルーシィ＆ジュビアは髪を振り乱すロックでパンクなヴィダルダス・タカと対峙する！！見た目はふざけていても、暗殺ギルドの実力はダテじゃない！？その比類なき魔法の前に、戦いは想像を絶する展開に！！エーテリオンの脅威が迫る中、ナツたちはエルザを過去から解き放つ希望の光を見い出せるのか！？

ヴィダルダス・タカと梟（フクロウ）を撃破し、残る三羽鴉（トリニティレイヴン）は斑鳩（イカルガ）ただ一人！！決死の覚悟で挑むエルザだが、斑鳩が繰り出す剣閃に、なんと最強の鎧までも粉々に切り裂かれてしまう！！エーテリオン投下のカウントダウンが始まり、残された時間はあと僅か‥‥エルザはこの強敵を打ち倒し、ジェラールの元へたどり着けるのか！？

ついに、その時は訪れた‥‥。ナツ、エルザ、ジェラールらを楽園の塔に残したまま、エーテリオンが投下されてしまった！！そして尊い犠牲に皆が胸を痛めた瞬間、衝撃の出来事が！！なんと、塔の外壁が崩れて巨大な魔水晶（ラクリマ）が現れたのだ！！それは評議院をも巻き込む、ジェラールの狡猾な罠だった！！今、ジェラールの信じえぬ真実が明らかに！！

ナツvs. ジェラール！！本来の魔力を取り戻したジェラール、その圧倒的な魔力はナツに攻め入る隙を与えない！！一転、塔そのものを破壊してしまおうとするナツだが、それに怒（いか）ったジェラールはエルザもろとも葬り去ろうと最強の天体魔法「暗黒の楽園（アルテアリス）」を放つ！！絶体絶命のピンチ、その先には衝撃の結末が待っていて！？今、ナツの滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）としての真価が問われる！！

楽園の塔が消滅し、過去の呪縛から解き放たれたエルザ、そしてショウたちは、それぞれ新しい一歩を踏み出そうとしていた。そしてマグノリアに戻ったナツたちを待っていたのは、新しく生まれ変わった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！プール、遊技場なども新設され超豪華！！だけど、ギルドが変わっても、みんな、おかまいないなしに大騒ぎ！！‥‥そんな折、ギルドに不満を持つ"アイツ"が帰ってきて！？

マグノリアの街に収穫祭の季節がやってきた。妖精の尻尾（フェアリーテイル）もこの祭りに当然参加、「ミス・フェアリーテイルコンテスト」を開催して大盛り上がり!! しかしその最中、ラクサスとその親衛隊・雷神衆が乱入、コンテストにエントリーしていたルーシィやエルザたちを石化させ人質に取ってしまう!! なんと、その目的は、フェアリーテイル最強を決める"バトル・オブ・フェアリーテイル"だったのだ！

ラクサスたちを倒そうとする妖精の尻尾（フェアリーテイル）の魔導士たち！ しかし、雷神衆の一人、フリードの魔法・"術式"によって、なんと仲間同士の潰し合いを強要されてしまう!! しかも、頼みのナツは、何故かバトルに参加できなくて････!? ラクサスたちに優位な戦況の中、石化したルーシィたちを救う術（すべ）は!?

石化から一人復活したエルザは、雷神衆のエバーグリーンと対峙する。また、妖精の尻尾（フェアリーテイル）最強候補の一人、ミストガンも参戦し、一気に形勢を巻き戻したフェアリーテイル！ しかし、そこにラクサスが新たな一手を打つ！ なんと雷（いかづち）の魔水晶（ラクリマ）・"神鳴殿"を発動させ、街の人々全員を人質に取ってしまったのだ！ 新たな局面を向かえたこのバトル、本気の潰し合いの行方は!?

石化が解けたルーシィたちも加わり、ますます白熱するバトル！ そして、レビィの力でフリードの術式から逃れたナツとガジルも、いよいよバトルに参戦!! しかし一方で、フリードの圧倒的な力の前に、妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーは次々と屈してしまう。そして、その矛先はミラジェーンにまで及び････!? ミラジェーンの秘められた真の力が今、解き放たれる！

マグノリアの空中に無数に設置された雷（いかづち）の魔水晶（ラクリマ）・"神鳴殿"！その発動まであと10分となる中、カルディア大聖堂にいるラクサスの下に、ミストガンがたどり着く!! 妖精の尻尾（フェアリーテイル）最強の座をかけ、二人の戦いの火蓋が切って落とされた！ 想像を絶する強大な魔法の応酬！ そんな中、一足遅れてナツとエルザも大聖堂に到着する。そこで彼らが目にした驚きの事実とは････!?

エルザを中心に、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の魔導士たちは、力を合わせて"神鳴殿"への攻撃を試みる！ 一方、格上のラクサスに一人立ち向かうことになったナツは、その圧倒的な魔力の差に、絶体絶命のピンチに陥る！ しかし、そこへもう一人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ガジルが現れる！ 共闘する二人の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）、その魔力はラクサスの野望を打ち砕くことができるのか!?

マスターの座を手に入れ、妖精の尻尾（フェアリーテイル）を変えようとするラクサスは、マカロフの魔法・"妖精の法律（フェアリーロウ）"を放つ！ 術者が敵と認識したものを全て標的とする超絶審判魔法が導いた結末とは････!?　ナツ vs. ラクサス、そしてバトル・オブ・フェアリーテイル、ついに決着!!