17세의 성령 마도사 루시는 여행 도중 마도사 길드 페어리 테일의 샐러맨더라 자처하는 남자를 만난다. 페어리 테일에 들어가고 싶었던 루시는 그의 꼬임에 넘어가 선상 파티에 갔다가 납치를 당할 위기에 처하지만, 때마침 그곳에 난입한 나츠와 해피 덕에 위기를 모면한다.

드디어 페어리 테일에 들어간 루시! 그곳은 상상 이상으로 소란스럽지만 서로를 생각하는 마음으로 가득한 길드였다. 그런데 길드 멤버인 마카오가 발칸 퇴치에 나섰다가 일주일이 지나도록 돌아오지 않는다는 소식. 루시는 마카오를 구하겠다는 나츠와 해피를 따라나선다.

나츠, 해피와 한 팀이 되기로 한 루시! 에바르 저택의 책 한 권을 파기하는 대가로 거액을 준다는 의뢰에 도전한다! 메이드로 분장한 루시가 잠입에 실패하자 일행은 작전을 변경하고 무작정 돌진한다. 그런데 그들이 찾아낸 책 「DAY BREAK」에는 어떤 비밀이 숨겨져 있는 듯한데…

DAY BREAK가 에바르의 강요에 의해 억지로 쓰인 책이란 걸 알게 된 루시는 나츠와 함께 에바르를 물리치고 책을 의뢰인 카비에게 가져다준다. 알고 보니 카비는 작가인 케뮤 자레온의 아들이었고 아버지의 명예를 위해 책을 없애려고 했던 것. 그런데 책에 숨겨진 비밀이란 바로 카비를 위한 것이었다.

엘자가 돌아온다는 소식에 술렁이는 페어리 테일. 넘치는 카리스마로 순식간에 멤버들을 제압한 엘자는 나츠와 그레에에게 어떤 일을 도와줄 것을 요청하는데, 그것은 어둠의 길드 아이젠 발트가 꾸미는 음모를 막는 것이었다. 미처 기차에서 못 내린 나츠는 아이젠 발트의 카게야마와 시비가 붙고, 죽음의 피리 럴러바이를 보게 되는데…

아이젠 발트가 점령한 오시바나 역으로 돌진하는 나츠 일행. 에리골이 죽음의 피리로 마을 사람들을 죽이는 걸 막기 위해 단 네 명이서 수십 명의 마도사에 맞서 싸운다. 그런데 알고 보니 역을 점령한 것은 나츠 일행을 역 안에 묶어두기 위해서였고, 진짜 목적은 따로 있었는데…

역 안에 갇힌 나츠 일행이 마풍벽을 해제하기 위해서는 카게야마의 도움이 필요한 상황. 하지만 카게야마는 같은 편의 공격을 받고 쓰러져버린다. 일행은 버르고의 땅파기 기술을 이용해 겨우 그곳을 빠져나오지만 그들이 상대해야 할 에리골은 만만한 상대가 아니었다.

격렬한 감정의 불로 에리골을 쓰러트린 나츠. 이로써 일단 사태는 마무리되는 듯 보였으나 루시 일행과 함께 온 카게야마가 럴러바이를 빼앗아 달아나고 만다. 하지만 나츠 일행을 보고 느낀 바가 있던 카게야마는 마카로프 앞에서 고민하다 결국 마음을 돌린다. 그러자 이번에는 럴러바이의 악령이 나타나 일행을 위협하는데…

숙련된 사냥꾼도 한번 길을 잃으면 못 빠져나온다는 클로버 협곡의 미궁. 나츠 일행은 길드로 돌아오던 중 그곳에서 길을 잃고 만다. 온통 황무지뿐인 곳에서 주린 배를 움켜지고 헤매던 일행은 흑마법에 걸려 마물로 변해버린 마을을 발견하고 마물이라도 잡아먹겠다며 사투를 벌이는데…

럴러바이 사건이 무사히 해결되고 다시 평온한 일상으로 돌아온 나츠와 친구들. 나츠와 엘자는 떠나기 전에 약속했던 승부를 내기 위해 길드 앞에서 결투를 벌인다. 그런데 갑자기 나타난 평의회의 사자가 기물파손 등의 명목으로 엘자를 체포하는데…

마스터 몰래 S급 일을 하러 간 나츠와 루시. 자신들을 잡으러 온 그레이까지 끌어들여 저주받은 섬 가루나로 향한다. 그곳 사람들은 보라색 달이 떠있는 동안 악마의 모습으로 변하는 저주를 받았다며 달을 파괴해달라고 부탁하고, 섬을 조사하던 일행은 달의 신전에서 봉인된 악마 데리오라를 발견하는데…

그레이의 스승이었던 울이 목숨과 맞바꿔 봉인한 악마 데리오라. 그 악마의 봉인을 풀려는 자는 다름 아닌 그레이와 함께 울 밑에서 얼음 마법을 배웠던 리온이었다. 자신의 경솔함 때문에 스승을 죽음으로 몰아넣었던 그레이. 아픈 과거를 마주하게 되자 동요하는데…

마을 사람들을 해치러 온 리온의 부하들을 막아야 하는 나츠와 루시. 그레이는 리온에게 당해 움직일 수 없는 상태다. 나츠는 유카와 토비, 루시는 인형격 마도사 쉐리를 상대로 싸움을 벌이는데…

성령이 통하지 않는 쉐리와의 싸움에서 기발한 작전으로 승리한 루시. 엘자가 나타나 루시 일행을 끌고 가려 하지만 그레이는 일을 매듭짓겠다며 말을 듣지 않는다. 한편 나츠는 혼자 신전에 갔다가 리온과 싸운다.

울에 대한 아픈 기억을 안고 있는 그레이. 10년이 지난 지금도 자신 때문에 울이 죽었다는 죄책감을 떨치지 못하고 있었다. 엘자는 뒤늦게 그 사실을 알고서는 리온과 매듭을 지으라며 그레이를 보내고, 그레이는 목숨을 잃을 각오로 리온을 막으려 하는데…

그레이는 죽음을 각오하고 리온의 설득하려 하지만 리온은 좀처럼 마음을 돌리지 않는다. 결국 육탄전까지 벌인 끝에 겨우 리온을 제압하지만, 데리오라의 부활은 이미 시작되고 있었다.

결국 부활한 데리오라. 그런데 강력했던 악마는 어찌된 일인지 나츠의 주먹 한방에 쓰러져버리고 만다. 10년의 세월동안 울의 얼음 속에서 서서히 생명력을 빼앗겼던 것… 하지만 S급 임무는 아직 끝나지 않았다. 데리오라가 쓰러진 후에도 악마의 모습을 하고 있는 주민들을 위해 엘자가 달을 파괴하겠다고 나서는데…

달을 향해 창을 던지는 엘자. 그런데 부서진 것은 달이 아니라 섬 상공에 존재하던 가스막이었다. 가루나 섬의 의뢰를 무사히 해결하고 들뜬 마음으로 길드로 향하는 나츠 일행. 하지만 처벌이 기다린다는 엘자의 말에 모두들 두려움에 빠지는데…

의뢰 게시판에 못 보던 의뢰가 붙어있는 걸 보고 호기심이 발동한 나츠. 엘자의 만류에도 불구하고 고대 주문을 읽는 바람에 모두의 몸과 마음이 바뀌어버렸다! 30분 안에 주문을 풀지 못하면 영원히 원래대로 돌아갈 수 없는 상황. 그 때 레비가 나타나 마법을 풀어주겠다고 장담하는데…

물고기 한 마리를 놓고 다투는 나츠와 해피. 루시가 말리려 하지만 더욱 발끈하기만 할 뿐이다. 페어리 테일에 돌아온 루시는 미라젠을 도와 서고 정리를 하다 옛날 그림을 한 장 발견하고, 나츠와 해피가 처음 만나게 된 얘기를 듣게 된다.

팬텀 로드의 습격을 받아 엉망으로 부서져버린 페어리 테일 건물. 라키 팀까지 팬텀의 공격을 받자 더는 참을 수 없게 된 마카로프는 팬텀에 전면전을 선포한다. 하지만 팬텀의 진짜 목적은 싸움이 아닌 루시의 납치였다.

팬텀과 결전을 벌이는 페어리 테일! 나츠는 또 다른 멸룡 마도사 가질과 승부를 벌인다. 하지만 방심하는 사이 마카로프가 당하면서 전세가 뒤바뀌고 후퇴할 수밖에 없게 되는데… 한편 탑에 갇힌 루시는 자신을 잡아오라고 의뢰한 사람이 아버지임을 알게 된다.

팬텀이 거대한 요새를 끌고 페어리 테일로 쳐들어온다. 루시는 자기 때문에 이런 일이 벌어졌다며 자책하지만 동료들은 끝까지 루시를 포기하지 않는다. 마카로프에 이어 엘자까지 전투불능이 된 상황. 남은 멤버들은 마도집속포의 충전 시간인 15분 동안 팬텀을 막기 위해 전력을 다하는데…

마력병기 주피터의 발사를 막아낸 나츠. 하지만 안도하는 것도 잠시, 이번엔 팬텀 요새가 거인으로 변해 도시 전체를 날려버릴만한 강력한 마법의 마법진을 그리기 시작한다. 엘프먼은 이를 막기 위해 대지의 솔과 싸우지만 솔의 정신공격에 괴로워한다.

전신 테이크 오버로 솔을 물리친 엘프먼. 이번에는 무사히 미라젠을 구해내며 아픈 과거를 넘어선다. 한편 그레이는 엘리먼트 4의 한 명인 쥬비아와 결전을 벌인다. 하지만 쥬비아의 행동이 좀 이상한데?

드디어 엘리먼트 포를 물리친 페어리 테일. 이로써 도시 전체가 파괴될 위기에서 벗어나는 듯 했지만, 루시가 붙잡히고 마스터 조제가 직접 싸움에 나서는 등 사태는 악화일로. 엘자는 나츠에게 감춰진 힘을 개방하여 루시와 길드를 구하라 말하는데…

나츠와 가질, 화룡과 철룡이 맞붙는다. 둘의 실력은 막상막하지만 이미 토토마루, 아리아와 싸우면서 지칠 대로 지친 나츠가 밀리기 시작한다. 길드 건물은 결국 팬텀의 공격에 무너져버리고, 나츠는 가족과도 같은 길드 생활을 떠올리며 분노한다.

나츠는 가질을 물리치고, 조제와 힘겨운 사투를 벌이는 엘자 앞에는 마카로프가 나타난다! 미스트건의 도움으로 마력을 빨리 회복할 수 있었던 것. 마카로프는 살아있는 전설이 된 마법 ‘페어리 로’로 모든 상황을 일시에 끝내버리고 전쟁이 끝났음을 선언한다.

길드 재건으로 바쁜 페어리 테일. 그런데 ‘집으로 돌아간다’는 쪽지 한 장만 남겨놓고 루시가 사라져버렸다. 알고 보니 루시는 아버지에게 자신의 뜻을 전하기 위해 돌아갔던 것. 하지만 이를 모르는 나츠와 동료들은 허둥지둥할 뿐인데~

마법으로 연극의 분위기를 띄워주는 일을 하러 간 나츠 일행. 하지만 배우들이 다 도망간 탓에 결국 배우 역할까지 떠맡게 된다. 의욕적으로 시작하긴 했으나 무대에서 얼어붙어버린 엘자와 이를 무마하려고 억지로 짜낸 스토리가 얽혀서 연극은 점점 산으로 간다.

우연히 온천가에서 로키를 만난 루시. 평소와 다른 분위기의 로키를 걱정하던 루시는 크룩쿠스에게 로키가 카렌 릴리카라는 성령마도사와 관련이 있다는 사실을 알아낸다. 그리고 돌연 길드를 탈퇴한 로키. 루시는 카렌의 무덤 앞에 서있는 로키를 찾아내는데…

계약자를 죽게 만들었다는 이유로 사라질 위기에 처한 로키. 하지만 그것은 성령들을 괴롭히는 카렌의 행동을 바로잡으려다 벌어진 사고였다. 루시는 너무 가혹한 처사라며 성령왕을 상대로 규율을 바꿔줄 것을 요구하고, 성령왕은 루시의 마음에 감명을 받아 로키를 구제해준다.

수많은 제물을 희생하여 죽은 이를 되살리는 R시스템. 낙원의 탑에서 그 금기를 범하려는 자는 어릴 적 엘자와 함께 제물로 잡혀있던 제라르였다. 나츠 일행은 해피와 엘자를 구하기 위해 그곳에 잠입하고, 평의회는 제라르를 막기 위해 결단을 내릴 준비를 한다.

자신을 아껴주던 로브 할아버지의 죽음을 계기로 마법에 눈을 뜬 엘자. 그러나 제라르는 반란이 성공했음에도 불구하고 어둠의 목소리에 세뇌되어 엘자를 섬에서 내쫓아버린다. 시몬은 지금까지 엘자를 굳게 믿고 있었다며 엘자 일행과 함께 제라르를 막겠다고 나선다.

밀리아나와 월리를 쓰러트리고 해피와 만난 나츠. 그런데 이번에는 제라르가 나츠 일행을 상대로 게임을 벌이겠다 선언한다. 암살 팀 트리니티 레이븐 대 나츠 일행의 3 대 8 전투. 나츠는 후쿠로와, 루시와 쥬비아는 록커 비달다스와 맞닥뜨린다.

비달다스에게 조종당해 루시를 공격하는 쥬비아. 하지만 쥬비아의 진심을 알게 된 루시가 기발한 작전을 생각해내면서 극적으로 승리한다. 한편 나츠가 후쿠로에게 먹혀버리자 이번엔 그레이가 후쿠로를 상대한다.

엄청난 검술로 엘자의 갑옷을 산산조각 내버리는 이카루가. 하지만 엘자는 그 싸움을 계기로 갑옷에만 의지하던 자신을 극복해낸다. 그리고 드디어 제라르와 마주하는데… 한편 에테리온 투하 때문에 모두가 피신한 가운데 나츠와 시몬은 엘자를 구하기 위해 탑 꼭대기로 향한다.

결국 낙원의 탑에 투하된 에테리온. 하지만 모든 것이 제라르의 계획대로였다. 에테리온으로 R시스템에 필요한 엄청난 마력을 손에 넣은 제라르는 엘자를 제물로 의식을 진행하려 하고, 나츠가 나타나 이를 막는다.

원래의 힘을 되찾은 제라르와 나츠의 치열한 전투. 나츠는 멸룡 마도사의 힘을 개방하여 제라르르 쓰러트린다. 그런데 상태가 불안정해진 에테리온이 폭발하려 하고, 엘자는 친구들을 구하기 위해 자신을 희생할 결심을 한다.

마력의 소용돌이 속에서 엘자를 구해낸 나츠. 모두는 쇼 일행과 아쉬운 작별을 하고 길드로 돌아온다. 길드 신축 파티는 언제나처럼 난장판이 되고 나츠는 일상으로 돌아왔음을 실감한다. 한편 가질이 길드에 들어온 것을 못마땅하게 여긴 렉서스는 가질을 괴롭힌다.

매그놀리아의 수확제. 페어리 테일 멤버들은 퍼레이드 준비도 하고 미인대회에도 참가하며 즐거운 시간을 보낸다. 그런데 그곳에 갑자기 난입한 렉서스와 그의 친위대가 미인대회 참가자들을 돌로 만들고, 멤버끼리 서로 싸워야만 하는 서바이벌 게임을 강요한다.

돌이 된 동료를 구하기 위해 원치 않는 싸움을 강요당하는 페어리 테일. 렉서스는 인질들을 구하고 싶으면 마스터 자리를 내놓으라며 마카로프를 협박하고, 나츠와 가질을 제외한 전 멤버가 전멸하고 만다. 그때 석화가 풀린 엘자와 미스트건이 새로운 전력으로 합류하는데…

엘자가 에버그린을 쓰러트림으로써 돌이 되었던 인질들이 모두 풀려난다. 그러자 렉서스가 이번엔 ‘신명전’이라는 번개 라크리마를 매그놀리아 전 지역의 하늘에 띄워놓는다. 제한시간까지 렉서스를 쓰러트리지 못하면 매그놀리아를 벼락천지로 만들겠다는 것. 루시는 로키와 함께 빅스로에 맞서 싸운다.

석화에 풀린 여자들과 나츠, 가질이 전투에 가세한다. 루시는 로키와 함께 빅스로를 쓰러트리고, 쥬비아와 카나도 프리드에 맞선다. 동생 엘프먼의 위기를 눈앞에서 목격한 미라젠은 마인의 힘을 폭발시켜 프리드를 제압한다.

갑자기 쓰러진 마카로프. 폴류시카는 마카로프가 위독하다며 렉서스를 데려오라고 한다. 한편 렉서스와 싸우던 도중 두건이 벗겨진 미스트건. 그런데 그의 얼굴은 제라르와 꼭 닮아 있었다. 미스트건은 자신이 제라르가 아니라 말하지만 이를 본 엘자는 충격을 받는다.

매그놀리아 상공에 떠있는 수백 개의 번개 라크리마. 그걸 건드리면 벼락을 맞게 되지만 페어리 테일의 전 멤버는 위험을 무릅쓰고 그것들을 파괴한다. 렉서스는 자신의 계획이 틀어지자 모두를 없애버리겠다며 페어리 로를 발동시킨다.

렉서스가 시전한 페어리 로. 하지만 그 마법으로 인해 다친 사람은 아무도 없었다. 렉서스의 진심은 모두를 동료로 인정하고 있었던 것. 나츠는 멸룡오의로 렉서스를 물리치고, 위험한 고비를 넘긴 마카로프는 렉서스를 파문시킨다. 그리고 화려한 축제의 절정인 판타지아 퍼레이드에서 모든 길드원은 렉서스를 향해 배웅의 메시지를 보낸다.