Natsu Dragneel, junto con su gato parlante Happy, llega al pueblo de Hargeon, en búsqueda de un mago que se hace llamar «Salamander». Una vez ahí, Natsu se encuentra con una joven llamada Lucy Heartfilia, una maga celestial, que busca unirse al famoso gremio Fairy Tail. Es por ello que Lucy decide reunirse con el tal Salamander de Fairy Tail, sin embargo descubre que este es un impostor y es capturada. Poco después, Natsu le revela que él es el verdadero Salamander y la rescata, para luego invitarla a unirse a Fairy Tail.

El grupo acepta su primera misión: destruir el libro "Day Break", el cual se encuentra en la mansión del duque de Ebaloo. Pero esa mansión tiene fuertes medidas de seguridad.

El grupo logra hacerse con el libro, que ocultaba un mensaje secreto para el hijo del escritor. Al día siguiente unos mercenarios del gremio oscuro Eisenwald secuestran a Happy.

Uno de los miembros más fuertes de Fairy Tail, Erza, regresa al gremio y les pide a Natsu y Gray que le acompañen para acabar con Eisenwald, un gremio oscuro que pretende usar el conjuro de la flauta Lullaby y matar a todo el que lo oiga.

El equipo, al que se les une Lucy y Happy, llega hasta Oshibana, donde se encuentran los miembros de Eisenwald. Erigor, el maestro del gremio, les encierra en la estación con una barrera de viento.

Finalmente logran escapar de la estación, y Natsu y Happy deciden ir a luchar contra Erigor, que se dirige a Clover para usar el Lullaby contra los maestros de los gremios y vengarse de ellos por marginar los gremios oscuros.

Natsu logra derrotar a Erigor, pero Kageyama huye con el Lullaby hasta Clover donde, tras dudarlo, no lo llega a utilizar. Sin embargo un monstruo emerge de la flauta Lullaby y comienza a sembrar el caos.

Perdidos y hambrientos desde el incidente con Lullaby, el grupo va en busca de comida hasta que se topan con una villa deshabitada. El pueblo resulta estar encantado cuando se convierte en un monstruo al que el grupo decide vencer para comérselo.

Natsu tiene un combate con Erza, pero ella es detenida por el Consejo de Magos por los desperfectos causados en el combate contra Lullaby. Natsu y Happy deciden hacer una misión de rango S robándola, y consiguen que Lucy se una a ellos.

Gray intenta detener al grupo por órdenes del gremio, pero Natsu le deja insconsciente y se lo llevan a la isla Galuna, que resultar estar maldita y cuyos habitantes se convierten en demonios cuando anochece por culpa de la luna púrpura.

El grupo descubre un monstruo congelado, Deliora, que fue sellado por Ur, que fue maestra de Gray. Detrás de todo eso está Lion, otro antiguo alumno de Ur, que quiere descongelar a Deliora para vencerle y superar a Ur, ya que ella no le pudo vencer.

Después de que Lion venciera a Gray en un combate, sus aliados -Yuka, Sherry y Toby- intentan destruir la villa de la isla tal y como les mandó Lion, pero fracasan. Tras ese intento fallido, Lucy y Natsu se enfrentan a ellos superándose a sí mismos.

Erza llega a Isla Galuna para traer al grupo de vuelta, pero Gray se niega y termina convenciendole para acabar la misión. Mientras tanto, Natsu intenta evitar el despertar de Deliora luchando contra Lion.

Gray cuenta su pasado con Ur, una maga de hielo alquímico que se sacrificó para sellar a Deliora y evitar más destrucción. Natsu y Lion siguen luchando, pero son interrumpidos por Gray, el cual quiere acabar las cosas con Lion.

Natsu se dirige al sótano de las ruinas, porque Zalty, un misterioso enmascarado, está continuando el ritual para resucitar a Deliora. Lucy, Happy y Erza derrotan a los seguidores de Lion, mientras éste y Gray pelean, mostrando una clara ventaja sobre el poder inestable de Lion.

Finalmente Deliora es resucitado, y Gray se dispone a usar el Iced Shell para sellarlo de nuevo, sin embargo el demonio ya estaba muerto: el hielo había acabado con su vida. Pero los habitantes no vuelven a sus estados normales, por lo que Ersa y Natsu deciden destruir la Luna.

Ersa, con la ayuda de Natsu, dispara hacia la Luna una lanza que destruye una capa púrpura que estaba sobre la isla provocada por un gas que emanaban las Gotas de Luna. Este gas había modificado la memoria de los habitantes, que eran en realidad demonios.

Mientras el grupo espera el castigo de Makarov, Natsu coge una misión en la que hay que traducir un hechizo. Natsu lee el hechizo sin traducirlo y las mentes y los cuerpos de los miembros del grupo cambian de lugar, teniendo cada uno una apariencia distinta.

Mirajane le cuenta a Lucy como Natsu conoció a Happy, el cual salió de un huevo que encontró en el bosque. Lisana, hermana de Mijarane, y él lo cuidaron hasta que nació delante de todos los miembros de Fairy Tail, muchos de los cuales todavía continuan en el gremio de Fairy tail.

Regresando de una misión, el equipo se encuentra al gremio totalmente destrozado por un gremio rival, Phantom Lord; el cual también ataca a Levy, Jet y Droy, por lo que Fairy Tail decide contraatacar. Mientras tanto, juvia y Monsieur Sol (miembros de Phantom Lord) secuestran a Lucy.

Los dos gremios siguen peleando mientras que Makarov busca a Joze, líder de Phantom. Sin embargo Makarov es despojado de su poder mágico por Aria, uno de los Element4. Fairy Tail escapa al ver a su maestro vencido, pero Natsu decide ir a rescatar a Lucy.

Lucy es rescatada y Phantom ataca al gremio con el cañon Júpiter instalado en su gremio móvil. Ersa logra detener el primer disparo, pero Phantom se dispone a disparar de nuevo en 15 minutos si no entregan a Lucy. Natsu decide destruir el cañon, enfrentandose a Totomaru.

Al final Natsu destruye el cañón y derrota a Totomaru. El gremio móvil se rearma y comienza a invocar un hechizo prohibido que destruirá Magnolia. Mientras, Elfman pelea contra Monsieur Sol, que lo atormenta con su propio pasado hasta que ve a Mirajane apresada por Phantom.

Elfman desata todo su poder, derrota a Monsieur Sol y rescata a Mirajane. Se dan cuenta de que el hechizo está apoyado por los Element4, y si les derrotan a todos el hechizo se parará. Ya solo quedan dos, y Gray va a pelear con Juvia saliendo victorioso (y Juvia enamorada).

Natsu, peleando contra Aria, está empezando a perder. Cuando Aria iba a absorber su magia como hizo con Makarov, aparece Ersa y le vence. Mientras, Gazille secuestra a Lucy, pero más tarde Natsu irrumpe en la sala donde está presa, empezando a pelear con él.

Natsu comienza su pelea con Gazille y Natsu está a punto de ser derrotado, pero Lucy llama a Sagitario y este le ayuda a recobrar fuerzas. Mientras tanto, el gremio es destruido y Natsu, furioso por lo que acaba de contemplar, está dispuesto a seguir la lucha.

Natsu derrota a Gazille mientras Ersa lucha contra Jose, que revela sus intenciones tras el ataque al gremio. Antes de que Ersa sea vencida, aparece Makarov recuperado y pelea contra Jose de igual a igual, hasta que invoca la Ley Fairy que derrota a Jose, acabando con la guerra.

Gazille le revela a Natsu que el dragón que lo entrenó, Metalicana, también desapareció en el año 777 como Igneel. El gremio comienza a ser reconstruido y Lucy vuelve a su antigua casa para enfrentarse a su padre y dejarle claro que Fairy Tail es su nueva familia y que no volverá.

Fairy Tail es declarado inocente y Phantom Lord es disuelto. Mientras tanto, Makarov piensa en una jubilación, pero viendo el panorama lo deja por imposible. El equipo de Natsu acepta una misión que consiste en publicitar una obra de teatro que finalmente tendran que interpretar.

El equipo de Natsu va a una ciudad termal a descansar donde Lucy se encuentra con Loki, que está más extraño que nunca con ella. Lucy decide investigar sobre el pasado de Loki y descubre que es el espíritu estelar Leo, y que su dueña fue Karen Lilica, a la que él asesinó.

Debido a las leyes de los espíritus estelares, Loki desaparecería por asesinar a Karen, pero Lucy insiste en que su muerte fue un accidente. La tenacidad de la chica hará aparecer al rey de los espíritus estelares, que finalmente acepta que Loki viva, pero siendo propiedad de Lucy.

Mientras el equipo descansa en un hotel, son atacados por Shou, Wally, Miriana y Simon, amigos de la infancia de Ersa que la secuestran junto a Happy para llevarla a la Torre del Paraíso. Allí Jeral, otro antiguo amigo de Ersa, la espera para llevar a cabo un maléfico plan.

En ERA se discute la situación sobre de la Torre del Paraíso, que tiene el poder de resucitar a los muertos. El hermano gemelo de Jeral, Siegrain, propone utilizar el Etherion para destruir la torre. Mientras tanto, Ersa escapa del cautiverio de Jeral para enfrentarse a él.

Natsu y los demás llegan a la torre y consiguen entrar, encontrandose con Ersa. Aunque ella intenta que se vayan, se niegan y Natsu se va para vengarse de Wally. Ersa cuenta su infancia como esclava en la torre, donde se enfrentó a los guardias para salvar a Jeral de los calabozos, pero él había sido poseido por Zelef, y ahora su objetivo había cambiado...

Wally y Miriana pelean contra Natsu y finalmente este logra vencerles. Shou y Simon deciden pasarse al lado de Ersa, por lo que Jeral decide añadir más obstaculos a lo que él llama "Juego". Con el equipo asesino Trinity Raven de por medio, lo tendrán difícil para llegar a él; Fukuro empieza a hacer flaquear a Natsu y Vidaldus convierte a Lluvia en su súcubo.

La revuelta continúa, los tres enemigos resultan ser excelentes luchadores. Lucy se ve obligado a luchar contra Juvia y Natsu es comido. La batalla parece difícil para el equipo Fairy Tail. Mientras tanto, Erza sigue atrapada en la tarjeta de Sho.

¿Quién ganara este juego retorcido?

Convencidos por los argumentos de Siegrain, el Consejo de magos se preparan para disparar el arma letal Etherion a la Torre del Cielo. Mientras tanto, después de haber derrotado al líder del grupo asesino Trinidad Raven, Erza avanza sola para hacer frente a Jellal.

Despues de una platica entre Jellal y Erza, Este logra salir de la posesion de Zeref, y junto con Erza estan preparados para ser sacrificados por Etherion, Etherion es disparado y todos lo ven caer, despues se descubre que la verdadera forma de la torre era una lacryma gigante y que todo fue planeado, Natsu salva a Erza de ser sacrificada y empieza a luchar contra Jellal.

Continua la lucha entre Natsu y Jellal, este ultimo furioso lanza un ataque contra Erza pero Simon la protege muriendo, Natsu enfuerece y empieza a comer el Etherion y consigue aumentar su poder y logra derrotar a Jellal, Erza se sacrifica por el bien de sus amigos entrando en el Etherion, ella recuerda como Porlyusica le cura el ojo, al final esta Erza flotando en un lugar desconocido.

Natsu logra rescatar a Erza, quien se encuentra dentro de Etherion. Luego que se recuperan de todas sus heridas, despiden a Sho y sus amigos, quienes desean viajar por el mundo. Cuando llega Natsu y sus amigos a Fairy Tail, lo encuentran renovado y ven a Juvia que se unio a Fairy Tail, Gajeel también se une, a lo cual Natsu se enfada. Mas tarde Jet y Droy enfrentan a Gajeel, para hacerle pagar por lo que hizo con Levy, en ese instante llega Laxus, quien hace pagar a Gajeel por haber destruido el gremio.

Corta de dinero, Lucy decide competir en el concurso Miss Fairy para ganar el premio de 500.000. Sin embargo, el concurso va mal cuando laxus llega con sus tres guardaespaldas, el Raijinshū. Evergreen convierte a la todos los concursantes en piedra como rehenes para el desafío de laxus: la Batalla de Fairy Tail. Para salvar a los concursantes, el gremio entero debe encontrar a laxus y al Raijinshū en un plazo de tres horas y derrotarlo. Sin embargo, Fried Justine ha creado runas en todo Magnolia con normas especificas, incluyendo una que evita que las personas mayores de 80 salgan del gremio.

La Batalla de Fairy tail se mueve a toda velocidad, y los miembros de Fairy Tail son obligados a luchar entre sí para salvar a sus amigos. Los propios Raijinshū comienzan a unirse a la pelea. En el gremio, Makarov, Natsu, y Gajeel están atrapados. Frustrado, Natsu quema a Erza y la libera de su forma de piedra lo que le permite unirse a la batalla. Para sorpresa de todos, el solitario Mystogan llega a la ciudad para igualar las probabilidades.

Erza derrota a Evergreen, liberando a todos bajo el hechizo de piedra. Laxus ha perdido a sus rehenes, toma como rehen a toda la ciudad con el Palacio de Trueno: Lacrimas relámpago en el cielo que va a llover rayos de luz y daña con su ataque a la persona que la destruya. Laxus declara que se ocupará de Erza y Mystogan. Mientras tanto, Levy trabaja para disipar las runas alrededor de la casa gremial. A pesar de sus esfuerzos, Lucy se siente abrumada y le roban las llaves pero Loke llega por su propia voluntad para salvarla.

Lucy y Loke derrotan a Bixlow mientras Cana y Juvia se ven obligadas a luchar entre sí, por las runas de Fried. Juvia, con el deseo de ser aceptada por el gremio, se sacrifica golpeando una lacrima de relámpago con el fin de liberar a Caná. Elfman y Mirajane llegan, Elfman lucha y pierde contra Fried. Frustrada con sus sentimientos, Mirajane suelta su poder y derrota a Fried fácilmente.

Con todos los Raijinshu derrotados, sólo queda laxus. Mystogan llega y pelea contra Laxus, pero llegan Erza y Natsu lo distraen, lo que la permite a laxus atacar y deja ver su rostro que es el mismo rostro que Jellal. Antes de partir, Mystogan revela que no es Jellal pero ha oído hablar de él, y deja a Natsu y Erza para terminar la lucha. Erza, esta aturdida por la revelación de Mystogan y es ineficaz contra laxus, Natsu ocupa su lugar, mientras que Erza desactiva el Palacio de Trueno.

El poder mágico de Erza se está agotando, los restantes miembros de Fairy Tail ayudan a desactivar el Palacio de Trueno, pero luego caen por sus heridas. Natsu se siente abrumado por laxus hasta que Gajeel llega. Laxus revela que en realidad es un Dragon Slayer. Cuando Levy aparece y le dice que Makarov se está muriendo, laxus responde que sus posibilidades de ser el Maestro se han incrementado.

Después de realizar la Ley de hadas, avisan a laxus que nadie ha sido asesinado, ya que de hecho nunca, ha considerado enemigos a los miembros de Fairy Tail.Natsu es capaz de derrotar a laxus. Fantasía se aplaza por un día, y laxus va a Fairy Tail para hablar con Makarov, que este decide expulsar a Laxus, aunque en buenos términos. Cuando comienza el desfile de Fantasía, Laxus se da cuenta de que Makarov y el resto del gremio siempre velarán por él cuando se ve al Maestro y a todos los demás levantando la mano en la señal que Laxus habia hecho cuando era un niño para que Makarov sepa que Laxus lo estaba observando.