医療忍者をめざしているサクラは、チャクラの微妙なコントロールを練習していた。いっぽう、ケガが回復し、はりきっていたナルトは、急な任務で出かける自来也に置いていかれ、ふてくされていた。自来也はそんなナルトに、留守の間の特別な自主トレだと、巻物をわたすのだった。

火影執務室で山積みの書類の処理にあたっていた綱手たちは、木ノ葉厳重警戒施設の資料を目にする。そこは重罪を犯した忍者を収容する施設で、囚人たちに掘削労働をさせているのだったが…。

黒鍬ファミリーが退散して、カタバミ金山にも平和がおとずれたかのようにみえた。しかし、芥子は何かをたくらんでいる表情。やがて、ガケの上にひそんでいた黒鍬衆が、大岩を落としてナルトらに奇襲をかけてきた。

黒鍬衆は忍法・黒竜巻と、岩も斬る鉄ツメで次々と攻撃をしかけてくる。それをよけつつ、応戦するナルトだったが…。

いま鳥の国には、「呪い武者」とよばれる幽霊があらわれていて、こまっているらしい。はるばるやってきた鳥の国の青年・チシマのけんめいのたのみに押し切られ、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受けることに。この任務にえらばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。なんでも呪い武者の正体は、急死した先代大名、オオワシの亡霊らしいのだが…。

幽霊が相手だと聞いてビビるナルト。鳥の国についたとたん、一行はさっそく呪い武者と出会うことになり…。

チョウジとナルトに至福のひと時をもたらす極上の一杯、それは木ノ葉名物一楽のラーメン。連れ立って一楽に向かう二人だが、店に掛かっている臨時休業の札にガッカリ。仕方なく店を後にしようとした時、二人は店の中から漂う芳しい匂いに気付く。店の中では店主のテウチが新作メニュー作りの真っ最中だった。実は「料理忍者（料忍）」と呼ばれる料理のスペシャリストがテウチの持つ「幻のメニュー」欲しさに、店の看板娘のアヤメを攫ってしまったというのだ。アヤメを取り戻すには幻のレシピを渡すか、料忍との料理勝負に勝つしかない。事情を聞いたナルト、チョウジ、サクラはテウチと共に、運命の料理勝負に参戦する。

ナルト、キバ、ヒナタに下される新たな任務。それはツナデの友人、海鮮アガリの依頼による埋蔵金さがしだった。地図もあるので簡単だとたかをくくる３人を「この任務に失敗すれば、アカデミーにもどってもらう」とおどすツナデ。その理由は、このメンバーが組んだ任務の成功率が低いからだった。

絶対に失敗できないというプレッシャーの中、今までの失敗の責任をなすりあいながらも埋蔵金にむかうナルトたち。しかしこの任務には、あるおそるべき秘密があり…。

谷底に転落した覆面忍者とナルト。忍者の正体は、死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。キズついたナルトの治療をしながら、ナツヒは星をうばった理由を語る。

星の修行により多くの仲間をうしなったナツヒは、禁じられた修行が再開されることのないよう、三代目星影との約束により外部から星隠れの里を見守っていたのだ。他者の犠牲のことを考えていないアカホシに星をわたすわけにはいかないというナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまでせまっていた。

ツナデの旧知、菜の国の城主から依頼が入る。内容は菜の国を訪れた行商人の警護をして欲しいというもの。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトの混合チームは老若男女から成る行商人達と合流する。警護の道すがら菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にするナルト達は、直後に謎の忍者達の襲撃を受ける。「ただの行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えるナルト達は、襲撃を何かの間違いだと考え、ルートを迂回して追っ手をやり過ごす事にする。しかしこの動きを敏感に感じ取っている若者達がいた。シュンとキクスケ、ユリノシン。彼らこそが、襲撃者の真の標的だったのだ。

大名の姫じきじきの指名で、いのに任務がまいこんだ。ナルトをつれて、得意げに城にのりこむいのだったが──そこで聞かされた任務はなんと「お見合い代行」。姫は食べすぎて太ってしまった自分の代理として、（やせている時の自分ににている）いのに見合いに出てもらい、なんとしてもあこがれの若殿のハートをつかんでほしいというのだ。姫の乙女心に同情し、見合いにのぞむいのだったが……。